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wangyue-gagua/circadian_shiny

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circadian_shiny

change log

2021/03/27

增添了批处理绘制热图,请前往batch tab页。重构了rep_reduce函数提取子dataframe。添加了默认图片的缓存。

  • 采用Shiny Modules拆分重构

  • 添加不同基因组id转换功能

  • 尝试采用redis进行disk cache, Rstudio ref article

2021/04/05

模块化拆分基本完成,添加了单细胞数据图像。

  • 优化单细胞测序结果模块,细化绘图逻辑

2021/04/09

添加了单细胞PCA降维图像,为单细胞模块建立了css文件,美化布局

  • 为批处理提供更多功能

2021/04/12

设置了服务器每日重启,为不同组织的表达量水平提供了热图用于批处理

  • 修复批处理需要resize界面的奇怪bug,大概率是与响应式相关,暂时想不到解决方案。

2021/7/21

新增了tool页面用于提供不同版本基因组之间的ID转换,暂时只提供G. hirsutum 中WHU v1基因组转HAU v1以及ZJU v2.1HAU v1的功能。

  • 提供更多基因组版本以供选择
  • 整合不同版本基因组与拟南芥同于比对的数据

2022/12/13

升级R4.1后出现

Warning: Error in <Anonymous>: 图形API版本不相符
  129: <Anonymous>
  127: startPNG
  126: drawPlot
  112: <reactive:plotObj>
   96: drawReactive
   83: renderFunc
   82: output$plots-circa_plot_fine_interval
    1: shiny::runApp

发现由于shiny::plotPNG首先使用ragg作为图形设备,install.packages('ragg')后可正常使用。

About

app.R file of shiny app about circadian rhythm

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