postgresql-serverが稼働しており、TogoDB（Railsアプリケーション）からpostgresql-serverにアクセスできる必要があります。
- Version 9.x, 10.x, 11.xで動作を確認しています。
- pg_trgmを利用しています。そのためpostgresql-contribをインストールするかPostgreSQLのcontribからpg_trgmをインストールする必要があります。
redis-serverが稼働しており、TogoDB（Railsアプリケーション）からredis-serverにアクセスできる必要があります。
TogoDBでは、データベースの作成やデータリリース（CSV, JSON, RDF, FASTAファイルの生成）はバックグラウンド・ジョブ（非同期処理）
として実行します。このバックグラウンド・ジョブを実現するためResqueを利用しています。
Resqueのジョブ・キューとしてRedis利用します。
RDB-RDFのマッピング、RDFファイルの生成、SPARQL検索に使用します。
https://d2rq.org/
D2RQのインストール方法
githubからソースコードを取得しビルドします。
D2RQはJavaで書かれており、ソースコードのビルドにApache Antが必要です。
$ git clone https://github.com/d2rq/d2rq.git
$ cd d2rq
$ ant jar
RDFのフォーマット変換（N-triples => Turtle, RDF/XML）のため、Raptorに含まれているrapperコマンドを使用します。 http://librdf.org/raptor/
データベース作成の際にアップロードされたCSV, TSVファイルをUTF-8に変換するために使用します。
PostgreSQLの接続情報等、環境に依存する情報の管理にdotenvを使用しています。
.env-sampleファイルをコピーして.envファイルを作成し、.envファイルを環境に合わせて編集します。
$ cp .env-sample .env
$ vi .env
設定する値は下表の通りです。
| 変数名 | 設定する値 |
|---|---|
| RAILS_MAX_THREADS | データベースのコネクションプール数 |
| DATABASE_HOST | データベースのホスト名 |
| DATABASE_PORT | データベースのポート番号 |
| DATABASE_USER | データベースの接続ユーザ |
| DATABASE_PASSWORD | データベース接続のパスワード |
| DATABASE_NAME_DEVEROPMENT | データベース名（development環境） |
| DATABASE_NAME_TEST | データベース名（test環境） |
| DATABASE_NAME_PRODUCTION | データベース名（production環境） |
| REDIS_HOST | Redisが稼働しているホスト |
| REDIS_PORT | Redisのポート番号 |
| SERVER_NAME | TogoDBが稼働するマシンのホスト名とポート番号 |
| RAPPER_PATH | rapperコマンドのパス名 |
| NKF_PATH | nkfコマンドのパス名 |
| D2RQ_DIR | D2RQのディレクトリ（dump-rdfファイル、d2r-queryファイルがあるディレクトリ） |
| PSQL_PATH | psqlコマンドのパス名 |
| DATA_DIR | TogoDBで作成、利用されるファイル（アップロードされたファイル、リリース機能で生成されるファイル）を保存するディレクトリ |
| TMP_DIR | TogoDBで一時ファイルを作成するディレクトリ |
| BASE_URI_HOST | RDFのBaseURIに使用するホスト名 |
| USE_GRAPHDB | RDFストアとしてGraphDBを利用するかどうか |
| GRAPHDB_SERVER | GraphDBのURL（GraphDBを利用しない場合は設定不要） |
TogoDBアプリケーションのセットアップは以下の手順で行います。
- ソースコードの取得
- 必要なライブラリ（gem）のインストール
- 設定ファイル（.envファイル）の編集
- データベースのセットアップ
- TogoDBのセットアップ
- アセットファイルの作成（production環境の場合のみ、development環境では不要）
コマンドラインで以下のように実行します。
$ git clone https://github.com/dbcls/togodb.git
$ cd togodb
$ bundle install --path vendor/bundle
$ cp .env-sample .env
$ .envファイルの内容を環境に合わせて編集
$ bundle exec rails db:setup
$ bundle exec rails togodb:setup
$ bundle exec rails assets:precompile （development環境では不要）
TogoDBにローカル・アカウントでログインするためには、ローカル・アカウントを作成する必要があります。
ローカル・アカウントの作成は、以下のコマンドを実行します。
$ bundle exec rails c
irb(main):001:0> TogodbUser.regist('ユーザ名', 'パスワード')
TogoDBが動作するにはResque worker（バックグラウンド・ジョブを実行する）と、Railsサーバが起動している必要があります。
以下のコマンドで起動します。
Resque workerの起動
$ bundle exec ruby .local/bin/resque-worker.rb start
Railsサーバの起動
$ bundle exec rails s -b 0.0.0.0
サーバの起動後、Webブラウザで http://<サーバ名>:3000/ にアクセスするとTogoDBのトップ画面が表示されます。