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EGFR.bngl
executable file
·77 lines (59 loc) · 2.33 KB
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EGFR.bngl
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begin model
begin parameters
NA 6.02e23 # Avogadro’s number (molecues/mol)
f 1 # Fraction of the cell to simulate
Vo f*1.0e-10 # Extracellular volume=1/cell_density (L)
EGFR_tot 116
EGF_tot 50
kp0 0.01
km0 0.99
kp1 9.0e7/(NA*Vo) # ligand-monomer binding
km1 0.0 # ligand-monomer dissociation
kp2 0.00542 # 0:2 dimer on
km2 1.24 # 0:2 dimer off
kp3 0.00291 # 1:2 dimer on
km3 0.738 # 1:2 dimer off
kp4 0.00845 # 2:2 dimer on
km4 0.273 # 2:2 dimer off
kp5 0.0733 #dimer phosphorylation
km5 0.13 #dimer dephosphorylation
kp6 0.0733
km6 0.13
km7 0.13
end parameters
begin molecule types
EGFR(ecto~t~e,L,Y1068~U~P)
EGF(R)
end molecule types
begin seed species
EGFR(ecto~t,L,Y1068~U) EGFR_tot
EGF(R!1).EGFR(ecto~e,L!1,Y1068~U) EGF_tot
end seed species
begin reaction rules
# conformation change of EGFR
EGFR(ecto~t,Y1068~U) -> EGFR(ecto~e,Y1068~U) kp0
EGFR(ecto~e,L,Y1068~U) -> EGFR(ecto~t,L,Y1068~U) km0
# Ligand binding and unbinding
# EGFR(L) + EGF(R) <-> EGFR(L!1).EGF(R!1) kp1, km1
# dimerazation of EGFR
EGFR(ecto~e,L) + EGFR(ecto~e,L) <-> EGFR(ecto~e!1,L).EGFR(ecto~e!1,L) kp2, km2
EGF(R!1).EGFR(ecto~e,L!1) + EGFR(ecto~e,L) <-> EGF(R!1).EGFR(ecto~e!2,L!1).EGFR(ecto~e!2,L) kp3, km3
EGF(R!1).EGFR(ecto~e,L!1) + EGF(R!2).EGFR(ecto~e,L!2) <-> EGF(R!1).EGFR(ecto~e!3,L!1).EGF(R!2).EGFR(ecto~e!3,L!2) kp4, km4
# Phosphorylation and dephosphorylation
EGFR(ecto~e!1,Y1068~U).EGFR(ecto~e!1,Y1068~U) <-> EGFR(ecto~e!1,Y1068~P).EGFR(ecto~e!1,Y1068~U) kp5, km5
EGFR(ecto~e!1,Y1068~P).EGFR(ecto~e!1,Y1068~U) -> EGFR(ecto~e!1,Y1068~P).EGFR(ecto~e!1,Y1068~P) kp6
EGFR(ecto~e!1,Y1068~P).EGFR(ecto~e!1,Y1068~P) -> EGFR(ecto~e!1,Y1068~U).EGFR(ecto~e!1,Y1068~U) km6
EGFR(ecto~e,Y1068~P) -> EGFR(ecto~e,Y1068~U) km7
# Phosphorylated dimeraztion
# EGFR(ecto~e,Y1068~P) + EGFR(ecto~e,Y1068~U) <-> EGFR(ecto~e!1,Y1068~P).EGFR(ecto~e!1,Y1068~U) kp8, km8
# EGFR(ecto~e,Y1068~P) + EGFR(ecto~e,Y1068~P) <-> EGFR(ecto~e!1,Y1068~P).EGFR(ecto~e!1,Y1068~P) kp9, km9
end reaction rules
begin observables
Molecules RR EGFR(ecto~e!1,Y1068~U).EGFR(ecto~e!1,Y1068~U)
Molecules RRP EGFR(ecto~e!1,Y1068~U).EGFR(ecto~e!1,Y1068~P)
Molecules RPRP EGFR(ecto~e!1,Y1068~P).EGFR(ecto~e!1,Y1068~P)
Molecules EGFR_total EGFR()
end observables
end model
#actions
generate_network({overwrite=>1})