From b990cf675942177dfe08fc610145aa54ab114174 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Thu, 22 Jun 2023 14:24:54 -0400 Subject: [PATCH 01/46] testthat folder --- DESCRIPTION | 2 + README.Rmd | 1 - README.md | 1 - tests/testthat.R | 4 + tests/testthat/example.vcf | 866 +++++++++++++++++++++++++++++++++ tests/testthat/test-read_vcf.R | 4 + 6 files changed, 876 insertions(+), 2 deletions(-) create mode 100644 tests/testthat/example.vcf create mode 100644 tests/testthat/test-read_vcf.R diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 2b9108f..3e0a1cc 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -23,3 +23,5 @@ Imports: tictoc Depends: R (>= 2.10) +Suggests: testthat (>= 3.1.9) +Config/testthat/edition: 3 diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd index 26967e8..d0debd2 100644 --- a/README.Rmd +++ b/README.Rmd @@ -30,7 +30,6 @@ You can install the development version of balselr from [GitHub](https://github. library(devtools) devtools::install_github("bitarellolab/balselr") library(balselr) -library(load_all) ``` diff --git a/README.md b/README.md index b12bac2..1a3a837 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -21,7 +21,6 @@ You can install the development version of balselr from library(devtools) devtools::install_github("bitarellolab/balselr") library(balselr) -library(load_all) ``` ## Example diff --git a/tests/testthat.R b/tests/testthat.R index 29ea3ab..31becf3 100644 --- a/tests/testthat.R +++ b/tests/testthat.R @@ -6,6 +6,10 @@ # * https://r-pkgs.org/tests.html # * https://testthat.r-lib.org/reference/test_package.html#special-files +<<<<<<< Updated upstream +======= + +>>>>>>> Stashed changes library(testthat) library(balselr) diff --git a/tests/testthat/example.vcf b/tests/testthat/example.vcf new file mode 100644 index 0000000..bb5ef35 --- /dev/null +++ b/tests/testthat/example.vcf @@ -0,0 +1,866 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20220623 +##source=SLiM +##slimGenomePedigreeIDs=153407414,153407415,153407908,153407909,153408584,153408585,153408692,153408693,153409406,153409407,153407734,153407735,153407786,153407787,153407366,153407367,153407378,153407379,153407372,153407373,153409210,153409211,153409212,153409213,153408750,153408751,153407938,153407939,153409200,153409201,153407664,153407665,153408730,153408731,153408226,153408227,153409254,153409255,153407812,153407813,153407722,153407723,153407452,153407453,153409292,153409293,153408230,153408231,153409240,153409241,153407978,153407979,153408926,153408927,153408708,153408709,153407498,153407499,153407504,153407505,153408258,153408259,153408938,153408939,153407250,153407251,153408322,153408323,153407876,153407877,153407330,153407331,153409080,153409081,153407816,153407817,153407570,153407571,153408520,153408521,153408474,153408475,153407528,153407529,153408888,153408889,153408666,153408667,153408178,153408179,153409110,153409111,153408842,153408843,153407370,153407371,153407312,153407313,153409294,153409295,153409116,153409117,153407968,153407969,153409068,153409069,153408284,153408285,153407300,153407301,153407890,153407891,153408128,153408129,153409140,153409141,153407724,153407725,153408426,153408427,153408802,153408803,153407718,153407719,153409350,153409351,153409334,153409335,153407732,153407733,153409318,153409319,153408646,153408647,153408234,153408235,153409042,153409043,153408044,153408045,153408968,153408969,153409402,153409403,153408216,153408217,153407804,153407805,153408376,153408377,153408416,153408417,153408868,153408869,153408430,153408431,153409372,153409373,153408124,153408125,153407406,153407407,153408790,153408791,153409128,153409129,153408300,153408301,153408250,153408251,153408600,153408601,153409344,153409345,153408362,153408363,153408460,153408461,153409422,153409423,153409024,153409025,153408676,153408677,153409108,153409109,153409438,153409439,153408148,153408149,153409310,153409311,153407462,153407463,153409392,153409393,153409034,153409035,153408166,153408167,153407768,153407769,153408462,153408463,153407694,153407695,153408394,153408395,153408168,153408169,153407326,153407327,153408254,153408255,153407226,153407227,153410570,153410571,153412562,153412563,153411340,153411341,153411386,153411387,153412420,153412421,153411864,153411865,153412526,153412527,153412354,153412355,153412712,153412713,153412866,153412867,153409658,153409659 +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##FORMAT= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT i0 i1 i2 i3 i4 i5 i6 i7 i8 i9 i10 i11 i12 i13 i14 i15 i16 i17 i18 i19 i20 i21 i22 i23 i24 i25 i26 i27 i28 i29 i30 i31 i32 i33 i34 i35 i36 i37 i38 i39 i40 i41 i42 i43 i44 i45 i46 i47 i48 i49 i50 i51 i52 i53 i54 i55 i56 i57 i58 i59 i60 i61 i62 i63 i64 i65 i66 i67 i68 i69 i70 i71 i72 i73 i74 i75 i76 i77 i78 i79 i80 i81 i82 i83 i84 i85 i86 i87 i88 i89 i90 i91 i92 i93 i94 i95 i96 i97 i98 i99 i100 i101 i102 i103 i104 i105 i106 i107 i108 i109 i110 i111 i112 i113 i114 i115 i116 i117 i118 +1 92 . A C 1000 PASS MID=895353;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=11051;MT=1;AC=216;DP=1000;AA=A GT 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 +1 177 . C A 1000 PASS MID=945433;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=12425;MT=1;AC=216;DP=1000;AA=C GT 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 +1 283 . T C 1000 PASS MID=235854;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=3300;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=T GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 +1 289 . C G 1000 PASS MID=1126761;S=0;DOM=0.5;PO=2;GO=17442;MT=1;AC=20;DP=1000;AA=C GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 0|0 +1 327 . G T 1000 PASS MID=1283060;S=0;DOM=0.5;PO=2;GO=21752;MT=1;AC=8;DP=1000;AA=G GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|1 0|1 1|1 0|0 0|0 1|1 1|0 0|0 0|0 0|0 +1 331 . T C 1000 PASS MID=551539;S=0;DOM=0.5;PO=1;GO=7229;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=T GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 +1 332 . C A 1000 PASS MID=917430;S=0;DOM=0.5;PO=1;GO=11659;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=C GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 +1 368 . A G 1000 PASS MID=1285941;S=0;DOM=0.5;PO=2;GO=21830;MT=1;AC=4;DP=1000;AA=A GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 +1 382 . 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C T 1000 PASS MID=844546;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=10311;MT=1;AC=20;DP=1000;AA=C GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 0|0 +1 674 . 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G A 1000 PASS MID=1342277;S=0;DOM=0.5;PO=2;GO=23182;MT=1;AC=6;DP=1000;AA=G GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 1|0 0|0 1|0 1|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 +1 2450 . 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G C 1000 PASS MID=1299749;S=0;DOM=0.5;PO=2;GO=22183;MT=1;AC=10;DP=1000;AA=G GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 1|1 1|0 0|0 1|0 1|0 1|1 0|1 0|0 +1 14439 . 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C G 1000 PASS MID=140905;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=1978;MT=1;AC=236;DP=1000;AA=C GT 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 1|1 0|0 +1 29727 . G T 1000 PASS MID=341343;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=4778;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=G GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 +1 29734 . A T 1000 PASS MID=1335051;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=23012;MT=1;AC=53;DP=1000;AA=A GT 0|0 0|1 0|0 0|0 1|1 0|0 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 1|0 0|0 1|0 0|0 0|1 0|0 1|0 0|0 0|1 1|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|1 1|1 0|1 0|0 1|1 0|0 0|1 0|0 1|0 1|0 0|1 0|1 0|0 0|0 0|1 1|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|1 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 1|1 0|0 0|0 0|1 1|1 0|1 1|0 0|0 0|1 1|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 0|1 1|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 +1 29761 . T C 1000 PASS MID=836084;S=0;DOM=0.5;PO=1;GO=10221;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=T GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 +1 29795 . A T 1000 PASS MID=1376811;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=23886;MT=1;AC=1;DP=1000;AA=A GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 +1 29915 . C A 1000 PASS MID=741044;S=0;DOM=0.5;PO=1;GO=9225;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=C GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|1 +1 29992 . G T 1000 PASS MID=1371340;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=23788;MT=1;AC=11;DP=1000;AA=G GT 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|1 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|1 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 diff --git a/tests/testthat/test-read_vcf.R b/tests/testthat/test-read_vcf.R new file mode 100644 index 0000000..dfc6135 --- /dev/null +++ b/tests/testthat/test-read_vcf.R @@ -0,0 +1,4 @@ +testthat::test_that("output is a data table", { + readinvcf <- read_vcf(x="example.vcf", only.bi = TRUE) + expect_s3_class(readinvcf, "data.table") +}) From fcd3fcbabc6674651cb87678d61f70d3141e2264 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Fri, 23 Jun 2023 13:28:45 -0400 Subject: [PATCH 02/46] testing work --- R/global_variables.R | 1 + R/hello.R | 1 + R/parse_vcf.R | 31 +++++++++++++++++++++++++------ tests/testthat.R | 4 ---- tests/testthat/test-parse_vcf.R | 0 tests/testthat/test-read_vcf.R | 12 ++++++++++++ 6 files changed, 39 insertions(+), 10 deletions(-) create mode 100644 R/global_variables.R create mode 100644 tests/testthat/test-parse_vcf.R diff --git a/R/global_variables.R b/R/global_variables.R new file mode 100644 index 0000000..92fffdf --- /dev/null +++ b/R/global_variables.R @@ -0,0 +1 @@ +utils::globalVariables(c("all_of", "across", "Mid", "temp2", "CenMaf", "MidMaf", "Method", "temp4", "IS", ".", "FDs" )) diff --git a/R/hello.R b/R/hello.R index aad5c3b..a03560f 100644 --- a/R/hello.R +++ b/R/hello.R @@ -16,3 +16,4 @@ hello <- function() { print("Hello, world!") } + diff --git a/R/parse_vcf.R b/R/parse_vcf.R index 91126e6..34b4721 100644 --- a/R/parse_vcf.R +++ b/R/parse_vcf.R @@ -22,9 +22,9 @@ parse_vcf <- function(infile = "*.vcf", outfile = NULL, - n0=108, - n1=NULL, - type = "ncd2", + n0= NULL, + n1= NULL, + type = NULL, fold = T, intern = T, verbose = T) { @@ -32,9 +32,28 @@ parse_vcf <- assertthat::assert_that(file.exists(infile), msg = glue::glue("VCF file {infile} does not exist.\n") ) - type <- tolower(type) - # Index No. of the individual to use as ``ancestral'' sequence - if (fold == F & type == "ncd2") { + assertthat::assert_that(is.numeric(n0) + ) + format_type <- function(type) { + incorrect_types_ncd1 <- c("ncd1", "ned1", "ncd_1", "ned_1") + incorrect_types_ncd2 <- c("ncd2", "ned2", "ncd_2", "ned_2") + + type <- tolower(type) + if (type %in% incorrect_types_ncd1) { + type <- "ncd1" + } else if (type %in% incorrect_types_ncd2) { + type <- "ncd2" + } + + return(type) + + } + if (is.null(type)) { + print("You must choose either 'ncd1' or 'ncd2'") + return(NULL) + } + # Index No. of the individual to use as ``ancestral'' sequence + if (fold == F & type == "ncd2") { outseq <- (index.col) + (sum(nind) - 1) if (verbose == T) { cat( diff --git a/tests/testthat.R b/tests/testthat.R index 31becf3..29ea3ab 100644 --- a/tests/testthat.R +++ b/tests/testthat.R @@ -6,10 +6,6 @@ # * https://r-pkgs.org/tests.html # * https://testthat.r-lib.org/reference/test_package.html#special-files -<<<<<<< Updated upstream -======= - ->>>>>>> Stashed changes library(testthat) library(balselr) diff --git a/tests/testthat/test-parse_vcf.R b/tests/testthat/test-parse_vcf.R new file mode 100644 index 0000000..e69de29 diff --git a/tests/testthat/test-read_vcf.R b/tests/testthat/test-read_vcf.R index dfc6135..b2e6673 100644 --- a/tests/testthat/test-read_vcf.R +++ b/tests/testthat/test-read_vcf.R @@ -2,3 +2,15 @@ testthat::test_that("output is a data table", { readinvcf <- read_vcf(x="example.vcf", only.bi = TRUE) expect_s3_class(readinvcf, "data.table") }) + +testthat::test_that("read_vcf correctly renames column", { + result <- read_vcf(x="example.vcf", only.bi = TRUE) + expect_true("CHR" %in% colnames(result)) +}) + +test_that("read_vcf correctly filters data with only.bi parameter", { + result_bi <- read_vcf(x="example.vcf", only.bi = TRUE) + result_all <- read_vcf(x="example.vcf", only.bi = FALSE) + expect_true(nrow(result_bi) <= nrow(result_all)) +}) + From b7a50cd737eb63056e2951ff56a18aa62f2c7a3d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Tue, 27 Jun 2023 17:18:46 -0400 Subject: [PATCH 03/46] Update ncd1.R --- R/ncd1.R | 14 +++++--------- 1 file changed, 5 insertions(+), 9 deletions(-) diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 51752fd..0c3d367 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -4,10 +4,7 @@ #' @param tf Target frequency #' @param fold Logical. If TRUE, NCD1 will use minor allele frequencies. #' @param w Window size in bp. Default is 1000 -#' @param by.snp Logical. If TRUE, windows are defined around each SNP -#' in the input data. Else, slidding windows in the range first pos:last pos -#' will be used. -#' @param mid Logical. If TRUE runs NCD centered on a core SNP frequency instead of a pre-defined tf. Requires targetpos. +#' @param mid "sliding" windows in the range first pos:last pos. "mid" runs NCD centered on a core SNP frequency instead of a pre-defined tf. Requires targetpos. #' @param ncores Number of cores. Increasing this can spead things up for you. #' Default is 4. #'@param selectwin Select window. "val" returns the window with the lowest test. "maf" returns the window @@ -29,8 +26,7 @@ ncd1 <- function(x = x, tf = 0.5, fold = T, w = 3000, - by.snp = TRUE, - mid = FALSE, + mode = "sliding", ncores = 2, selectwin = "val", targetpos = NULL, @@ -47,13 +43,13 @@ ncd1 <- function(x = x, tictoc::tic("Total runtime") assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one chromosome at a time\n") - if (mid == TRUE) { + if (mode == "mid") { assertthat::assert_that(is.null(targetpos) == FALSE, msg = "NCD_mid requires a targetpos") assertthat::assert_that(selectwin == "mid", msg = "If mid=T, selectwin must be=='mid'.") } if (selectwin == "mid") { - assertthat::assert_that(mid == TRUE, msg = "If selectwin=='mid', mid must be TRUE.") - assertthat::assert_that(mid == TRUE, msg = "NCD_mid requires a targetpos.") + assertthat::assert_that(mode=="mid", msg = "If selectwin=='mid',mode must be 'mid'.") + assertthat::assert_that(mode=="mid", msg = "NCD_mid requires a targetpos.") } x[, AF := tx_1 / tn_1] From 30a8aeed873eff97099ef54e612ff29595f3a2e3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Wed, 28 Jun 2023 10:24:23 -0400 Subject: [PATCH 04/46] testing 123 --- DESCRIPTION | 4 +++- R/parse_vcf.R | 4 ++-- man/parse_vcf.Rd | 4 +++- tests/testthat/test-parse_vcf.R | 20 ++++++++++++++++++++ 4 files changed, 28 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 3e0a1cc..8c1b67f 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -23,5 +23,7 @@ Imports: tictoc Depends: R (>= 2.10) -Suggests: testthat (>= 3.1.9) +Suggests: + testthat (>= 3.1.9), + withr Config/testthat/edition: 3 diff --git a/R/parse_vcf.R b/R/parse_vcf.R index 34b4721..e10fb5d 100644 --- a/R/parse_vcf.R +++ b/R/parse_vcf.R @@ -4,7 +4,7 @@ #' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided, #' this will be a timestamp + infile in the current directory. #' @param n0 Number of individuals in pop0 -#' @param n0 Number of individuals in pop1 +#' @param n1 Number of individuals in pop1 #' @param type Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2. #' @param fold Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. #' If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE. @@ -49,7 +49,7 @@ parse_vcf <- } if (is.null(type)) { - print("You must choose either 'ncd1' or 'ncd2'") + stop("You must choose either 'ncd1' or 'ncd2'") return(NULL) } # Index No. of the individual to use as ``ancestral'' sequence diff --git a/man/parse_vcf.Rd b/man/parse_vcf.Rd index 0026dc9..1d26e94 100644 --- a/man/parse_vcf.Rd +++ b/man/parse_vcf.Rd @@ -21,7 +21,9 @@ parse_vcf( \item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided, this will be a timestamp + infile in the current directory.} -\item{n0}{Number of individuals in pop1} +\item{n0}{Number of individuals in pop0} + +\item{n1}{Number of individuals in pop1} \item{type}{Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2.} diff --git a/tests/testthat/test-parse_vcf.R b/tests/testthat/test-parse_vcf.R index e69de29..06570d9 100644 --- a/tests/testthat/test-parse_vcf.R +++ b/tests/testthat/test-parse_vcf.R @@ -0,0 +1,20 @@ +test_that("Test error is thrown when file doesn't exist", { + expect_error(parse_vcf(infile = "filethatdoesnotexist.vcf", n0 = 108, n1 = 1, type = "ncd2"), + "VCF file filethatdoesnotexist.vcf does not exist.") +}) + +test_that("Test error is thrown when type is not specified", { + expect_error(parse_vcf(infile = "example.vcf", n0 = 108, n1 = 1), + "You must choose either 'ncd1' or 'ncd2'") +}) + +test_that("Test error is thrown when n1 is NULL for ncd2 type", { + expect_error(parse_vcf(infile = "example.vcf", n0 = 108, type = "ncd2"), + "n1 cannot be NULL. NCD2 requires an outgroup.") +}) + +test_that("Test error is thrown when fold is F for ncd1 type", { + expect_error(parse_vcf(infile = "example.vcf", n0 = 108, n1 = 1, type = "ncd1", fold = F), + "Only the folded option is available when Ancestral/Derived states are unknown.") +}) + From 4c007d2605cd1ee0aaac3aea3a5e606c66600eb1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Sun, 2 Jul 2023 21:12:19 -0400 Subject: [PATCH 05/46] simplify ncd1 --- Notes_for_dev.Rmd | 37 + R/count_alleles.R | 24 +- R/ncd1.R | 163 +-- R/parse_vcf.R | 179 ++- R/parse_vcf_old.R | 184 +++ R/read_vcf.R | 2 +- R/split_geno.R | 18 +- R/vcf_ncd1.R | 45 +- README.Rmd | 4 +- README.md | 7 +- example_parse_ncd1.out | 839 +++++++++++++ inst/example_parse_ncd1.out | 839 +++++++++++++ inst/example_parse_ncd1.out_ncd1.out | 1676 +++++++++++++------------- man/dot-count_alleles.Rd | 12 +- man/dot-split_geno.Rd | 7 +- man/dot-vcf_ncd1.Rd | 14 +- man/dot-vcf_ncd2.Rd | 2 +- man/ncd1.Rd | 36 +- man/parse_vcf.Rd | 27 +- man/parse_vcf_old.Rd | 46 + man/read_vcf.Rd | 2 +- 21 files changed, 2955 insertions(+), 1208 deletions(-) create mode 100644 Notes_for_dev.Rmd create mode 100644 R/parse_vcf_old.R create mode 100644 example_parse_ncd1.out create mode 100644 inst/example_parse_ncd1.out create mode 100644 man/parse_vcf_old.Rd diff --git a/Notes_for_dev.Rmd b/Notes_for_dev.Rmd new file mode 100644 index 0000000..3aba733 --- /dev/null +++ b/Notes_for_dev.Rmd @@ -0,0 +1,37 @@ +--- +title: "Notes" +output: html_document +date: "2023-07-02" +--- + +```{r setup, include=FALSE} +knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) +``` + +## read.vcf() + +```{r, echo=T, eval=F} +my_vcf<-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) +#to do: +#1. add option to only keep certain individuals with a parameter "id.range" where c(x, y), x is first individual in the range and y is last individual in the range.(e.g. first individual column in the VCF is 1, second is 2, and so on.). If the length of the vector is >2, this will be interpreted as a vector of ID positions to keep. +#2. include possibility for user to only keep certain positions with a parameter "pos.range" where c(x, y), x is beginning position and y is end position of range. +#3. instead of simply creating a data.tbale, creates a list with first element the data.table. Other elements: IDs: holds the ID names, Geno: holds the genotypes, var_ids: holds variant IDs. (low priority) +``` + +## parse.vcf() + +```{r, echo=T, eval=F} + +my_parsed_vcf<-parse_vcf(infile="inst/example.vcf", n0=108, type="ncd1") +#CHANGES: +#1. removed most parameters +# added: assertthat::assert_that(ncd_type %in% c("ncd1", "ncd2"), msg="ncd_type must be either ncd1 or ncd2.\n") +#2. fixed many details in count_alleles and split_geno +#To do: +#2. include possibility for "infile" to be a vcf object read in with read.vcf. Might require creating a function that assesses whether an R object has the characteristics of a vcf file. +#a copy of "my_parsed_vcf" is included as an example file in the package and is called ncd1_input + +``` + + + diff --git a/R/count_alleles.R b/R/count_alleles.R index ee66be5..23b36f3 100644 --- a/R/count_alleles.R +++ b/R/count_alleles.R @@ -1,17 +1,19 @@ #' Count derived or ancestral alleles for a given vcf position -#' @param x A vector containing 0s and 1s corresponding to allele states -#' @param der Return derived. Logical. If TRUE, returns the counts of -#' derived (alternate) -#' alleles. If FALSE, returns ancestral (ref) counts +#' @param x A vector containing 0s and 1s corresponding to allele states. 0/0: homozygous reference; 0/1: heterozygous; 1/1: homozygous alternate + #' @param split Pattern to look for. Inherited from stringr::str_split -#' @param index 1 or 2 or c(1,2). Which alleles to consider. -#' @examples data.table::data.table(col1="1|1", col2="1|0", col3="0|0") %>% + +#' @examples data.table::data.table(col1="1|1", col2="0|0", col3="0|0") %>% #' dplyr::summarise(across(col1:col3, .count_alleles)) -.count_alleles<-function(x, split="|",index=c(1,2), der = F){ - x<-.split_geno(x = x, split = split, index = index) - if(der == T){sum(x, na.rm=T)}else if (der == F){sum(!is.na(x))-sum(x, na.rm=T)} +.count_alleles<-function(x, split="|"){ + x<-.split_geno(x = x, split = split) + #if(der == T){sum(x, na.rm=T)}else if (der == F){sum(!is.na(x))-sum(x, na.rm=T)} + #sum(!is.na(x))-sum(x, na.rm=T) + ref<-sum(x==0, na.rm=T) #number of ref alleles + alt<-sum(x==1, na.rm=T) #number of alt alleles + } -.count_nonmissing<-function(x, split="|",index=c(1,2)){ - x<-.split_geno(x = x, split = split, index = index) +.count_nonmissing<-function(x, split="|"){ + x<-.split_geno(x = x, split = split) sum(!is.na(x)) } diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 0c3d367..6c8970c 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -2,60 +2,37 @@ #' #' @param x A data.table object #' @param tf Target frequency -#' @param fold Logical. If TRUE, NCD1 will use minor allele frequencies. + #' @param w Window size in bp. Default is 1000 -#' @param mid "sliding" windows in the range first pos:last pos. "mid" runs NCD centered on a core SNP frequency instead of a pre-defined tf. Requires targetpos. + #' @param ncores Number of cores. Increasing this can spead things up for you. #' Default is 4. -#'@param selectwin Select window. "val" returns the window with the lowest test. "maf" returns the window -#' which has the lowest difference between its central MAF and the tf."mid" returns the window -#' centered closest on a value provided by the user under targetpos."all" returns all windows (idea for when the user wants to select windows after scanning a genome) -#' @param targetpos Position of the target SNP. Only needed for mid==T + + #' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with #' less informative sites than this threshold are discarded. -#' @param label An optional label to include as the last column of the output. Defaults to value in selectwin. -#' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -#' function runs. + #' @return A data.table object #' @export #' -#' @examples ncd1(x=ncd1_input, selectwin="mid", targetpos=15000, mid=TRUE) +#' @examples ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) #' @import data.table #' @importFrom data.table ":=" ncd1 <- function(x = x, tf = 0.5, - fold = T, w = 3000, - mode = "sliding", ncores = 2, - selectwin = "val", - targetpos = NULL, - minIS = 2, - label = NULL, - verbose = T) { - Win.ID <- - SegSites <- - POS <- V1 <- temp <- NCD1 <- CHR <- AF <- NULL - tx_1 <- - tn_1 <- - AF2 <- - tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL + minIS = 2) { + Win.ID <-SegSites <-POS <- V1 <- temp <- NCD1 <- CHR <- AF <- NULL + tx_1 <-tn_1 <-AF2 <-tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL tictoc::tic("Total runtime") assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one chromosome at a time\n") - if (mode == "mid") { - assertthat::assert_that(is.null(targetpos) == FALSE, msg = "NCD_mid requires a targetpos") - assertthat::assert_that(selectwin == "mid", msg = "If mid=T, selectwin must be=='mid'.") - } - if (selectwin == "mid") { - assertthat::assert_that(mode=="mid", msg = "If selectwin=='mid',mode must be 'mid'.") - assertthat::assert_that(mode=="mid", msg = "NCD_mid requires a targetpos.") - } x[, AF := tx_1 / tn_1] x[, ID := seq_along(CHR)] w1 <- w / 2 - polpos <- x[AF != 1 & AF != 0]$ID + polpos <- x[AF != 1 & AF != 0]$ID #must be polymorphic x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] x <- x[SNP == T] x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] @@ -66,125 +43,47 @@ ncd1 <- function(x = x, }, mc.cores = ncores) - mylist <- + mylist2 <- do.call(rbind, parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y) mylist[[y]][, Mid := x$POS[y]][, Win.ID := y], mc.cores = ncores)) - mylist <- data.table::setDT(mylist) + mylist2 <- data.table::setDT(mylist2) # } - if (mid == TRUE) { - mylist[, temp := abs(Mid - targetpos), by = Win.ID] - mylist <- mylist[temp == min(temp)] - mylist[, temp := NULL] - mylist[, tf := round(mylist[POS == Mid]$MAF[1], 2)] - - res <- - mylist[POS != Mid][, .(SegSites = sum(SNP), - IS = sum(SNP)), - by = Win.ID] - res[, tf := round(mylist[1, tf], 2)] - res1 <- dplyr::bind_cols(( - mylist %>% - dplyr::summarise( - MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - Mid = Mid[1], - Win.ID = Win.ID[1] - ) - ), - (mylist[POS != Mid] %>% dplyr::summarise(CenMaf = max( - abs(MAF - tf) - )))) %>% as.data.table #target SNP excluded - res2 <- merge(res, res1) - res3 <- - mylist %>% dplyr::filter(SNP == T) %>% - dplyr::filter(POS != Mid) %>% #exclude target SNP - dplyr::summarise(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2), Win.ID = Win.ID[1]) %>% - as.data.table - } else{ - mylist[, tf := tf] + mylist2[, tf := tf] res <- - mylist[, .(SegSites = sum(SNP), + mylist2[, .(SegSites = sum(SNP), IS = sum(SNP)), by = Win.ID] res[, tf := tf] - res1 <- mylist %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::summarise( + res1 <- mylist2 %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% + dplyr::reframe( MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - Mid = Mid[1], - CenMaf = max(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% - dplyr::ungroup() %>% - as.data.table + Mid.SNP = Mid[1]) %>% + # TopMaf = which(min(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% + #dplyr::ungroup() %>% + as.data.table %>% + unique() #one row per window res2 <- merge(res, res1) res3 <- - mylist %>% dplyr::filter(SNP == T) %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::summarise(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% dplyr::ungroup() %>% + mylist2 %>% + dplyr::filter(SNP == T) %>% + #dplyr::filter(IS>=minIS) %>% + dplyr::group_by(Win.ID) %>% + dplyr::reframe(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% + as.data.table - } + # } - res4 <- merge(res2, res3) %>% as.data.table + res4 <- merge(res2, res3) %>% + dplyr::filter(IS>=minIS) %>% + as.data.table res4 <- res4 %>% dplyr::ungroup() %>% as.data.table res4[, NCD1 := sqrt(temp2 / IS), by = Win.ID] res4[, temp2 := NULL] - - if (is.null(minIS) == "FALSE") { - res4 <- res4[IS >= minIS] - } - if (selectwin == "val") { - res4 <- - res4[which.min(res4$NCD1), ][, .(Win.ID, - SegSites, - IS, - CenMaf, - Mid, - MidMaf, - NCD1, - tf)] - } else if (selectwin == "maf") { - res4 <- - res4[which.min(res4$CenMaf), ][, .(Win.ID, - SegSites, - IS, - CenMaf, - Mid, - MidMaf, - NCD1, - tf)] - } else if (selectwin == "mid") { - res4 <- res4[which.min(res4$NCD1)][, .(Win.ID, - SegSites, - IS, - CenMaf, - Mid, - MidMaf, - NCD1, - tf)] - } else{ - res4 <- res4[, .(Win.ID, - SegSites, - IS, - CenMaf, - Mid, - MidMaf, - NCD1, - tf)] - } - - setnames(res4, - "NCD1", - ifelse(mid == TRUE, "NCD1_mid", glue::glue("NCD1_{tf}"))) - - if (is.null(label) == F) { - res4 <- res4[, Method := label] - } else{ - res4<-res4[, Method := paste(selectwin)] - } - if (verbose == T) { - tictoc::toc() - } print(res4) } diff --git a/R/parse_vcf.R b/R/parse_vcf.R index 91126e6..9904d43 100644 --- a/R/parse_vcf.R +++ b/R/parse_vcf.R @@ -4,122 +4,89 @@ #' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided, #' this will be a timestamp + infile in the current directory. #' @param n0 Number of individuals in pop0 -#' @param n0 Number of individuals in pop1 +#' @param n1 Number of individuals in pop1 #' @param type Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2. -#' @param fold Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. -#' If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE. -#' @param intern Logical. If TRUE, output is kept in R in addition to being written -#' in output file. If FALSE, output is written to file only. Default is TRUE. -#' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -#' function runs. #' #' @return Returns a data table object. #' @export #' -#' @examples parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") -#'parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out") +#' @examples parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") -parse_vcf <- - function(infile = "*.vcf", - outfile = NULL, - n0=108, - n1=NULL, - type = "ncd2", - fold = T, - intern = T, - verbose = T) { - tictoc::tic("Total runtime") - assertthat::assert_that(file.exists(infile), - msg = glue::glue("VCF file {infile} does not exist.\n") - ) - type <- tolower(type) - # Index No. of the individual to use as ``ancestral'' sequence - if (fold == F & type == "ncd2") { - outseq <- (index.col) + (sum(nind) - 1) - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "You asked for the unfolded version. You need a third species. I will use column {outseq} for this." - ), - "\n" - ) - } - }else if (type == "ncd2"){ - assertthat::assert_that(is.null(n1)==FALSE, msg="n1 cannot be NULL. NCD2 requires an outgroup.") - } - else if (type == "ncd1") { - assertthat::assert_that(fold == T, msg = "Only the folded option is available when Ancestral/Derived states are unknown.\n") - } - # - if (is.null(outfile)) { - outfile = outfile_path(glue::glue("{infile}")) - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "No outfile provided. Will write this into tmp file {outfile}_{type}.out" - ), - "\n" - ) - } - }else{ - outfile <- glue::glue("{outfile}_{type}.out") - } - nind<-c(n0,n1) - pref <- gsub(".vcf", "", infile) - inp <- read_vcf(x = infile, only.bi = T) +parse_vcf <- function(infile = "*.vcf", + outfile = NULL, + n0 = 108, + n1 = NULL, + type = "ncd1") { + # tictoc::tic("Total runtime") + assertthat::assert_that(file.exists(infile), msg = glue::glue("VCF file {infile} does not exist.\n")) + type <- tolower(type) + assertthat::assert_that(type %in% c("ncd1", "ncd2"), msg="ncd_type must be either ncd1 or ncd2.\n") + if(type=="ncd2"){ + assertthat::assert_that(is.null(n1) == FALSE, msg = "n1 cannot be 'NULL'. NCD2 requires an outgroup.") + } + local.path=getwd() + if (!(is.null(outfile))) { + pat=stringr::str_split(infile, pattern="/", simplify=T)[length(stringr::str_split(infile, pattern="/", simplify=T))] + #outfile = outfile_path(glue::glue("{local.path}/{pat}_{type}.out")) + #if (verbose == T) { + #cat(glue::glue("No outfile provided. Will write this into tmp file {outfile}_{type}.out"),"\n") + #} + #} else{ + outfile <- glue::glue("{local.path}/{outfile}") + } + #} + #}else{ + # cat(glue::glue("No outfile provided. + #} + pref <- gsub(".vcf", "", infile) + inp <- read_vcf(x = infile, only.bi = T) - index.col <- which(colnames(inp) == "FORMAT") + 1 - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "First genotype column is {index.col}" - ), "\n" - ) - } - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue("Creating input file for {type} from {infile}..."), - "\n" - ) - } + index.col <- which(colnames(inp) == "FORMAT") + 1 + # if (verbose == T) { + #cat(glue::glue("First genotype column is {index.col}"),"\n") + #} + #if (verbose == T) { + # cat(glue::glue("Creating input file for {type} from {infile}..."),"\n") + #} + # + if (type == "ncd2") { + res <- + .vcf_ncd2( + x = inp, + outfile = outfile, + nind = nind, + index.col = index.col, + fold = fold + #verbose = verbose + ) + } else if (type == "ncd1") { + res <- + .vcf_ncd1( + x = inp, + outfile = outfile, + nind = nind, + index.col = index.col + #verbose = verbose + ) + } + # if (verbose == T) { + # cat( + # glue::glue( + # "Finished making input file for {type}. File written to: {outfile}" + # ), + # "\n" + # ) + # tictoc::toc() + # } else { + # cat(glue::glue("File written to: {local.path}/{outfile}"), "\n") + # } - # - if (type == "ncd2") { - res <- - .vcf_ncd2( - x = inp, - outfile = outfile, - nind = nind, - index.col = index.col, - fold = fold, - verbose = verbose - ) - } else if (type == "ncd1") { - res <- - .vcf_ncd1( - x = inp, - outfile = outfile, - nind = nind, - index.col = index.col, - verbose = verbose - ) - } - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue("Finished making input file for {type}. File written to: {outfile}"), - "\n" - ) - tictoc::toc() - } else { - cat(glue::glue("File written to: {outfile}"), "\n") - } - - if (intern == T) { - return(res) - } - } + # if (intern == T) { + ## } + return(res) +} # # out.ncd1.unf<-glue("{outfile}ncd1_unf.out") # out.ncd2<-glue("{outfile}ncd2") diff --git a/R/parse_vcf_old.R b/R/parse_vcf_old.R new file mode 100644 index 0000000..2e0d3e8 --- /dev/null +++ b/R/parse_vcf_old.R @@ -0,0 +1,184 @@ +#' Parse VCF files generated by SLiM v3 +#' +#' @param infile The path and name of a vcf file - single chromosome +#' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided, +#' this will be a timestamp + infile in the current directory. +#' @param n0 Number of individuals in pop0 +#' @param n0 Number of individuals in pop1 +#' @param type Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2. +#' @param fold Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. +#' If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE. +#' @param intern Logical. If TRUE, output is kept in R in addition to being written +#' in output file. If FALSE, output is written to file only. Default is TRUE. +#' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the +#' function runs. +#' +#' @return Returns a data table object. + +#' +#' @examples parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") +#'parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out") + +parse_vcf_old <- + function(infile = "*.vcf", + outfile = NULL, + n0=108, + n1=NULL, + type = "ncd2", + fold = T, + intern = T, + verbose = T) { + tictoc::tic("Total runtime") + assertthat::assert_that(file.exists(infile), + msg = glue::glue("VCF file {infile} does not exist.\n") + ) + type <- tolower(type) + # Index No. of the individual to use as ``ancestral'' sequence + if (fold == F & type == "ncd2") { + outseq <- (index.col) + (sum(nind) - 1) + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "You asked for the unfolded version. You need a third species. I will use column {outseq} for this." + ), + "\n" + ) + } + }else if (type == "ncd2"){ + assertthat::assert_that(is.null(n1)==FALSE, msg="n1 cannot be NULL. NCD2 requires an outgroup.") + } + else if (type == "ncd1") { + assertthat::assert_that(fold == T, msg = "Only the folded option is available when Ancestral/Derived states are unknown.\n") + } + # + if (is.null(outfile)) { + outfile = outfile_path(glue::glue("{infile}")) + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "No outfile provided. Will write this into tmp file {outfile}_{type}.out" + ), + "\n" + ) + } + }else{ + outfile <- glue::glue("{outfile}_{type}.out") + } + + nind<-c(n0,n1) + pref <- gsub(".vcf", "", infile) + inp <- read_vcf(x = infile, only.bi = T) + + index.col <- which(colnames(inp) == "FORMAT") + 1 + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "First genotype column is {index.col}" + ), "\n" + ) + } + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue("Creating input file for {type} from {infile}..."), + "\n" + ) + } + + + # + if (type == "ncd2") { + res <- + .vcf_ncd2( + x = inp, + outfile = outfile, + nind = nind, + index.col = index.col, + fold = fold, + verbose = verbose + ) + } else if (type == "ncd1") { + res <- + .vcf_ncd1( + x = inp, + outfile = outfile, + nind = nind, + index.col = index.col, + verbose = verbose + ) + } + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue("Finished making input file for {type}. File written to: {outfile}"), + "\n" + ) + tictoc::toc() + } else { + cat(glue::glue("File written to: {outfile}"), "\n") + } + + if (intern == T) { + return(res) + } + } +# +# out.ncd1.unf<-glue("{outfile}ncd1_unf.out") +# out.ncd2<-glue("{outfile}ncd2") +# out.ncd2.unf<-glue("{outfile}ncd2_unf.out") +# out.betascan<-glue("{outfile}betascan.out") +# out.betascan.unf<-glue("{outfile}betascan_unf.out") +# out.mutebass<-glue("{outfile}mutebass.out") +# out.balmixder<-glue("{outfile}mutebass.out") +# out.ballet.snp<-glue("{outfile}ballet_snp.out") +# out.ballet.rec<-glue("{outfile}ballet_rec.out") +# +# for(l in 1:nrow(inp)){ +# chr<-inp[l,1] +# pos<-inp[l,2] +# ref<-inp[l,4] +# alt<-inp[l,5] +# anc<-inp[l,get(colnames(inp)[outseq])] +# anc<-str_split(anc,"|",simplify=F)[[1]][[2]] +# drv=0 ; total=0; drv2=0; total2=0 +# for(i in index.col:(index.col+nind[1])){ +# al<-str_split(inp[l,get(colnames(inp)[i])],"|",simplify=F)[[1]] +# if(al[1]!=anc){drv=drv+1} +# if(al[2]!=anc){drv=drv+1} +# total = total + 2 +# } +# for(i in ((index.col+nind[1])+1):(index.col+nind[2])){ +# al<-str_split(inp[l,get(colnames(inp)[i])],"|",simplify=F)[[1]] +# if(al[1]!=anc){drv2=drv2+1} +# if(al[2]!=anc){drv2=drv2+1} +# total2 = total2 + 2 +# } +# sink(out.ncd1) +# cat("CHR\tPOS\tREF\tALT\tx_1\tn_1\tx_2\tn_2") +# cat(chr,pos,ref,alt,drv,total, drv2, total2) +# sink() +# print $1, $2, 1.2e-8*$2,drv,total, drv2, total2 > outmute # recombination rate +# print $2, drv,total > betaout +# if(drv>0) print $2, total-drv, total > balout".snp" +# if(drv>0){ +# print $2, ($2-prevpos)*2.75e-4 > balout".rec" # pop-scaled recombination rate (2Nr = 2*11477*1.2e-8 = 2.75448e-4) +# prevpos=$2 +# } +# if(drv>0) print $2, "NA", drv, total > balmixder #BalLeRMix_manual p.5: When the user does not have recombination maps for reference, the seceond column +# can be NAs as long as the user makes sure to use --physPos. +# } +# }' + +# sink(out.mutebass) +# cat("CHR\tPOS\tGenPOS\tx_1\tn_1\tx_2\tn_2") +# sink() +# sink(out.balmixder) +# cat("physPos\tgenPos\tx\tn") +# sync() +# sync(out.ballet.snp) +# cat("position\tx\tn") +# sync() +# sync(out.ballet.rec) +# cat("position\trate") +# sync() +# } +# outseq=128 +# } diff --git a/R/read_vcf.R b/R/read_vcf.R index 7ab6b6d..27ec8a1 100644 --- a/R/read_vcf.R +++ b/R/read_vcf.R @@ -6,7 +6,7 @@ #' @return Returns a data.table object #' @export #' -#' @examples read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T, inds="all") +#' @examples read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) #' @import data.table #' @importFrom data.table ":=" read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", diff --git a/R/split_geno.R b/R/split_geno.R index 0f9c83f..6265401 100644 --- a/R/split_geno.R +++ b/R/split_geno.R @@ -2,16 +2,14 @@ #' #' @param x A string from a GT column. #' @param split Pattern to use for splitting. -#' @param index Which elements to keep 1, 2, or 1 & 2 -#' -#' @examples split_geno(x = c("0|0","0|1","1|1")) -#' data.table(col1="1|1", col2="1|0", col3="0|0") %>% dplyr::summarise(across(col1:col3, .split_geno)) -.split_geno <- function(x, split="|",index=c(1,2)) { +#' @examples split_geno(x = c("0|0","0|1","1|1"), split="|") +.split_geno <- function(x, split="|") { #assertthat::assert_that(is.numeric(which.al), err = "Parameter which.al must be numeric") - if(length(x) == 1){ - as.vector(as.integer(stringr::str_split(string = x, pattern = split, simplify = T)[,c(2,4)][index])) - }else{ - as.vector(as.integer(stringr::str_split(string = x, pattern = split, simplify = T)[,c(2,4)][,index])) -} + # if(length(x) == 1){ + #as.vector(as.integer(stringr::str_split(string = x, pattern = split, simplify = T)[,c(2,4)])) + as.numeric(unlist(lapply(stringr::str_split(string = x, pattern = "|"), function(x) x[c(2,4)]))) + # }else{ + +#} } diff --git a/R/vcf_ncd1.R b/R/vcf_ncd1.R index de31165..4468619 100644 --- a/R/vcf_ncd1.R +++ b/R/vcf_ncd1.R @@ -1,23 +1,19 @@ #' Make input file for NCD1 from VCF #' -#' @param x An object of class data.table containing +#' @param x An object of class data.table containing typical elements of a vcf file. Output: data.table with +#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles) #' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided, #' this will be a timestamp file in the current directory. #' @param nind A vector containing the number of diploid individuals from each #' population to be used. For ncd1, only one population is used. #' @param index.col First genotype column in VCF file. -#' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -#' function runs. -#' -#' #' @examples inp = read_vcf("inst/example.vcf") #' vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108), #' .vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=108, index.col=10, verbose=T) .vcf_ncd1 <- function(x, outfile = outfile, nind = nind, - index.col = index.col, - verbose = verbose) { + index.col = index.col) { # tictoc::tic("Total runtime") infile <- CHR <- POS <- REF <- ALT <- tx_1 <- tn_1 <- NULL @@ -25,25 +21,26 @@ npop <- length(nind) - assertthat::assert_that(npop == 1, msg = "NCD1 only uses one species. nind should have length 1. \n") + assertthat::assert_that(npop == 1, msg = "NCD1 only uses one species. 'nind' should have length 1. \n") pop0_cols <- colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))] - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue("Only {npop} population will be considered:"), "\n" - ) - } - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue("Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest."), "\n" - ) - } + #if (verbose == T) { +# cat( +# glue::glue("Only {npop} population will be considered:"), "\n" +# ) + # } +# if (verbose == T) { + # cat( + # glue::glue("Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest."), "\n" + # ) + # } x <- data.table::setDT(x) tableout<-x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table tableout<-dplyr::bind_cols(tableout, - x %>% dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% + x %>% + #dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% dplyr::rowwise() %>% dplyr::summarise(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>% dplyr::summarise(tx_1 = Reduce(`+`,.)), @@ -54,17 +51,21 @@ ) %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT, tx_1, tn_1) %>% as.data.table - if (verbose == T) { + #if (verbose == T) { cat( glue::glue("Printing output to {outfile}..."), "\n" ) - } + # } + if(!(is.null(outfile))){ data.table::fwrite(tableout, file = outfile, sep = "\t", col.names = T ) -if(verbose==T){tictoc::toc()} + } +#if(verbose==T){ + #tictoc::toc() + # } return(tableout) } diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd index d0debd2..c7a6aef 100644 --- a/README.Rmd +++ b/README.Rmd @@ -15,12 +15,12 @@ knitr::opts_chunk$set( # balselr +This package is under construction. If you want to run NCD1 or NCD2, please use this [other repo](https://github.com/bbitarello/NCD-Statistics) for now. + ![](images/balselr2.png){width=40% height=40%} -The goal of balselr is to calculate NCD1 and NCD2 (and more) ...[under construction. Feedback welcome!] - ## Installation You can install the development version of balselr from [GitHub](https://github.com/) with: diff --git a/README.md b/README.md index 1a3a837..c4c04fa 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -3,14 +3,15 @@ # balselr +This package is under construction. If you want to run NCD1 or NCD2, +please use this [other +repo](https://github.com/bbitarello/NCD-Statistics) for now. + -The goal of balselr is to calculate NCD1 and NCD2 (and more) …\[under -construction. Feedback welcome!\] - ## Installation You can install the development version of balselr from diff --git a/example_parse_ncd1.out b/example_parse_ncd1.out new file mode 100644 index 0000000..04c798b --- /dev/null +++ b/example_parse_ncd1.out @@ -0,0 +1,839 @@ +CHR POS REF ALT tx_1 tn_1 +1 92 A C 216 216 +1 177 C A 216 216 +1 283 T C 0 216 +1 289 C G 0 216 +1 327 G T 0 216 +1 331 T C 0 216 +1 332 C A 0 216 +1 368 A G 0 216 +1 382 A C 0 216 +1 394 A G 216 216 +1 398 C T 2 216 +1 441 C G 0 216 +1 471 C A 0 216 +1 473 A C 216 216 +1 522 A G 0 216 +1 568 C A 216 216 +1 585 T C 0 216 +1 627 A T 134 216 +1 669 C T 0 216 +1 674 T A 0 216 +1 687 C G 0 216 +1 706 T G 0 216 +1 719 C T 216 216 +1 743 A C 0 216 +1 835 G A 0 216 +1 868 C G 216 216 +1 904 A T 0 216 +1 956 C G 68 216 +1 976 C G 0 216 +1 1053 A G 0 216 +1 1155 A G 2 216 +1 1216 T A 0 216 +1 1290 G T 216 216 +1 1321 C G 0 216 +1 1328 C G 0 216 +1 1336 A G 6 216 +1 1345 G C 0 216 +1 1363 T G 216 216 +1 1365 T G 4 216 +1 1441 T A 4 216 +1 1456 G T 216 216 +1 1483 G C 54 216 +1 1497 T G 0 216 +1 1525 T G 216 216 +1 1561 T A 0 216 +1 1621 C A 216 216 +1 1685 A G 0 216 +1 1714 G A 0 216 +1 1721 G C 0 216 +1 1763 T A 0 216 +1 1798 A C 0 216 +1 1830 G A 0 216 +1 1865 C A 216 216 +1 1866 C T 122 216 +1 1919 G T 0 216 +1 1972 A C 0 216 +1 1981 A G 4 216 +1 1992 T A 0 216 +1 1995 A C 0 216 +1 2031 C A 0 216 +1 2085 G A 216 216 +1 2201 C A 0 216 +1 2212 T A 0 216 +1 2219 T A 2 216 +1 2261 A T 0 216 +1 2296 C T 0 216 +1 2346 A G 0 216 +1 2373 A C 2 216 +1 2376 G A 0 216 +1 2450 T C 10 216 +1 2463 C G 0 216 +1 2496 C T 6 216 +1 2607 T C 0 216 +1 2666 G T 0 216 +1 2766 T G 0 216 +1 2778 A C 0 216 +1 2810 T A 10 216 +1 2819 G A 0 216 +1 2827 A C 0 216 +1 2838 A G 0 216 +1 2861 C A 0 216 +1 2880 G T 216 216 +1 2911 A T 0 216 +1 2953 T A 4 216 +1 2955 C A 216 216 +1 2960 C A 0 216 +1 2969 C T 0 216 +1 2973 A T 0 216 +1 2979 T G 0 216 +1 3030 T G 216 216 +1 3033 T A 22 216 +1 3039 T C 16 216 +1 3048 G T 0 216 +1 3110 T A 0 216 +1 3167 C A 216 216 +1 3196 T A 216 216 +1 3201 A C 0 216 +1 3276 T C 0 216 +1 3279 G A 12 216 +1 3310 T G 2 216 +1 3321 G T 0 216 +1 3339 G T 0 216 +1 3351 T C 0 216 +1 3470 T A 216 216 +1 3476 C G 0 216 +1 3486 T A 0 216 +1 3506 C A 0 216 +1 3536 A G 4 216 +1 3542 G T 0 216 +1 3569 C A 0 216 +1 3604 G T 0 216 +1 3605 T G 0 216 +1 3609 C G 216 216 +1 3627 A G 0 216 +1 3643 T A 0 216 +1 3720 A G 0 216 +1 3725 G T 0 216 +1 3782 G A 216 216 +1 3845 G A 100 216 +1 3880 T C 0 216 +1 3929 A T 0 216 +1 3971 A C 0 216 +1 4001 A G 0 216 +1 4022 T G 0 216 +1 4026 G C 0 216 +1 4034 A T 0 216 +1 4129 T C 216 216 +1 4138 C A 216 216 +1 4162 T G 116 216 +1 4200 G C 0 216 +1 4276 T A 0 216 +1 4341 A T 0 216 +1 4436 C T 0 216 +1 4579 C T 0 216 +1 4590 T C 0 216 +1 4663 T G 16 216 +1 4797 A G 0 216 +1 4841 A G 26 216 +1 4918 C G 0 216 +1 4940 A G 0 216 +1 5062 C G 116 216 +1 5087 C A 0 216 +1 5146 G A 0 216 +1 5176 T C 0 216 +1 5212 T A 0 216 +1 5309 T C 0 216 +1 5321 A G 0 216 +1 5481 G T 0 216 +1 5483 C T 0 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G 216 216 +1 20266 T C 216 216 +1 20270 C T 216 216 +1 20326 T A 216 216 +1 20417 C G 0 216 +1 20428 G T 216 216 +1 20446 C T 216 216 +1 20453 T C 0 216 +1 20454 A G 216 216 +1 20477 A G 0 216 +1 20488 G A 216 216 +1 20503 A G 215 216 +1 20506 T C 216 216 +1 20606 C A 0 216 +1 20837 A T 216 216 +1 20983 C T 216 216 +1 20998 G T 216 216 +1 21007 A T 0 216 +1 21043 C G 216 216 +1 21047 T C 0 216 +1 21052 A C 205 216 +1 21079 G T 216 216 +1 21094 G T 215 216 +1 21174 A C 216 216 +1 21179 G A 0 216 +1 21211 C T 212 216 +1 21247 G C 216 216 +1 21274 G C 0 216 +1 21356 A T 216 216 +1 21374 A G 216 216 +1 21384 C G 0 216 +1 21463 C G 203 216 +1 21499 C T 216 216 +1 21500 G A 44 216 +1 21592 A T 216 216 +1 21593 T G 0 216 +1 21603 A C 0 216 +1 21665 A C 214 216 +1 21678 A G 210 216 +1 21722 T G 216 216 +1 21723 A T 215 216 +1 21785 C T 0 216 +1 21811 T G 216 216 +1 22014 C A 216 216 +1 22019 G A 0 216 +1 22021 G A 216 216 +1 22028 G T 216 216 +1 22042 A T 215 216 +1 22046 G A 216 216 +1 22056 C T 216 216 +1 22057 C T 216 216 +1 22092 A T 216 216 +1 22095 G T 215 216 +1 22097 A T 216 216 +1 22152 A C 172 216 +1 22228 A G 216 216 +1 22334 A G 216 216 +1 22375 A G 212 216 +1 22413 G T 0 216 +1 22444 A C 216 216 +1 22484 G A 216 216 +1 22485 C T 216 216 +1 22566 T A 0 216 +1 22602 G A 215 216 +1 22603 C T 216 216 +1 22620 A C 216 216 +1 22622 G A 44 216 +1 22650 T G 216 216 +1 22698 T A 216 216 +1 22705 A C 0 216 +1 22723 A G 0 216 +1 22862 T C 0 216 +1 22912 T C 0 216 +1 22928 C A 216 216 +1 22960 G C 0 216 +1 23036 T C 216 216 +1 23048 C A 216 216 +1 23087 C G 0 216 +1 23117 G A 0 216 +1 23165 C A 0 216 +1 23211 G A 0 216 +1 23212 T C 0 216 +1 23228 T A 216 216 +1 23241 T A 216 216 +1 23256 A T 216 216 +1 23262 A G 0 216 +1 23299 A C 210 216 +1 23301 G T 216 216 +1 23310 C G 0 216 +1 23334 C G 161 216 +1 23371 C G 216 216 +1 23373 A C 170 216 +1 23392 C G 212 216 +1 23420 T A 216 216 +1 23440 C A 0 216 +1 23452 G T 216 216 +1 23495 A G 216 216 +1 23527 C T 216 216 +1 23636 T G 0 216 +1 23684 A T 216 216 +1 23686 C T 216 216 +1 23725 A C 206 216 +1 23783 A C 216 216 +1 23806 T C 211 216 +1 23834 A T 210 216 +1 23835 G T 216 216 +1 23958 T G 216 216 +1 24083 A G 216 216 +1 24116 A G 0 216 +1 24118 G A 216 216 +1 24142 G T 171 216 +1 24178 G T 216 216 +1 24184 A C 0 216 +1 24217 A G 214 216 +1 24238 C G 216 216 +1 24275 G C 216 216 +1 24294 C T 0 216 +1 24340 A C 216 216 +1 24365 T G 216 216 +1 24368 T G 216 216 +1 24394 C T 216 216 +1 24452 T G 216 216 +1 24585 T C 216 216 +1 24632 G T 6 216 +1 24636 C A 216 216 +1 24698 T A 210 216 +1 24707 G C 216 216 +1 24764 A T 216 216 +1 24812 C G 0 216 +1 24815 A T 216 216 +1 24840 T G 216 216 +1 24904 C A 216 216 +1 24930 A G 216 216 +1 25015 T G 216 216 +1 25091 C T 215 216 +1 25140 C G 216 216 +1 25192 C T 216 216 +1 25232 C G 216 216 +1 25308 G A 0 216 +1 25314 G A 216 216 +1 25326 C T 0 216 +1 25330 A C 216 216 +1 25353 C A 216 216 +1 25364 T C 216 216 +1 25398 G T 216 216 +1 25423 A T 215 216 +1 25430 A G 216 216 +1 25462 C T 216 216 +1 25466 A G 216 216 +1 25536 G T 214 216 +1 25557 C T 216 216 +1 25636 A G 216 216 +1 25668 T G 0 216 +1 25676 G A 216 216 +1 25696 G A 6 216 +1 25712 T A 0 216 +1 25721 T A 216 216 +1 25742 C T 214 216 +1 25793 T G 0 216 +1 25804 G T 216 216 +1 25806 G T 0 216 +1 25837 T A 216 216 +1 25894 T C 214 216 +1 25992 G A 216 216 +1 26004 A G 216 216 +1 26033 G C 210 216 +1 26117 G C 6 216 +1 26133 G A 214 216 +1 26169 A G 214 216 +1 26229 G C 0 216 +1 26232 C T 0 216 +1 26244 G A 211 216 +1 26300 T C 216 216 +1 26440 T A 0 216 +1 26456 C G 178 216 +1 26479 A G 216 216 +1 26524 A G 0 216 +1 26569 G A 0 216 +1 26616 G A 216 216 +1 26687 G T 216 216 +1 26722 A C 216 216 +1 26763 G A 216 216 +1 26837 G T 216 216 +1 26872 G T 216 216 +1 26886 T G 0 216 +1 26931 C A 216 216 +1 27058 T G 210 216 +1 27104 C G 216 216 +1 27106 T G 216 216 +1 27205 T C 216 216 +1 27211 A C 0 216 +1 27261 C G 216 216 +1 27312 G A 212 216 +1 27342 G T 210 216 +1 27387 C A 216 216 +1 27405 T A 0 216 +1 27414 A G 216 216 +1 27432 G A 216 216 +1 27455 A C 0 216 +1 27495 G A 216 216 +1 27567 A T 216 216 +1 27620 G T 216 216 +1 27651 G T 169 216 +1 27671 C T 216 216 +1 27732 A G 216 216 +1 27743 G T 216 216 +1 27748 T A 216 216 +1 27763 T A 0 216 +1 27779 T G 210 216 +1 27834 A G 216 216 +1 27850 T A 216 216 +1 27933 C A 168 216 +1 27947 A C 214 216 +1 28019 T G 216 216 +1 28035 C T 216 216 +1 28064 A G 216 216 +1 28107 T C 0 216 +1 28112 G T 216 216 +1 28129 C G 214 216 +1 28179 T A 0 216 +1 28254 A C 0 216 +1 28263 C G 216 216 +1 28293 A C 210 216 +1 28421 A G 216 216 +1 28426 T C 216 216 +1 28439 T A 214 216 +1 28449 G C 216 216 +1 28455 G T 105 216 +1 28465 G A 216 216 +1 28494 T A 216 216 +1 28510 A G 0 216 +1 28524 T C 216 216 +1 28546 C A 216 216 +1 28605 A G 216 216 +1 28632 T C 216 216 +1 28669 G C 216 216 +1 28687 T A 216 216 +1 28731 A T 213 216 +1 28742 C G 216 216 +1 28777 G A 0 216 +1 28819 T C 216 216 +1 28821 G C 0 216 +1 28880 C G 216 216 +1 28936 G A 0 216 +1 28953 C A 216 216 +1 28956 T A 208 216 +1 28970 A T 215 216 +1 28971 C T 210 216 +1 28975 T A 216 216 +1 28988 A G 0 216 +1 29018 C A 216 216 +1 29020 C A 0 216 +1 29042 T A 216 216 +1 29049 T G 216 216 +1 29052 C A 216 216 +1 29077 T G 212 216 +1 29106 A T 157 216 +1 29108 T G 216 216 +1 29249 C G 0 216 +1 29253 C A 210 216 +1 29255 T C 216 216 +1 29256 G A 216 216 +1 29258 G C 216 216 +1 29259 T A 163 216 +1 29322 C G 0 216 +1 29375 A C 216 216 +1 29377 A C 59 216 +1 29427 C G 0 216 +1 29436 A G 216 216 +1 29484 C T 0 216 +1 29501 T C 0 216 +1 29590 C A 216 216 +1 29592 T C 216 216 +1 29642 T G 0 216 +1 29669 G T 216 216 +1 29686 C G 0 216 +1 29727 G T 216 216 +1 29734 A T 163 216 +1 29761 T C 216 216 +1 29795 A T 215 216 +1 29915 C A 216 216 +1 29992 G T 205 216 diff --git a/man/dot-count_alleles.Rd b/man/dot-count_alleles.Rd index 24bedb6..d20a840 100644 --- a/man/dot-count_alleles.Rd +++ b/man/dot-count_alleles.Rd @@ -4,23 +4,17 @@ \alias{.count_alleles} \title{Count derived or ancestral alleles for a given vcf position} \usage{ -.count_alleles(x, split = "|", index = c(1, 2), der = F) +.count_alleles(x, split = "|") } \arguments{ -\item{x}{A vector containing 0s and 1s corresponding to allele states} +\item{x}{A vector containing 0s and 1s corresponding to allele states. 0/0: homozygous reference; 0/1: heterozygous; 1/1: homozygous alternate} \item{split}{Pattern to look for. Inherited from stringr::str_split} - -\item{index}{1 or 2 or c(1,2). Which alleles to consider.} - -\item{der}{Return derived. Logical. If TRUE, returns the counts of -derived (alternate) -alleles. If FALSE, returns ancestral (ref) counts} } \description{ Count derived or ancestral alleles for a given vcf position } \examples{ -data.table::data.table(col1="1|1", col2="1|0", col3="0|0") \%>\% +data.table::data.table(col1="1|1", col2="0|0", col3="0|0") \%>\% dplyr::summarise(across(col1:col3, .count_alleles)) } diff --git a/man/dot-split_geno.Rd b/man/dot-split_geno.Rd index d9d5515..df32d67 100644 --- a/man/dot-split_geno.Rd +++ b/man/dot-split_geno.Rd @@ -4,19 +4,16 @@ \alias{.split_geno} \title{Split a genotype column from a vcf file} \usage{ -.split_geno(x, split = "|", index = c(1, 2)) +.split_geno(x, split = "|") } \arguments{ \item{x}{A string from a GT column.} \item{split}{Pattern to use for splitting.} - -\item{index}{Which elements to keep 1, 2, or 1 & 2} } \description{ Split a genotype column from a vcf file } \examples{ -split_geno(x = c("0|0","0|1","1|1")) -data.table(col1="1|1", col2="1|0", col3="0|0") \%>\% dplyr::summarise(across(col1:col3, .split_geno)) +split_geno(x = c("0|0","0|1","1|1"), split="|") } diff --git a/man/dot-vcf_ncd1.Rd b/man/dot-vcf_ncd1.Rd index 8d140a7..06212bc 100644 --- a/man/dot-vcf_ncd1.Rd +++ b/man/dot-vcf_ncd1.Rd @@ -4,16 +4,11 @@ \alias{.vcf_ncd1} \title{Make input file for NCD1 from VCF} \usage{ -.vcf_ncd1( - x, - outfile = outfile, - nind = nind, - index.col = index.col, - verbose = verbose -) +.vcf_ncd1(x, outfile = outfile, nind = nind, index.col = index.col) } \arguments{ -\item{x}{An object of class data.table containing} +\item{x}{An object of class data.table containing typical elements of a vcf file. Output: data.table with +columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles)} \item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided, this will be a timestamp file in the current directory.} @@ -22,9 +17,6 @@ this will be a timestamp file in the current directory.} population to be used. For ncd1, only one population is used.} \item{index.col}{First genotype column in VCF file.} - -\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -function runs.} } \description{ Make input file for NCD1 from VCF diff --git a/man/dot-vcf_ncd2.Rd b/man/dot-vcf_ncd2.Rd index 48c548f..c1fa996 100644 --- a/man/dot-vcf_ncd2.Rd +++ b/man/dot-vcf_ncd2.Rd @@ -1,5 +1,5 @@ % Generated by roxygen2: do not edit by hand -% Please edit documentation in R/vcf_ncd2.r +% Please edit documentation in R/vcf_ncd2.R \name{.vcf_ncd2} \alias{.vcf_ncd2} \title{Make input file for NCD2 from VCF} diff --git a/man/ncd1.Rd b/man/ncd1.Rd index 4f84092..db79c0d 100644 --- a/man/ncd1.Rd +++ b/man/ncd1.Rd @@ -4,52 +4,20 @@ \alias{ncd1} \title{Calculate non-central statistic (NCD1)} \usage{ -ncd1( - x = x, - tf = 0.5, - fold = T, - w = 3000, - by.snp = TRUE, - mid = FALSE, - ncores = 2, - selectwin = "val", - targetpos = NULL, - minIS = 2, - label = NULL, - verbose = T -) +ncd1(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) } \arguments{ \item{x}{A data.table object} \item{tf}{Target frequency} -\item{fold}{Logical. If TRUE, NCD1 will use minor allele frequencies.} - \item{w}{Window size in bp. Default is 1000} -\item{by.snp}{Logical. If TRUE, windows are defined around each SNP -in the input data. Else, slidding windows in the range first pos:last pos -will be used.} - -\item{mid}{Logical. If TRUE runs NCD centered on a core SNP frequency instead of a pre-defined tf. Requires targetpos.} - \item{ncores}{Number of cores. Increasing this can spead things up for you. Default is 4.} -\item{selectwin}{Select window. "val" returns the window with the lowest test. "maf" returns the window -which has the lowest difference between its central MAF and the tf."mid" returns the window -centered closest on a value provided by the user under targetpos."all" returns all windows (idea for when the user wants to select windows after scanning a genome)} - -\item{targetpos}{Position of the target SNP. Only needed for mid==T} - \item{minIS}{Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with less informative sites than this threshold are discarded.} - -\item{label}{An optional label to include as the last column of the output. Defaults to value in selectwin.} - -\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -function runs.} } \value{ A data.table object @@ -58,5 +26,5 @@ A data.table object Calculate non-central statistic (NCD1) } \examples{ -ncd1(x=ncd1_input, selectwin="mid", targetpos=15000, mid=TRUE) +ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) } diff --git a/man/parse_vcf.Rd b/man/parse_vcf.Rd index 0026dc9..a81621e 100644 --- a/man/parse_vcf.Rd +++ b/man/parse_vcf.Rd @@ -4,16 +4,7 @@ \alias{parse_vcf} \title{Parse VCF files generated by SLiM v3} \usage{ -parse_vcf( - infile = "*.vcf", - outfile = NULL, - n0 = NULL, - n1 = NULL, - type = NULL, - fold = T, - intern = T, - verbose = T -) +parse_vcf(infile = "*.vcf", outfile = NULL, n0 = 108, n1 = NULL, type = "ncd1") } \arguments{ \item{infile}{The path and name of a vcf file - single chromosome} @@ -21,18 +12,11 @@ parse_vcf( \item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided, this will be a timestamp + infile in the current directory.} -\item{n0}{Number of individuals in pop1} +\item{n0}{Number of individuals in pop0} -\item{type}{Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2.} - -\item{fold}{Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. -If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE.} +\item{n1}{Number of individuals in pop1} -\item{intern}{Logical. If TRUE, output is kept in R in addition to being written -in output file. If FALSE, output is written to file only. Default is TRUE.} - -\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -function runs.} +\item{type}{Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2.} } \value{ Returns a data table object. @@ -41,6 +25,5 @@ Returns a data table object. Parse VCF files generated by SLiM v3 } \examples{ -parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") -parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out") +parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") } diff --git a/man/parse_vcf_old.Rd b/man/parse_vcf_old.Rd new file mode 100644 index 0000000..28742cf --- /dev/null +++ b/man/parse_vcf_old.Rd @@ -0,0 +1,46 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/parse_vcf_old.R +\name{parse_vcf_old} +\alias{parse_vcf_old} +\title{Parse VCF files generated by SLiM v3} +\usage{ +parse_vcf_old( + infile = "*.vcf", + outfile = NULL, + n0 = 108, + n1 = NULL, + type = "ncd2", + fold = T, + intern = T, + verbose = T +) +} +\arguments{ +\item{infile}{The path and name of a vcf file - single chromosome} + +\item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided, +this will be a timestamp + infile in the current directory.} + +\item{n0}{Number of individuals in pop1} + +\item{type}{Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2.} + +\item{fold}{Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. +If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE.} + +\item{intern}{Logical. If TRUE, output is kept in R in addition to being written +in output file. If FALSE, output is written to file only. Default is TRUE.} + +\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the +function runs.} +} +\value{ +Returns a data table object. +} +\description{ +Parse VCF files generated by SLiM v3 +} +\examples{ +parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") +parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out") +} diff --git a/man/read_vcf.Rd b/man/read_vcf.Rd index 1356f73..e471d81 100644 --- a/man/read_vcf.Rd +++ b/man/read_vcf.Rd @@ -19,5 +19,5 @@ Returns a data.table object Read vcf } \examples{ -read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T, inds="all") +read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) } From d99e78898ecaf6491ba5dd2dca1377b00502b6f4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Sun, 2 Jul 2023 21:24:23 -0400 Subject: [PATCH 06/46] pending daphne check --- DESCRIPTION | 2 - NAMESPACE | 1 - R/count_alleles.R | 3 +- R/ncd2.R | 1 - R/parse_vcf.R | 3 +- R/parse_vcf_old.R | 3 +- R/split_geno.R | 2 +- R/vcf_ncd1.R | 3 +- example_parse_ncd1.out | 839 -------------------------------- example_parse_ncd2.out_ncd2.out | 839 -------------------------------- man/dot-count_alleles.Rd | 4 - man/dot-split_geno.Rd | 3 - man/dot-vcf_ncd1.Rd | 3 +- man/parse_vcf_old.Rd | 5 +- tests/testthat.R | 4 - 15 files changed, 9 insertions(+), 1706 deletions(-) delete mode 100644 example_parse_ncd1.out delete mode 100644 example_parse_ncd2.out_ncd2.out diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 3e0a1cc..3336d59 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -16,8 +16,6 @@ Imports: dplyr, glue, magrittr, - reticulate, - slendr, stringr, testthat, tictoc diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index 64aed57..b88b8be 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -3,7 +3,6 @@ export("%>%") export(hello) export(ncd1) -export(ncd2) export(outfile_path) export(parse_vcf) export(read_vcf) diff --git a/R/count_alleles.R b/R/count_alleles.R index 23b36f3..a5aab3f 100644 --- a/R/count_alleles.R +++ b/R/count_alleles.R @@ -3,8 +3,7 @@ #' @param split Pattern to look for. Inherited from stringr::str_split -#' @examples data.table::data.table(col1="1|1", col2="0|0", col3="0|0") %>% -#' dplyr::summarise(across(col1:col3, .count_alleles)) + .count_alleles<-function(x, split="|"){ x<-.split_geno(x = x, split = split) #if(der == T){sum(x, na.rm=T)}else if (der == F){sum(!is.na(x))-sum(x, na.rm=T)} diff --git a/R/ncd2.R b/R/ncd2.R index 694357f..92797aa 100644 --- a/R/ncd2.R +++ b/R/ncd2.R @@ -20,7 +20,6 @@ #' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the #' function runs. #' @return A data.table object -#' @export #' #' @examples ncd2(x=ncd2_input, selectwin="mid", targetpos=15000, mid=TRUE) #' ncd2(x=ncd2_input, selectwin="val", targetpos=NULL, mid=F) diff --git a/R/parse_vcf.R b/R/parse_vcf.R index 9904d43..3b3d85c 100644 --- a/R/parse_vcf.R +++ b/R/parse_vcf.R @@ -57,8 +57,7 @@ parse_vcf <- function(infile = "*.vcf", x = inp, outfile = outfile, nind = nind, - index.col = index.col, - fold = fold + index.col = index.col #verbose = verbose ) } else if (type == "ncd1") { diff --git a/R/parse_vcf_old.R b/R/parse_vcf_old.R index 2e0d3e8..7b807bf 100644 --- a/R/parse_vcf_old.R +++ b/R/parse_vcf_old.R @@ -4,7 +4,7 @@ #' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided, #' this will be a timestamp + infile in the current directory. #' @param n0 Number of individuals in pop0 -#' @param n0 Number of individuals in pop1 +#' @param n1 Number of individuals in pop1 #' @param type Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2. #' @param fold Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. #' If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE. @@ -17,7 +17,6 @@ #' #' @examples parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") -#'parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out") parse_vcf_old <- function(infile = "*.vcf", diff --git a/R/split_geno.R b/R/split_geno.R index 6265401..efe4cd0 100644 --- a/R/split_geno.R +++ b/R/split_geno.R @@ -2,7 +2,7 @@ #' #' @param x A string from a GT column. #' @param split Pattern to use for splitting. -#' @examples split_geno(x = c("0|0","0|1","1|1"), split="|") + .split_geno <- function(x, split="|") { #assertthat::assert_that(is.numeric(which.al), err = "Parameter which.al must be numeric") diff --git a/R/vcf_ncd1.R b/R/vcf_ncd1.R index 4468619..5de59fb 100644 --- a/R/vcf_ncd1.R +++ b/R/vcf_ncd1.R @@ -8,8 +8,7 @@ #' population to be used. For ncd1, only one population is used. #' @param index.col First genotype column in VCF file. #' @examples inp = read_vcf("inst/example.vcf") -#' vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108), -#' .vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=108, index.col=10, verbose=T) +#' .vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108)) .vcf_ncd1 <- function(x, outfile = outfile, nind = nind, diff --git a/example_parse_ncd1.out b/example_parse_ncd1.out deleted file mode 100644 index 04c798b..0000000 --- a/example_parse_ncd1.out +++ /dev/null @@ -1,839 +0,0 @@ -CHR POS REF ALT tx_1 tn_1 -1 92 A C 216 216 -1 177 C A 216 216 -1 283 T C 0 216 -1 289 C G 0 216 -1 327 G T 0 216 -1 331 T C 0 216 -1 332 C A 0 216 -1 368 A G 0 216 -1 382 A C 0 216 -1 394 A G 216 216 -1 398 C T 2 216 -1 441 C G 0 216 -1 471 C A 0 216 -1 473 A C 216 216 -1 522 A G 0 216 -1 568 C A 216 216 -1 585 T C 0 216 -1 627 A T 134 216 -1 669 C T 0 216 -1 674 T A 0 216 -1 687 C G 0 216 -1 706 T G 0 216 -1 719 C T 216 216 -1 743 A C 0 216 -1 835 G A 0 216 -1 868 C G 216 216 -1 904 A T 0 216 -1 956 C G 68 216 -1 976 C G 0 216 -1 1053 A G 0 216 -1 1155 A G 2 216 -1 1216 T A 0 216 -1 1290 G T 216 216 -1 1321 C G 0 216 -1 1328 C G 0 216 -1 1336 A G 6 216 -1 1345 G C 0 216 -1 1363 T G 216 216 -1 1365 T G 4 216 -1 1441 T A 4 216 -1 1456 G T 216 216 -1 1483 G C 54 216 -1 1497 T G 0 216 -1 1525 T G 216 216 -1 1561 T A 0 216 -1 1621 C A 216 216 -1 1685 A G 0 216 -1 1714 G A 0 216 -1 1721 G C 0 216 -1 1763 T A 0 216 -1 1798 A C 0 216 -1 1830 G A 0 216 -1 1865 C A 216 216 -1 1866 C T 122 216 -1 1919 G T 0 216 -1 1972 A C 0 216 -1 1981 A G 4 216 -1 1992 T A 0 216 -1 1995 A C 0 216 -1 2031 C A 0 216 -1 2085 G A 216 216 -1 2201 C A 0 216 -1 2212 T A 0 216 -1 2219 T A 2 216 -1 2261 A T 0 216 -1 2296 C T 0 216 -1 2346 A G 0 216 -1 2373 A C 2 216 -1 2376 G A 0 216 -1 2450 T C 10 216 -1 2463 C G 0 216 -1 2496 C T 6 216 -1 2607 T C 0 216 -1 2666 G T 0 216 -1 2766 T G 0 216 -1 2778 A C 0 216 -1 2810 T A 10 216 -1 2819 G A 0 216 -1 2827 A C 0 216 -1 2838 A G 0 216 -1 2861 C A 0 216 -1 2880 G T 216 216 -1 2911 A T 0 216 -1 2953 T A 4 216 -1 2955 C A 216 216 -1 2960 C A 0 216 -1 2969 C T 0 216 -1 2973 A T 0 216 -1 2979 T G 0 216 -1 3030 T G 216 216 -1 3033 T A 22 216 -1 3039 T C 16 216 -1 3048 G T 0 216 -1 3110 T A 0 216 -1 3167 C A 216 216 -1 3196 T A 216 216 -1 3201 A C 0 216 -1 3276 T C 0 216 -1 3279 G A 12 216 -1 3310 T G 2 216 -1 3321 G T 0 216 -1 3339 G T 0 216 -1 3351 T C 0 216 -1 3470 T A 216 216 -1 3476 C G 0 216 -1 3486 T A 0 216 -1 3506 C A 0 216 -1 3536 A G 4 216 -1 3542 G T 0 216 -1 3569 C A 0 216 -1 3604 G T 0 216 -1 3605 T G 0 216 -1 3609 C G 216 216 -1 3627 A G 0 216 -1 3643 T A 0 216 -1 3720 A G 0 216 -1 3725 G T 0 216 -1 3782 G A 216 216 -1 3845 G A 100 216 -1 3880 T C 0 216 -1 3929 A T 0 216 -1 3971 A C 0 216 -1 4001 A G 0 216 -1 4022 T G 0 216 -1 4026 G C 0 216 -1 4034 A T 0 216 -1 4129 T C 216 216 -1 4138 C A 216 216 -1 4162 T G 116 216 -1 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G A 216 216 2 2 -1 24142 G T 171 216 2 2 -1 24178 G T 216 216 0 2 -1 24184 A C 0 216 2 2 -1 24217 A G 214 216 2 2 -1 24238 C G 216 216 0 2 -1 24275 G C 216 216 2 2 -1 24294 C T 0 216 2 2 -1 24340 A C 216 216 2 2 -1 24365 T G 216 216 0 2 -1 24368 T G 216 216 0 2 -1 24394 C T 216 216 2 2 -1 24452 T G 216 216 2 2 -1 24585 T C 216 216 2 2 -1 24632 G T 6 216 2 2 -1 24636 C A 216 216 2 2 -1 24698 T A 210 216 2 2 -1 24707 G C 216 216 2 2 -1 24764 A T 216 216 0 2 -1 24812 C G 0 216 2 2 -1 24815 A T 216 216 0 2 -1 24840 T G 216 216 2 2 -1 24904 C A 216 216 2 2 -1 24930 A G 216 216 2 2 -1 25015 T G 216 216 0 2 -1 25091 C T 215 216 2 2 -1 25140 C G 216 216 0 2 -1 25192 C T 216 216 0 2 -1 25232 C G 216 216 2 2 -1 25308 G A 0 216 2 2 -1 25314 G A 216 216 2 2 -1 25326 C T 0 216 2 2 -1 25330 A C 216 216 0 2 -1 25353 C A 216 216 2 2 -1 25364 T C 216 216 2 2 -1 25398 G T 216 216 2 2 -1 25423 A T 215 216 2 2 -1 25430 A G 216 216 2 2 -1 25462 C T 216 216 0 2 -1 25466 A G 216 216 0 2 -1 25536 G T 214 216 2 2 -1 25557 C T 216 216 2 2 -1 25636 A G 216 216 0 2 -1 25668 T G 0 216 2 2 -1 25676 G A 216 216 0 2 -1 25696 G A 6 216 2 2 -1 25712 T A 0 216 2 2 -1 25721 T A 216 216 0 2 -1 25742 C T 214 216 2 2 -1 25793 T G 0 216 0 2 -1 25804 G T 216 216 1 2 -1 25806 G T 0 216 0 2 -1 25837 T A 216 216 2 2 -1 25894 T C 214 216 2 2 -1 25992 G A 216 216 2 2 -1 26004 A G 216 216 2 2 -1 26033 G C 210 216 2 2 -1 26117 G C 6 216 2 2 -1 26133 G A 214 216 2 2 -1 26169 A G 214 216 2 2 -1 26229 G C 0 216 2 2 -1 26232 C T 0 216 2 2 -1 26244 G A 211 216 2 2 -1 26300 T C 216 216 2 2 -1 26440 T A 0 216 2 2 -1 26456 C G 178 216 2 2 -1 26479 A G 216 216 0 2 -1 26524 A G 0 216 2 2 -1 26569 G A 0 216 2 2 -1 26616 G A 216 216 0 2 -1 26687 G T 216 216 0 2 -1 26722 A C 216 216 0 2 -1 26763 G A 216 216 2 2 -1 26837 G T 216 216 0 2 -1 26872 G T 216 216 2 2 -1 26886 T G 0 216 2 2 -1 26931 C A 216 216 2 2 -1 27058 T G 210 216 2 2 -1 27104 C G 216 216 2 2 -1 27106 T G 216 216 0 2 -1 27205 T C 216 216 2 2 -1 27211 A C 0 216 2 2 -1 27261 C G 216 216 2 2 -1 27312 G A 212 216 2 2 -1 27342 G T 210 216 2 2 -1 27387 C A 216 216 2 2 -1 27405 T A 0 216 2 2 -1 27414 A G 216 216 0 2 -1 27432 G A 216 216 2 2 -1 27455 A C 0 216 2 2 -1 27495 G A 216 216 2 2 -1 27567 A T 216 216 2 2 -1 27620 G T 216 216 2 2 -1 27651 G T 169 216 2 2 -1 27671 C T 216 216 0 2 -1 27732 A G 216 216 0 2 -1 27743 G T 216 216 2 2 -1 27748 T A 216 216 0 2 -1 27763 T A 0 216 2 2 -1 27779 T G 210 216 2 2 -1 27834 A G 216 216 2 2 -1 27850 T A 216 216 0 2 -1 27933 C A 168 216 2 2 -1 27947 A C 214 216 2 2 -1 28019 T G 216 216 0 2 -1 28035 C T 216 216 0 2 -1 28064 A G 216 216 0 2 -1 28107 T C 0 216 2 2 -1 28112 G T 216 216 2 2 -1 28129 C G 214 216 2 2 -1 28179 T A 0 216 2 2 -1 28254 A C 0 216 2 2 -1 28263 C G 216 216 0 2 -1 28293 A C 210 216 2 2 -1 28421 A G 216 216 2 2 -1 28426 T C 216 216 0 2 -1 28439 T A 214 216 2 2 -1 28449 G C 216 216 2 2 -1 28455 G T 105 216 2 2 -1 28465 G A 216 216 0 2 -1 28494 T A 216 216 2 2 -1 28510 A G 0 216 2 2 -1 28524 T C 216 216 2 2 -1 28546 C A 216 216 2 2 -1 28605 A G 216 216 2 2 -1 28632 T C 216 216 2 2 -1 28669 G C 216 216 2 2 -1 28687 T A 216 216 2 2 -1 28731 A T 213 216 2 2 -1 28742 C G 216 216 0 2 -1 28777 G A 0 216 2 2 -1 28819 T C 216 216 0 2 -1 28821 G C 0 216 2 2 -1 28880 C G 216 216 0 2 -1 28936 G A 0 216 2 2 -1 28953 C A 216 216 0 2 -1 28956 T A 208 216 2 2 -1 28970 A T 215 216 2 2 -1 28971 C T 210 216 2 2 -1 28975 T A 216 216 0 2 -1 28988 A G 0 216 2 2 -1 29018 C A 216 216 0 2 -1 29020 C A 0 216 2 2 -1 29042 T A 216 216 2 2 -1 29049 T G 216 216 2 2 -1 29052 C A 216 216 1 2 -1 29077 T G 212 216 2 2 -1 29106 A T 157 216 2 2 -1 29108 T G 216 216 2 2 -1 29249 C G 0 216 0 2 -1 29253 C A 210 216 2 2 -1 29255 T C 216 216 2 2 -1 29256 G A 216 216 2 2 -1 29258 G C 216 216 1 2 -1 29259 T A 163 216 2 2 -1 29322 C G 0 216 2 2 -1 29375 A C 216 216 0 2 -1 29377 A C 59 216 2 2 -1 29427 C G 0 216 2 2 -1 29436 A G 216 216 2 2 -1 29484 C T 0 216 2 2 -1 29501 T C 0 216 2 2 -1 29590 C A 216 216 0 2 -1 29592 T C 216 216 2 2 -1 29642 T G 0 216 2 2 -1 29669 G T 216 216 2 2 -1 29686 C G 0 216 0 2 -1 29727 G T 216 216 2 2 -1 29734 A T 163 216 2 2 -1 29761 T C 216 216 2 2 -1 29795 A T 215 216 2 2 -1 29915 C A 216 216 2 2 -1 29992 G T 205 216 2 2 diff --git a/man/dot-count_alleles.Rd b/man/dot-count_alleles.Rd index d20a840..007e34d 100644 --- a/man/dot-count_alleles.Rd +++ b/man/dot-count_alleles.Rd @@ -14,7 +14,3 @@ \description{ Count derived or ancestral alleles for a given vcf position } -\examples{ -data.table::data.table(col1="1|1", col2="0|0", col3="0|0") \%>\% -dplyr::summarise(across(col1:col3, .count_alleles)) -} diff --git a/man/dot-split_geno.Rd b/man/dot-split_geno.Rd index df32d67..7901058 100644 --- a/man/dot-split_geno.Rd +++ b/man/dot-split_geno.Rd @@ -14,6 +14,3 @@ \description{ Split a genotype column from a vcf file } -\examples{ -split_geno(x = c("0|0","0|1","1|1"), split="|") -} diff --git a/man/dot-vcf_ncd1.Rd b/man/dot-vcf_ncd1.Rd index 06212bc..bd50dc7 100644 --- a/man/dot-vcf_ncd1.Rd +++ b/man/dot-vcf_ncd1.Rd @@ -23,6 +23,5 @@ Make input file for NCD1 from VCF } \examples{ inp = read_vcf("inst/example.vcf") -vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108), -.vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=108, index.col=10, verbose=T) +.vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108)) } diff --git a/man/parse_vcf_old.Rd b/man/parse_vcf_old.Rd index 28742cf..ef7673e 100644 --- a/man/parse_vcf_old.Rd +++ b/man/parse_vcf_old.Rd @@ -21,7 +21,9 @@ parse_vcf_old( \item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided, this will be a timestamp + infile in the current directory.} -\item{n0}{Number of individuals in pop1} +\item{n0}{Number of individuals in pop0} + +\item{n1}{Number of individuals in pop1} \item{type}{Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2.} @@ -42,5 +44,4 @@ Parse VCF files generated by SLiM v3 } \examples{ parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") -parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out") } diff --git a/tests/testthat.R b/tests/testthat.R index 31becf3..29ea3ab 100644 --- a/tests/testthat.R +++ b/tests/testthat.R @@ -6,10 +6,6 @@ # * https://r-pkgs.org/tests.html # * https://testthat.r-lib.org/reference/test_package.html#special-files -<<<<<<< Updated upstream -======= - ->>>>>>> Stashed changes library(testthat) library(balselr) From 8a989f34d757a3447ae3d61028dba1c8ee5e5be0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Thu, 6 Jul 2023 17:21:45 -0400 Subject: [PATCH 07/46] Major update Fixed: parse_vcf, ncd1, ncd2, .vcf_ncd1, .vcf_ncd2, read_vcf --- DESCRIPTION | 4 +- NAMESPACE | 1 + R/count_alleles.R | 4 +- R/ncd1.R | 13 +-- R/ncd2.R | 194 ++++++++------------------------- R/parse_vcf.R | 140 ++++++++---------------- R/parse_vcf_old.R | 183 ------------------------------- R/read_vcf.R | 20 ++-- R/vcf_ncd1.R | 20 ++-- R/vcf_ncd2.r | 172 +++++++++++++++-------------- man/dot-vcf_ncd1.Rd | 4 - man/dot-vcf_ncd2.Rd | 22 +--- man/ncd2.Rd | 37 +------ man/parse_vcf.Rd | 5 +- man/parse_vcf_old.Rd | 47 -------- man/read_vcf.Rd | 9 +- tests/testthat/test-read_vcf.R | 2 +- 17 files changed, 216 insertions(+), 661 deletions(-) delete mode 100644 R/parse_vcf_old.R delete mode 100644 man/parse_vcf_old.Rd diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 3336d59..07a5189 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -16,9 +16,7 @@ Imports: dplyr, glue, magrittr, - stringr, - testthat, - tictoc + stringr Depends: R (>= 2.10) Suggests: testthat (>= 3.1.9) diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index b88b8be..64aed57 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -3,6 +3,7 @@ export("%>%") export(hello) export(ncd1) +export(ncd2) export(outfile_path) export(parse_vcf) export(read_vcf) diff --git a/R/count_alleles.R b/R/count_alleles.R index a5aab3f..bd2275e 100644 --- a/R/count_alleles.R +++ b/R/count_alleles.R @@ -8,8 +8,8 @@ x<-.split_geno(x = x, split = split) #if(der == T){sum(x, na.rm=T)}else if (der == F){sum(!is.na(x))-sum(x, na.rm=T)} #sum(!is.na(x))-sum(x, na.rm=T) - ref<-sum(x==0, na.rm=T) #number of ref alleles - alt<-sum(x==1, na.rm=T) #number of alt alleles + #ref<-sum(x==0, na.rm=T) #number of ref alleles + sum(x==1, na.rm=T) #number of alt alleles } .count_nonmissing<-function(x, split="|"){ diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 6c8970c..7b74fd8 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -23,9 +23,9 @@ ncd1 <- function(x = x, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) { - Win.ID <-SegSites <-POS <- V1 <- temp <- NCD1 <- CHR <- AF <- NULL - tx_1 <-tn_1 <-AF2 <-tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL - tictoc::tic("Total runtime") + #Win.ID <-SegSites <-POS <- V1 <- temp <- NCD1 <- CHR <- AF <- NULL + # tx_1 <-tn_1 <-AF2 <-tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL + assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one chromosome at a time\n") @@ -50,9 +50,8 @@ ncd1 <- function(x = x, y], mc.cores = ncores)) mylist2 <- data.table::setDT(mylist2) + #################### # } - - mylist2[, tf := tf] res <- mylist2[, .(SegSites = sum(SNP), @@ -62,7 +61,7 @@ ncd1 <- function(x = x, res1 <- mylist2 %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% dplyr::reframe( MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - Mid.SNP = Mid[1]) %>% + MidSNP = Mid[1]) %>% # TopMaf = which(min(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% #dplyr::ungroup() %>% as.data.table %>% @@ -85,5 +84,5 @@ ncd1 <- function(x = x, res4 <- res4 %>% dplyr::ungroup() %>% as.data.table res4[, NCD1 := sqrt(temp2 / IS), by = Win.ID] res4[, temp2 := NULL] - print(res4) + return(print(res4)) } diff --git a/R/ncd2.R b/R/ncd2.R index 92797aa..f25bcdb 100644 --- a/R/ncd2.R +++ b/R/ncd2.R @@ -2,55 +2,33 @@ #' #' @param x A data.table object #' @param tf Target frequency -#' @param fold Logical. If TRUE, NCD2 will use minor allele frequencies. + #' @param w Window size in bp. Default is 1000 -#' @param by.snp Logical. If TRUE, windows are defined around each SNP -#' in the input data. Else, slidding windows in the range first pos:last pos -#' will be used. -#' @param mid Logical. If TRUE runs NCD centered on a core SNP frequency instead of a pre-defined tf. Requires targetpos. + #' @param ncores Number of cores. Increasing this can spead things up for you. #' Default is 4. -#'@param selectwin Select window. "val" returns the window with the lowest test. "maf" returns the window -#' which has the lowest difference between its central MAF and the tf."mid" returns the window -#' centered closest on a value provided by the user under targetpos."all" returns all windows (idea for when the user wants to select windows after scanning a genome) -#' @param targetpos Position of the target SNP. Only needed for mid==T + + #' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with #' less informative sites than this threshold are discarded. -#' @param label An optional label to include as the last column of the output -#' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -#' function runs. + #' @return A data.table object +#' @export #' -#' @examples ncd2(x=ncd2_input, selectwin="mid", targetpos=15000, mid=TRUE) -#' ncd2(x=ncd2_input, selectwin="val", targetpos=NULL, mid=F) +#' @examples ncd2(x=ncd2_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) #' @import data.table #' @importFrom data.table ":=" -ncd2 <- function( - x = x, - tf = 0.5, - fold = T, - w = 3000, - by.snp = TRUE, - mid = FALSE, - ncores = 2, - selectwin = "val", - targetpos = NULL, - minIS = 2, - label = NULL, - verbose = T) { - Win.ID <- SegSites <- POS <- V1 <- temp <- NCD2 <- CHR <- AF <- AF2 <- NULL - tx_1 <- tn_1 <- tx_1 <- tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL - tictoc::tic("Total runtime") +#' +ncd2 <- function(x = x, + tf = 0.5, + w = 3000, + ncores = 2, + minIS = 2) { + #Win.ID <- SegSites <- POS <- V1 <- temp <- NCD2 <- CHR <- AF <- AF2 <- NULL + #tx_1 <- tn_1 <- tx_1 <- tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL + assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one chromosome at a time\n") - if (mid == TRUE) { - assertthat::assert_that(is.null(targetpos) == FALSE, msg = "NCD_mid requires a targetpos") - assertthat::assert_that(selectwin == "mid", msg = "If mid=T, selectwin must be=='mid'.") - } - if (selectwin == "mid") { - assertthat::assert_that(mid == TRUE, msg = "If selectwin=='mid', mid must be TRUE.") - assertthat::assert_that(mid == TRUE, msg = "NCD_mid requires a targetpos.") - } x[, AF := tx_1 / tn_1] x[, AF2 := tx_2 / tn_2] @@ -67,78 +45,53 @@ ncd2 <- function( fdpos2<-x2[FD==T]$ID # if(by.snp==T){ mylist <- - parallel::mclapply(x2[polpos2, ]$POS, function(y) { - x2[POS >= y - w1 & - POS < y + w1][, .(POS, AF, AF2, ID, SNP, FD, tx_1, tx_2, MAF)] + parallel::mclapply(x$POS, function(y) { + x[POS >= y - w1 & + POS < y + w1][, .(POS, AF, AF2, FD, ID, SNP, tx_1, MAF)] }, mc.cores = ncores) - mylist <- + mylist2 <- do.call(rbind, parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y) mylist[[y]][, Mid := x2[polpos2,]$POS[y]][, Win.ID := - y], + y], mc.cores = ncores)) - mylist <- data.table::setDT(mylist) - # } - #################### - if (mid == TRUE) { - mylist[, temp := abs(Mid - targetpos), by = Win.ID] - mylist <- mylist[temp == min(temp)] - mylist[, temp := NULL] - mylist[, tf := round(mylist[POS == Mid]$MAF[1], 2)] + mylist2 <- data.table::setDT(mylist2) + #################### + mylist2[, tf := tf] res <- - mylist[POS != Mid][, .(SegSites = sum(SNP), - FDs = sum(FD), - IS = sum(SNP)+sum(FD)), - by = Win.ID] - res[, tf := round(mylist[1, tf], 2)] - res1 <- dplyr::bind_cols(( - mylist %>% - dplyr::summarise( - MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - Mid = Mid[1], - Win.ID = Win.ID[1] - ) - ), - (mylist[POS != Mid] %>% dplyr::summarise(CenMaf = max( - abs(MAF - tf) - )))) %>% as.data.table #target SNP excluded - - res2 <- merge(res, res1) - res3 <- - mylist %>% dplyr::filter(SNP == T) %>% - dplyr::filter(POS != Mid) %>% #exclude target SNP - dplyr::summarise(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2), Win.ID = Win.ID[1]) %>% - as.data.table - } else{ - mylist[, tf := tf] - res <- - mylist[, .(SegSites = sum(SNP), + mylist2[, .(SegSites = sum(SNP), FDs = sum(FD), IS = sum(SNP)+sum(FD)), by = Win.ID] res[, tf := tf] - res1 <- mylist %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::summarise( + res1 <- mylist2 %>% + dplyr::group_by(Win.ID) %>% + dplyr::reframe( MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - Mid = Mid[1], - CenMaf = max(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% - dplyr::ungroup() %>% - as.data.table + MidSNP = Mid[1]) %>% + #CenMaf = max(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% + # dplyr::ungroup() %>% + as.data.table %>% + unique() res2 <- merge(res, res1) res3 <- - mylist %>% dplyr::filter(SNP == T) %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::summarise(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% dplyr::ungroup() %>% + mylist2 %>% + dplyr::filter(SNP == T) %>% + dplyr::group_by(Win.ID) %>% + dplyr::reframe(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% as.data.table - } + #} #################### res4 <- merge(res2, res3) %>% as.data.table - res4 <- res4 %>% dplyr::ungroup() %>% as.data.table + res4 <- res4 %>% + dplyr::ungroup() %>% + as.data.table mini_fun<-function(x,y){ sum((rep(0, x)-y)^2) } @@ -146,66 +99,7 @@ ncd2 <- function( res4[, NCD2 := sqrt(((temp2 + temp4) / IS)), by = Win.ID] res4[, temp2 := NULL] res4[, temp4 := NULL] - if (is.null(minIS) == "FALSE") { - res4 <- res4[IS >= minIS] - } - if (selectwin == "val") { - res4 <- - res4[which.min(res4$NCD2), ][, .(Win.ID, - SegSites, - IS, - FDs, - CenMaf, - Mid, - MidMaf, - NCD2, - tf)] - - } else if (selectwin == "maf") { - res4 <- - res4[which.min(res4$CenMaf), ][, .(Win.ID, - SegSites, - IS, - FDs, - CenMaf, - Mid, - MidMaf, - NCD2, - tf)] - - } else if (selectwin == "mid") { - res4 <- res4[which.min(res4$NCD2)][, .(Win.ID, - SegSites, - IS, - FDs, - CenMaf, - Mid, - MidMaf, - NCD2, - tf)] - - } else{ - res4 <- res4[, .(Win.ID, - SegSites, - IS, - FDs, - CenMaf, - Mid, - MidMaf, - NCD2, - tf)] - } - - setnames(res4,"NCD2", - ifelse(mid == TRUE, "NCD2_mid", glue::glue("NCD2_{tf}"))) - - - - if (is.null(label) == F) { - res4 <- res4[, label := label] - } - if (verbose == T) { - tictoc::toc() - } - print(res4) + #if (is.null(minIS) == "FALSE") { + res4 <- res4[IS >= minIS] + return(print(res4)) } diff --git a/R/parse_vcf.R b/R/parse_vcf.R index 3b3d85c..543f8de 100644 --- a/R/parse_vcf.R +++ b/R/parse_vcf.R @@ -10,40 +10,48 @@ #' @return Returns a data table object. #' @export #' -#' @examples parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") +#' @examples parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") +#' @examples parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2") -parse_vcf <- function(infile = "*.vcf", +parse_vcf <- function(infile = NULL, outfile = NULL, - n0 = 108, + n0 = NULL, n1 = NULL, - type = "ncd1") { - # tictoc::tic("Total runtime") - assertthat::assert_that(file.exists(infile), msg = glue::glue("VCF file {infile} does not exist.\n")) + type = NULL) { + + assertthat::assert_that(file.exists(infile), + msg = glue::glue("VCF file {infile} does not exist.\n")) type <- tolower(type) - assertthat::assert_that(type %in% c("ncd1", "ncd2"), msg="ncd_type must be either ncd1 or ncd2.\n") - if(type=="ncd2"){ - assertthat::assert_that(is.null(n1) == FALSE, msg = "n1 cannot be 'NULL'. NCD2 requires an outgroup.") + assertthat::assert_that(type %in% c("ncd1", "ncd2"), msg = "ncd_type must be either ncd1 or ncd2.\n") + if (type == "ncd2") { + assertthat::assert_that(is.null(n1) == FALSE, msg = "n1 cannot be 'NULL'. NCD2 requires an outgroup.") } - local.path=getwd() + local.path = getwd() if (!(is.null(outfile))) { - pat=stringr::str_split(infile, pattern="/", simplify=T)[length(stringr::str_split(infile, pattern="/", simplify=T))] - #outfile = outfile_path(glue::glue("{local.path}/{pat}_{type}.out")) - #if (verbose == T) { - #cat(glue::glue("No outfile provided. Will write this into tmp file {outfile}_{type}.out"),"\n") - #} - #} else{ - outfile <- glue::glue("{local.path}/{outfile}") + pat = stringr::str_split(infile, + pattern = "/", + simplify = T)[length(stringr::str_split( + infile, + pattern = "/", + simplify = T + ))] + outfile = outfile_path(glue::glue("{local.path}/{pat}_{type}.out")) + #if (verbose == T) { + #cat(glue::glue("No outfile provided. Will write this into tmp file {outfile}_{type}.out"),"\n") + #} + #} else{ + outfile <- glue::glue("{local.path}/{outfile}") } #} #}else{ # cat(glue::glue("No outfile provided. #} - pref <- gsub(".vcf", "", infile) - inp <- read_vcf(x = infile, only.bi = T) - + #pref <- gsub(".vcf", "", infile) + inp <- read_vcf(x = infile) + nind<-c(n0,n1) index.col <- which(colnames(inp) == "FORMAT") + 1 - # if (verbose == T) { + # if (verbose == T) { #cat(glue::glue("First genotype column is {index.col}"),"\n") #} #if (verbose == T) { @@ -70,81 +78,19 @@ parse_vcf <- function(infile = "*.vcf", #verbose = verbose ) } - # if (verbose == T) { - # cat( - # glue::glue( - # "Finished making input file for {type}. File written to: {outfile}" - # ), - # "\n" - # ) - # tictoc::toc() - # } else { - # cat(glue::glue("File written to: {local.path}/{outfile}"), "\n") - # } + # if (verbose == T) { + # cat( + # glue::glue( + # "Finished making input file for {type}. File written to: {outfile}" + # ), + # "\n" + # ) + # + # } else { + # cat(glue::glue("File written to: {local.path}/{outfile}"), "\n") + # } - # if (intern == T) { - ## } - return(res) + # if (intern == T) { + ## } + return(res) } -# -# out.ncd1.unf<-glue("{outfile}ncd1_unf.out") -# out.ncd2<-glue("{outfile}ncd2") -# out.ncd2.unf<-glue("{outfile}ncd2_unf.out") -# out.betascan<-glue("{outfile}betascan.out") -# out.betascan.unf<-glue("{outfile}betascan_unf.out") -# out.mutebass<-glue("{outfile}mutebass.out") -# out.balmixder<-glue("{outfile}mutebass.out") -# out.ballet.snp<-glue("{outfile}ballet_snp.out") -# out.ballet.rec<-glue("{outfile}ballet_rec.out") -# -# for(l in 1:nrow(inp)){ -# chr<-inp[l,1] -# pos<-inp[l,2] -# ref<-inp[l,4] -# alt<-inp[l,5] -# anc<-inp[l,get(colnames(inp)[outseq])] -# anc<-str_split(anc,"|",simplify=F)[[1]][[2]] -# drv=0 ; total=0; drv2=0; total2=0 -# for(i in index.col:(index.col+nind[1])){ -# al<-str_split(inp[l,get(colnames(inp)[i])],"|",simplify=F)[[1]] -# if(al[1]!=anc){drv=drv+1} -# if(al[2]!=anc){drv=drv+1} -# total = total + 2 -# } -# for(i in ((index.col+nind[1])+1):(index.col+nind[2])){ -# al<-str_split(inp[l,get(colnames(inp)[i])],"|",simplify=F)[[1]] -# if(al[1]!=anc){drv2=drv2+1} -# if(al[2]!=anc){drv2=drv2+1} -# total2 = total2 + 2 -# } -# sink(out.ncd1) -# cat("CHR\tPOS\tREF\tALT\tx_1\tn_1\tx_2\tn_2") -# cat(chr,pos,ref,alt,drv,total, drv2, total2) -# sink() -# print $1, $2, 1.2e-8*$2,drv,total, drv2, total2 > outmute # recombination rate -# print $2, drv,total > betaout -# if(drv>0) print $2, total-drv, total > balout".snp" -# if(drv>0){ -# print $2, ($2-prevpos)*2.75e-4 > balout".rec" # pop-scaled recombination rate (2Nr = 2*11477*1.2e-8 = 2.75448e-4) -# prevpos=$2 -# } -# if(drv>0) print $2, "NA", drv, total > balmixder #BalLeRMix_manual p.5: When the user does not have recombination maps for reference, the seceond column -# can be NAs as long as the user makes sure to use --physPos. -# } -# }' - -# sink(out.mutebass) -# cat("CHR\tPOS\tGenPOS\tx_1\tn_1\tx_2\tn_2") -# sink() -# sink(out.balmixder) -# cat("physPos\tgenPos\tx\tn") -# sync() -# sync(out.ballet.snp) -# cat("position\tx\tn") -# sync() -# sync(out.ballet.rec) -# cat("position\trate") -# sync() -# } -# outseq=128 -# } diff --git a/R/parse_vcf_old.R b/R/parse_vcf_old.R deleted file mode 100644 index 7b807bf..0000000 --- a/R/parse_vcf_old.R +++ /dev/null @@ -1,183 +0,0 @@ -#' Parse VCF files generated by SLiM v3 -#' -#' @param infile The path and name of a vcf file - single chromosome -#' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided, -#' this will be a timestamp + infile in the current directory. -#' @param n0 Number of individuals in pop0 -#' @param n1 Number of individuals in pop1 -#' @param type Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2. -#' @param fold Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. -#' If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE. -#' @param intern Logical. If TRUE, output is kept in R in addition to being written -#' in output file. If FALSE, output is written to file only. Default is TRUE. -#' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -#' function runs. -#' -#' @return Returns a data table object. - -#' -#' @examples parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") - -parse_vcf_old <- - function(infile = "*.vcf", - outfile = NULL, - n0=108, - n1=NULL, - type = "ncd2", - fold = T, - intern = T, - verbose = T) { - tictoc::tic("Total runtime") - assertthat::assert_that(file.exists(infile), - msg = glue::glue("VCF file {infile} does not exist.\n") - ) - type <- tolower(type) - # Index No. of the individual to use as ``ancestral'' sequence - if (fold == F & type == "ncd2") { - outseq <- (index.col) + (sum(nind) - 1) - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "You asked for the unfolded version. You need a third species. I will use column {outseq} for this." - ), - "\n" - ) - } - }else if (type == "ncd2"){ - assertthat::assert_that(is.null(n1)==FALSE, msg="n1 cannot be NULL. NCD2 requires an outgroup.") - } - else if (type == "ncd1") { - assertthat::assert_that(fold == T, msg = "Only the folded option is available when Ancestral/Derived states are unknown.\n") - } - # - if (is.null(outfile)) { - outfile = outfile_path(glue::glue("{infile}")) - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "No outfile provided. Will write this into tmp file {outfile}_{type}.out" - ), - "\n" - ) - } - }else{ - outfile <- glue::glue("{outfile}_{type}.out") - } - - nind<-c(n0,n1) - pref <- gsub(".vcf", "", infile) - inp <- read_vcf(x = infile, only.bi = T) - - index.col <- which(colnames(inp) == "FORMAT") + 1 - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "First genotype column is {index.col}" - ), "\n" - ) - } - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue("Creating input file for {type} from {infile}..."), - "\n" - ) - } - - - # - if (type == "ncd2") { - res <- - .vcf_ncd2( - x = inp, - outfile = outfile, - nind = nind, - index.col = index.col, - fold = fold, - verbose = verbose - ) - } else if (type == "ncd1") { - res <- - .vcf_ncd1( - x = inp, - outfile = outfile, - nind = nind, - index.col = index.col, - verbose = verbose - ) - } - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue("Finished making input file for {type}. File written to: {outfile}"), - "\n" - ) - tictoc::toc() - } else { - cat(glue::glue("File written to: {outfile}"), "\n") - } - - if (intern == T) { - return(res) - } - } -# -# out.ncd1.unf<-glue("{outfile}ncd1_unf.out") -# out.ncd2<-glue("{outfile}ncd2") -# out.ncd2.unf<-glue("{outfile}ncd2_unf.out") -# out.betascan<-glue("{outfile}betascan.out") -# out.betascan.unf<-glue("{outfile}betascan_unf.out") -# out.mutebass<-glue("{outfile}mutebass.out") -# out.balmixder<-glue("{outfile}mutebass.out") -# out.ballet.snp<-glue("{outfile}ballet_snp.out") -# out.ballet.rec<-glue("{outfile}ballet_rec.out") -# -# for(l in 1:nrow(inp)){ -# chr<-inp[l,1] -# pos<-inp[l,2] -# ref<-inp[l,4] -# alt<-inp[l,5] -# anc<-inp[l,get(colnames(inp)[outseq])] -# anc<-str_split(anc,"|",simplify=F)[[1]][[2]] -# drv=0 ; total=0; drv2=0; total2=0 -# for(i in index.col:(index.col+nind[1])){ -# al<-str_split(inp[l,get(colnames(inp)[i])],"|",simplify=F)[[1]] -# if(al[1]!=anc){drv=drv+1} -# if(al[2]!=anc){drv=drv+1} -# total = total + 2 -# } -# for(i in ((index.col+nind[1])+1):(index.col+nind[2])){ -# al<-str_split(inp[l,get(colnames(inp)[i])],"|",simplify=F)[[1]] -# if(al[1]!=anc){drv2=drv2+1} -# if(al[2]!=anc){drv2=drv2+1} -# total2 = total2 + 2 -# } -# sink(out.ncd1) -# cat("CHR\tPOS\tREF\tALT\tx_1\tn_1\tx_2\tn_2") -# cat(chr,pos,ref,alt,drv,total, drv2, total2) -# sink() -# print $1, $2, 1.2e-8*$2,drv,total, drv2, total2 > outmute # recombination rate -# print $2, drv,total > betaout -# if(drv>0) print $2, total-drv, total > balout".snp" -# if(drv>0){ -# print $2, ($2-prevpos)*2.75e-4 > balout".rec" # pop-scaled recombination rate (2Nr = 2*11477*1.2e-8 = 2.75448e-4) -# prevpos=$2 -# } -# if(drv>0) print $2, "NA", drv, total > balmixder #BalLeRMix_manual p.5: When the user does not have recombination maps for reference, the seceond column -# can be NAs as long as the user makes sure to use --physPos. -# } -# }' - -# sink(out.mutebass) -# cat("CHR\tPOS\tGenPOS\tx_1\tn_1\tx_2\tn_2") -# sink() -# sink(out.balmixder) -# cat("physPos\tgenPos\tx\tn") -# sync() -# sync(out.ballet.snp) -# cat("position\tx\tn") -# sync() -# sync(out.ballet.rec) -# cat("position\trate") -# sync() -# } -# outseq=128 -# } diff --git a/R/read_vcf.R b/R/read_vcf.R index 27ec8a1..ab46c98 100644 --- a/R/read_vcf.R +++ b/R/read_vcf.R @@ -1,25 +1,19 @@ #' Read vcf #' #' @param x The path and name of a vcf file -#' @param only.bi Logical. If TRUE, only bi-allelic SNP positions from VCF file -#' are kept. -#' @return Returns a data.table object +#' @return Returns a data.table object containing only SNPs #' @export #' -#' @examples read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) +#' @examples read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf")) #' @import data.table #' @importFrom data.table ":=" -read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", - only.bi = T) { - REF <- ALT <- x2 <- NULL +#' +read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf"){ + #REF <- ALT <- x2 <- NULL inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = T) data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR") - if (only.bi == T) { + inp <- inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G")][ALT %in% c("A", "C", "T", "G")] - inp - } else { - inp - } + return(print(inp)) } - diff --git a/R/vcf_ncd1.R b/R/vcf_ncd1.R index 5de59fb..c3232b8 100644 --- a/R/vcf_ncd1.R +++ b/R/vcf_ncd1.R @@ -7,16 +7,15 @@ #' @param nind A vector containing the number of diploid individuals from each #' population to be used. For ncd1, only one population is used. #' @param index.col First genotype column in VCF file. -#' @examples inp = read_vcf("inst/example.vcf") -#' .vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108)) + .vcf_ncd1 <- function(x, outfile = outfile, nind = nind, index.col = index.col) { # - tictoc::tic("Total runtime") - infile <- CHR <- POS <- REF <- ALT <- tx_1 <- tn_1 <- NULL - across <- tx_2 <- tn_2 <- NULL + # tictoc::tic("Total runtime") + # infile <- CHR <- POS <- REF <- ALT <- tx_1 <- tn_1 <- NULL + #across <- tx_2 <- tn_2 <- NULL npop <- length(nind) @@ -41,12 +40,13 @@ x %>% #dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% dplyr::rowwise() %>% - dplyr::summarise(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>% - dplyr::summarise(tx_1 = Reduce(`+`,.)), - x %>% dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% + dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>% + dplyr::reframe(tx_1 = Reduce(`+`,.)), + x %>% + #dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% dplyr::rowwise() %>% - dplyr::summarise(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>% - dplyr::summarise(tn_1 = Reduce(`+`,.)) + dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>% + dplyr::reframe(tn_1 = Reduce(`+`,.)) ) %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT, tx_1, tn_1) %>% as.data.table diff --git a/R/vcf_ncd2.r b/R/vcf_ncd2.r index 9fc4c3e..55b6e5b 100644 --- a/R/vcf_ncd2.r +++ b/R/vcf_ncd2.r @@ -7,89 +7,99 @@ #' population to be used. The length of the vector should be equal to the number #' of populations being sampled. #' @param index.col First genotype column in VCF file. -#' @param fold Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. -#' If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE. -#' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -#' function runs. -#' -#' @examples -#' .vcf_ncd2(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108,10), -#' index.col=10, fold=T, verbose=T) -#' + .vcf_ncd2 <- - function(x, - outfile = outfile, - nind = nind, - index.col = index.col, - fold = fold, - verbose = verbose) { - # - CHR <- POS <- REF <- ALT <- tx_1 <- tn_1 <- NULL - tx_2 <- tn_2 <- NULL - tictoc::tic("Total runtime") - npop <- length(nind) - assertthat::assert_that(npop == 2 | - npop == 3, msg = "If only one species is represented, you should use ncd1.\n") - pop0_cols <- colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))] - if (npop > 2) { - nind <- nind[c(1, 2)] - } - npop2 <- length(nind) - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "Your vcf contains {npop} populations. Only {npop2} are considered:" - ), - "\n" - ) - } - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest." - ), - "\n" - ) - } - pop1_cols <-colnames(x)[(index.col + nind[1]): (index.col + (sum(nind) - 1))] - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "Pop1: {nind[2]} diploid individuals.Columns {pop1_cols[1]}:{pop1_cols[length(pop1_cols)]}. This is your outgroup." - ), - "\n" - ) - } + function(x, + outfile = outfile, + nind = nind, + index.col = index.col) { + # + #CHR <- POS <- REF <- ALT <- tx_1 <- tn_1 <- NULL + # tx_2 <- tn_2 <- NULL + #tictoc::tic("Total runtime") + npop <- length(nind) + assertthat::assert_that(npop == 2 | + npop == 3, msg = "If only one species is represented, you should use ncd1.\n") + pop0_cols <- colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))] + if (npop > 2) { + nind <- nind[c(1, 2)] + } + npop2 <- length(nind) + #if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "Your vcf contains {npop} populations. Only {npop2} are considered:" + ), + "\n" + ) + #} + # if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest." + ), + "\n" + ) + # } + pop1_cols <- + colnames(x)[(index.col + nind[1]):(index.col + (sum(nind) - 1))] + #if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "Pop1: {nind[2]} diploid individuals.Columns {pop1_cols[1]}:{pop1_cols[length(pop1_cols)]}. This is your outgroup." + ), + "\n" + ) + # } - counter <- 0 - if(verbose==T){cat("Parsing vcf lines....\n")} - #for (l in 1:nrow(x)) { - #if(verbose==T){cat(l, "\r")} + # counter <- 0 + # if (verbose == T) { + # cat("Parsing vcf lines....\n") + # } + #for (l in 1:nrow(x)) { + #if(verbose==T){cat(l, "\r")} - x <- data.table::setDT(x) - tableout<-x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table - tableout<-dplyr::bind_cols(tableout,x %>% dplyr::select(pop0_cols) %>% dplyr::rowwise() %>% - dplyr::summarise(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>% - dplyr::summarise(tx_1 = Reduce(`+`,.)), - x %>% dplyr::select(pop1_cols) %>% dplyr::rowwise() %>% - dplyr::summarise(across(pop1_cols, .count_alleles)) %>% - dplyr::summarise(tx_2 = Reduce(`+`,.)), - ) %>% dplyr::mutate(tn_1 = nind[1]*2, tn_2 = nind[2]*2) %>% - dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT, tx_1, tn_1, tx_2, tn_2) %>% - as.data.table + x <- data.table::setDT(x) + tableout <- + x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table + tableout<-dplyr::bind_cols(tableout, + x %>% + #dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>% + dplyr::reframe(tx_1 = Reduce(`+`,.)), + x %>% + #dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>% + dplyr::reframe(tn_1 = Reduce(`+`,.)), + x %>% + #dplyr::select(all_of(pop1_cols)) %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop1_cols, .count_alleles)) %>% + dplyr::reframe(tx_2 = Reduce(`+`,.)), + x %>% + #dplyr::select(all_of(pop1_cols)) %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop1_cols, .count_nonmissing)) %>% + dplyr::reframe(tn_2 = Reduce(`+`,.)) + ) %>% + # dplyr::mutate(tn_1 = nind[1] * 2, tn_2 = nind[2] * + # 2) %>% + dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT, tx_1, tn_1, tx_2, tn_2) %>% + as.data.table - if (verbose == T) { - cat( - glue::glue("Printing output to {outfile}..."), - "\n" - ) - } - data.table::fwrite(tableout, - file = outfile, - sep = "\t", - col.names = T - ) - if(verbose==T){tictoc::toc()} - return(tableout) - } + #if (verbose == T) { + cat(glue::glue("Printing output to {outfile}..."), + "\n") + #} + if(!is.null(outfile)){ + data.table::fwrite(tableout, + file = outfile, + sep = "\t", + col.names = T) + } + #if(verbose==T){tictoc::toc()} + return(tableout) + } diff --git a/man/dot-vcf_ncd1.Rd b/man/dot-vcf_ncd1.Rd index bd50dc7..6076350 100644 --- a/man/dot-vcf_ncd1.Rd +++ b/man/dot-vcf_ncd1.Rd @@ -21,7 +21,3 @@ population to be used. For ncd1, only one population is used.} \description{ Make input file for NCD1 from VCF } -\examples{ -inp = read_vcf("inst/example.vcf") -.vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108)) -} diff --git a/man/dot-vcf_ncd2.Rd b/man/dot-vcf_ncd2.Rd index c1fa996..1cfd88a 100644 --- a/man/dot-vcf_ncd2.Rd +++ b/man/dot-vcf_ncd2.Rd @@ -1,17 +1,10 @@ % Generated by roxygen2: do not edit by hand -% Please edit documentation in R/vcf_ncd2.R +% Please edit documentation in R/vcf_ncd2.r \name{.vcf_ncd2} \alias{.vcf_ncd2} \title{Make input file for NCD2 from VCF} \usage{ -.vcf_ncd2( - x, - outfile = outfile, - nind = nind, - index.col = index.col, - fold = fold, - verbose = verbose -) +.vcf_ncd2(x, outfile = outfile, nind = nind, index.col = index.col) } \arguments{ \item{x}{A data.table object generated from reading a VCF file with read_vcf.} @@ -24,18 +17,7 @@ population to be used. The length of the vector should be equal to the number of populations being sampled.} \item{index.col}{First genotype column in VCF file.} - -\item{fold}{Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. -If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE.} - -\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -function runs.} } \description{ Make input file for NCD2 from VCF } -\examples{ -.vcf_ncd2(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108,10), -index.col=10, fold=T, verbose=T) - -} diff --git a/man/ncd2.Rd b/man/ncd2.Rd index f8d312e..17f7a86 100644 --- a/man/ncd2.Rd +++ b/man/ncd2.Rd @@ -4,52 +4,20 @@ \alias{ncd2} \title{Calculate non-central statistic (NCD2)} \usage{ -ncd2( - x = x, - tf = 0.5, - fold = T, - w = 3000, - by.snp = TRUE, - mid = FALSE, - ncores = 2, - selectwin = "val", - targetpos = NULL, - minIS = 2, - label = NULL, - verbose = T -) +ncd2(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) } \arguments{ \item{x}{A data.table object} \item{tf}{Target frequency} -\item{fold}{Logical. If TRUE, NCD2 will use minor allele frequencies.} - \item{w}{Window size in bp. Default is 1000} -\item{by.snp}{Logical. If TRUE, windows are defined around each SNP -in the input data. Else, slidding windows in the range first pos:last pos -will be used.} - -\item{mid}{Logical. If TRUE runs NCD centered on a core SNP frequency instead of a pre-defined tf. Requires targetpos.} - \item{ncores}{Number of cores. Increasing this can spead things up for you. Default is 4.} -\item{selectwin}{Select window. "val" returns the window with the lowest test. "maf" returns the window -which has the lowest difference between its central MAF and the tf."mid" returns the window -centered closest on a value provided by the user under targetpos."all" returns all windows (idea for when the user wants to select windows after scanning a genome)} - -\item{targetpos}{Position of the target SNP. Only needed for mid==T} - \item{minIS}{Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with less informative sites than this threshold are discarded.} - -\item{label}{An optional label to include as the last column of the output} - -\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -function runs.} } \value{ A data.table object @@ -58,6 +26,5 @@ A data.table object Calculate non-central statistic (NCD2) } \examples{ -ncd2(x=ncd2_input, selectwin="mid", targetpos=15000, mid=TRUE) -ncd2(x=ncd2_input, selectwin="val", targetpos=NULL, mid=F) +ncd2(x=ncd2_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) } diff --git a/man/parse_vcf.Rd b/man/parse_vcf.Rd index a81621e..efd67bc 100644 --- a/man/parse_vcf.Rd +++ b/man/parse_vcf.Rd @@ -4,7 +4,7 @@ \alias{parse_vcf} \title{Parse VCF files generated by SLiM v3} \usage{ -parse_vcf(infile = "*.vcf", outfile = NULL, n0 = 108, n1 = NULL, type = "ncd1") +parse_vcf(infile = NULL, outfile = NULL, n0 = NULL, n1 = NULL, type = NULL) } \arguments{ \item{infile}{The path and name of a vcf file - single chromosome} @@ -25,5 +25,6 @@ Returns a data table object. Parse VCF files generated by SLiM v3 } \examples{ -parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") +parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") +parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2") } diff --git a/man/parse_vcf_old.Rd b/man/parse_vcf_old.Rd deleted file mode 100644 index ef7673e..0000000 --- a/man/parse_vcf_old.Rd +++ /dev/null @@ -1,47 +0,0 @@ -% Generated by roxygen2: do not edit by hand -% Please edit documentation in R/parse_vcf_old.R -\name{parse_vcf_old} -\alias{parse_vcf_old} -\title{Parse VCF files generated by SLiM v3} -\usage{ -parse_vcf_old( - infile = "*.vcf", - outfile = NULL, - n0 = 108, - n1 = NULL, - type = "ncd2", - fold = T, - intern = T, - verbose = T -) -} -\arguments{ -\item{infile}{The path and name of a vcf file - single chromosome} - -\item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided, -this will be a timestamp + infile in the current directory.} - -\item{n0}{Number of individuals in pop0} - -\item{n1}{Number of individuals in pop1} - -\item{type}{Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2.} - -\item{fold}{Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts. -If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE.} - -\item{intern}{Logical. If TRUE, output is kept in R in addition to being written -in output file. If FALSE, output is written to file only. Default is TRUE.} - -\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the -function runs.} -} -\value{ -Returns a data table object. -} -\description{ -Parse VCF files generated by SLiM v3 -} -\examples{ -parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108, type="ncd1") -} diff --git a/man/read_vcf.Rd b/man/read_vcf.Rd index e471d81..5bb927f 100644 --- a/man/read_vcf.Rd +++ b/man/read_vcf.Rd @@ -4,20 +4,17 @@ \alias{read_vcf} \title{Read vcf} \usage{ -read_vcf(x = "inst/example.vcf", only.bi = T) +read_vcf(x = "inst/example.vcf") } \arguments{ \item{x}{The path and name of a vcf file} - -\item{only.bi}{Logical. If TRUE, only bi-allelic SNP positions from VCF file -are kept.} } \value{ -Returns a data.table object +Returns a data.table object containing only SNPs } \description{ Read vcf } \examples{ -read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) +read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf")) } diff --git a/tests/testthat/test-read_vcf.R b/tests/testthat/test-read_vcf.R index dfc6135..a1dfbdb 100644 --- a/tests/testthat/test-read_vcf.R +++ b/tests/testthat/test-read_vcf.R @@ -1,4 +1,4 @@ testthat::test_that("output is a data table", { - readinvcf <- read_vcf(x="example.vcf", only.bi = TRUE) + readinvcf <- read_vcf(x="example.vcf") expect_s3_class(readinvcf, "data.table") }) From c47cbc8b50373211ffc253372880398d4b681b77 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Fri, 7 Jul 2023 10:07:34 -0400 Subject: [PATCH 08/46] Update vcf_ncd1.R --- R/vcf_ncd1.R | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/R/vcf_ncd1.R b/R/vcf_ncd1.R index de31165..a56e098 100644 --- a/R/vcf_ncd1.R +++ b/R/vcf_ncd1.R @@ -11,7 +11,7 @@ #' #' #' @examples inp = read_vcf("inst/example.vcf") -#' vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108), +#' vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108)), #' .vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=108, index.col=10, verbose=T) .vcf_ncd1 <- function(x, outfile = outfile, From 01b92c07bcd0c891538d91df903249656003586e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Fri, 7 Jul 2023 19:13:28 -0400 Subject: [PATCH 09/46] readme --- NAMESPACE | 1 - R/ncd2.R | 105 ---------------------------------------------------- README.Rmd | 18 ++++----- README.md | 13 +++---- man/ncd2.Rd | 30 --------------- 5 files changed, 15 insertions(+), 152 deletions(-) delete mode 100644 R/ncd2.R delete mode 100644 man/ncd2.Rd diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index 64aed57..b88b8be 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -3,7 +3,6 @@ export("%>%") export(hello) export(ncd1) -export(ncd2) export(outfile_path) export(parse_vcf) export(read_vcf) diff --git a/R/ncd2.R b/R/ncd2.R deleted file mode 100644 index f25bcdb..0000000 --- a/R/ncd2.R +++ /dev/null @@ -1,105 +0,0 @@ -#' Calculate non-central statistic (NCD2) -#' -#' @param x A data.table object -#' @param tf Target frequency - -#' @param w Window size in bp. Default is 1000 - -#' @param ncores Number of cores. Increasing this can spead things up for you. -#' Default is 4. - - -#' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with -#' less informative sites than this threshold are discarded. - -#' @return A data.table object -#' @export -#' -#' @examples ncd2(x=ncd2_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) -#' @import data.table -#' @importFrom data.table ":=" -#' -ncd2 <- function(x = x, - tf = 0.5, - w = 3000, - ncores = 2, - minIS = 2) { - #Win.ID <- SegSites <- POS <- V1 <- temp <- NCD2 <- CHR <- AF <- AF2 <- NULL - #tx_1 <- tn_1 <- tx_1 <- tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL - - assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, - msg = "Run one chromosome at a time\n") - - x[, AF := tx_1 / tn_1] - x[, AF2 := tx_2 / tn_2] - x[, ID := seq_along(CHR)] - w1 <- w / 2 - polpos <- x[AF != 1 & AF != 0]$ID - fdpos <- sort(c(x[AF == 1 & AF2 == 0]$ID, x[AF == 0 & AF2 == 1]$ID)) - x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] - x[, FD := ifelse(ID %in% fdpos, T, F)] - x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] - x2 <- x[SNP == T | FD == T] - x2[, ID := seq_along(CHR)] - polpos2<-x2[SNP==T]$ID - fdpos2<-x2[FD==T]$ID - # if(by.snp==T){ - mylist <- - parallel::mclapply(x$POS, function(y) { - x[POS >= y - w1 & - POS < y + w1][, .(POS, AF, AF2, FD, ID, SNP, tx_1, MAF)] - }, - mc.cores = - ncores) - mylist2 <- - do.call(rbind, - parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y) - mylist[[y]][, Mid := x2[polpos2,]$POS[y]][, Win.ID := - y], - mc.cores = ncores)) - mylist2 <- data.table::setDT(mylist2) - - #################### - mylist2[, tf := tf] - res <- - mylist2[, .(SegSites = sum(SNP), - FDs = sum(FD), - IS = sum(SNP)+sum(FD)), - by = Win.ID] - res[, tf := tf] - res1 <- mylist2 %>% - dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::reframe( - MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - MidSNP = Mid[1]) %>% - #CenMaf = max(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% - # dplyr::ungroup() %>% - as.data.table %>% - unique() - - res2 <- merge(res, res1) - res3 <- - mylist2 %>% - dplyr::filter(SNP == T) %>% - dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::reframe(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% - as.data.table - #} - - #################### - - res4 <- merge(res2, res3) %>% as.data.table - res4 <- res4 %>% - dplyr::ungroup() %>% - as.data.table - mini_fun<-function(x,y){ - sum((rep(0, x)-y)^2) - } - res4[, temp4 := mini_fun(unique(FDs),unique(tf)), by=Win.ID] - res4[, NCD2 := sqrt(((temp2 + temp4) / IS)), by = Win.ID] - res4[, temp2 := NULL] - res4[, temp4 := NULL] - #if (is.null(minIS) == "FALSE") { - res4 <- res4[IS >= minIS] - return(print(res4)) -} diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd index c7a6aef..f450836 100644 --- a/README.Rmd +++ b/README.Rmd @@ -35,22 +35,22 @@ library(balselr) ## Example -This is a basic example which shows you how to read in a vcf file and keep all samples/individuals +This is a basic example which shows you how to read in a vcf file: -``` r -read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) +```{r, echo=T, eval=F} +read_vcf(x="inst/example.vcf") ``` -This is an example which shows how to parse a vcf file and output an input file for ncd1 or ncd2: +This is an example which shows how to parse a vcf file and output an input file for `ncd1`: -``` r -parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out") +```{r, echo=T, eval=F} +parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") ``` -This is an example which shows how to parse a vcf file and output an input file for ncd1 or ncd1: -``` r -#upcoming +This is an example which shows how to parse a vcf file and output an input file for `ncd2`: +```{r, echo=T, eval=F} +parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2") ``` You'll still need to render `README.Rmd` regularly, to keep `README.md` up-to-date. `devtools::build_readme()` is handy for this. You could also use GitHub Actions to re-render `README.Rmd` every time you push. An example workflow can be found here: . diff --git a/README.md b/README.md index c4c04fa..86c2b03 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -26,25 +26,24 @@ library(balselr) ## Example -This is a basic example which shows you how to read in a vcf file and -keep all samples/individuals +This is a basic example which shows you how to read in a vcf file: ``` r -read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) +read_vcf(x="inst/example.vcf") ``` This is an example which shows how to parse a vcf file and output an -input file for ncd1 or ncd2: +input file for `ncd1`: ``` r -parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out") +parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") ``` This is an example which shows how to parse a vcf file and output an -input file for ncd1 or ncd1: +input file for `ncd2`: ``` r -#upcoming +parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2") ``` You’ll still need to render `README.Rmd` regularly, to keep `README.md` diff --git a/man/ncd2.Rd b/man/ncd2.Rd deleted file mode 100644 index 17f7a86..0000000 --- a/man/ncd2.Rd +++ /dev/null @@ -1,30 +0,0 @@ -% Generated by roxygen2: do not edit by hand -% Please edit documentation in R/ncd2.R -\name{ncd2} -\alias{ncd2} -\title{Calculate non-central statistic (NCD2)} -\usage{ -ncd2(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) -} -\arguments{ -\item{x}{A data.table object} - -\item{tf}{Target frequency} - -\item{w}{Window size in bp. Default is 1000} - -\item{ncores}{Number of cores. Increasing this can spead things up for you. -Default is 4.} - -\item{minIS}{Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with -less informative sites than this threshold are discarded.} -} -\value{ -A data.table object -} -\description{ -Calculate non-central statistic (NCD2) -} -\examples{ -ncd2(x=ncd2_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) -} From 43c56a345582e2c24051380b5026d6dd8aca5951 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Mon, 10 Jul 2023 14:25:03 -0400 Subject: [PATCH 10/46] testing --- tests/testthat/test-parse_vcf.R | 17 ++++++----------- tests/testthat/test-read_vcf.R | 8 +------- tests/testthat/test_vcf.rda | Bin 0 -> 1123 bytes 3 files changed, 7 insertions(+), 18 deletions(-) create mode 100644 tests/testthat/test_vcf.rda diff --git a/tests/testthat/test-parse_vcf.R b/tests/testthat/test-parse_vcf.R index 06570d9..9081752 100644 --- a/tests/testthat/test-parse_vcf.R +++ b/tests/testthat/test-parse_vcf.R @@ -3,18 +3,13 @@ test_that("Test error is thrown when file doesn't exist", { "VCF file filethatdoesnotexist.vcf does not exist.") }) -test_that("Test error is thrown when type is not specified", { - expect_error(parse_vcf(infile = "example.vcf", n0 = 108, n1 = 1), - "You must choose either 'ncd1' or 'ncd2'") -}) -test_that("Test error is thrown when n1 is NULL for ncd2 type", { - expect_error(parse_vcf(infile = "example.vcf", n0 = 108, type = "ncd2"), - "n1 cannot be NULL. NCD2 requires an outgroup.") +testthat::test_that("parse_vcf handles invalid inputs", { + expect_error(parse_vcf(infile = "non-existent-file", n0 = 108, type = "ncd1")) + expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = 108, type = "invalid_type")) + expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = 108, type = "ncd2")) + expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = a, type = "ncd1")) }) -test_that("Test error is thrown when fold is F for ncd1 type", { - expect_error(parse_vcf(infile = "example.vcf", n0 = 108, n1 = 1, type = "ncd1", fold = F), - "Only the folded option is available when Ancestral/Derived states are unknown.") -}) + diff --git a/tests/testthat/test-read_vcf.R b/tests/testthat/test-read_vcf.R index aad1100..2c1487a 100644 --- a/tests/testthat/test-read_vcf.R +++ b/tests/testthat/test-read_vcf.R @@ -4,13 +4,7 @@ testthat::test_that("output is a data table", { }) testthat::test_that("read_vcf correctly renames column", { - result <- read_vcf(x="example.vcf", only.bi = TRUE) + result <- read_vcf(x="example.vcf") expect_true("CHR" %in% colnames(result)) }) -test_that("read_vcf correctly filters data with only.bi parameter", { - result_bi <- read_vcf(x="example.vcf", only.bi = TRUE) - result_all <- read_vcf(x="example.vcf", only.bi = FALSE) - expect_true(nrow(result_bi) <= nrow(result_all)) -}) - diff --git a/tests/testthat/test_vcf.rda b/tests/testthat/test_vcf.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..c31b4f5be87e976980b817238882cb63cd5b08a8 GIT binary patch literal 1123 zcmb2|=3oE==C^ZB=PA32v{lQnn@kjFo^WHsBgSK^ezPVo39~U2=X>v!IrdqXWy=xk@nr2BI}{oJ?e)s)Sz4u9j` z`87$~b5ie;eS-V)+h*k0y?<*{>KU}YRlI*v)hCNTe+o<_`s!*cW!P$^;^JCRXAhN$RdI(~UES}s`fyok2b*|_So@lki;<6F=dKp`*_QujZ{1nnm30&3WNl~I zyuWwre(v@;*Mm+!3+y(%efO_e_KRnZ=6hb0M9(okJNx%uvHWGXbr1S(uD$T6XJgu| zZI^a*hDV+3Qgh;ry{dA1mi}?ymMea%FR2B!eXQ)?;jDk{L5xIp#m3ed6%k8Wsx}z) zu2=JInS5r$CAFsLUNyaU7dw|PGQECDJo-Z+w|2|^Dy_38yV&A)DjZyXJE_FA`;p6* z@TaR4D`uqJbDo;}W=p$?&&Mvg#Qi^nY`2Kmtckk0FDk4yU&MCDX71Mqm&vsy>+Pws zJ@&Zf=em}i6?;SY&(4T=VHnMy8FKINw68y^cIgLs?BB5L@=gQEy9wdzJbrAddw4#z zs{O`=Wq^dh>U}Q-05Hj%(o}v|;S) z-?Vzq-&@b^*4WNo#rWTOTI_b0;wz!sR%X4)J+)3Y-?41#?5elYUzde_W8zkE`uUsKyPL}utJgmCt?|-toKb(^!{g8M>$B&4jpuDU`9*W% z*6t5)KYjW%|ImT6)0h8!SYUSb)|*Gy{Qm~-H+=QK!fM9uq8d3XF{zqM7M9Yy=g$9H z-uv*ummf6+GJ17ptLxKE^Xewv%&RY+akM$_o6GfEdDgote&nckzl{54a`e~t^OyHV z{!2(NU;kYvJLvx3yydh1FRR`$|CxV+O=9JvN}ZfWk9av1)dBx6XscrXB*NSjKN$n6Yg28XPeR- zH!q01ppyaOGM{aH=1{!A@`6kTp9wpd>-c#=}Q*wIewO0EB9|#U7yw`9HRAvP literal 0 HcmV?d00001 From 99ded0fe78507367ee0173caf20be03a09c2815a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Tue, 11 Jul 2023 15:49:26 -0400 Subject: [PATCH 11/46] more global variables --- R/global_variables.R | 7 ++++++- tests/testthat/test-utils.R | 12 ++++++++++++ 2 files changed, 18 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 tests/testthat/test-utils.R diff --git a/R/global_variables.R b/R/global_variables.R index 92fffdf..84d93fd 100644 --- a/R/global_variables.R +++ b/R/global_variables.R @@ -1 +1,6 @@ -utils::globalVariables(c("all_of", "across", "Mid", "temp2", "CenMaf", "MidMaf", "Method", "temp4", "IS", ".", "FDs" )) +utils::globalVariables(c( + "all_of", "across", "Mid", "temp2", "CenMaf", "MidMaf", "Method", + "temp4", "IS", ".", "FDs", "AF", "AF2", "ALT", "CHR", "FD", "ID", + "MAF", "NCD1", "NCD2", "POS", "REF", "SNP", "Win.ID", "tn_1", "tn_2", + "tx_1", "tx_2" +)) diff --git a/tests/testthat/test-utils.R b/tests/testthat/test-utils.R new file mode 100644 index 0000000..89425ca --- /dev/null +++ b/tests/testthat/test-utils.R @@ -0,0 +1,12 @@ +testthat::test_that("outfile_path correctly modifies file names", { + fixed_time <- as.POSIXct("2023-07-11 12:00:00", tz = "UTC") + + testthat::with_mock( + `base::Sys.time` = function() fixed_time, + { + expect_equal(outfile_path(), "example_2023-July-11_12-00-00.out") + expect_equal(outfile_path("test.txt"), "test_2023-July-11_12-00-00.out") + expect_equal(outfile_path("another_test.jpeg"), "another_test_2023-July-11_12-00-00.out") + } + ) +}) From 38bb0af96435fc84c1517d7a6d363beb7fffdf7b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Mon, 17 Jul 2023 16:10:19 -0400 Subject: [PATCH 12/46] even more tests --- tests/testthat/test-parse_vcf.R | 31 +++++++++++++++++++++++++++++++ tests/testthat/test-utils.R | 12 ------------ 2 files changed, 31 insertions(+), 12 deletions(-) diff --git a/tests/testthat/test-parse_vcf.R b/tests/testthat/test-parse_vcf.R index 9081752..8d0e1d0 100644 --- a/tests/testthat/test-parse_vcf.R +++ b/tests/testthat/test-parse_vcf.R @@ -9,7 +9,38 @@ testthat::test_that("parse_vcf handles invalid inputs", { expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = 108, type = "invalid_type")) expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = 108, type = "ncd2")) expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = a, type = "ncd1")) + expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = a, n1 = NULL, type = "ncd2")) }) +testthat::test_that("parse_vcf returns a data table", { + parsed_vcf <- parse_vcf(infile = "example.vcf", n0 = 108, type = "ncd1") + expect_s3_class(parsed_vcf, "data.table") +}) + +# testthat::test_that("parse_vcf correctly generates output file name", { +# result <- parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1") +# print(result) +# outfile <- basename(result$outfile) +# expect_equal(outfile, "example_ncd1.out") +# }) + + +testthat::test_that("parse_vcf calls .vcf_ncd2 correctly for type = 'ncd2'", { + result <- parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, n1=2, type = "ncd2") + expect_s3_class(result, "data.table") + expected_columns <- c("CHR", "POS", "REF", "ALT", "tx_1", "tn_1", "tx_2", "tn_2") + expect_equal(colnames(result), expected_columns) + + +}) + +testthat::test_that("parse_vcf calls .vcf_ncd1 correctly for type = 'ncd1'", { + result <- parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1") + expect_s3_class(result, "data.table") + expected_columns <- c("CHR", "POS", "REF", "ALT", "tx_1", "tn_1") + expect_equal(colnames(result), expected_columns) + + +}) diff --git a/tests/testthat/test-utils.R b/tests/testthat/test-utils.R index 89425ca..e69de29 100644 --- a/tests/testthat/test-utils.R +++ b/tests/testthat/test-utils.R @@ -1,12 +0,0 @@ -testthat::test_that("outfile_path correctly modifies file names", { - fixed_time <- as.POSIXct("2023-07-11 12:00:00", tz = "UTC") - - testthat::with_mock( - `base::Sys.time` = function() fixed_time, - { - expect_equal(outfile_path(), "example_2023-July-11_12-00-00.out") - expect_equal(outfile_path("test.txt"), "test_2023-July-11_12-00-00.out") - expect_equal(outfile_path("another_test.jpeg"), "another_test_2023-July-11_12-00-00.out") - } - ) -}) From a0840199f03c5dfda8396b3d82a6b2454db85281 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Tue, 18 Jul 2023 14:59:55 -0400 Subject: [PATCH 13/46] tests for ncd1 --- R/ncd1.R | 2 +- tests/testthat/test-ncd1.R | 26 ++++++++++++++++++++++++++ 2 files changed, 27 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 tests/testthat/test-ncd1.R diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 7b74fd8..c3ee287 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -5,7 +5,7 @@ #' @param w Window size in bp. Default is 1000 -#' @param ncores Number of cores. Increasing this can spead things up for you. +#' @param ncores Number of cores. Increasing this can speed things up for you. #' Default is 4. diff --git a/tests/testthat/test-ncd1.R b/tests/testthat/test-ncd1.R new file mode 100644 index 0000000..3ddfb4f --- /dev/null +++ b/tests/testthat/test-ncd1.R @@ -0,0 +1,26 @@ +# testthat::test_that("ncd1 works with valid input", { +# parsed_vcf <- parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1") +# expect_silent(ncd1(x = parsed_vcf, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2)) +# }) + + +test_that("ncd1 fails with invalid input", { + expect_error(ncd1(x = "not a data.table", tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2)) +}) + +test_that("parse_vcf correctly parses a VCF file", { + result <- parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1") + expect_is(result, "data.table") +}) + + + +test_that("ncd1 calculates non-central deviation correctly", { + parsed_vcf <- parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1") + result <- ncd1(x = parsed_vcf, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) + window1 <- parsed_vcf[POS >= parsed_vcf$POS[1] - 1500 & POS < parsed_vcf$POS[1] + 1500] + window1 <- window1[AF != 1 & AF != 0] + expected_ncd1 <- sqrt(sum((window1$MAF - 0.5) ^ 2) / nrow(window1)) + + expect_equal(result$NCD1[1], expected_ncd1) +}) From 2d3bdc5f658beb47ca323e951c449a76b1bb29fa Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Wed, 19 Jul 2023 19:15:21 -0400 Subject: [PATCH 14/46] readme --- README.Rmd | 7 +++++++ README.md | 7 +++++++ 2 files changed, 14 insertions(+) diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd index f450836..9b8b40d 100644 --- a/README.Rmd +++ b/README.Rmd @@ -53,6 +53,13 @@ This is an example which shows how to parse a vcf file and output an input file parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2") ``` + +Run `ncd1 (tf=0.5)` with a 3000 basepair window and a minimum of 8 informative sites per window using 2 cores: + +```{r, echo=T, eval=F} +ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) +``` + You'll still need to render `README.Rmd` regularly, to keep `README.md` up-to-date. `devtools::build_readme()` is handy for this. You could also use GitHub Actions to re-render `README.Rmd` every time you push. An example workflow can be found here: . diff --git a/README.md b/README.md index 86c2b03..9cb1f74 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -46,6 +46,13 @@ input file for `ncd2`: parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2") ``` +Run `ncd1 (tf=0.5)` with a 3000 basepair window and a minimum of 8 +informative sites per window using 2 cores: + +``` r +ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) +``` + You’ll still need to render `README.Rmd` regularly, to keep `README.md` up-to-date. `devtools::build_readme()` is handy for this. You could also use GitHub Actions to re-render `README.Rmd` every time you push. An From 681b2ac3466b9edb8effa7dae41413642e4fedd3 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Wed, 19 Jul 2023 21:05:48 -0400 Subject: [PATCH 15/46] many updates to parse_vcf, ncd1, and ncd2. See dev notes and also comments in code for next steps --- .gitignore | 1 + Notes_for_dev.Rmd | 8 + R/ncd1.R | 100 ++-- R/ncd2.R | 42 +- R/parse_vcf.R | 76 +-- R/read_vcf.R | 10 +- R/utils.R | 10 + R/vcf_ncd1.R | 97 ++- R/vcf_ncd2.r | 128 ++-- man/dot-vcf_ncd1.Rd | 9 +- man/dot-vcf_ncd2.Rd | 7 +- man/ncd1.Rd | 4 +- man/parse_vcf.Rd | 13 +- renv.lock | 1376 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ renv/activate.R | 497 ++++++++++++---- 15 files changed, 1959 insertions(+), 419 deletions(-) create mode 100644 renv.lock diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 4937abd..889192a 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -5,3 +5,4 @@ .Rdata .httr-oauth .DS_Store +local_only/ diff --git a/Notes_for_dev.Rmd b/Notes_for_dev.Rmd index 3aba733..05681e9 100644 --- a/Notes_for_dev.Rmd +++ b/Notes_for_dev.Rmd @@ -33,5 +33,13 @@ my_parsed_vcf<-parse_vcf(infile="inst/example.vcf", n0=108, type="ncd1") ``` +## 07/19 +* removed "outfile" param from parse_vcf and internal functions within. +* put verbose back in +* added comments regarding pending things to do and test. + +to do: +* go over the comments in the code and make tests and adjustments +* figure out how to add references to the help page of functions. diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 7b74fd8..71a18b9 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -1,88 +1,84 @@ #' Calculate non-central statistic (NCD1) #' -#' @param x A data.table object -#' @param tf Target frequency - -#' @param w Window size in bp. Default is 1000 - -#' @param ncores Number of cores. Increasing this can spead things up for you. -#' Default is 4. - - +#' @param x A data.table object with +#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles). +#' @param tf Target frequency. +#' @param w Window size in bp. Default is 1000. +#' @param ncores Number of cores. Increasing this can speed things up for you. +#' Default is 2. #' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with #' less informative sites than this threshold are discarded. - -#' @return A data.table object +#' @return A data.table object with columns: Win.ID SegSites IS tf MidMaf Mid ncd1 #' @export #' #' @examples ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) #' @import data.table #' @importFrom data.table ":=" +#' +# to do: check that ncd1_input (internal object) is the same as the output of example command for ncd1 in the parse_vcf function. +# something like ncd1(x=parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1"), tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) == ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) +# do the equivalent thing for ncd2 ncd1 <- function(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) { - #Win.ID <-SegSites <-POS <- V1 <- temp <- NCD1 <- CHR <- AF <- NULL - # tx_1 <-tn_1 <-AF2 <-tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL - assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one chromosome at a time\n") - x[, AF := tx_1 / tn_1] + x[, AF := tx_1 / tn_1] #allele relative frequency x[, ID := seq_along(CHR)] w1 <- w / 2 - polpos <- x[AF != 1 & AF != 0]$ID #must be polymorphic - x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] - x <- x[SNP == T] + polpos <- + x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic + x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. + x <- x[SNP == T] #select only polymorphic positions x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] mylist <- parallel::mclapply(x$POS, function(y) { x[POS >= y - w1 & - POS < y + w1][, .(POS, AF, ID, SNP, tx_1, MAF)] + POS < y + w1][, Mid:=y][, .(POS, AF, ID, SNP, tx_1, MAF, Mid)] }, mc.cores = - ncores) + ncores) #creates list where each element is a genomic window + + #remove first and last windows in a chromosome + mylist<-mylist[seq(from=2, to=length(mylist)-1)] mylist2 <- do.call(rbind, parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y) - mylist[[y]][, Mid := x$POS[y]][, Win.ID := - y], + mylist[[y]][, Win.ID := y][,tf:=tf], mc.cores = ncores)) mylist2 <- data.table::setDT(mylist2) #################### - # } - mylist2[, tf := tf] - res <- - mylist2[, .(SegSites = sum(SNP), - IS = sum(SNP)), - by = Win.ID] - res[, tf := tf] - res1 <- mylist2 %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::reframe( - MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - MidSNP = Mid[1]) %>% - # TopMaf = which(min(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% - #dplyr::ungroup() %>% - as.data.table %>% - unique() #one row per window - - res2 <- merge(res, res1) - res3 <- - mylist2 %>% - dplyr::filter(SNP == T) %>% - #dplyr::filter(IS>=minIS) %>% - dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::reframe(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% + res <- + mylist2[, .(SegSites = sum(SNP), + IS = sum(SNP), + tf = tf), + by = Win.ID] %>% unique() + #to do: add some checks here + res1 <- mylist2 %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% + dplyr::reframe(MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], + Mid = Mid) %>% + # TopMaf = which(min(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% + #dplyr::ungroup() %>% + as.data.table %>% + unique() #one row per window + #to do: add some checks here + res2 <- merge(res, res1) + #to do: add some checks here + res3 <- + mylist2 %>% + dplyr::group_by(Win.ID) %>% + dplyr::reframe(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% - as.data.table - # } + as.data.table + # } res4 <- merge(res2, res3) %>% - dplyr::filter(IS>=minIS) %>% + dplyr::filter(IS >= minIS) %>% as.data.table - res4 <- res4 %>% dplyr::ungroup() %>% as.data.table - res4[, NCD1 := sqrt(temp2 / IS), by = Win.ID] - res4[, temp2 := NULL] - return(print(res4)) + + res4<-res4[, ncd1 := sqrt(temp2 / IS), by = Win.ID][,.(Win.ID, SegSites, IS, tf, MidMaf, Mid, ncd1)] + return(res4) } diff --git a/R/ncd2.R b/R/ncd2.R index f25bcdb..86f8453 100644 --- a/R/ncd2.R +++ b/R/ncd2.R @@ -1,43 +1,40 @@ #' Calculate non-central statistic (NCD2) #' -#' @param x A data.table object -#' @param tf Target frequency - -#' @param w Window size in bp. Default is 1000 - -#' @param ncores Number of cores. Increasing this can spead things up for you. -#' Default is 4. - - +#' @param x A data.table object with +#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles), tx_2, and tn_2. +#' @param tf Target frequency. Any value between 0 and 0.5. Default is 0.5. +#' @param w Window size in bp. Default is 1000. +#' @param ncores Number of cores. Increasing this can speed things up for you. +#' Default is 2. #' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with #' less informative sites than this threshold are discarded. - -#' @return A data.table object +#' @return A data.table object with columns: TO DO #' @export #' #' @examples ncd2(x=ncd2_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) #' @import data.table #' @importFrom data.table ":=" #' +# to do: check that ncd2_input (internal object) is the same as the output of example command for ncd2 in the parse_vcf function. ncd2 <- function(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) { - #Win.ID <- SegSites <- POS <- V1 <- temp <- NCD2 <- CHR <- AF <- AF2 <- NULL - #tx_1 <- tn_1 <- tx_1 <- tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL + assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one chromosome at a time\n") - x[, AF := tx_1 / tn_1] - x[, AF2 := tx_2 / tn_2] + x[, AF := tx_1 / tn_1] #allele relative frequency + x[, AF2 := tx_2 / tn_2] #allele relative frequency x[, ID := seq_along(CHR)] w1 <- w / 2 - polpos <- x[AF != 1 & AF != 0]$ID - fdpos <- sort(c(x[AF == 1 & AF2 == 0]$ID, x[AF == 0 & AF2 == 1]$ID)) - x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] - x[, FD := ifelse(ID %in% fdpos, T, F)] + polpos <- x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic + fdpos <- sort(c(x[AF == 1 & AF2 == 0]$ID, #fixed difference + x[AF == 0 & AF2 == 1]$ID)) #also fixed difference + x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. + x[, FD := ifelse(ID %in% fdpos, T, F)] #logical: True if FD, False if not. x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] x2 <- x[SNP == T | FD == T] x2[, ID := seq_along(CHR)] @@ -47,10 +44,13 @@ ncd2 <- function(x = x, mylist <- parallel::mclapply(x$POS, function(y) { x[POS >= y - w1 & - POS < y + w1][, .(POS, AF, AF2, FD, ID, SNP, tx_1, MAF)] + POS < y + w1][, .(POS, AF, AF2, ID, FD, SNP, tx_1, tx_2, MAF)] }, mc.cores = - ncores) + ncores) #creates list where each element is a genomic window + + #remove first and last windows in a chromosome + mylist<-mylist[seq(from=2, to=length(mylist)-1)] mylist2 <- do.call(rbind, parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y) diff --git a/R/parse_vcf.R b/R/parse_vcf.R index 543f8de..5c3fd97 100644 --- a/R/parse_vcf.R +++ b/R/parse_vcf.R @@ -1,96 +1,50 @@ #' Parse VCF files generated by SLiM v3 #' #' @param infile The path and name of a vcf file - single chromosome -#' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided, -#' this will be a timestamp + infile in the current directory. -#' @param n0 Number of individuals in pop0 -#' @param n1 Number of individuals in pop1 +#' @param n0 Number of individuals in pop0. Must be >=2 for both ncd1 and ncd2. +#' @param n1 Number of individuals in pop1. Must be >=1 for ncd2. Must be NULL for ncd1. NULL by default. #' @param type Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2. -#' -#' @return Returns a data table object. +#' @return Returns a data table object with columns CHR POS REF ALT tx_1 tn_1 (if type is ncd1) or CHR POS REF ALT tx_1 tn_1 tx_2 tn_2 (if type is ncd2) #' @export -#' #' @examples parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") -#' @examples parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2") - +#' @examples parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=1, type="ncd2") +#' @param verbose Logical. Printed updates. Default is T. +# to do: test that outputs of both commands in the examples have the same values for tx_1 and tn_1 parse_vcf <- function(infile = NULL, - outfile = NULL, n0 = NULL, n1 = NULL, - type = NULL) { + type = NULL, + verbose=T) { assertthat::assert_that(file.exists(infile), msg = glue::glue("VCF file {infile} does not exist.\n")) + #to do: check that n0 and n1 meet requirements outlined above. + #to do: check that vcf file has at least the number of individuals provided in n0+n1 (i.e., if users says n0=10, n1=1 but vcf only has 8 individuals, this should return an error as early as possible) type <- tolower(type) assertthat::assert_that(type %in% c("ncd1", "ncd2"), msg = "ncd_type must be either ncd1 or ncd2.\n") if (type == "ncd2") { - assertthat::assert_that(is.null(n1) == FALSE, msg = "n1 cannot be 'NULL'. NCD2 requires an outgroup.") + assertthat::assert_that(is.null(n1) == FALSE, msg = "n1 cannot be 'NULL'. NCD2 requires an outgroup at least one individual as an outgroup.") } - local.path = getwd() - if (!(is.null(outfile))) { - pat = stringr::str_split(infile, - pattern = "/", - simplify = T)[length(stringr::str_split( - infile, - pattern = "/", - simplify = T - ))] - outfile = outfile_path(glue::glue("{local.path}/{pat}_{type}.out")) - #if (verbose == T) { - #cat(glue::glue("No outfile provided. Will write this into tmp file {outfile}_{type}.out"),"\n") - #} - #} else{ - outfile <- glue::glue("{local.path}/{outfile}") - } - #} - #}else{ - # cat(glue::glue("No outfile provided. - #} - #pref <- gsub(".vcf", "", infile) inp <- read_vcf(x = infile) nind<-c(n0,n1) index.col <- which(colnames(inp) == "FORMAT") + 1 - # if (verbose == T) { - #cat(glue::glue("First genotype column is {index.col}"),"\n") - #} - #if (verbose == T) { - # cat(glue::glue("Creating input file for {type} from {infile}..."),"\n") - #} - - # if (type == "ncd2") { res <- .vcf_ncd2( x = inp, - outfile = outfile, nind = nind, - index.col = index.col - #verbose = verbose + index.col = index.col, + verbose = verbose ) } else if (type == "ncd1") { res <- .vcf_ncd1( x = inp, - outfile = outfile, nind = nind, - index.col = index.col - #verbose = verbose + index.col = index.col, + verbose = verbose ) } - # if (verbose == T) { - # cat( - # glue::glue( - # "Finished making input file for {type}. File written to: {outfile}" - # ), - # "\n" - # ) - # - # } else { - # cat(glue::glue("File written to: {local.path}/{outfile}"), "\n") - # } - - # if (intern == T) { - ## } return(res) } diff --git a/R/read_vcf.R b/R/read_vcf.R index ab46c98..d51cf0a 100644 --- a/R/read_vcf.R +++ b/R/read_vcf.R @@ -8,12 +8,10 @@ #' @import data.table #' @importFrom data.table ":=" #' -read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf"){ - #REF <- ALT <- x2 <- NULL +read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf") { inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = T) data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR") - - inp <- - inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G")][ALT %in% c("A", "C", "T", "G")] - return(print(inp)) + inp <- + inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G")][ALT %in% c("A", "C", "T", "G")] + return(inp) } diff --git a/R/utils.R b/R/utils.R index 1c72c10..3a766f8 100644 --- a/R/utils.R +++ b/R/utils.R @@ -9,3 +9,13 @@ outfile_path <- function(infile = "example.vcf") { sub("\\..*", paste0("_",timestamp(now),".out"), infile) } + + +.even_or_odd<-function(num){ + if((num %% 2) == 0) { + return(0) +} else { + return(1) +} +} + diff --git a/R/vcf_ncd1.R b/R/vcf_ncd1.R index c3232b8..7e4d523 100644 --- a/R/vcf_ncd1.R +++ b/R/vcf_ncd1.R @@ -1,70 +1,53 @@ #' Make input file for NCD1 from VCF #' #' @param x An object of class data.table containing typical elements of a vcf file. Output: data.table with -#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles) -#' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided, -#' this will be a timestamp file in the current directory. +#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles) and (if type is ncd2) tx_2 and tn_2 #' @param nind A vector containing the number of diploid individuals from each #' population to be used. For ncd1, only one population is used. #' @param index.col First genotype column in VCF file. - +#' @param verbose Logical. Printed updates. Default is T. +#' +#to do: some of the tests suggested in parse_vcf might pertain here. .vcf_ncd1 <- function(x, - outfile = outfile, - nind = nind, - index.col = index.col) { - # - # tictoc::tic("Total runtime") - # infile <- CHR <- POS <- REF <- ALT <- tx_1 <- tn_1 <- NULL - #across <- tx_2 <- tn_2 <- NULL - - - npop <- length(nind) - assertthat::assert_that(npop == 1, msg = "NCD1 only uses one species. 'nind' should have length 1. \n") + nind = nind, + index.col = index.col, + verbose = T) { + npop <- length(nind) + assertthat::assert_that(npop == 1, msg = "NCD1 only uses one species. 'nind' should have length 1. \n") + # to do: asssert that input file looks the way it should + # to do: assert that index.col is an integer>1 and that the column it corresponds to is not named anything like CHR, POS, etc (i.e, the typical vcf columns) - pop0_cols <- colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))] + pop0_cols <- + colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))] - #if (verbose == T) { -# cat( -# glue::glue("Only {npop} population will be considered:"), "\n" -# ) - # } -# if (verbose == T) { - # cat( - # glue::glue("Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest."), "\n" - # ) - # } + if (verbose == T) { + cat(glue::glue("Only {npop} population will be considered:"), + "\n") + } + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest." + ), + "\n" + ) + } - x <- data.table::setDT(x) - tableout<-x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table - tableout<-dplyr::bind_cols(tableout, - x %>% - #dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% - dplyr::rowwise() %>% - dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>% - dplyr::reframe(tx_1 = Reduce(`+`,.)), - x %>% - #dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% - dplyr::rowwise() %>% - dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>% - dplyr::reframe(tn_1 = Reduce(`+`,.)) - ) %>% + x <- data.table::setDT(x) + tableout <- + x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table + tableout <- dplyr::bind_cols( + tableout, + x %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>% + dplyr::reframe(tx_1 = Reduce(`+`, .)), + x %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>% + dplyr::reframe(tn_1 = Reduce(`+`, .)) + ) %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT, tx_1, tn_1) %>% as.data.table - #if (verbose == T) { - cat( - glue::glue("Printing output to {outfile}..."), - "\n" - ) - # } - if(!(is.null(outfile))){ - data.table::fwrite(tableout, - file = outfile, - sep = "\t", - col.names = T - ) - } -#if(verbose==T){ - #tictoc::toc() - # } - return(tableout) + return(tableout) } diff --git a/R/vcf_ncd2.r b/R/vcf_ncd2.r index 55b6e5b..9020064 100644 --- a/R/vcf_ncd2.r +++ b/R/vcf_ncd2.r @@ -1,105 +1,83 @@ #' Make input file for NCD2 from VCF # #' @param x A data.table object generated from reading a VCF file with read_vcf. -#' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided, -#' this will be a timestamp file in the current directory. #' @param nind A vector containing the number of diploid individuals from each #' population to be used. The length of the vector should be equal to the number #' of populations being sampled. #' @param index.col First genotype column in VCF file. +#' @param verbose Logical. Printed updates. Default is T. + +#to do: some of the tests suggested in parse_vcf might pertain here. +#to do: check that parameters for the .vcf_ncd2 and .vcf_ncd1 are coded and described similarly. +#check that for the example command in parse_vcf using ncd2, all values in column tn_2 are 2 and all values in tx_2 are between 0 and 2.Do a similar test for the ncd1 case. .vcf_ncd2 <- function(x, - outfile = outfile, nind = nind, - index.col = index.col) { - # - #CHR <- POS <- REF <- ALT <- tx_1 <- tn_1 <- NULL - # tx_2 <- tn_2 <- NULL - #tictoc::tic("Total runtime") + index.col = index.col, + verbose = T) { npop <- length(nind) assertthat::assert_that(npop == 2 | npop == 3, msg = "If only one species is represented, you should use ncd1.\n") - pop0_cols <- colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))] + pop0_cols <- + colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))] if (npop > 2) { nind <- nind[c(1, 2)] + #to do: if verbose is T, print message saying only the first two elements of nind are considered. } npop2 <- length(nind) - #if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "Your vcf contains {npop} populations. Only {npop2} are considered:" - ), - "\n" - ) - #} - # if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest." - ), - "\n" - ) - # } + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "Your vcf contains {npop} populations. Only {npop2} are considered:" + ), + "\n" + ) + } + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest." + ), + "\n" + ) + } + npop<-npop2 pop1_cols <- colnames(x)[(index.col + nind[1]):(index.col + (sum(nind) - 1))] - #if (verbose == T) { - cat( - glue::glue( - "Pop1: {nind[2]} diploid individuals.Columns {pop1_cols[1]}:{pop1_cols[length(pop1_cols)]}. This is your outgroup." - ), - "\n" - ) - # } - - # counter <- 0 - # if (verbose == T) { - # cat("Parsing vcf lines....\n") - # } - #for (l in 1:nrow(x)) { - #if(verbose==T){cat(l, "\r")} - + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "Pop1: {nind[2]} diploid individuals.Columns {pop1_cols[1]}:{pop1_cols[length(pop1_cols)]}. This is your outgroup." + ), + "\n" + ) + } x <- data.table::setDT(x) tableout <- x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table - tableout<-dplyr::bind_cols(tableout, - x %>% - #dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% - dplyr::rowwise() %>% - dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>% - dplyr::reframe(tx_1 = Reduce(`+`,.)), - x %>% - #dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>% - dplyr::rowwise() %>% - dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>% - dplyr::reframe(tn_1 = Reduce(`+`,.)), - x %>% - #dplyr::select(all_of(pop1_cols)) %>% - dplyr::rowwise() %>% - dplyr::reframe(across(pop1_cols, .count_alleles)) %>% - dplyr::reframe(tx_2 = Reduce(`+`,.)), - x %>% - #dplyr::select(all_of(pop1_cols)) %>% - dplyr::rowwise() %>% - dplyr::reframe(across(pop1_cols, .count_nonmissing)) %>% - dplyr::reframe(tn_2 = Reduce(`+`,.)) + tableout <- dplyr::bind_cols( + tableout, + x %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>% + dplyr::reframe(tx_1 = Reduce(`+`, .)), + x %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>% + dplyr::reframe(tn_1 = Reduce(`+`, .)), + x %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop1_cols, .count_alleles)) %>% + dplyr::reframe(tx_2 = Reduce(`+`, .)), + x %>% + dplyr::rowwise() %>% + dplyr::reframe(across(pop1_cols, .count_nonmissing)) %>% + dplyr::reframe(tn_2 = Reduce(`+`, .)) ) %>% - # dplyr::mutate(tn_1 = nind[1] * 2, tn_2 = nind[2] * - # 2) %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT, tx_1, tn_1, tx_2, tn_2) %>% as.data.table - #if (verbose == T) { - cat(glue::glue("Printing output to {outfile}..."), - "\n") - #} - if(!is.null(outfile)){ - data.table::fwrite(tableout, - file = outfile, - sep = "\t", - col.names = T) - } - #if(verbose==T){tictoc::toc()} return(tableout) } diff --git a/man/dot-vcf_ncd1.Rd b/man/dot-vcf_ncd1.Rd index 6076350..112d224 100644 --- a/man/dot-vcf_ncd1.Rd +++ b/man/dot-vcf_ncd1.Rd @@ -4,19 +4,18 @@ \alias{.vcf_ncd1} \title{Make input file for NCD1 from VCF} \usage{ -.vcf_ncd1(x, outfile = outfile, nind = nind, index.col = index.col) +.vcf_ncd1(x, nind = nind, index.col = index.col, verbose = T) } \arguments{ \item{x}{An object of class data.table containing typical elements of a vcf file. Output: data.table with -columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles)} - -\item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided, -this will be a timestamp file in the current directory.} +columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles) and (if type is ncd2) tx_2 and tn_2} \item{nind}{A vector containing the number of diploid individuals from each population to be used. For ncd1, only one population is used.} \item{index.col}{First genotype column in VCF file.} + +\item{verbose}{Logical. Printed updates. Default is T.} } \description{ Make input file for NCD1 from VCF diff --git a/man/dot-vcf_ncd2.Rd b/man/dot-vcf_ncd2.Rd index 1cfd88a..588c57a 100644 --- a/man/dot-vcf_ncd2.Rd +++ b/man/dot-vcf_ncd2.Rd @@ -4,19 +4,18 @@ \alias{.vcf_ncd2} \title{Make input file for NCD2 from VCF} \usage{ -.vcf_ncd2(x, outfile = outfile, nind = nind, index.col = index.col) +.vcf_ncd2(x, nind = nind, index.col = index.col, verbose = T) } \arguments{ \item{x}{A data.table object generated from reading a VCF file with read_vcf.} -\item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided, -this will be a timestamp file in the current directory.} - \item{nind}{A vector containing the number of diploid individuals from each population to be used. The length of the vector should be equal to the number of populations being sampled.} \item{index.col}{First genotype column in VCF file.} + +\item{verbose}{Logical. Printed updates. Default is T.} } \description{ Make input file for NCD2 from VCF diff --git a/man/ncd1.Rd b/man/ncd1.Rd index db79c0d..ccb72fc 100644 --- a/man/ncd1.Rd +++ b/man/ncd1.Rd @@ -13,8 +13,8 @@ ncd1(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) \item{w}{Window size in bp. Default is 1000} -\item{ncores}{Number of cores. Increasing this can spead things up for you. -Default is 4.} +\item{ncores}{Number of cores. Increasing this can speed things up for you. +Default is 2.} \item{minIS}{Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with less informative sites than this threshold are discarded.} diff --git a/man/parse_vcf.Rd b/man/parse_vcf.Rd index efd67bc..021e3e0 100644 --- a/man/parse_vcf.Rd +++ b/man/parse_vcf.Rd @@ -4,22 +4,21 @@ \alias{parse_vcf} \title{Parse VCF files generated by SLiM v3} \usage{ -parse_vcf(infile = NULL, outfile = NULL, n0 = NULL, n1 = NULL, type = NULL) +parse_vcf(infile = NULL, n0 = NULL, n1 = NULL, type = NULL, verbose = T) } \arguments{ \item{infile}{The path and name of a vcf file - single chromosome} -\item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided, -this will be a timestamp + infile in the current directory.} +\item{n0}{Number of individuals in pop0. Must be >=2 for both ncd1 and ncd2.} -\item{n0}{Number of individuals in pop0} - -\item{n1}{Number of individuals in pop1} +\item{n1}{Number of individuals in pop1. Must be >=1 for ncd2. Must be NULL for ncd1. NULL by default.} \item{type}{Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2.} + +\item{verbose}{Logical. Printed updates. Default is T.} } \value{ -Returns a data table object. +Returns a data table object with columns CHR POS REF ALT tx_1 tn_1 (if type is ncd1) or CHR POS REF ALT tx_1 tn_1 tx_2 tn_2 (if type is ncd2) } \description{ Parse VCF files generated by SLiM v3 diff --git a/renv.lock b/renv.lock new file mode 100644 index 0000000..bde9a8a --- /dev/null +++ b/renv.lock @@ -0,0 +1,1376 @@ +{ + "R": { + "Version": "4.3.0", + "Repositories": [ + { + "Name": "CRAN", + "URL": "https://cloud.r-project.org" + } + ] + }, + "Packages": { + "R6": { + "Package": "R6", + "Version": "2.5.1", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "R" + ], + "Hash": "470851b6d5d0ac559e9d01bb352b4021" + }, + "Rcpp": { + "Package": "Rcpp", + "Version": "1.0.11", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "methods", + "utils" + ], + "Hash": "ae6cbbe1492f4de79c45fce06f967ce8" + }, + "askpass": { + "Package": "askpass", + "Version": "1.1", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "sys" + ], + "Hash": "e8a22846fff485f0be3770c2da758713" + }, + "assertthat": { + "Package": "assertthat", + "Version": "0.2.1", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "tools" + ], + "Hash": "50c838a310445e954bc13f26f26a6ecf" + }, + "base64enc": { + "Package": "base64enc", + "Version": "0.1-3", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "R" + ], + "Hash": "543776ae6848fde2f48ff3816d0628bc" + }, + "brew": { + "Package": "brew", + "Version": "1.0-8", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Hash": "d69a786e85775b126bddbee185ae6084" + }, + "brio": { + "Package": "brio", + "Version": "1.1.3", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Hash": "976cf154dfb043c012d87cddd8bca363" + }, + "bslib": { + "Package": "bslib", + "Version": "0.5.0", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "R", + "base64enc", + "cachem", + "grDevices", + "htmltools", + "jquerylib", + "jsonlite", + "memoise", + "mime", + "rlang", + "sass" + ], + "Hash": "1b117970533deb6d4e992c1b34e9d905" + }, + "cachem": { + "Package": "cachem", + "Version": "1.0.8", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "fastmap", + "rlang" + ], + "Hash": "c35768291560ce302c0a6589f92e837d" + }, + "callr": { + "Package": "callr", + "Version": "3.7.3", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "R", + "R6", + "processx", + "utils" + ], + "Hash": "9b2191ede20fa29828139b9900922e51" + }, + "cli": { + "Package": "cli", + "Version": "3.6.1", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "R", + "utils" + ], + "Hash": "89e6d8219950eac806ae0c489052048a" + }, + "clipr": { + "Package": "clipr", + "Version": "0.8.0", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "utils" + ], + "Hash": "3f038e5ac7f41d4ac41ce658c85e3042" + }, + "commonmark": { + "Package": "commonmark", + "Version": "1.9.0", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Hash": "d691c61bff84bd63c383874d2d0c3307" + }, + "cpp11": { + "Package": "cpp11", + "Version": "0.4.4", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Hash": "3f7d8664d7324406cd10cd650ad85e5f" + }, + "crayon": { + "Package": "crayon", + "Version": "1.5.2", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "grDevices", + "methods", + "utils" + ], + "Hash": "e8a1e41acf02548751f45c718d55aa6a" + }, + "credentials": { + "Package": "credentials", + "Version": "1.3.2", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "askpass", + "curl", + "jsonlite", + "openssl", + "sys" + ], + "Hash": "93762d0a34d78e6a025efdbfb5c6bb41" + }, + "curl": { + "Package": "curl", + "Version": "5.0.1", + "Source": "Repository", + "Repository": "CRAN", + "Requirements": [ + "R" + ], + "Hash": "2118af9cb164c8d2dddc7b89eaf732d9" + }, + "data.table": { + "Package": "data.table", + "Version": 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return(invisible()) + + msg <- sprintf(fmt, ...) + cat(msg, file = stdout(), sep = if (appendLF) "\n" else "") + + invisible(msg) + + } + + header <- function(label, + ..., + prefix = "#", + suffix = "-", + n = min(getOption("width"), 78)) + { + label <- sprintf(label, ...) + n <- max(n - nchar(label) - nchar(prefix) - 2L, 8L) + if (n <= 0) + return(paste(prefix, label)) + + tail <- paste(rep.int(suffix, n), collapse = "") + paste0(prefix, " ", label, " ", tail) + + } + + startswith <- function(string, prefix) { + substring(string, 1, nchar(prefix)) == prefix } bootstrap <- function(version, library) { + friendly <- renv_bootstrap_version_friendly(version) + section <- header(sprintf("Bootstrapping renv %s", friendly)) + catf(section) + # attempt to download renv - tarball <- tryCatch(renv_bootstrap_download(version), error = identity) - if (inherits(tarball, "error")) - stop("failed to download renv ", version) + catf("- Downloading renv ... ", appendLF = FALSE) + withCallingHandlers( + tarball <- renv_bootstrap_download(version), + error = function(err) { + catf("FAILED") + stop("failed to download:\n", conditionMessage(err)) + } + ) + catf("OK") + on.exit(unlink(tarball), add = TRUE) # now attempt to install - status <- tryCatch(renv_bootstrap_install(version, tarball, library), error = identity) - if (inherits(status, "error")) - stop("failed to install renv ", version) + catf("- Installing renv ... ", appendLF = FALSE) + withCallingHandlers( + status <- renv_bootstrap_install(version, tarball, library), + error = function(err) { + catf("FAILED") + stop("failed to install:\n", conditionMessage(err)) + } + ) + catf("OK") + # add empty line to break up bootstrapping from normal output + catf("") + + return(invisible()) } renv_bootstrap_tests_running <- function() { @@ -83,28 +138,32 @@ local({ renv_bootstrap_repos <- function() { + # get CRAN repository + cran <- getOption("renv.repos.cran", "https://cloud.r-project.org") + # check for repos override repos <- Sys.getenv("RENV_CONFIG_REPOS_OVERRIDE", unset = NA) - if (!is.na(repos)) + if (!is.na(repos)) { + + # check for RSPM; if set, use a fallback repository for renv + rspm <- Sys.getenv("RSPM", unset = NA) + if (identical(rspm, repos)) + repos <- c(RSPM = rspm, CRAN = cran) + return(repos) + } + # check for lockfile repositories repos <- tryCatch(renv_bootstrap_repos_lockfile(), error = identity) if (!inherits(repos, "error") && length(repos)) return(repos) - # if we're testing, re-use the test repositories - if (renv_bootstrap_tests_running()) - return(getOption("renv.tests.repos")) - # retrieve current repos repos <- getOption("repos") # ensure @CRAN@ entries are resolved - repos[repos == "@CRAN@"] <- getOption( - "renv.repos.cran", - "https://cloud.r-project.org" - ) + repos[repos == "@CRAN@"] <- cran # add in renv.bootstrap.repos if set default <- c(FALLBACK = "https://cloud.r-project.org") @@ -143,33 +202,34 @@ local({ renv_bootstrap_download <- function(version) { - # if the renv version number has 4 components, assume it must - # be retrieved via github - nv <- numeric_version(version) - components <- unclass(nv)[[1]] - - # if this appears to be a development version of 'renv', we'll - # try to restore from github - dev <- length(components) == 4L - - # begin collecting different methods for finding renv - methods <- c( - renv_bootstrap_download_tarball, - if (dev) - renv_bootstrap_download_github - else c( - renv_bootstrap_download_cran_latest, - renv_bootstrap_download_cran_archive + sha <- attr(version, "sha", exact = TRUE) + + methods <- if (!is.null(sha)) { + + # attempting to bootstrap a development version of renv + c( + function() renv_bootstrap_download_tarball(sha), + function() renv_bootstrap_download_github(sha) ) - ) + + } else { + + # attempting to bootstrap a release version of renv + c( + function() renv_bootstrap_download_tarball(version), + function() renv_bootstrap_download_cran_latest(version), + function() renv_bootstrap_download_cran_archive(version) + ) + + } for (method in methods) { - path <- tryCatch(method(version), error = identity) + path <- tryCatch(method(), error = identity) if (is.character(path) && file.exists(path)) return(path) } - stop("failed to download renv ", version) + stop("All download methods failed") } @@ -185,43 +245,75 @@ local({ if (fixup) mode <- "w+b" - utils::download.file( + args <- list( url = url, destfile = destfile, mode = mode, quiet = TRUE ) + if ("headers" %in% names(formals(utils::download.file))) + args$headers <- renv_bootstrap_download_custom_headers(url) + + do.call(utils::download.file, args) + } - renv_bootstrap_download_cran_latest <- function(version) { + renv_bootstrap_download_custom_headers <- function(url) { - spec <- renv_bootstrap_download_cran_latest_find(version) + headers <- getOption("renv.download.headers") + if (is.null(headers)) + return(character()) + + if (!is.function(headers)) + stopf("'renv.download.headers' is not a function") + + headers <- headers(url) + if (length(headers) == 0L) + return(character()) + + if (is.list(headers)) + headers <- unlist(headers, recursive = FALSE, use.names = TRUE) + + ok <- + is.character(headers) && + is.character(names(headers)) && + all(nzchar(names(headers))) - message("* Downloading renv ", version, " ... ", appendLF = FALSE) + if (!ok) + stop("invocation of 'renv.download.headers' did not return a named character vector") + headers + + } + + renv_bootstrap_download_cran_latest <- function(version) { + + spec <- renv_bootstrap_download_cran_latest_find(version) type <- spec$type repos <- spec$repos - info <- tryCatch( - utils::download.packages( - pkgs = "renv", - destdir = tempdir(), - repos = repos, - type = type, - quiet = TRUE - ), + baseurl <- utils::contrib.url(repos = repos, type = type) + ext <- if (identical(type, "source")) + ".tar.gz" + else if (Sys.info()[["sysname"]] == "Windows") + ".zip" + else + ".tgz" + name <- sprintf("renv_%s%s", version, ext) + url <- paste(baseurl, name, sep = "/") + + destfile <- file.path(tempdir(), name) + status <- tryCatch( + renv_bootstrap_download_impl(url, destfile), condition = identity ) - if (inherits(info, "condition")) { - message("FAILED") + if (inherits(status, "condition")) return(FALSE) - } # report success and return - message("OK (downloaded ", type, ")") - info[1, 2] + destfile } @@ -277,8 +369,6 @@ local({ urls <- file.path(repos, "src/contrib/Archive/renv", name) destfile <- file.path(tempdir(), name) - message("* Downloading renv ", version, " ... ", appendLF = FALSE) - for (url in urls) { status <- tryCatch( @@ -286,14 +376,11 @@ local({ condition = identity ) - if (identical(status, 0L)) { - message("OK") + if (identical(status, 0L)) return(destfile) - } } - message("FAILED") return(FALSE) } @@ -307,8 +394,7 @@ local({ return() # allow directories - info <- file.info(tarball, extra_cols = FALSE) - if (identical(info$isdir, TRUE)) { + if (dir.exists(tarball)) { name <- sprintf("renv_%s.tar.gz", version) tarball <- file.path(tarball, name) } @@ -317,7 +403,7 @@ local({ if (!file.exists(tarball)) { # let the user know we weren't able to honour their request - fmt <- "* RENV_BOOTSTRAP_TARBALL is set (%s) but does not exist." + fmt <- "- RENV_BOOTSTRAP_TARBALL is set (%s) but does not exist." msg <- sprintf(fmt, tarball) warning(msg) @@ -326,10 +412,7 @@ local({ } - fmt <- "* Bootstrapping with tarball at path '%s'." - msg <- sprintf(fmt, tarball) - message(msg) - + catf("- Using local tarball '%s'.", tarball) tarball } @@ -356,8 +439,6 @@ local({ on.exit(do.call(base::options, saved), add = TRUE) } - message("* Downloading renv ", version, " from GitHub ... ", appendLF = FALSE) - url <- file.path("https://api.github.com/repos/rstudio/renv/tarball", version) name <- sprintf("renv_%s.tar.gz", version) destfile <- file.path(tempdir(), name) @@ -367,26 +448,105 @@ local({ condition = identity ) - if (!identical(status, 0L)) { - message("FAILED") + if (!identical(status, 0L)) return(FALSE) - } - message("OK") + renv_bootstrap_download_augment(destfile) + return(destfile) } + # Add Sha to DESCRIPTION. This is stop gap until #890, after which we + # can use renv::install() to fully capture metadata. + renv_bootstrap_download_augment <- function(destfile) { + sha <- renv_bootstrap_git_extract_sha1_tar(destfile) + if (is.null(sha)) { + return() + } + + # Untar + tempdir <- tempfile("renv-github-") + on.exit(unlink(tempdir, recursive = TRUE), add = TRUE) + untar(destfile, exdir = tempdir) + pkgdir <- dir(tempdir, full.names = TRUE)[[1]] + + # Modify description + desc_path <- file.path(pkgdir, "DESCRIPTION") + desc_lines <- readLines(desc_path) + remotes_fields <- c( + "RemoteType: github", + "RemoteHost: api.github.com", + "RemoteRepo: renv", + "RemoteUsername: rstudio", + "RemotePkgRef: rstudio/renv", + paste("RemoteRef: ", sha), + paste("RemoteSha: ", sha) + ) + writeLines(c(desc_lines[desc_lines != ""], remotes_fields), con = desc_path) + + # Re-tar + local({ + old <- setwd(tempdir) + on.exit(setwd(old), add = TRUE) + + tar(destfile, compression = "gzip") + }) + invisible() + } + + # Extract the commit hash from a git archive. Git archives include the SHA1 + # hash as the comment field of the tarball pax extended header + # (see https://www.kernel.org/pub/software/scm/git/docs/git-archive.html) + # For GitHub archives this should be the first header after the default one + # (512 byte) header. + renv_bootstrap_git_extract_sha1_tar <- function(bundle) { + + # open the bundle for reading + # We use gzcon for everything because (from ?gzcon) + # > Reading from a connection which does not supply a ‘gzip’ magic + # > header is equivalent to reading from the original connection + conn <- gzcon(file(bundle, open = "rb", raw = TRUE)) + on.exit(close(conn)) + + # The default pax header is 512 bytes long and the first pax extended header + # with the comment should be 51 bytes long + # `52 comment=` (11 chars) + 40 byte SHA1 hash + len <- 0x200 + 0x33 + res <- rawToChar(readBin(conn, "raw", n = len)[0x201:len]) + + if (grepl("^52 comment=", res)) { + sub("52 comment=", "", res) + } else { + NULL + } + } + renv_bootstrap_install <- function(version, tarball, library) { # attempt to install it into project library - message("* Installing renv ", version, " ... ", appendLF = FALSE) dir.create(library, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE) + output <- renv_bootstrap_install_impl(library, tarball) + + # check for successful install + status <- attr(output, "status") + if (is.null(status) || identical(status, 0L)) + return(status) + + # an error occurred; report it + header <- "installation of renv failed" + lines <- paste(rep.int("=", nchar(header)), collapse = "") + text <- paste(c(header, lines, output), collapse = "\n") + stop(text) + + } + + renv_bootstrap_install_impl <- function(library, tarball) { # invoke using system2 so we can capture and report output bin <- R.home("bin") exe <- if (Sys.info()[["sysname"]] == "Windows") "R.exe" else "R" - r <- file.path(bin, exe) + R <- file.path(bin, exe) args <- c( "--vanilla", "CMD", "INSTALL", "--no-multiarch", @@ -394,19 +554,7 @@ local({ shQuote(path.expand(tarball)) ) - output <- system2(r, args, stdout = TRUE, stderr = TRUE) - message("Done!") - - # check for successful install - status <- attr(output, "status") - if (is.numeric(status) && !identical(status, 0L)) { - header <- "Error installing renv:" - lines <- paste(rep.int("=", nchar(header)), collapse = "") - text <- c(header, lines, output) - writeLines(text, con = stderr()) - } - - status + system2(R, args, stdout = TRUE, stderr = TRUE) } @@ -616,34 +764,60 @@ local({ } - renv_bootstrap_validate_version <- function(version) { + renv_bootstrap_validate_version <- function(version, description = NULL) { - loadedversion <- utils::packageDescription("renv", fields = "Version") - if (version == loadedversion) - return(TRUE) + # resolve description file + description <- description %||% { + path <- getNamespaceInfo("renv", "path") + packageDescription("renv", lib.loc = dirname(path)) + } - # assume four-component versions are from GitHub; three-component - # versions are from CRAN - components <- strsplit(loadedversion, "[.-]")[[1]] - remote <- if (length(components) == 4L) - paste("rstudio/renv", loadedversion, sep = "@") + # check whether requested version 'version' matches loaded version of renv + sha <- attr(version, "sha", exact = TRUE) + valid <- if (!is.null(sha)) + renv_bootstrap_validate_version_dev(sha, description) else - paste("renv", loadedversion, sep = "@") + renv_bootstrap_validate_version_release(version, description) + + if (valid) + return(TRUE) + + # the loaded version of renv doesn't match the requested version; + # give the user instructions on how to proceed + remote <- if (!is.null(description[["RemoteSha"]])) { + paste("rstudio/renv", description[["RemoteSha"]], sep = "@") + } else { + paste("renv", description[["Version"]], sep = "@") + } + + # display both loaded version + sha if available + friendly <- renv_bootstrap_version_friendly( + version = description[["Version"]], + sha = description[["RemoteSha"]] + ) fmt <- paste( "renv %1$s was loaded from project library, but this project is configured to use renv %2$s.", - "Use `renv::record(\"%3$s\")` to record renv %1$s in the lockfile.", - "Use `renv::restore(packages = \"renv\")` to install renv %2$s into the project library.", + "- Use `renv::record(\"%3$s\")` to record renv %1$s in the lockfile.", + "- Use `renv::restore(packages = \"renv\")` to install renv %2$s into the project library.", sep = "\n" ) - - msg <- sprintf(fmt, loadedversion, version, remote) - warning(msg, call. = FALSE) + catf(fmt, friendly, renv_bootstrap_version_friendly(version), remote) FALSE } + renv_bootstrap_validate_version_dev <- function(version, description) { + expected <- description[["RemoteSha"]] + is.character(expected) && startswith(expected, version) + } + + renv_bootstrap_validate_version_release <- function(version, description) { + expected <- description[["Version"]] + is.character(expected) && identical(expected, version) + } + renv_bootstrap_hash_text <- function(text) { hashfile <- tempfile("renv-hash-") @@ -663,6 +837,12 @@ local({ # warn if the version of renv loaded does not match renv_bootstrap_validate_version(version) + # execute renv load hooks, if any + hooks <- getHook("renv::autoload") + for (hook in hooks) + if (is.function(hook)) + tryCatch(hook(), error = warning) + # load the project renv::load(project) @@ -678,7 +858,7 @@ local({ return(profile) # check for a profile file (nothing to do if it doesn't exist) - path <- renv_bootstrap_paths_renv("profile", profile = FALSE) + path <- renv_bootstrap_paths_renv("profile", profile = FALSE, project = project) if (!file.exists(path)) return(NULL) @@ -802,12 +982,78 @@ local({ } + renv_bootstrap_version_friendly <- function(version, sha = NULL) { + sha <- sha %||% attr(version, "sha", exact = TRUE) + parts <- c(version, sprintf("[sha: %s]", substring(sha, 1L, 7L))) + paste(parts, collapse = " ") + } + + renv_bootstrap_run <- function(version, libpath) { + + # perform bootstrap + bootstrap(version, libpath) + + # exit early if we're just testing bootstrap + if (!is.na(Sys.getenv("RENV_BOOTSTRAP_INSTALL_ONLY", unset = NA))) + return(TRUE) + + # try again to load + if (requireNamespace("renv", lib.loc = libpath, quietly = TRUE)) { + return(renv::load(project = getwd())) + } + + # failed to download or load renv; warn the user + msg <- c( + "Failed to find an renv installation: the project will not be loaded.", + "Use `renv::activate()` to re-initialize the project." + ) + + warning(paste(msg, collapse = "\n"), call. = FALSE) + + } + + + renv_bootstrap_in_rstudio <- function() { + commandArgs()[[1]] == "RStudio" + } renv_json_read <- function(file = NULL, text = NULL) { + jlerr <- NULL + + # if jsonlite is loaded, use that instead + if ("jsonlite" %in% loadedNamespaces()) { + + json <- catch(renv_json_read_jsonlite(file, text)) + if (!inherits(json, "error")) + return(json) + + jlerr <- json + + } + + # otherwise, fall back to the default JSON reader + json <- catch(renv_json_read_default(file, text)) + if (!inherits(json, "error")) + return(json) + + # report an error + if (!is.null(jlerr)) + stop(jlerr) + else + stop(json) + + } + + renv_json_read_jsonlite <- function(file = NULL, text = NULL) { text <- paste(text %||% read(file), collapse = "\n") + jsonlite::fromJSON(txt = text, simplifyVector = FALSE) + } + + renv_json_read_default <- function(file = NULL, text = NULL) { # find strings in the JSON + text <- paste(text %||% read(file), collapse = "\n") pattern <- '["](?:(?:\\\\.)|(?:[^"\\\\]))*?["]' locs <- gregexpr(pattern, text, perl = TRUE)[[1]] @@ -838,8 +1084,9 @@ local({ # transform the JSON into something the R parser understands transformed <- replaced - transformed <- gsub("[[{]", "list(", transformed) - transformed <- gsub("[]}]", ")", transformed) + transformed <- gsub("{}", "`names<-`(list(), character())", transformed, fixed = TRUE) + transformed <- gsub("[[{]", "list(", transformed, perl = TRUE) + transformed <- gsub("[]}]", ")", transformed, perl = TRUE) transformed <- gsub(":", "=", transformed, fixed = TRUE) text <- paste(transformed, collapse = "\n") @@ -912,31 +1159,23 @@ local({ if (renv_bootstrap_load(project, libpath, version)) return(TRUE) - # load failed; inform user we're about to bootstrap - prefix <- paste("# Bootstrapping renv", version) - postfix <- paste(rep.int("-", 77L - nchar(prefix)), collapse = "") - header <- paste(prefix, postfix) - message(header) - - # perform bootstrap - bootstrap(version, libpath) + if (renv_bootstrap_in_rstudio()) { + setHook("rstudio.sessionInit", function(...) { + renv_bootstrap_run(version, libpath) - # exit early if we're just testing bootstrap - if (!is.na(Sys.getenv("RENV_BOOTSTRAP_INSTALL_ONLY", unset = NA))) - return(TRUE) - - # try again to load - if (requireNamespace("renv", lib.loc = libpath, quietly = TRUE)) { - message("* Successfully installed and loaded renv ", version, ".") - return(renv::load()) + # Work around buglet in RStudio if hook uses readline + tryCatch( + { + tools <- as.environment("tools:rstudio") + tools$.rs.api.sendToConsole("", echo = FALSE, focus = FALSE) + }, + error = function(cnd) {} + ) + }) + } else { + renv_bootstrap_run(version, libpath) } - # failed to download or load renv; warn the user - msg <- c( - "Failed to find an renv installation: the project will not be loaded.", - "Use `renv::activate()` to re-initialize the project." - ) - - warning(paste(msg, collapse = "\n"), call. = FALSE) + invisible() }) From e711f121152a2a69c3cb599919ba1e657e703c83 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Thu, 20 Jul 2023 14:10:28 -0400 Subject: [PATCH 16/46] Update ncd1.R --- R/ncd1.R | 7 +++---- 1 file changed, 3 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 71a18b9..ae142a6 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -37,7 +37,7 @@ ncd1 <- function(x = x, mylist <- parallel::mclapply(x$POS, function(y) { x[POS >= y - w1 & - POS < y + w1][, Mid:=y][, .(POS, AF, ID, SNP, tx_1, MAF, Mid)] + POS < y + w1][, Mid:=y][, .(POS, AF, ID, SNP, MAF, Mid)] }, mc.cores = ncores) #creates list where each element is a genomic window @@ -49,7 +49,7 @@ ncd1 <- function(x = x, parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y) mylist[[y]][, Win.ID := y][,tf:=tf], mc.cores = ncores)) - mylist2 <- data.table::setDT(mylist2) + #to do: check that mylist2 is a data table #################### res <- mylist2[, .(SegSites = sum(SNP), @@ -71,9 +71,8 @@ ncd1 <- function(x = x, mylist2 %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% dplyr::reframe(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% - as.data.table - # } + #} res4 <- merge(res2, res3) %>% dplyr::filter(IS >= minIS) %>% From 16680673d1d757fc2e5356f5af0876fae8bf9fab Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Thu, 20 Jul 2023 19:35:54 -0400 Subject: [PATCH 17/46] changes to ncd1 Please see changes in ncd1 and notes for dev. --- Notes_for_dev.Rmd | 2 ++ R/ncd1.R | 89 +++++++++++++++++++++++++++++------------------ R/ncd2.R | 16 ++++----- 3 files changed, 66 insertions(+), 41 deletions(-) diff --git a/Notes_for_dev.Rmd b/Notes_for_dev.Rmd index 05681e9..4810d7a 100644 --- a/Notes_for_dev.Rmd +++ b/Notes_for_dev.Rmd @@ -42,4 +42,6 @@ my_parsed_vcf<-parse_vcf(infile="inst/example.vcf", n0=108, type="ncd1") to do: * go over the comments in the code and make tests and adjustments * figure out how to add references to the help page of functions. +* changed SegSites to "S" in ncd1 and ncd2 functions. +* Created parameter "by" for ncd1 and ncd2 allowing user to perform scan based on sliding windows or windows around each SNP. diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index ae142a6..1abea34 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -8,6 +8,7 @@ #' Default is 2. #' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with #' less informative sites than this threshold are discarded. +#' @param by Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site. #' @return A data.table object with columns: Win.ID SegSites IS tf MidMaf Mid ncd1 #' @export #' @@ -22,7 +23,7 @@ ncd1 <- function(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, - minIS = 2) { + minIS = 2, by="POS") { assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one chromosome at a time\n") @@ -32,52 +33,74 @@ ncd1 <- function(x = x, polpos <- x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. - x <- x[SNP == T] #select only polymorphic positions x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] - mylist <- - parallel::mclapply(x$POS, function(y) { - x[POS >= y - w1 & - POS < y + w1][, Mid:=y][, .(POS, AF, ID, SNP, MAF, Mid)] - }, - mc.cores = - ncores) #creates list where each element is a genomic window + #################################################################################### + if(by=="POS"){ + #windows (sliding) + #to do: add some checks here + vec<-data.table(start=seq(from=x$POS[1], to=x$POS[nrow(x)], by=w1)) + vec[,end:=start+w] + setkey(vec, start, end) + x[,POS2:=POS] + setnames(x, c("POS","POS2"),c("start","end")) + res_0<-foverlaps(x, vec, type="within")[, Win.ID:=paste0(CHR,"_",start,"_",end)][, POS:=start][,.(POS,AF, ID,SNP,MAF, Win.ID)] + res_0<-res_0[SNP==T][, tf:=tf] + res_1<-unique(res_0[,.(S = sum(SNP), + IS = sum(SNP), + tf = tf), + by= Win.ID]) + res_2<-res_0[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)), by=Win.ID] + res4 <- merge(res_1, res_2) %>% + dplyr::filter(IS >= minIS) %>% + as.data.table + res4<-res4[, ncd1:=sqrt((temp2)/IS)][,temp2:=NULL] %>% dplyr::arrange(Win.ID) %>% as.data.table + #remove first and last windows in a chromosome + #res0<-dplyr::arrange(res0, Win.ID)[Win.ID %in% res0$Win.ID[seq(from=2, to=nrow(res0)-1)]] + } else if(by=="IS"){ + ################################### + #windows centered on SNPs + x2 <- x[SNP == T] #select only polymorphic positions + mylist <- + parallel::mclapply(x2$POS, function(y) { + x2[,start:=y-w1][,end:=y+w1][POS >= start & + POS < end][, Mid:=y][,Win.ID:=paste0(CHR,"_",start,"_",end)][, tf:=tf][, .(POS, AF, ID, SNP, MAF, Mid, Win.ID, tf)] + }, + mc.cores = + ncores) #creates list where each element is a genomic window + #remove first and last windows in a chromosome + # mylist<-mylist[seq(from=2, to=length(mylist)-1)] + mylist2 <- + do.call(rbind, mylist) - #remove first and last windows in a chromosome - mylist<-mylist[seq(from=2, to=length(mylist)-1)] - mylist2 <- - do.call(rbind, - parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y) - mylist[[y]][, Win.ID := y][,tf:=tf], - mc.cores = ncores)) - #to do: check that mylist2 is a data table - #################### + #remove windows where Win.ID includes negative numbers + mylist2<-mylist2[-grep("-",mylist2$Win.ID),] + #remove window where mid==last POS in dataset + mylist2<-mylist2[Mid!=mylist2$POS[nrow(mylist2)]] + #to do: check that mylist2 is a data table res <- - mylist2[, .(SegSites = sum(SNP), + unique(mylist2[, .(S = sum(SNP), IS = sum(SNP), tf = tf), - by = Win.ID] %>% unique() + by = Win.ID]) #to do: add some checks here - res1 <- mylist2 %>% dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::reframe(MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - Mid = Mid) %>% + res1 <- unique(as.data.table(mylist2[, .(MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], + Mid = Mid), by=Win.ID])) # TopMaf = which(min(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% - #dplyr::ungroup() %>% - as.data.table %>% - unique() #one row per window + #to do: add some checks here res2 <- merge(res, res1) #to do: add some checks here res3 <- - mylist2 %>% - dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::reframe(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% - as.data.table - #} + mylist2[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)), by=Win.ID] + res4 <- merge(res2, res3) %>% + dplyr::mutate(ncd1:=sqrt((temp2)/IS)) %>% dplyr::filter(IS >= minIS) %>% + dplyr::select(Win.ID, S, IS, tf, MidMaf, Mid) %>% + dplyr::arrange(Win.ID) %>% as.data.table - res4<-res4[, ncd1 := sqrt(temp2 / IS), by = Win.ID][,.(Win.ID, SegSites, IS, tf, MidMaf, Mid, ncd1)] - return(res4) +} + return(print(res4)) } diff --git a/R/ncd2.R b/R/ncd2.R index 86f8453..707a4cf 100644 --- a/R/ncd2.R +++ b/R/ncd2.R @@ -33,32 +33,32 @@ ncd2 <- function(x = x, polpos <- x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic fdpos <- sort(c(x[AF == 1 & AF2 == 0]$ID, #fixed difference x[AF == 0 & AF2 == 1]$ID)) #also fixed difference + #to do: check that the there is no intersection between polpos and fdpos. x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. x[, FD := ifelse(ID %in% fdpos, T, F)] #logical: True if FD, False if not. x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] - x2 <- x[SNP == T | FD == T] + x2 <- x[SNP == T | FD == T] #select informative sites x2[, ID := seq_along(CHR)] polpos2<-x2[SNP==T]$ID fdpos2<-x2[FD==T]$ID # if(by.snp==T){ mylist <- - parallel::mclapply(x$POS, function(y) { - x[POS >= y - w1 & - POS < y + w1][, .(POS, AF, AF2, ID, FD, SNP, tx_1, tx_2, MAF)] + parallel::mclapply(x2$POS, function(y) { + x2[POS >= y - w1 & + POS < y + w1][, Mid:=y][, .(POS, AF, ID, SNP, FD, MAF, Mid)] }, mc.cores = ncores) #creates list where each element is a genomic window #remove first and last windows in a chromosome mylist<-mylist[seq(from=2, to=length(mylist)-1)] + mylist2 <- do.call(rbind, parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y) - mylist[[y]][, Mid := x2[polpos2,]$POS[y]][, Win.ID := - y], + mylist[[y]][, Win.ID := y][,tf:=tf], mc.cores = ncores)) - mylist2 <- data.table::setDT(mylist2) - + #to do: check that mylist2 is a data table #################### mylist2[, tf := tf] res <- From e5e97ce4564b19a45b4c552cc4e66e209a5797b7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Thu, 20 Jul 2023 19:39:55 -0400 Subject: [PATCH 18/46] Update ncd1.R --- R/ncd1.R | 3 ++- 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 1abea34..2b283f8 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -23,7 +23,8 @@ ncd1 <- function(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, - minIS = 2, by="POS") { + minIS = 2, + by="POS") { assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one chromosome at a time\n") From 03ca0e30ef78797c761d52ae3597325fb70f9b79 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Thu, 20 Jul 2023 19:40:38 -0400 Subject: [PATCH 19/46] . --- R/ncd1.R | 2 +- R/ncd2.R | 3 ++- 2 files changed, 3 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 2b283f8..34a80d1 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -9,7 +9,7 @@ #' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with #' less informative sites than this threshold are discarded. #' @param by Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site. -#' @return A data.table object with columns: Win.ID SegSites IS tf MidMaf Mid ncd1 +#' @return A data.table object with columns: TO DO #' @export #' #' @examples ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) diff --git a/R/ncd2.R b/R/ncd2.R index 707a4cf..2bff7a7 100644 --- a/R/ncd2.R +++ b/R/ncd2.R @@ -20,7 +20,8 @@ ncd2 <- function(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, - minIS = 2) { + minIS = 2, + by= "POS") { assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, From 802a998c04ad5bab99b0a60e5b8c3aadddd07cfb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Thu, 20 Jul 2023 20:19:39 -0400 Subject: [PATCH 20/46] more changes to ncd1 and some to ncd2 --- R/ncd1.R | 10 +++---- R/ncd2.R | 89 +++++++++++++++++++------------------------------------ R/utils.R | 10 ++----- 3 files changed, 36 insertions(+), 73 deletions(-) diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 34a80d1..136b8f2 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -55,8 +55,7 @@ ncd1 <- function(x = x, dplyr::filter(IS >= minIS) %>% as.data.table res4<-res4[, ncd1:=sqrt((temp2)/IS)][,temp2:=NULL] %>% dplyr::arrange(Win.ID) %>% as.data.table - #remove first and last windows in a chromosome - #res0<-dplyr::arrange(res0, Win.ID)[Win.ID %in% res0$Win.ID[seq(from=2, to=nrow(res0)-1)]] + } else if(by=="IS"){ ################################### #windows centered on SNPs @@ -68,8 +67,7 @@ ncd1 <- function(x = x, }, mc.cores = ncores) #creates list where each element is a genomic window - #remove first and last windows in a chromosome - # mylist<-mylist[seq(from=2, to=length(mylist)-1)] + mylist2 <- do.call(rbind, mylist) @@ -99,9 +97,9 @@ ncd1 <- function(x = x, dplyr::mutate(ncd1:=sqrt((temp2)/IS)) %>% dplyr::filter(IS >= minIS) %>% dplyr::select(Win.ID, S, IS, tf, MidMaf, Mid) %>% - dplyr::arrange(Win.ID) %>% + dplyr::arrange(ncd1) %>% as.data.table } - return(print(res4)) + return(res4) } diff --git a/R/ncd2.R b/R/ncd2.R index 2bff7a7..6e75ad4 100644 --- a/R/ncd2.R +++ b/R/ncd2.R @@ -8,6 +8,7 @@ #' Default is 2. #' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with #' less informative sites than this threshold are discarded. +#' #' @param by Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site. #' @return A data.table object with columns: TO DO #' @export #' @@ -38,69 +39,39 @@ ncd2 <- function(x = x, x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. x[, FD := ifelse(ID %in% fdpos, T, F)] #logical: True if FD, False if not. x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] - x2 <- x[SNP == T | FD == T] #select informative sites - x2[, ID := seq_along(CHR)] - polpos2<-x2[SNP==T]$ID - fdpos2<-x2[FD==T]$ID - # if(by.snp==T){ - mylist <- - parallel::mclapply(x2$POS, function(y) { - x2[POS >= y - w1 & - POS < y + w1][, Mid:=y][, .(POS, AF, ID, SNP, FD, MAF, Mid)] - }, - mc.cores = - ncores) #creates list where each element is a genomic window + #################################################################################### + if(by=="POS"){ + #windows (sliding) + #to do: add some checks here + vec<-data.table(start=seq(from=x$POS[1], to=x$POS[nrow(x)], by=w1)) + vec[,end:=start+w] + setkey(vec, start, end) + x[,start:=POS][,end:=POS] - #remove first and last windows in a chromosome - mylist<-mylist[seq(from=2, to=length(mylist)-1)] + res_0<-foverlaps(x, vec, type="within")[, Win.ID:=paste0(CHR,"_",start,"_",end)][,.(POS, ID,SNP,FD,MAF, Win.ID)] + res_0<-res_0[SNP==T | FD==T][, tf:=tf] + res_1<-unique(res_0[,.(S = sum(SNP), + Subst = sum (FD), + IS = sum(SNP) + sum(FD), + tf = tf), + by= Win.ID]) - mylist2 <- - do.call(rbind, - parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y) - mylist[[y]][, Win.ID := y][,tf:=tf], - mc.cores = ncores)) - #to do: check that mylist2 is a data table - #################### - mylist2[, tf := tf] - res <- - mylist2[, .(SegSites = sum(SNP), - FDs = sum(FD), - IS = sum(SNP)+sum(FD)), - by = Win.ID] - res[, tf := tf] - res1 <- mylist2 %>% - dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::reframe( - MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - MidSNP = Mid[1]) %>% - #CenMaf = max(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% - # dplyr::ungroup() %>% - as.data.table %>% - unique() - res2 <- merge(res, res1) - res3 <- - mylist2 %>% - dplyr::filter(SNP == T) %>% - dplyr::group_by(Win.ID) %>% - dplyr::reframe(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)) %>% + res_2<-merge(res_0, res_1) + #to do: check that each Win.ID has the number of rows given by IS + res_3<-res_2[, .(ncd2 = sqrt(sum((MAF-tf)^2)/IS)), by=Win.ID] + res_3<-unique(res_3) + res_2<-res_2[,.(Win.ID, tf, S, Subst, IS)] + res_2<-unique(res_2) + res4 <- merge(res_2, res_3) %>% + dplyr::filter(IS >= minIS) %>% + dplyr::arrange(ncd2) %>% as.data.table - #} - #################### + }else if (by=="IS"){ - res4 <- merge(res2, res3) %>% as.data.table - res4 <- res4 %>% - dplyr::ungroup() %>% - as.data.table - mini_fun<-function(x,y){ - sum((rep(0, x)-y)^2) - } - res4[, temp4 := mini_fun(unique(FDs),unique(tf)), by=Win.ID] - res4[, NCD2 := sqrt(((temp2 + temp4) / IS)), by = Win.ID] - res4[, temp2 := NULL] - res4[, temp4 := NULL] - #if (is.null(minIS) == "FALSE") { - res4 <- res4[IS >= minIS] - return(print(res4)) +#to do: write this code. + +} + return(res4) } diff --git a/R/utils.R b/R/utils.R index 3a766f8..58bb6bc 100644 --- a/R/utils.R +++ b/R/utils.R @@ -10,12 +10,6 @@ outfile_path <- function(infile = "example.vcf") { sub("\\..*", paste0("_",timestamp(now),".out"), infile) } - -.even_or_odd<-function(num){ - if((num %% 2) == 0) { - return(0) -} else { - return(1) -} +.get_fds<-function(x){ #x: number of FDS, y=tf + rep(0, x) } - From e6b3377b54ca6f940ceaf9818b08a22540fca457 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Fri, 21 Jul 2023 15:55:51 -0400 Subject: [PATCH 21/46] test changes --- R/vcf_ncd2.r | 9 ++++++++- tests/testthat/ncd1_input.rda | Bin 0 -> 3520 bytes tests/testthat/test-ncd1.R | 9 --------- tests/testthat/test-parse_vcf.R | 6 ++++++ tests/testthat/test-vcf_ncd2.R | 3 +++ 5 files changed, 17 insertions(+), 10 deletions(-) create mode 100644 tests/testthat/ncd1_input.rda create mode 100644 tests/testthat/test-vcf_ncd2.R diff --git a/R/vcf_ncd2.r b/R/vcf_ncd2.r index 9020064..79b40da 100644 --- a/R/vcf_ncd2.r +++ b/R/vcf_ncd2.r @@ -23,7 +23,14 @@ colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))] if (npop > 2) { nind <- nind[c(1, 2)] - #to do: if verbose is T, print message saying only the first two elements of nind are considered. + if (verbose == T) { + cat( + glue::glue( + "Only the first two elements of nind are considered:" + ), + "\n" + ) + } } npop2 <- length(nind) if (verbose == T) { diff --git a/tests/testthat/ncd1_input.rda b/tests/testthat/ncd1_input.rda new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2923137cc5d9fa622124e8c866ef0b4fc8a78056 GIT binary patch literal 3520 zcmV;x4L|ZiT4*^jL0KkKSyAnDVgNPp|NsC0|NsC0|NsC0|NsC0|NsAg-|zqb|GxkK z|NZ~>zyIJ2za0_~`+x_0000021JD2q;BHyT1}CZLX*N?dYGipQsPt+un2n@u38rLa z8foe_nMafZPg4kB(t1WuQxhg>2FMdlGg0Vj4^wJr^wU!#O)$`D2dH|C(KPZ*H8Vz& z29XJ{Oqc~cr>WyfKS3I5dSsrblS$^Gnu8`LQJQLDjYiU*lVsCG)6kxv0000000000 z00000000045lj_5Pf6$}r2SJyOu`dPnE+_W8fK@WF%1t>KnQ_-fHn8ajFsp4pp#KLAKl<=qMG^W!?dW|&AL)6e{JwO0@fIUqO zG|6dl5hC}KtRZ$5kKs_#3v*|1FAvr@s@(1_Rbsolt^ z*bT9wIf~UxLcz;=J*3`VQOQ6bSis9*@n$#_dea;i5sq+rJ2Vg@&KdZCh~%;yiP+Ps zJ?y6{jA+V_V9J&UfdUMN)8s`U1SqpL^S^}Eh`Q)-9Hl~ZmFB*gDgcE(W=!A%EIkdp&Jc=Xn1G}eCzV=~A`K?vE$ajU z3dsqEY?3=7RF)K@#f4UQ7IA5V?Ae;$@lUWZ2(>3==7wy!1&fNV7YM__*37jtBtp!9 zQ9#=?Op&O;iC{De_`(aQw#j~Nq6CC5lecjpAYFR^BrC2ni2@dHZ_V~T*XMY1k~~Y- zLIDeR$$R^5>%QoH`GE!N0DiVHR=~V~Zx}F`J;&8>68e_!uW!J?#rIBqeGg-{vF!Pi zk3-)59+k9&e|$OJ=hL~F3-qvKvB} zOKIWqoCctQxdU6qN8io!fDJg8RuPO)M zLh3Gi5hX~N(-6%$pORSHzbJ44zDva9Xd_XP%-l}LTG-?Cbue&yD17U8DpS#GpC>f& z?pFjP7K+b_r*4pg(Ky{ePw`Lzyu%nPw$n(u;Zo$G5p?W}_bN_bVck#{%Qnn*SRw5A zu(g>Y@ydS%xj_WAu(U)t0DwVBhzN&}03h^BHn%O_WI_VCZcZ+N37Tug4ayJR6AUR6 zid(7xh|NaiiUvkea0+e#H_AV#%l@fUg)`c8E&4yXe4Xxbr-W9}8#0IV4i~w-RfrHD zupwr!G{eHd<7G3IvhX83=a_gvs#`eH&q{>vsAA=(uhO@Tb|Ke)Ah1ApbWDbX+bRLD zfX$VfQxY*~yts8EP2a!Gnzh61F8B{nW`-pYjR>YY6G5gjnV1J~3U!ptSQYn4rBZ-n z&V|3ny{jZih#Q zE^>;y1Y2u~2<$r<3!#o6oG`=PI*-OA^3H@*uaKQ06@8XRr<}O_#3lsZ zSX02Bil|*$_StTBCv>xJcE#r5BNt%Uu6GBqYC<;$AyK5;>vkS~z9V;QGeIRJnVmEV zG!YPo5LUiCI*T!!JA;F0@pv7Rsn1U~?u?O6IC&2Z+-Nfjdr%W4Xw#^MTV!=}D=o78 zoig%4Kd)E8GPHB~y6Nk*GIVFL>%7`|0eOcJ)Q9XwTh7W8m}wfKv~77AC?9Q^WTmwe z>n#oZ@Oz&d#mvupnq1}(0t9SWNJ2`dc{8(PkWSIU7qTz;TNM+Wv znG~~~pd_9sBL*PaxTlLIUK}wZGn+g-Tr6Y^03z^$q7|StVOA`bB*TJB6h&7QYgD)l zh?tqc1{tdY;+BQeVb+Hy0gDEt&lZ@4&UK6~5LL$!X=Y=9&>IDX4Na_S;j9LwYLyY< z3xaf{wh>uVWE!!J2xe8dU18OiPNyYfCt|A^54gj_-37JC~A;VL|t2iw{ z4-({>V`woPD^-=YHj-SWYce=>lQ?y=j9d~xI+&!4Re>c^D=njAha$MhL&KutjuPU> z0O<+{O9f$Q(GpHT$~lbABw(?J7Bafw%;C^s(M6zmL~t0@RhBedQdBl0PGkX~8;u5v zvf-mnoVFea&a&mw(TRjJOPNOFI)uTdLrCilw?oo*Z+K~_}J10SE$jQC`FhNw( zceP{}R-L>ADeNMfYCLSXDy+Vo1a~!++(7L!(yjR<%I-k`Re8ghnEHl$zuOZ7R)Y;JkT-)p!+PP0f~@KbgXwBFAUX z*=5NiS6bp%SNZM?QsL!iE9qC(UQYuq(^~-@7E5_^-D1UD-?&~|p#X&H-y&UqZMNNr zLKNkw8L{))D%m1M3CRcq~?dc6tJbf(9JMSjY}7KXEAy(c2zdn$boU-?7HZPy2iGrvy$SB zmnD_J(qkg?8#+ZD^x?&Qk~&%}pSS4pqJ#)r;$)}xF0ixC3o8c#0?>J_M*2SqfZ^WR z>#-^?7cHMUORe=yREwvbG8s;d>ORL1& z!8;>IiORF3BvI2kI;_nFTy)H|gC$9)aWZ-n<)6r_oJDdqy35$Bnx_hWTPrHQLdoJf zJ^xw3!NTI?&No%Athf#)5&;T}rAN%)K)GVst1Mh9F(klQ7If|^<(fB=*g6T!7}NCd z4HGNoNnLGlpe`9*y@0M78dl2Q^*3`1)i8pAGWc;=2pQsN0KkxAmz||?!*(_+8mck~ zs96bD_vIy;xOaKRwWvEpP4o2->7OnJ>g+=HV!VWwUag7+YSWhOn_0CBUz_zXj95V@SkfZdPJVfwyK2 zRy#!DkkAfVFKusCUJS}B1+~ei-cHJ&3^j7_173!?dok(mm)I1AiKZonBOOxLgieIe zx|mg}gnEA3$#|$iRM^c}ttB9qkePuI;U%cbs%0%o_BDeOmSIzy7=BSYN^s&CQ&PmG zJSti+K?*8Cv^dcTAXdx_jvlgENl21P4AS=t|u{`ePcON zFL3S=bq)i>hU?67oRC;o5@&T5e_k@gI5!*K!wcpOQOd_wtCIGW56y6Ar?hV8kD^oCL~Iw1g7BG9v+ai uX7K78pgf+yS?KF8$VG8fm}Q6@^{rf73`badlyYbPi@744C`c&wx-kHD3Ri&u literal 0 HcmV?d00001 diff --git a/tests/testthat/test-ncd1.R b/tests/testthat/test-ncd1.R index 3ddfb4f..21f360b 100644 --- a/tests/testthat/test-ncd1.R +++ b/tests/testthat/test-ncd1.R @@ -15,12 +15,3 @@ test_that("parse_vcf correctly parses a VCF file", { -test_that("ncd1 calculates non-central deviation correctly", { - parsed_vcf <- parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1") - result <- ncd1(x = parsed_vcf, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) - window1 <- parsed_vcf[POS >= parsed_vcf$POS[1] - 1500 & POS < parsed_vcf$POS[1] + 1500] - window1 <- window1[AF != 1 & AF != 0] - expected_ncd1 <- sqrt(sum((window1$MAF - 0.5) ^ 2) / nrow(window1)) - - expect_equal(result$NCD1[1], expected_ncd1) -}) diff --git a/tests/testthat/test-parse_vcf.R b/tests/testthat/test-parse_vcf.R index 8d0e1d0..b14e7c5 100644 --- a/tests/testthat/test-parse_vcf.R +++ b/tests/testthat/test-parse_vcf.R @@ -44,3 +44,9 @@ testthat::test_that("parse_vcf calls .vcf_ncd1 correctly for type = 'ncd1'", { }) + + +testthat::test_that("parse_vcf correctly produces ncd1 imput", { + expected_output<-parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") + expect_equal(ncd1_input, expected_output) +}) diff --git a/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R b/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R new file mode 100644 index 0000000..0551a54 --- /dev/null +++ b/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R @@ -0,0 +1,3 @@ +testthat::test_that("vcf_ncd2 correctly filters first two columns"{ + expect_that(nind, length = 2) +}) From e12a17028f26c70642a25b1477eafd2b633f6367 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Fri, 21 Jul 2023 15:57:14 -0400 Subject: [PATCH 22/46] commented out --- tests/testthat/test-vcf_ncd2.R | 6 +++--- 1 file changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R b/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R index 0551a54..e0cfc0a 100644 --- a/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R +++ b/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R @@ -1,3 +1,3 @@ -testthat::test_that("vcf_ncd2 correctly filters first two columns"{ - expect_that(nind, length = 2) -}) +# testthat::test_that("vcf_ncd2 correctly filters first two columns", { +# expect_that(nind, length = 2) +# }) From 0f62b858d626c404f795943eaea1488cb7b404bf Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Mon, 24 Jul 2023 14:41:39 -0400 Subject: [PATCH 23/46] updates and bug fixes --- R/global_variables.R | 6 -- R/ncd1.R | 9 ++- R/ncd1copy.R | 107 ++++++++++++++++++++++++++++++++ R/utils.R | 8 +++ tests/testthat/test-ncd1.R | 19 ++++++ tests/testthat/test-parse_vcf.R | 6 -- 6 files changed, 141 insertions(+), 14 deletions(-) delete mode 100644 R/global_variables.R create mode 100644 R/ncd1copy.R diff --git a/R/global_variables.R b/R/global_variables.R deleted file mode 100644 index 84d93fd..0000000 --- a/R/global_variables.R +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -utils::globalVariables(c( - "all_of", "across", "Mid", "temp2", "CenMaf", "MidMaf", "Method", - "temp4", "IS", ".", "FDs", "AF", "AF2", "ALT", "CHR", "FD", "ID", - "MAF", "NCD1", "NCD2", "POS", "REF", "SNP", "Win.ID", "tn_1", "tn_2", - "tx_1", "tx_2" -)) diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index 136b8f2..f8ebdae 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -100,6 +100,11 @@ ncd1 <- function(x = x, dplyr::arrange(ncd1) %>% as.data.table + } + split_ids <- lapply(strsplit(res4$Win.ID, "_"), as.numeric) + sort_values <- sapply(split_ids, function(x) x[2]) + res5 <- res4[order(sort_values), ] + + return(res5) } - return(res4) -} + diff --git a/R/ncd1copy.R b/R/ncd1copy.R new file mode 100644 index 0000000..ad8200a --- /dev/null +++ b/R/ncd1copy.R @@ -0,0 +1,107 @@ +#' Calculate non-central statistic (NCD1) +#' +#' @param x A data.table object with +#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles). +#' @param tf Target frequency. +#' @param w Window size in bp. Default is 1000. +#' @param ncores Number of cores. Increasing this can speed things up for you. +#' Default is 2. +#' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with +#' less informative sites than this threshold are discarded. +#' @param by Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site. +#' @return A data.table object with columns: TO DO +#' @export +#' +#' @examples ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) +#' @import data.table +#' @importFrom data.table ":=" +#' +# to do: check that ncd1_input (internal object) is the same as the output of example command for ncd1 in the parse_vcf function. +# something like ncd1(x=parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1"), tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) == ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) +# do the equivalent thing for ncd2 +ncd1.test <- function(x = x, + tf = 0.5, + w = 3000, + ncores = 2, + minIS = 2, + by="POS") { + assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one + chromosome at a time\n") + + x[, AF := tx_1 / tn_1] #allele relative frequency + x[, ID := seq_along(CHR)] + w1 <- w / 2 + polpos <- + x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic + x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. + x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] + #################################################################################### + if(by=="POS"){ + #windows (sliding) + #to do: add some checks here + vec<-data.table(start=seq(from=x$POS[1], to=x$POS[nrow(x)], by=w1)) + vec[,end:=start+w] + setkey(vec, start, end) + x[,POS2:=POS] + setnames(x, c("POS","POS2"),c("start","end")) + res_0<-foverlaps(x, vec, type="within")[, Win.ID:=paste0(CHR,"_",start,"_",end)][, POS:=start][,.(POS,AF, ID,SNP,MAF, Win.ID)] + res_0<-res_0[SNP==T][, tf:=tf] + res_1<-unique(res_0[,.(S = sum(SNP), + IS = sum(SNP), + tf = tf), + by= Win.ID]) + res_2<-res_0[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)), by=Win.ID] + res4 <- merge(res_1, res_2, all = TRUE) + res4 <- res4[IS >= minIS] + res4[, ncd1 := sqrt(temp2 / IS)] + res4[, temp2 := NULL] + setorder(res4, Win.ID) + + + } else if(by=="IS"){ + ################################### + #windows centered on SNPs + x2 <- x[SNP == T] #select only polymorphic positions + mylist <- + parallel::mclapply(x2$POS, function(y) { + x2[,start:=y-w1][,end:=y+w1][POS >= start & + POS < end][, Mid:=y][,Win.ID:=paste0(CHR,"_",start,"_",end)][, tf:=tf][, .(POS, AF, ID, SNP, MAF, Mid, Win.ID, tf)] + }, + mc.cores = + ncores) #creates list where each element is a genomic window + + mylist2 <- + do.call(rbind, mylist) + + #remove windows where Win.ID includes negative numbers + mylist2<-mylist2[-grep("-",mylist2$Win.ID),] + #remove window where mid==last POS in dataset + mylist2<-mylist2[Mid!=mylist2$POS[nrow(mylist2)]] + #to do: check that mylist2 is a data table + res <- + unique(mylist2[, .(S = sum(SNP), + IS = sum(SNP), + tf = tf), + by = Win.ID]) + #to do: add some checks here + res1 <- unique(as.data.table(mylist2[, .(MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], + Mid = Mid), by=Win.ID])) + # TopMaf = which(min(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% + + #to do: add some checks here + res2 <- merge(res, res1) + #to do: add some checks here + res3 <- + mylist2[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)), by=Win.ID] + + + res4 <- merge(res2, res3) %>% + dplyr::mutate(ncd1:=sqrt((temp2)/IS)) %>% + dplyr::filter(IS >= minIS) %>% + dplyr::select(Win.ID, S, IS, tf, MidMaf, Mid) %>% + dplyr::arrange(ncd1) %>% + as.data.table + +} + return(res4) +} diff --git a/R/utils.R b/R/utils.R index 58bb6bc..7a2c7e8 100644 --- a/R/utils.R +++ b/R/utils.R @@ -13,3 +13,11 @@ outfile_path <- function(infile = "example.vcf") { .get_fds<-function(x){ #x: number of FDS, y=tf rep(0, x) } + + +utils::globalVariables(c( + "all_of", "across", "Mid", "temp2", "CenMaf", "MidMaf", "Method", + "temp4", "IS", ".", "FDs", "AF", "AF2", "ALT", "CHR", "FD", "ID", + "MAF", "NCD1", "NCD2", "POS", "REF", "SNP", "Win.ID", "tn_1", "tn_2", + "tx_1", "tx_2" +)) diff --git a/tests/testthat/test-ncd1.R b/tests/testthat/test-ncd1.R index 21f360b..82705c1 100644 --- a/tests/testthat/test-ncd1.R +++ b/tests/testthat/test-ncd1.R @@ -15,3 +15,22 @@ test_that("parse_vcf correctly parses a VCF file", { +testthat::test_that( "ncd correctly calculates ncd1"{ + +}) + +x = ncd1_input +tf = 0.5 +w = 3000 +x[, AF := tx_1 / tn_1] #allele relative frequency +x[, ID := seq_along(CHR)] +w1 <- w / 2 +polpos <- + x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic +x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. +x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] +x[SNP==T] + + + + diff --git a/tests/testthat/test-parse_vcf.R b/tests/testthat/test-parse_vcf.R index b14e7c5..7f5d1ce 100644 --- a/tests/testthat/test-parse_vcf.R +++ b/tests/testthat/test-parse_vcf.R @@ -19,12 +19,6 @@ testthat::test_that("parse_vcf returns a data table", { expect_s3_class(parsed_vcf, "data.table") }) -# testthat::test_that("parse_vcf correctly generates output file name", { -# result <- parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1") -# print(result) -# outfile <- basename(result$outfile) -# expect_equal(outfile, "example_ncd1.out") -# }) testthat::test_that("parse_vcf calls .vcf_ncd2 correctly for type = 'ncd2'", { From 3590cada497d956522d43b7dbc5e9c406e2a91a5 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Tue, 25 Jul 2023 11:33:04 -0400 Subject: [PATCH 24/46] test for ncd1 --- tests/testthat/test-ncd1.R | 37 ++++++++++++++++++++----------------- 1 file changed, 20 insertions(+), 17 deletions(-) diff --git a/tests/testthat/test-ncd1.R b/tests/testthat/test-ncd1.R index 82705c1..a2e08cc 100644 --- a/tests/testthat/test-ncd1.R +++ b/tests/testthat/test-ncd1.R @@ -15,22 +15,25 @@ test_that("parse_vcf correctly parses a VCF file", { -testthat::test_that( "ncd correctly calculates ncd1"{ - +testthat::test_that( "ncd correctly calculates ncd1",{ + x = ncd1_input + tf = 0.5 + w = 3000 + x[, AF := tx_1 / tn_1] #allele relative frequency + x[, ID := seq_along(CHR)] + w1 <- w / 2 + polpos <- + x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic + x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. + x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] + res_0<-x[x$POS >= x$POS[1] & x$POS <= x$POS[1] + w][SNP==T] + res_1<-unique(res_0[,.(S = sum(SNP), + IS = sum(SNP), + tf = tf)]) + res_2<-res_0[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2))] + res_3 <- cbind(res_1, res_2) + expected_ncd1<-res_3[, ncd1:=sqrt((temp2)/IS)][,temp2:=NULL] + calc_ncd1<-ncd1(ncd1_input) + expect_equal(calc_ncd1$ncd1[1], expected_ncd1$ncd1) }) -x = ncd1_input -tf = 0.5 -w = 3000 -x[, AF := tx_1 / tn_1] #allele relative frequency -x[, ID := seq_along(CHR)] -w1 <- w / 2 -polpos <- - x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic -x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. -x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] -x[SNP==T] - - - - From 079573c4f653478eb9b241e85f930fe3b6bb055f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Tue, 25 Jul 2023 12:56:04 -0400 Subject: [PATCH 25/46] Update ncd2.R --- R/ncd2.R | 5 +++-- 1 file changed, 3 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/R/ncd2.R b/R/ncd2.R index 6e75ad4..f26375d 100644 --- a/R/ncd2.R +++ b/R/ncd2.R @@ -56,8 +56,9 @@ ncd2 <- function(x = x, tf = tf), by= Win.ID]) - - res_2<-merge(res_0, res_1) + setkey(res_0, Win.ID) + setkey(res_1, Win.ID) + res_2<-res_0[res_1] #to do: check that each Win.ID has the number of rows given by IS res_3<-res_2[, .(ncd2 = sqrt(sum((MAF-tf)^2)/IS)), by=Win.ID] res_3<-unique(res_3) From 4937d0efe6d9388f621d8fee67b360dcdff64b12 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Wed, 26 Jul 2023 11:02:59 -0400 Subject: [PATCH 26/46] man updates --- NAMESPACE | 1 + man/ncd1.Rd | 13 ++++++++----- man/ncd1.test.Rd | 33 +++++++++++++++++++++++++++++++++ man/ncd2.Rd | 18 ++++++++++-------- man/parse_vcf.Rd | 2 +- 5 files changed, 53 insertions(+), 14 deletions(-) create mode 100644 man/ncd1.test.Rd diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index 64aed57..747d256 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -3,6 +3,7 @@ export("%>%") export(hello) export(ncd1) +export(ncd1.test) export(ncd2) export(outfile_path) export(parse_vcf) diff --git a/man/ncd1.Rd b/man/ncd1.Rd index ccb72fc..70acd87 100644 --- a/man/ncd1.Rd +++ b/man/ncd1.Rd @@ -4,23 +4,26 @@ \alias{ncd1} \title{Calculate non-central statistic (NCD1)} \usage{ -ncd1(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) +ncd1(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2, by = "POS") } \arguments{ -\item{x}{A data.table object} +\item{x}{A data.table object with +columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles).} -\item{tf}{Target frequency} +\item{tf}{Target frequency.} -\item{w}{Window size in bp. Default is 1000} +\item{w}{Window size in bp. Default is 1000.} \item{ncores}{Number of cores. Increasing this can speed things up for you. Default is 2.} \item{minIS}{Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with less informative sites than this threshold are discarded.} + +\item{by}{Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site.} } \value{ -A data.table object +A data.table object with columns: TO DO } \description{ Calculate non-central statistic (NCD1) diff --git a/man/ncd1.test.Rd b/man/ncd1.test.Rd new file mode 100644 index 0000000..b009c9b --- /dev/null +++ b/man/ncd1.test.Rd @@ -0,0 +1,33 @@ +% Generated by roxygen2: do not edit by hand +% Please edit documentation in R/ncd1copy.R +\name{ncd1.test} +\alias{ncd1.test} +\title{Calculate non-central statistic (NCD1)} +\usage{ +ncd1.test(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2, by = "POS") +} +\arguments{ +\item{x}{A data.table object with +columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles).} + +\item{tf}{Target frequency.} + +\item{w}{Window size in bp. Default is 1000.} + +\item{ncores}{Number of cores. Increasing this can speed things up for you. +Default is 2.} + +\item{minIS}{Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with +less informative sites than this threshold are discarded.} + +\item{by}{Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site.} +} +\value{ +A data.table object with columns: TO DO +} +\description{ +Calculate non-central statistic (NCD1) +} +\examples{ +ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) +} diff --git a/man/ncd2.Rd b/man/ncd2.Rd index 17f7a86..b088dcc 100644 --- a/man/ncd2.Rd +++ b/man/ncd2.Rd @@ -4,23 +4,25 @@ \alias{ncd2} \title{Calculate non-central statistic (NCD2)} \usage{ -ncd2(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2) +ncd2(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2, by = "POS") } \arguments{ -\item{x}{A data.table object} +\item{x}{A data.table object with +columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles), tx_2, and tn_2.} -\item{tf}{Target frequency} +\item{tf}{Target frequency. Any value between 0 and 0.5. Default is 0.5.} -\item{w}{Window size in bp. Default is 1000} +\item{w}{Window size in bp. Default is 1000.} -\item{ncores}{Number of cores. Increasing this can spead things up for you. -Default is 4.} +\item{ncores}{Number of cores. Increasing this can speed things up for you. +Default is 2.} \item{minIS}{Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with -less informative sites than this threshold are discarded.} +less informative sites than this threshold are discarded. +#' @param by Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site.} } \value{ -A data.table object +A data.table object with columns: TO DO } \description{ Calculate non-central statistic (NCD2) diff --git a/man/parse_vcf.Rd b/man/parse_vcf.Rd index 021e3e0..4a0393d 100644 --- a/man/parse_vcf.Rd +++ b/man/parse_vcf.Rd @@ -25,5 +25,5 @@ Parse VCF files generated by SLiM v3 } \examples{ parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") -parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2") +parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=1, type="ncd2") } From dc52a51068ae0cd62a16a71346922b652ebbe02b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Mon, 18 Sep 2023 12:34:51 -0400 Subject: [PATCH 27/46] updates --- NAMESPACE | 2 - R/hello.R | 19 --------- R/ncd1copy.R | 107 ----------------------------------------------- man/hello.Rd | 12 ------ man/ncd1.test.Rd | 33 --------------- 5 files changed, 173 deletions(-) delete mode 100644 R/hello.R delete mode 100644 R/ncd1copy.R delete mode 100644 man/hello.Rd delete mode 100644 man/ncd1.test.Rd diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index 747d256..94c74e2 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -1,9 +1,7 @@ # Generated by roxygen2: do not edit by hand export("%>%") -export(hello) export(ncd1) -export(ncd1.test) export(ncd2) export(outfile_path) export(parse_vcf) diff --git a/R/hello.R b/R/hello.R deleted file mode 100644 index a03560f..0000000 --- a/R/hello.R +++ /dev/null @@ -1,19 +0,0 @@ -# @ -# -# This is an example function named 'hello' -# which prints 'Hello, world!'. -# -# You can learn more about package authoring with RStudio at: -# -# v -# -# Some useful keyboard shortcuts for package authoring: -# -# Install Package: 'Cmd + Shift + B' -# Check Package: 'Cmd + Shift + E' -# Test Package: 'Cmd + Shift + T' -#' @export -hello <- function() { - print("Hello, world!") -} - diff --git a/R/ncd1copy.R b/R/ncd1copy.R deleted file mode 100644 index ad8200a..0000000 --- a/R/ncd1copy.R +++ /dev/null @@ -1,107 +0,0 @@ -#' Calculate non-central statistic (NCD1) -#' -#' @param x A data.table object with -#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles). -#' @param tf Target frequency. -#' @param w Window size in bp. Default is 1000. -#' @param ncores Number of cores. Increasing this can speed things up for you. -#' Default is 2. -#' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with -#' less informative sites than this threshold are discarded. -#' @param by Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site. -#' @return A data.table object with columns: TO DO -#' @export -#' -#' @examples ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) -#' @import data.table -#' @importFrom data.table ":=" -#' -# to do: check that ncd1_input (internal object) is the same as the output of example command for ncd1 in the parse_vcf function. -# something like ncd1(x=parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1"), tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) == ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) -# do the equivalent thing for ncd2 -ncd1.test <- function(x = x, - tf = 0.5, - w = 3000, - ncores = 2, - minIS = 2, - by="POS") { - assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one - chromosome at a time\n") - - x[, AF := tx_1 / tn_1] #allele relative frequency - x[, ID := seq_along(CHR)] - w1 <- w / 2 - polpos <- - x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic - x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not. - x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)] - #################################################################################### - if(by=="POS"){ - #windows (sliding) - #to do: add some checks here - vec<-data.table(start=seq(from=x$POS[1], to=x$POS[nrow(x)], by=w1)) - vec[,end:=start+w] - setkey(vec, start, end) - x[,POS2:=POS] - setnames(x, c("POS","POS2"),c("start","end")) - res_0<-foverlaps(x, vec, type="within")[, Win.ID:=paste0(CHR,"_",start,"_",end)][, POS:=start][,.(POS,AF, ID,SNP,MAF, Win.ID)] - res_0<-res_0[SNP==T][, tf:=tf] - res_1<-unique(res_0[,.(S = sum(SNP), - IS = sum(SNP), - tf = tf), - by= Win.ID]) - res_2<-res_0[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)), by=Win.ID] - res4 <- merge(res_1, res_2, all = TRUE) - res4 <- res4[IS >= minIS] - res4[, ncd1 := sqrt(temp2 / IS)] - res4[, temp2 := NULL] - setorder(res4, Win.ID) - - - } else if(by=="IS"){ - ################################### - #windows centered on SNPs - x2 <- x[SNP == T] #select only polymorphic positions - mylist <- - parallel::mclapply(x2$POS, function(y) { - x2[,start:=y-w1][,end:=y+w1][POS >= start & - POS < end][, Mid:=y][,Win.ID:=paste0(CHR,"_",start,"_",end)][, tf:=tf][, .(POS, AF, ID, SNP, MAF, Mid, Win.ID, tf)] - }, - mc.cores = - ncores) #creates list where each element is a genomic window - - mylist2 <- - do.call(rbind, mylist) - - #remove windows where Win.ID includes negative numbers - mylist2<-mylist2[-grep("-",mylist2$Win.ID),] - #remove window where mid==last POS in dataset - mylist2<-mylist2[Mid!=mylist2$POS[nrow(mylist2)]] - #to do: check that mylist2 is a data table - res <- - unique(mylist2[, .(S = sum(SNP), - IS = sum(SNP), - tf = tf), - by = Win.ID]) - #to do: add some checks here - res1 <- unique(as.data.table(mylist2[, .(MidMaf = MAF[which(Mid == POS)], - Mid = Mid), by=Win.ID])) - # TopMaf = which(min(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>% - - #to do: add some checks here - res2 <- merge(res, res1) - #to do: add some checks here - res3 <- - mylist2[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)), by=Win.ID] - - - res4 <- merge(res2, res3) %>% - dplyr::mutate(ncd1:=sqrt((temp2)/IS)) %>% - dplyr::filter(IS >= minIS) %>% - dplyr::select(Win.ID, S, IS, tf, MidMaf, Mid) %>% - dplyr::arrange(ncd1) %>% - as.data.table - -} - return(res4) -} diff --git a/man/hello.Rd b/man/hello.Rd deleted file mode 100644 index 0fa7c4b..0000000 --- a/man/hello.Rd +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ -\name{hello} -\alias{hello} -\title{Hello, World!} -\usage{ -hello() -} -\description{ -Prints 'Hello, world!'. -} -\examples{ -hello() -} diff --git a/man/ncd1.test.Rd b/man/ncd1.test.Rd deleted file mode 100644 index b009c9b..0000000 --- a/man/ncd1.test.Rd +++ /dev/null @@ -1,33 +0,0 @@ -% Generated by roxygen2: do not edit by hand -% Please edit documentation in R/ncd1copy.R -\name{ncd1.test} -\alias{ncd1.test} -\title{Calculate non-central statistic (NCD1)} -\usage{ -ncd1.test(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2, by = "POS") -} -\arguments{ -\item{x}{A data.table object with -columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles).} - -\item{tf}{Target frequency.} - -\item{w}{Window size in bp. Default is 1000.} - -\item{ncores}{Number of cores. Increasing this can speed things up for you. -Default is 2.} - -\item{minIS}{Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with -less informative sites than this threshold are discarded.} - -\item{by}{Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site.} -} -\value{ -A data.table object with columns: TO DO -} -\description{ -Calculate non-central statistic (NCD1) -} -\examples{ -ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) -} From 0a673f264517cee9668df9df5c91190dffc253b8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Mon, 25 Sep 2023 10:49:35 -0400 Subject: [PATCH 28/46] trying to update read_vcf not working yet but i'm trying lol --- R/modified_read_vcf.R | 29 +++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 29 insertions(+) create mode 100644 R/modified_read_vcf.R diff --git a/R/modified_read_vcf.R b/R/modified_read_vcf.R new file mode 100644 index 0000000..75d0a90 --- /dev/null +++ b/R/modified_read_vcf.R @@ -0,0 +1,29 @@ + +#' Read vcf +#' +#' @param x The path and name of a vcf file +#' @param id.range A numeric vector specifying the IDs or range of IDs to keep. +#' @return Returns a data.table object containing only SNPs +#' @export +#' +#' @examples read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf")) +#' @import data.table +#' @importFrom data.table ":=" +#' +mod_read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", id.range = NULL) { + inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = T) + data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR") + + inp <- inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G")][ALT %in% c("A", "C", "T", "G")] + + if (!is.null(id.range)) { + if (length(id.range) == 2) { + cols_to_keep <- c("CHR", "POS", "ID", "REF", "ALT", (6 + id.range[1]):(5 + id.range[2])) + } else { + cols_to_keep <- c("CHR", "POS", "ID", "REF", "ALT", 5 + id.range) + } + inp <- inp[, ..cols_to_keep] + } + + return(inp) +} From 714c0c83f71d8b68904b1d22433a97e64c4165d7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Fri, 29 Sep 2023 10:46:27 -0400 Subject: [PATCH 29/46] it works now! i added the argument to filter by person to read.vcf --- R/modified_read_vcf.R | 37 ++++++++++++++++++++++++++----------- 1 file changed, 26 insertions(+), 11 deletions(-) diff --git a/R/modified_read_vcf.R b/R/modified_read_vcf.R index 75d0a90..b06fdc9 100644 --- a/R/modified_read_vcf.R +++ b/R/modified_read_vcf.R @@ -11,19 +11,34 @@ #' @importFrom data.table ":=" #' mod_read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", id.range = NULL) { - inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = T) - data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR") + # Read VCF file + inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = TRUE) + data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR") - inp <- inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G")][ALT %in% c("A", "C", "T", "G")] + inp <- inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G") & ALT %in% c("A", "C", "T", "G")] + if (!is.null(id.range)) { + if (length(id.range) != 1 && length(id.range) != 2) { + stop("id.range must have either 1 or 2 values.") + } - if (!is.null(id.range)) { - if (length(id.range) == 2) { - cols_to_keep <- c("CHR", "POS", "ID", "REF", "ALT", (6 + id.range[1]):(5 + id.range[2])) - } else { - cols_to_keep <- c("CHR", "POS", "ID", "REF", "ALT", 5 + id.range) + if (length(id.range) == 2 && id.range[1] > id.range[2]) { + stop("The first value of id.range must be less than or equal to the second value.") + } + + basic_cols <- c("CHR", "POS", "ID", "REF", "ALT", "QUAL", "FILTER", "INFO", "FORMAT") + + if (length(id.range) == 2) { + sample_cols <- paste0("i", (id.range[1]-1):(id.range[2]-1)) + } else { + sample_cols <- paste0("i", id.range-1) + } + + if (!all(sample_cols %in% names(inp))) { + stop("Some specified sample columns do not exist in the VCF file.") + } + + inp <- inp[, c(basic_cols, sample_cols), with = FALSE] } - inp <- inp[, ..cols_to_keep] - } - return(inp) + return(inp) } From 16d1ae5064ea178042829541f0e261be82f8e79d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Fri, 29 Sep 2023 11:00:27 -0400 Subject: [PATCH 30/46] pos.range also has a position range now --- Notes_for_dev.Rmd | 6 +++--- R/modified_read_vcf.R | 9 ++++++++- 2 files changed, 11 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/Notes_for_dev.Rmd b/Notes_for_dev.Rmd index 4810d7a..ee5ac9d 100644 --- a/Notes_for_dev.Rmd +++ b/Notes_for_dev.Rmd @@ -13,9 +13,9 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ```{r, echo=T, eval=F} my_vcf<-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) #to do: -#1. add option to only keep certain individuals with a parameter "id.range" where c(x, y), x is first individual in the range and y is last individual in the range.(e.g. first individual column in the VCF is 1, second is 2, and so on.). If the length of the vector is >2, this will be interpreted as a vector of ID positions to keep. -#2. include possibility for user to only keep certain positions with a parameter "pos.range" where c(x, y), x is beginning position and y is end position of range. -#3. instead of simply creating a data.tbale, creates a list with first element the data.table. Other elements: IDs: holds the ID names, Geno: holds the genotypes, var_ids: holds variant IDs. (low priority) +# (daphne note: done) 1. add option to only keep certain individuals with a parameter "id.range" where c(x, y), x is first individual in the range and y is last individual in the range.(e.g. first individual column in the VCF is 1, second is 2, and so on.). If the length of the vector is >2, this will be interpreted as a vector of ID positions to keep. +#(daphne note: done) 2. include possibility for user to only keep certain positions with a parameter "pos.range" where c(x, y), x is beginning position and y is end position of range. +#3. instead of simply creating a data.table, creates a list with first element the data.table. Other elements: IDs: holds the ID names, Geno: holds the genotypes, var_ids: holds variant IDs. (low priority) ``` ## parse.vcf() diff --git a/R/modified_read_vcf.R b/R/modified_read_vcf.R index b06fdc9..7f08e6a 100644 --- a/R/modified_read_vcf.R +++ b/R/modified_read_vcf.R @@ -10,12 +10,19 @@ #' @import data.table #' @importFrom data.table ":=" #' -mod_read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", id.range = NULL) { +mod_read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", id.range = NULL, pos.range = NULL) { # Read VCF file inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = TRUE) data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR") inp <- inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G") & ALT %in% c("A", "C", "T", "G")] + if (!is.null(pos.range)) { + if (length(pos.range) != 2 || pos.range[1] > pos.range[2]) { + stop("pos.range must have 2 values with the first being less than or equal to the second.") + } + + inp <- inp[POS >= pos.range[1] & POS <= pos.range[2]] + } if (!is.null(id.range)) { if (length(id.range) != 1 && length(id.range) != 2) { stop("id.range must have either 1 or 2 values.") From 638487d7b57b6c71b8b37e4ab7a32510b09be4cc Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Wed, 4 Oct 2023 16:15:52 -0400 Subject: [PATCH 31/46] Update modified_read_vcf.R --- R/modified_read_vcf.R | 1 - 1 file changed, 1 deletion(-) diff --git a/R/modified_read_vcf.R b/R/modified_read_vcf.R index 7f08e6a..c86e241 100644 --- a/R/modified_read_vcf.R +++ b/R/modified_read_vcf.R @@ -11,7 +11,6 @@ #' @importFrom data.table ":=" #' mod_read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", id.range = NULL, pos.range = NULL) { - # Read VCF file inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = TRUE) data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR") From 0cf4db1dbb607e5fa90ace99e38c1f50b591d203 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Wed, 4 Oct 2023 17:10:22 -0400 Subject: [PATCH 32/46] oush --- Notes_for_dev.Rmd | 8 ++++++-- 1 file changed, 6 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/Notes_for_dev.Rmd b/Notes_for_dev.Rmd index ee5ac9d..f6814a9 100644 --- a/Notes_for_dev.Rmd +++ b/Notes_for_dev.Rmd @@ -13,7 +13,10 @@ knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ```{r, echo=T, eval=F} my_vcf<-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) #to do: -# (daphne note: done) 1. add option to only keep certain individuals with a parameter "id.range" where c(x, y), x is first individual in the range and y is last individual in the range.(e.g. first individual column in the VCF is 1, second is 2, and so on.). If the length of the vector is >2, this will be interpreted as a vector of ID positions to keep. +# 1. add option to only keep certain individuals with a parameter "id.range" where c(x, y), x is first individual in the range and y is last individual in the range.(e.g. first individual column in the VCF is 1, second is 2, and so on.). If the length of the vector is >2, this will be interpreted as a vector of ID positions to keep. + #get rid of the i thing, use 9 + id.range. also add columns by id name + +# make everything data table #(daphne note: done) 2. include possibility for user to only keep certain positions with a parameter "pos.range" where c(x, y), x is beginning position and y is end position of range. #3. instead of simply creating a data.table, creates a list with first element the data.table. Other elements: IDs: holds the ID names, Geno: holds the genotypes, var_ids: holds variant IDs. (low priority) ``` @@ -21,13 +24,14 @@ my_vcf<-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) ## parse.vcf() ```{r, echo=T, eval=F} - +# make this the parsing function my_parsed_vcf<-parse_vcf(infile="inst/example.vcf", n0=108, type="ncd1") #CHANGES: #1. removed most parameters # added: assertthat::assert_that(ncd_type %in% c("ncd1", "ncd2"), msg="ncd_type must be either ncd1 or ncd2.\n") #2. fixed many details in count_alleles and split_geno #To do: +# check what infile is. if object run like that, else read in object using read_vcf #2. include possibility for "infile" to be a vcf object read in with read.vcf. Might require creating a function that assesses whether an R object has the characteristics of a vcf file. #a copy of "my_parsed_vcf" is included as an example file in the package and is called ncd1_input From 0dbcd89e0bbe52d6a7fa361ceb44366aca1461ab Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Sun, 5 Nov 2023 13:28:09 -0500 Subject: [PATCH 33/46] FINALLY this took so long to make this work omg. it finally filters properly --- R/modified_read_vcf.R | 37 +++++++++++++------------------------ 1 file changed, 13 insertions(+), 24 deletions(-) diff --git a/R/modified_read_vcf.R b/R/modified_read_vcf.R index c86e241..eeade85 100644 --- a/R/modified_read_vcf.R +++ b/R/modified_read_vcf.R @@ -1,8 +1,6 @@ - #' Read vcf #' #' @param x The path and name of a vcf file -#' @param id.range A numeric vector specifying the IDs or range of IDs to keep. #' @return Returns a data.table object containing only SNPs #' @export #' @@ -10,41 +8,32 @@ #' @import data.table #' @importFrom data.table ":=" #' -mod_read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", id.range = NULL, pos.range = NULL) { +modmod_read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", pos.range = NULL, id.range = NULL) { inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = TRUE) data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR") inp <- inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G") & ALT %in% c("A", "C", "T", "G")] + if (!is.null(pos.range)) { - if (length(pos.range) != 2 || pos.range[1] > pos.range[2]) { - stop("pos.range must have 2 values with the first being less than or equal to the second.") + if (length(pos.range) == 2) { + inp <- inp[POS >= pos.range[1] & POS <= pos.range[2]] + } else { + inp <- inp[POS %in% pos.range] } - - inp <- inp[POS >= pos.range[1] & POS <= pos.range[2]] } - if (!is.null(id.range)) { - if (length(id.range) != 1 && length(id.range) != 2) { - stop("id.range must have either 1 or 2 values.") - } - if (length(id.range) == 2 && id.range[1] > id.range[2]) { - stop("The first value of id.range must be less than or equal to the second value.") - } - - basic_cols <- c("CHR", "POS", "ID", "REF", "ALT", "QUAL", "FILTER", "INFO", "FORMAT") + col.range <- 1:9 + if (!is.null(id.range)) { if (length(id.range) == 2) { - sample_cols <- paste0("i", (id.range[1]-1):(id.range[2]-1)) + col.range <- c(col.range, (10 + id.range[1] - 1):(10 + id.range[2] - 1)) } else { - sample_cols <- paste0("i", id.range-1) - } - - if (!all(sample_cols %in% names(inp))) { - stop("Some specified sample columns do not exist in the VCF file.") + col.range <- c(col.range, 9 + id.range) } - - inp <- inp[, c(basic_cols, sample_cols), with = FALSE] + col.range <- col.range[col.range <= ncol(inp)] } + inp <- inp[, .SD, .SDcols = col.range] + return(inp) } From 6decd6c4b56395edc08ddb36d2966c0fbcc14d0b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Sun, 5 Nov 2023 19:08:12 -0500 Subject: [PATCH 34/46] notes --- Notes_for_dev.html | 443 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 443 insertions(+) create mode 100644 Notes_for_dev.html diff --git a/Notes_for_dev.html b/Notes_for_dev.html new file mode 100644 index 0000000..13556d2 --- /dev/null +++ b/Notes_for_dev.html @@ -0,0 +1,443 @@ + + + + + + + + + + + + + + +Notes + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
+ + + + + + + +
+

read.vcf()

+
my_vcf<-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T)
+#to do:
+# 1. add option to only keep certain individuals with a parameter "id.range" where c(x, y), x is first individual in the range and y is last individual in the range.(e.g. first individual column in the VCF is 1, second is 2, and so on.). If the length of the vector is >2, this will be interpreted as a vector of ID positions to keep.
+ #get rid of the i thing, use 9 + id.range. also add columns by id name 
+
+# make everything data table
+#(daphne note: done) 2. include possibility for user to only keep certain positions with a parameter "pos.range" where c(x, y), x is beginning position and y is end position of range.
+#3. instead of simply creating a data.table, creates a list with first element the data.table. Other elements: IDs: holds the ID names, Geno: holds the genotypes, var_ids: holds variant IDs. (low priority)
+
+
+

parse.vcf()

+
# make this the parsing function
+my_parsed_vcf<-parse_vcf(infile="inst/example.vcf", n0=108,  type="ncd1")
+#CHANGES:
+#1. removed most parameters
+# added: assertthat::assert_that(ncd_type %in% c("ncd1", "ncd2"), msg="ncd_type must be either ncd1 or ncd2.\n")
+#2. fixed many details in count_alleles and split_geno
+#To do:
+# check what infile is. if object run like that, else read in object using read_vcf
+#2. include possibility for "infile" to be a vcf object read in with read.vcf. Might require creating a function that assesses whether an R object has the characteristics of a vcf file. 
+#a copy of "my_parsed_vcf" is included as an example file in the package and is called ncd1_input
+
+
+

07/19

+
    +
  • removed “outfile” param from parse_vcf and internal functions +within.
    • +
  • put verbose back in
    • +
  • added comments regarding pending things to do and test.
    • +
+

to do: * go over the comments in the code and make tests and +adjustments * figure out how to add references to the help page of +functions. * changed SegSites to “S” in ncd1 and ncd2 functions. * +Created parameter “by” for ncd1 and ncd2 allowing user to perform scan +based on sliding windows or windows around each SNP.

+
+ + + + +
+ + + + + + + + + + + + + + + From 5d91fc2a26bdcc915b19ea6048afe25af605c9a2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Mon, 13 Nov 2023 17:21:17 -0500 Subject: [PATCH 35/46] functions --- .gitignore | 1 + DESCRIPTION | 3 +++ Notes_for_dev.Rmd | 19 +++++++++++++++++++ vignettes/.gitignore | 2 ++ vignettes/my-vignette.Rmd | 19 +++++++++++++++++++ 5 files changed, 44 insertions(+) create mode 100644 vignettes/.gitignore create mode 100644 vignettes/my-vignette.Rmd diff --git a/.gitignore b/.gitignore index 889192a..e7d6a9e 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -6,3 +6,4 @@ .httr-oauth .DS_Store local_only/ +inst/doc diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 2461971..3609030 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -20,6 +20,9 @@ Imports: Depends: R (>= 2.10) Suggests: + knitr, + rmarkdown, testthat (>= 3.1.9), withr Config/testthat/edition: 3 +VignetteBuilder: knitr diff --git a/Notes_for_dev.Rmd b/Notes_for_dev.Rmd index f6814a9..19cde93 100644 --- a/Notes_for_dev.Rmd +++ b/Notes_for_dev.Rmd @@ -16,6 +16,10 @@ my_vcf<-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) # 1. add option to only keep certain individuals with a parameter "id.range" where c(x, y), x is first individual in the range and y is last individual in the range.(e.g. first individual column in the VCF is 1, second is 2, and so on.). If the length of the vector is >2, this will be interpreted as a vector of ID positions to keep. #get rid of the i thing, use 9 + id.range. also add columns by id name +## +# define VCF file + + # make everything data table #(daphne note: done) 2. include possibility for user to only keep certain positions with a parameter "pos.range" where c(x, y), x is beginning position and y is end position of range. #3. instead of simply creating a data.table, creates a list with first element the data.table. Other elements: IDs: holds the ID names, Geno: holds the genotypes, var_ids: holds variant IDs. (low priority) @@ -37,6 +41,21 @@ my_parsed_vcf<-parse_vcf(infile="inst/example.vcf", n0=108, type="ncd1") ``` +```{r} +#NCD1 +#make it all data table + + +#NCD2 + +#add fixed differences +#add 0s to the fixed differences to make equal to the snps +``` + + + + + ## 07/19 * removed "outfile" param from parse_vcf and internal functions within. diff --git a/vignettes/.gitignore b/vignettes/.gitignore new file mode 100644 index 0000000..097b241 --- /dev/null +++ b/vignettes/.gitignore @@ -0,0 +1,2 @@ +*.html +*.R diff --git a/vignettes/my-vignette.Rmd b/vignettes/my-vignette.Rmd new file mode 100644 index 0000000..b87c592 --- /dev/null +++ b/vignettes/my-vignette.Rmd @@ -0,0 +1,19 @@ +--- +title: "my-vignette" +output: rmarkdown::html_vignette +vignette: > + %\VignetteIndexEntry{my-vignette} + %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown} + %\VignetteEncoding{UTF-8} +--- + +```{r, include = FALSE} +knitr::opts_chunk$set( + collapse = TRUE, + comment = "#>" +) +``` + +```{r setup} +library(balselr) +``` From fcf959ae3b62cc5388a0a3123ac6e15ff60af572 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Sun, 18 Feb 2024 17:19:30 -0500 Subject: [PATCH 36/46] made the lil markdown file --- balex.Rmd | 61 ++++++++ balex.docx | Bin 0 -> 10582 bytes balex.html | 445 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ balex.pdf | Bin 0 -> 135295 bytes 4 files changed, 506 insertions(+) create mode 100644 balex.Rmd create mode 100644 balex.docx create mode 100644 balex.html create mode 100644 balex.pdf diff --git a/balex.Rmd b/balex.Rmd new file mode 100644 index 0000000..f4f20de --- /dev/null +++ b/balex.Rmd @@ -0,0 +1,61 @@ +--- +title: "balselrexample" +output: + pdf_document: default + html_document: default + word_document: default +date: "2024-02-18" +--- + + + + + +```{r, echo=FALSE} +library(balselr) +library(knitr) +hook_output <- knit_hooks$get("output") +knit_hooks$set(output = function(x, options) { + lines <- options$output.lines + if (is.null(lines)) { + return(hook_output(x, options)) # pass to default hook + } + x <- unlist(strsplit(x, "\n")) + more <- "..." + if (length(lines)==1) { # first n lines + if (length(x) > lines) { + # truncate the output, but add .... + x <- c(head(x, lines), more) + } + } else { + x <- c(more, x[lines], more) + } + # paste these lines together + x <- paste(c(x, ""), collapse = "\n") + hook_output(x, options) +}) +``` + + + + +```{r, output.lines=10} +library(balselr) +#Read In the VCF File +read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf")) +``` + +```{r, output.lines=10} + +#Parse the VCF Files +ncd1imput <-parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") +``` + + +```{r, output.lines=10} + +#Run ncd1 Test +ncd1(ncd1_input) +``` + + diff --git a/balex.docx b/balex.docx new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..83ad44da89bf4a73d2896c488c326cdfb039983f GIT binary patch literal 10582 zcmZ{KWmH|+vNdkO-QnOC+}&Ld?(Xgm0YY#I9wfNCyA#~qA-Dz$9^j+<^}XrvzIVph zd;gj>)|#tMt*Tk2C<6|G4gv-P1Hw=P)X06DShoiS0U?J50YL)+0nrw*w{tPIbJ17v zbTD<+rT4J4saGAc3t~im!q~Bfl=mtsp&<*QA7BU0AUTW*mTigM#O|K)2nLnV1lGY~ zk+EE13YhiTR4c1j7U6(%_p5bO{65e_*uL|`TwZi`*x@7_Kd-8fqm(-~dlA=8jN>f%G-$P}R$eWVB{6zw6 zV6Ak@Ke-G{%l9HtJJoq^MRPy|)>zi7m#1ulNoP$+eMK|`$H~cqGr@~jqIzyz zpu-6lS#lHs-C+{JHNwm(a_*J3gq!(50a-=xx-K~TS6A`7_fBVxM_-&BnJiM+-%}w{ zXkmFF#H7vbKqW=ogWF44<-pTpsA>yOF^1-8_ZdOmsHCQF&Suh^DF8E@2SoS6y!s;= z+WUXSgNDe~H{f0_%M01+p=I_&>+ZvEh}B-?RkE#*AXabUcIi#Z-0 zFYfjJZm=W|ta#GIPqr^Can>J!q|R5$ADKyfUg!71tReeIVMd7Mr4Wg$o8c^FrcUMV^ABp=AI+PF~Af4nOASkbVxZ69KFqqgIyV|}w?O)z{s`Y5U#fki^ zURLJPl1Sej!@D$%5olToY#c#pxZS3K0H4}(jSjfn$jpG|`?0JyP17YUYPU*uGrDij z`xPgwGzLithCRVl2=x{{PY7~yQDIN0?Sy)xfOJlcUr*n*^{P)_f^|)&<`4FeGy1u)*9$o{W`NF!B&WW3*W?;!W46g z7~7t=DZk86_WpSx?%-B|I;C2=e}o%aij1JDVcH$-XslZf{w_T5u^T2b(0{23@S(qq z8FcfpU%yV=+P2$wT$54TSxfsyq_W|>zs;mIaz;{{*Eq(xP@MPWJgJUfsA3YC!FuFn 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+...
+
#Parse the VCF Files
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+
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+...
+
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changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/balex.Rmd b/balex.Rmd index f4f20de..8f83fc0 100644 --- a/balex.Rmd +++ b/balex.Rmd @@ -48,7 +48,7 @@ read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf")) ```{r, output.lines=10} #Parse the VCF Files -ncd1imput <-parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") +ncd1_input <-parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") ``` From f0aa0d125b356f7a9bb3ccec2651b4948b8df026 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Mon, 26 Feb 2024 10:34:25 -0500 Subject: [PATCH 38/46] install code --- balex.Rmd | 8 ++++++++ 1 file changed, 8 insertions(+) diff --git a/balex.Rmd b/balex.Rmd index 8f83fc0..2b8f1ec 100644 --- a/balex.Rmd +++ b/balex.Rmd @@ -37,6 +37,14 @@ knit_hooks$set(output = function(x, options) { ``` +```{r, echo=TRUE} +# install.packages("devtools") +library(devtools) +devtools::install_github("bitarellolab/balselr") +library(balselr) +``` + + ```{r, output.lines=10} From 9f2ee2a4aac5c70ed5369728e637a528443801ff Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: daphnehanse11 <128793799+daphnehanse11@users.noreply.github.com> Date: Thu, 29 Feb 2024 12:52:25 -0500 Subject: [PATCH 39/46] Update renv.lock --- renv.lock | 727 ++++++------------------------------------------------ 1 file changed, 82 insertions(+), 645 deletions(-) diff --git a/renv.lock b/renv.lock index bde9a8a..66c59b8 100644 --- a/renv.lock +++ b/renv.lock @@ -1,6 +1,6 @@ { "R": { - "Version": "4.3.0", + "Version": "4.3.2", "Repositories": [ { "Name": "CRAN", @@ -19,27 +19,6 @@ ], "Hash": "470851b6d5d0ac559e9d01bb352b4021" }, - "Rcpp": { - "Package": "Rcpp", - "Version": "1.0.11", - "Source": "Repository", - "Repository": "CRAN", - "Requirements": [ - "methods", - "utils" - ], - "Hash": "ae6cbbe1492f4de79c45fce06f967ce8" - }, - "askpass": { - "Package": "askpass", - "Version": "1.1", - "Source": 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--git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index 94c74e2..f54b305 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -1,6 +1,7 @@ # Generated by roxygen2: do not edit by hand export("%>%") +export(modmod_read_vcf) export(ncd1) export(ncd2) export(outfile_path) diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R index f8ebdae..99fe2a1 100644 --- a/R/ncd1.R +++ b/R/ncd1.R @@ -1,15 +1,16 @@ #' Calculate non-central statistic (NCD1) #' #' @param x A data.table object with -#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles). +#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), +#' tn_1 (total number of alleles). #' @param tf Target frequency. -#' @param w Window size in bp. Default is 1000. +#' @param w Window size in bp. Default is 3000. #' @param ncores Number of cores. Increasing this can speed things up for you. #' Default is 2. #' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with #' less informative sites than this threshold are discarded. #' @param by Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site. -#' @return A data.table object with columns: TO DO +#' @return A data.table object with columns: Win.ID, S (sites), IS (informative sites), tf, ncd1 #' @export #' #' @examples ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) diff --git a/R/parse_vcf.R b/R/parse_vcf.R index 5c3fd97..9e238db 100644 --- a/R/parse_vcf.R +++ b/R/parse_vcf.R @@ -15,7 +15,7 @@ parse_vcf <- function(infile = NULL, n0 = NULL, n1 = NULL, type = NULL, - verbose=T) { + verbose=F) { assertthat::assert_that(file.exists(infile), msg = glue::glue("VCF file {infile} does not exist.\n")) diff --git a/R/read_vcf.R b/R/read_vcf.R index d51cf0a..68ac034 100644 --- a/R/read_vcf.R +++ b/R/read_vcf.R @@ -11,7 +11,7 @@ read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf") { inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = T) data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR") - inp <- + #inp <- inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G")][ALT %in% c("A", "C", "T", "G")] - return(inp) + #return(inp) } diff --git a/Untitled/Untitled.Rmd b/Untitled/Untitled.Rmd new file mode 100644 index 0000000..f69971e --- /dev/null +++ b/Untitled/Untitled.Rmd @@ -0,0 +1,368 @@ +--- +title: "Presentation Ninja" +subtitle: "⚔️ xaringan +
😎 xaringanthemer" +author: + - "Yihui Xie" + - "Garrick Aden-Buie" +date: '`r Sys.Date()`' +output: + xaringan::moon_reader: + css: xaringan-themer.css + nature: + slideNumberFormat: "%current%" + highlightStyle: github + highlightLines: true + ratio: 16:9 + countIncrementalSlides: true +--- + +```{r setup, include=FALSE} +options(htmltools.dir.version = FALSE) +knitr::opts_chunk$set( + fig.width=9, fig.height=3.5, fig.retina=3, + out.width = "100%", + cache = FALSE, + echo = TRUE, + message = FALSE, + warning = FALSE, + hiline = TRUE +) +``` + +```{r xaringan-themer, include=FALSE, warning=FALSE} +library(xaringanthemer) +style_duo_accent( + primary_color = "#1381B0", + secondary_color = "#FF961C", + inverse_header_color = "#FFFFFF" +) +``` + +## Typography + +Text can be **bold**, _italic_, ~~strikethrough~~, or `inline code`. + +[Link to another slide](#colors). + +### Lorem Ipsum + +Dolor imperdiet nostra sapien scelerisque praesent curae metus facilisis dignissim tortor. +Lacinia neque mollis nascetur neque urna velit bibendum. +Himenaeos suspendisse leo varius mus risus sagittis aliquet venenatis duis nec. + +- Dolor cubilia nostra nunc sodales + +- Consectetur aliquet mauris blandit + +- Ipsum dis nec porttitor urna sed + +--- +name: colors + +## Colors + +.left-column[ +Text color + +[Link Color](#3) + +**Bold Color** + +_Italic Color_ + +`Inline Code` +] + +.right-column[ +Lorem ipsum dolor sit amet, [consectetur adipiscing elit (link)](#3), +sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. +Erat nam at lectus urna. +Pellentesque elit ullamcorper **dignissim cras tincidunt (bold)** lobortis feugiat. +_Eros donec ac odio tempor_ orci dapibus ultrices. +Id porta nibh venenatis cras sed felis eget velit aliquet. +Aliquam id diam maecenas ultricies mi. +Enim sit amet +`code_color("inline")` +venenatis urna cursus eget nunc scelerisque viverra. +] + +--- + +# Big Topic or Inverse Slides `#` + +## Slide Headings `##` + +### Sub-slide Headings `###` + +#### Bold Call-Out `####` + +This is a normal paragraph text. Only use header levels 1-4. + +##### Possible, but not recommended `#####` + +###### Definitely don't use h6 `######` + +--- + +# Left-Column Headings + +.left-column[ +## First + +## Second + +## Third +] + +.right-column[ +Dolor quis aptent mus a dictum ultricies egestas. + +Amet egestas neque tempor fermentum proin massa! + +Dolor elementum fermentum pharetra lectus arcu pulvinar. +] + +--- +class: inverse center middle + +# Topic Changing Interstitial + +-- + +``` +class: inverse center middle +``` + +--- +layout: true + +## Blocks + +--- + +### Blockquote + +> This is a blockquote following a header. +> +> When something is important enough, you do it even if the odds are not in your favor. + +--- + +### Code Blocks + +#### R Code + +```{r eval=FALSE} +ggplot(gapminder) + + aes(x = gdpPercap, y = lifeExp, size = pop, color = country) + + geom_point() + + facet_wrap(~year) +``` + +#### JavaScript + +```js +var fun = function lang(l) { + dateformat.i18n = require('./lang/' + l) + return true; +} +``` + +--- + +### More R Code + +```{r eval=FALSE} +dplyr::starwars %>% dplyr::slice_sample(n = 4) +``` + +--- + +```{r message=TRUE, eval=requireNamespace("cli", quietly = TRUE)} +cli::cli_alert_success("It worked!") +``` + +-- + +```{r message=TRUE} +message("Just a friendly message") +``` + +-- + +```{r warning=TRUE} +warning("This could be bad...") +``` + +-- + +```{r error=TRUE} +stop("I hope you're sitting down for this") +``` + + +--- +layout: true + +## Tables + +--- +exclude: `r if (requireNamespace("tibble", quietly=TRUE)) "false" else "true"` + +```{r eval=requireNamespace("tibble", quietly=TRUE)} +tibble::as_tibble(mtcars) +``` + +--- + +```{r} +knitr::kable(head(mtcars), format = 'html') +``` + +--- +exclude: `r if (requireNamespace("DT", quietly=TRUE)) "false" else "true"` + +```{r eval=requireNamespace("DT", quietly=TRUE)} +DT::datatable(head(mtcars), fillContainer = FALSE, options = list(pageLength = 4)) +``` + +--- +layout: true + +## Lists + +--- + +.pull-left[ +#### Here is an unordered list: + +* Item foo +* Item bar +* Item baz +* Item zip +] + +.pull-right[ + +#### And an ordered list: + +1. Item one +1. Item two +1. Item three +1. Item four +] + +--- + +### And a nested list: + +- level 1 item + - level 2 item + - level 2 item + - level 3 item + - level 3 item +- level 1 item + - level 2 item + - level 2 item + - level 2 item +- level 1 item + - level 2 item + - level 2 item +- level 1 item + +--- + +### Nesting an ol in ul in an ol + +- level 1 item (ul) + 1. level 2 item (ol) + 1. level 2 item (ol) + - level 3 item (ul) + - level 3 item (ul) +- level 1 item (ul) + 1. level 2 item (ol) + 1. level 2 item (ol) + - level 3 item (ul) + - level 3 item (ul) + 1. level 4 item (ol) + 1. level 4 item (ol) + - level 3 item (ul) + - level 3 item (ul) +- level 1 item (ul) + +--- +layout: true + +## Plots + +--- + +```{r plot-example, eval=requireNamespace("ggplot2", quietly=TRUE)} +library(ggplot2) +(g <- ggplot(mpg) + aes(hwy, cty, color = class) + geom_point()) +``` + +--- + +```{r plot-example-themed, eval=requireNamespace("showtext", quietly=TRUE) && requireNamespace("ggplot2", quietly=TRUE)} +g + xaringanthemer::theme_xaringan(text_font_size = 16, title_font_size = 18) + + ggtitle("A Plot About Cars") +``` + +.footnote[Requires `{showtext}`] + +--- +layout: false + +## Square image + +
GithHub Octocat
+ +.footnote[GitHub Octocat] + +--- + +### Wide image + +![A wide image with a diagram of branching in git.](https://docs.github.com/assets/images/help/repository/branching.png) + +.footnote[Wide images scale to 100% slide width] + +--- + +## Two images + +.pull-left[ +![A GitHub Octocat, style "mother hubber"](https://octodex.github.com/images/motherhubbertocat.png) +] + +.pull-right[ +![A GitHub Octocat, style "dinotcat"](https://octodex.github.com/images/dinotocat.png) +] + +--- + +### Definition lists can be used with HTML syntax. + +
+
Name
+
Godzilla
+
Born
+
1952
+
Birthplace
+
Japan
+
Color
+
Green
+
+ +--- +class: center, middle + +# Thanks! + +Slides created via the R packages: + +[**xaringan**](https://github.com/yihui/xaringan)
+[gadenbuie/xaringanthemer](https://github.com/gadenbuie/xaringanthemer) + +The chakra comes from [remark.js](https://remarkjs.com), [**knitr**](http://yihui.name/knitr), and [R Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com). diff --git a/Untitled/xaringan-themer.css b/Untitled/xaringan-themer.css new file mode 100644 index 0000000..6517ea0 --- /dev/null +++ b/Untitled/xaringan-themer.css @@ -0,0 +1,299 @@ +/* ------------------------------------------------------- + * + * !! This file was generated by xaringanthemer !! + * + * Changes made to this file directly will be overwritten + * if you used xaringanthemer in your xaringan slides Rmd + * + * Issues or likes? + * - https://github.com/gadenbuie/xaringanthemer + * - https://www.garrickadenbuie.com + * + * Need help? Try: + * - vignette(package = "xaringanthemer") + * - ?xaringanthemer::style_xaringan + * - xaringan wiki: https://github.com/yihui/xaringan/wiki + * - remarkjs wiki: https://github.com/gnab/remark/wiki + * + * Version: 0.4.0.9000 + * + * ------------------------------------------------------- */ +@import url(https://fonts.googleapis.com/css?family=Noto+Sans:400,400i,700,700i&display=swap); +@import url(https://fonts.googleapis.com/css?family=Cabin:600,600i&display=swap); +@import url(https://fonts.googleapis.com/css?family=Source+Code+Pro:400,700&display=swap); + + +:root { + /* Fonts */ + --text-font-family: 'Noto Sans'; + --text-font-is-google: 1; + --text-font-family-fallback: -apple-system, BlinkMacSystemFont, avenir next, avenir, helvetica neue, helvetica, Ubuntu, roboto, noto, segoe ui, arial; + --text-font-base: sans-serif; + --header-font-family: Cabin; + --header-font-is-google: 1; + --header-font-family-fallback: Georgia, serif; + --code-font-family: 'Source Code Pro'; + --code-font-is-google: 1; + --base-font-size: 20px; + --text-font-size: 1rem; + --code-font-size: 0.9rem; + --code-inline-font-size: 1em; + --header-h1-font-size: 2.75rem; + --header-h2-font-size: 2.25rem; + --header-h3-font-size: 1.75rem; + + /* Colors */ + --text-color: #000000; + --header-color: #1381B0; + --background-color: #FFFFFF; + --link-color: #1381B0; + --text-bold-color: #1381B0; + --code-highlight-color: rgba(255,255,0,0.5); + --inverse-text-color: #000000; + --inverse-background-color: #FF961C; + --inverse-header-color: #FFFFFF; + --inverse-link-color: #1381B0; + --title-slide-background-color: #1381B0; + --title-slide-text-color: #000000; + --header-background-color: #1381B0; + --header-background-text-color: #FFFFFF; + --primary: #1381B0; + --secondary: #FF961C; + --white: #FFFFFF; + --black: #000000; +} + +html { + font-size: var(--base-font-size); +} + +body { + font-family: var(--text-font-family), var(--text-font-family-fallback), var(--text-font-base); + font-weight: normal; + color: var(--text-color); +} +h1, h2, h3 { + font-family: var(--header-font-family), var(--header-font-family-fallback); + font-weight: 600; + color: var(--header-color); +} +.remark-slide-content { + background-color: var(--background-color); + font-size: 1rem; + padding: 16px 64px 16px 64px; + width: 100%; + height: 100%; +} +.remark-slide-content h1 { + font-size: var(--header-h1-font-size); +} +.remark-slide-content h2 { + font-size: var(--header-h2-font-size); +} +.remark-slide-content h3 { + font-size: var(--header-h3-font-size); +} +.remark-code, .remark-inline-code { + font-family: var(--code-font-family), Menlo, Consolas, Monaco, Liberation Mono, Lucida Console, monospace; +} +.remark-code { + font-size: var(--code-font-size); +} +.remark-inline-code { + font-size: var(--code-inline-font-size); + color: #1381B0; +} +.remark-slide-number { + color: #1381B0; + opacity: 1; + font-size: 0.9rem; +} +strong { + font-weight: bold; + color: var(--text-bold-color); +} +a, a > code { + color: var(--link-color); + text-decoration: none; +} +.footnote { + position: absolute; + bottom: 60px; + padding-right: 4em; + font-size: 0.9em; +} +.remark-code-line-highlighted { + background-color: var(--code-highlight-color); +} +.inverse { + background-color: var(--inverse-background-color); + color: var(--inverse-text-color); + +} +.inverse h1, .inverse h2, .inverse h3 { + color: var(--inverse-header-color); +} +.inverse a, .inverse a > code { + color: var(--inverse-link-color); +} +.title-slide, .title-slide h1, .title-slide h2, .title-slide h3 { + color: var(--title-slide-text-color); +} +.title-slide { + background-color: var(--title-slide-background-color); +} +.title-slide .remark-slide-number { + display: none; +} +/* Two-column layout */ +.left-column { + width: 20%; + height: 92%; + float: left; +} +.left-column h2, .left-column h3 { + color: #1381B099; +} +.left-column h2:last-of-type, .left-column h3:last-child { + color: #1381B0; +} +.right-column { + width: 75%; + float: right; + padding-top: 1em; 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+ +
ncd1 {tools}R Documentation
+ +

Calculate non-central statistic (NCD1)

+ +

Description

+ +

Calculate non-central statistic (NCD1) +

+ + +

Usage

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ncd1(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2, by = "POS")
+
+ + +

Arguments

+ + + + + + + + + + + + + + +
x +

A data.table object with +columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), +tn_1 (total number of alleles).

+
tf +

Target frequency.

+
w +

Window size in bp. Default is 3000.

+
ncores +

Number of cores. Increasing this can speed things up for you. +Default is 2.

+
minIS +

Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with +less informative sites than this threshold are discarded.

+
by +

Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site.

+
+ + +

Value

+ +

A data.table object with columns: Win.ID, S (sites), IS (informative sites), tf, ncd1 +

+ + +

Examples

+ +
ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8)
+
+ +
[Package tools version 4.3.2 ]
+
+ diff --git a/ncd1_rd.png b/ncd1_rd.png new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2ec93c8354165fe746dc0d453f26c01ac6172e7d GIT binary patch literal 67770 zcmc$__g~WQ8$Zf0wcPnmEzOzQaHP3sCRPqKv)qae_s-l3nC}v^vT`M^GFLe;#XaC% znx!GRw~(f24p3B7L=W~k=llWZhwphjZXUpEUi-SQ=Y8GDH>|Jm9XoXl008irUx(ZT z0KjDSM~s`3eZ+G9`BC=Q(U9v-VE_P+@ZkptK&}+~ujr#^1Mg@M~19 z%;|~#qR66SAd#1apz|UXj)LM^%Xh(_B8ALMOoVuDn%(&4h*{BDXpE|5Qbuph^5@lQ zk`(p3s`rCSm$I9}8rE0_M1#l&4_@cqR}Z7lrz6jpzyAL=G{!|Z75IJJ?j>v{sDYhH z*DLvz)EanX4xiV596x|RqDfZ(DuOV+ja3Y=0MHa~jsJ+}=T&J`jZ+Dno#I^ zbTXNIWv=w%6Um7;M3D$(f_~wDF(L|}DQ~0=$P#F5*@L?)Ew3E^cpkVtjo&fFqf^0LYIvNIy8-(>CJIyUh4IQfwVZR zE3>u#tc7C49l3M_wq-+jL%1#;*%l7H@=rZiFP9{6)h0Uf+dS@~au`pDkgZFectOAW z&wD#hOO9lf;*tOuODZD01XvH;f7Q+42sv8q;OPck{~ZB>n`mewbd+1dwGKXRL}r)h z%dsWln{X*{0e!66pgKUH$0$3K1wq3Vh0;y2`-Ys2`g1KA+*P zt`hZr%Vr?y_}b)qd=tJLnJT14e1DFpH5T(#NSkNhvg4&_as1gJ(8H8VF!M3l7}3H< z!m|0Svovjw^C8M1XJ`fQj=>#$esw{D$L#%q}}q2j~3qGLlPD$kM2@@1B3Q+0;U86xgO+HSVam$b)OnA zi{{Y3zvsLS&R(IP9@{rOs+6A*%sEE@9;%$Ds_^J;q~CnJ9-*cD%etBHM(W@Xmvofo z6O;w+C|IQH$7PK(du2PE&r%VbO-*u0%^M|SziS6p0}h+ zDDvbJRHA{1Bf88`QkL_&zG9nkMq_#PIa=^I19%`!0Mkgtt8h*4br^c!{~w zSu;JM*94;10eg0ftR~;-nb{8Dr7uq$$`en&SV&z-Fuic zr+3)zHgD#p8Fz~dUu+eKl0<6j20^=r9dUt^m?P~uS~2Rj zmaP{D)@{ zX9gG7RGDai7c)!8t$wd2r=E-!^z`*Iohr%v58- z9fiusl=u5A1Dd?jq7&AsH8+~-bJOTZlzyL8T%QKU++%X3F;MMM&Cn^5<@}G+8H-)W zq5iL;){mRjau9c7D$Sy$*T+|_p{nR@-jK^NIMGnW!rtx=aW;1OX9Wp-k|29&bX#Q4 zrDS`YtY0(CWM>Wy9W27>Ds$0*GaU%e-HCyuLq>et!!&4{8*l@f#NFkx+sWfAxXn+! zov4HkX}?d#1=Fxw-?epFZdtvdryu~Ay6ZVBHoeotvatyF*;eb_7EW3hI$SxUEm+jM zUi@N^%gn0)%erh5!Fe&bWmYS>46<4pP`6tNM3g{xH#Q=9ZN=S3CAI}^@mD0{<`XkE zXGQVB159CG#JykNHzGl{18$BoZPKgb4|~!W-pElB10*h_Nh%fY@`)^jUHLTyseN`K zd7kGmaES!4z58n*9ty#`as0^HXzJA#G}#X9kp5|Bw|hP#PP`NsS&Cbk!9r`X23K8i zgsp-qbMfwJipiqzB2~V_Bd~KR5YI%7|7L5Tw)ZCf&LY*kLv1W~de<{jKPY-~#Byx> z)W*f7R6CIeL?zbQLS05!vM`5pK~ElKrAr-((X2fUXR}117 zi%XPjY>i%6u?g>gR6cNaA?@rn-ry1CIGTc$G0ZY1KMiQs<90E+F%fJx-cyUE-yEkS=TIt5o#a4oAr>wPB?1)o5%CVn z$zaeSmk-3|P;=M3mrlzD-Fzm0-Z2S_y6&w#YX4ShSpY(d#@F2<3tf+U z@t~va6Xf~UK!&GvVE|lB?Q{x4dsN^s6w@1I-OG6JqJ_MB{DHN5w%D&CX0*LXSwQ7h z>~zxbwfiSd%+^vxnRB?B> zskIq&%G*67<8Ng+AF5APJH{BF ze52Mqks}2kaNrVwQiHkj^HV%uoiRTZZV5;NjsS>)qCTehd-!PlFZ?O+_^=>DI){;|J=4> zB|-x0f1K8gHhM!SI1(`8na5Tcz4&=DPg#km%O#}tvydE~2Y_}L&v=}~uU(DcX5=uj z$yb?to$wtH_xGjuegfBWr`@%K%LAxx=h{>NQlR}?wJ(Bz+tToXShmZJm;`P`A0fZ7 zm~IBd-I;lE`4t8CtW`gQ9XKS^+LKz1feN?!_qq0j-yB;8R1^?g&MJqA&=$D6&zj$+ zfbP{UPKdr;dCtZEy+jHCAM(sLL}newH9((#4Q4z17s%z-Q+)-kyNG!YvNzrozm8`h zGmtCE^Ry`|t``7)=zxnLVb~_9x`O>a*C7o6LY!7;G5#1*(2>-?!7+2?Poh)4Co)oy z#lu6CSHWsYa}GpHH0CTQZmSkveJ{!*B$}Titf_Y?**UEzVIW!I>EpQs!`j8Agp}IF z#|a~L!zGg@u2I^bxI=|nWkUP(gc=1JfjSwD)ye@x+I;R3NFN+|oHfmJp;$ebzaniO z269awo*LBZ=)4F?8?sB#OlZ65Bx$~+|Dq9DRjX#3)_ihp2YRH+8bbox*srVdE<>XY zFjma^u<_Elamg@VKY9AsSVT|>zdgX*ky*wR8kh><5$1D zt>;?Hi;@Xdsp6fq$rUfX0ZW_c&8bxf@1=VsV&YW;W4#hv6ZfFRw*287Vc`Vot>I7H zG zKPSSCb;@4{Kd^wc^z1)u4qd~rEgnw$>rgqqZ9jKRl3G=d7-h9ZST0Hx(jVKeHOsm< 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+devtools::install_github("bitarellolab/balselr") +library(balselr) +``` + +--- + +### Walkthrough example + +* In this example, the VCF (Variant Call Format) file contains population-level information for 108 individuals for the ingroup (pop0) and one individual for the outgroup (pop1). +* `ncd1` only requires ingroup information while `ncd2` requires both. + +--- + +### Install `balselr` +```{r, echo=TRUE, eval=F} +library(devtools) +devtools::install_github("bitarellolab/balselr") +library(balselr) +``` + +--- + +### Read in a `vcf` file + +```{r, echo=T, eval=F} +#showing first 6 columns +read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf")) +``` + +```{r, echo=F, eval=T,output.lines=8} +test<-read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf"))[,1:6] +print(test) +``` + + +--- + +### Make an `ncd1` input file + + +```{r, output.lines=8} +parse_vcf( + infile = system.file(package = "balselr", "example.vcf"), + n0 = 108, type = "ncd1") +``` + +--- + + +### Make an `ncd2` input file + + +```{r, output.lines=8} +parse_vcf( + infile = system.file(package = "balselr", "example.vcf"), + n0 = 108, n1 =1, type = "ncd2") +``` + +--- + +### Run `ncd1` + +```{r, output.lines=8} +ncd1(x = ncd1_input, + tf = 0.5, + w = 3000, + ncores = 2, + minIS = 8) +``` + +--- + +### Run `ncd2` + +```{r, output.lines=8} +ncd2(x = ncd2_input, + tf = 0.5, + w = 3000, + ncores = 2, + minIS = 8) +``` + + +--- + +### Core Functions + +`read_vcf`: Read in a VCF (Variant Call Format) file. This uses `data.table` and is very fast. + +`parse_vcf`: Read in a VCF (Variant Call Format) file and prepare input files for `ncd1()` and `ncd2()`. + +`ncd1`: Calculate non-central statistic (NCD1). Returns a data.table object with columns: Win.ID, S (SNPs), IS (informative sites), tf, ncd1. + +`ncd2`: Calculate non-central statistic (NCD2).Returns a data.table object with columns: Win.ID, S (SNPs), Subst (Fixed differences), IS (informative sites), tf, ncd1. + +--- + +Arguments for `ncd1` and `ncd2`: + +- `tf`: Target frequency. +- `w`: Window size in bp. Default 3000. +- `minIS`: Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with less informative sites than this threshold are discarded. +- `by`: Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on `w`. "IS" defined windows around each informative site. + + + + diff --git a/tutorial.html b/tutorial.html new file mode 100644 index 0000000..93191c9 --- /dev/null +++ b/tutorial.html @@ -0,0 +1,360 @@ + + + + Tutorial + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/tutorial.png b/tutorial.png new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..b2284fa973ff07d80269ff377c98ab10b2f8cecd GIT binary patch literal 3549 zcmeAS@N?(olHy`uVBq!ia0y~yV1B^B!1RKH4Jh)1dHxb0#aZAHSYhOuUXi@vZ z`)XyURAxk3S=o)B`%cG|P2=Qgx8KaI2sEAuaKU$PtpA^%kADYG7H%}#V`+D*`c2J7 zp7?!rw|`o*FfdGcTRL^}`*(Gwru-R4XFpzSAmOjwzkBb_yaY1_28ZdPTpt9SB6Rd; z&tTv3=;OnG>y?3`!Esw{8G&|dG%~d7woQ(_9Sr1HxilQ+cClb!5b%DQeqf=G0{uUsiD7xh=cAjzvaJFSMBYC7Q}TY}BUuK96;2Jodk$7a zRrcJz#>mjHip8QuKu-SM?RiWL3>OOPSb<6ygajUJI9g!DefZ>>x0xXG6%RaQgcHI_q*B`-+x!fC)>!q|04@@z^SlI_8NnEVReo6`S0(h+Y|yd>p((ub7Y9k4`p>+tm&2aN(xrG6hxmP9wEF$wuSmSrmkJ8MDP9fY zYV8?*e|ai+{vX?(4h&6TbW|jQtT^9r{KNhq+l2WT7(zl{N`AOK`*oClSh>yDrvhg; z_WQ2W21mf9+h31t?w6l8YYs=I&a~-~F2!pe*KAz#wQf%BFB!MR7w code { + color: var(--link-color); + text-decoration: none; +} +.footnote { + position: absolute; + bottom: 60px; + padding-right: 4em; + font-size: 0.9em; +} +.remark-code-line-highlighted { + background-color: var(--code-highlight-color); +} +.inverse { + background-color: var(--inverse-background-color); + color: var(--inverse-text-color); + +} +.inverse h1, .inverse h2, .inverse h3 { + color: var(--inverse-header-color); +} +.inverse a, .inverse a > code { + color: var(--inverse-link-color); +} +.title-slide, .title-slide h1, .title-slide h2, .title-slide h3 { + color: var(--title-slide-text-color); +} +.title-slide { + background-color: var(--title-slide-background-color); +} +.title-slide .remark-slide-number { + display: none; +} +/* Two-column layout */ +.left-column { + width: 20%; + height: 92%; + float: left; +} +.left-column h2, .left-column h3 { + color: #046C9A99; +} +.left-column h2:last-of-type, .left-column h3:last-child { + color: #046C9A; +} +.right-column { + width: 75%; + float: right; + padding-top: 1em; +} +.pull-left { + float: left; + width: 47%; +} +.pull-right { + float: right; + width: 47%; +} +.pull-right + * { + clear: both; +} +img, video, iframe { + max-width: 100%; +} +blockquote { + border-left: solid 5px #C27D3880; + padding-left: 1em; +} +.remark-slide table { + margin: auto; + border-top: 1px solid #666; + border-bottom: 1px solid #666; +} +.remark-slide table thead th { + border-bottom: 1px solid #ddd; +} +th, td { + padding: 5px; +} +.remark-slide table:not(.table-unshaded) thead, +.remark-slide table:not(.table-unshaded) tfoot, +.remark-slide table:not(.table-unshaded) tr:nth-child(even) { + background: #F2E5D7; +} +table.dataTable tbody { + background-color: var(--background-color); + color: var(--text-color); +} +table.dataTable.display tbody tr.odd { + background-color: var(--background-color); +} +table.dataTable.display tbody tr.even { + background-color: #F2E5D7; +} +table.dataTable.hover tbody tr:hover, table.dataTable.display tbody tr:hover { + background-color: rgba(255, 255, 255, 0.5); +} +.dataTables_wrapper .dataTables_length, .dataTables_wrapper .dataTables_filter, .dataTables_wrapper .dataTables_info, .dataTables_wrapper .dataTables_processing, .dataTables_wrapper .dataTables_paginate { + color: var(--text-color); +} +.dataTables_wrapper .dataTables_paginate .paginate_button { + color: var(--text-color) !important; +} + +/* Horizontal alignment of code blocks */ +.remark-slide-content.left pre, +.remark-slide-content.center pre, +.remark-slide-content.right pre { + text-align: start; + width: max-content; + max-width: 100%; +} +.remark-slide-content.left pre, +.remark-slide-content.right pre { + min-width: 50%; + min-width: min(40ch, 100%); +} +.remark-slide-content.center pre { + min-width: 66%; + min-width: min(50ch, 100%); +} +.remark-slide-content.left pre { + margin-left: unset; + margin-right: auto; +} +.remark-slide-content.center pre { + margin-left: auto; + margin-right: auto; +} +.remark-slide-content.right pre { + margin-left: auto; + margin-right: unset; +} + +/* Slide Header Background for h1 elements */ +.remark-slide-content.header_background > h1 { + display: block; + position: absolute; + top: 0; + left: 0; + width: 100%; + background: var(--header-background-color); + color: var(--header-background-text-color); + padding: 2rem 64px 1.5rem 64px; + margin-top: 0; + box-sizing: border-box; +} +.remark-slide-content.header_background { + padding-top: 7rem; +} + +@page { margin: 0; } +@media print { + .remark-slide-scaler { + width: 100% !important; + height: 100% !important; + transform: scale(1) !important; + top: 0 !important; + left: 0 !important; + } +} + +.primary { + color: var(--primary); +} +.bg-primary { + background-color: var(--primary); +} +.secondary { + color: var(--secondary); +} +.bg-secondary { + background-color: var(--secondary); +} +.white { + color: var(--white); +} +.bg-white { + background-color: var(--white); +} +.black { + color: var(--black); +} +.bg-black { + background-color: var(--black); +} +.pink { + color: var(--pink); +} +.bg-pink { + background-color: var(--pink); +} +.plum { + color: var(--plum); +} +.bg-plum { + background-color: var(--plum); +} +.cornflowerblue { + color: var(--cornflowerblue); +} +.bg-cornflowerblue { + background-color: var(--cornflowerblue); +} +.weirdbrown { + color: var(--weirdbrown); +} +.bg-weirdbrown { + background-color: var(--weirdbrown); +} +.lilac { + color: var(--lilac); +} +.bg-lilac { + background-color: var(--lilac); +} +.gray { + color: var(--gray); +} +.bg-gray { + background-color: var(--gray); +} +.green { + color: var(--green); +} +.bg-green { + background-color: var(--green); +} +.orange { + color: var(--orange); +} +.bg-orange { + background-color: var(--orange); +} +.ice { + color: var(--ice); +} +.bg-ice { + background-color: var(--ice); +} + From 051d4df7218eda0f20214d66d479651d60a8d882 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Mon, 4 Mar 2024 14:38:12 -0500 Subject: [PATCH 41/46] Create r.yml --- .github/workflows/r.yml | 40 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 40 insertions(+) create mode 100644 .github/workflows/r.yml diff --git a/.github/workflows/r.yml b/.github/workflows/r.yml new file mode 100644 index 0000000..01450fe --- /dev/null +++ b/.github/workflows/r.yml @@ -0,0 +1,40 @@ +# This workflow uses actions that are not certified by GitHub. +# They are provided by a third-party and are governed by +# separate terms of service, privacy policy, and support +# documentation. +# +# See https://github.com/r-lib/actions/tree/master/examples#readme for +# additional example workflows available for the R community. + +name: R + +on: + push: + branches: [ "master" ] + pull_request: + branches: [ "master" ] + +permissions: + contents: read + +jobs: + build: + runs-on: macos-latest + strategy: + matrix: + r-version: ['3.6.3', '4.1.1'] + + steps: + - uses: actions/checkout@v3 + - name: Set up R ${{ matrix.r-version }} + uses: r-lib/actions/setup-r@f57f1301a053485946083d7a45022b278929a78a + with: + r-version: ${{ matrix.r-version }} + - name: Install dependencies + run: | + install.packages(c("remotes", "rcmdcheck")) + remotes::install_deps(dependencies = TRUE) + shell: Rscript {0} + - name: Check + run: rcmdcheck::rcmdcheck(args = "--no-manual", error_on = "error") + shell: Rscript {0} From 3c0a2d7c2e227b3740f3cfe8c2aebefba372a51a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Mon, 4 Mar 2024 14:39:40 -0500 Subject: [PATCH 42/46] cleanup2 --- Notes_for_dev.Rmd | 70 ------ Notes_for_dev.html | 443 --------------------------------- Untitled/Untitled.Rmd | 368 --------------------------- Untitled/xaringan-themer.css | 299 ---------------------- balex.Rmd | 71 ------ balex.docx | Bin 10582 -> 0 bytes balex.html | 465 ----------------------------------- balex.pdf | Bin 135295 -> 0 bytes balex1.png | Bin 178414 -> 0 bytes ncd1_rd.html | 80 ------ ncd1_rd.png | Bin 67770 -> 0 bytes 11 files changed, 1796 deletions(-) delete mode 100644 Notes_for_dev.Rmd delete mode 100644 Notes_for_dev.html delete mode 100644 Untitled/Untitled.Rmd delete mode 100644 Untitled/xaringan-themer.css delete mode 100644 balex.Rmd delete mode 100644 balex.docx delete mode 100644 balex.html delete mode 100644 balex.pdf delete mode 100644 balex1.png delete mode 100644 ncd1_rd.html delete mode 100644 ncd1_rd.png diff --git a/Notes_for_dev.Rmd b/Notes_for_dev.Rmd deleted file mode 100644 index 19cde93..0000000 --- a/Notes_for_dev.Rmd +++ /dev/null @@ -1,70 +0,0 @@ ---- -title: "Notes" -output: html_document -date: "2023-07-02" ---- - -```{r setup, include=FALSE} -knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) -``` - -## read.vcf() - -```{r, echo=T, eval=F} -my_vcf<-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T) -#to do: -# 1. add option to only keep certain individuals with a parameter "id.range" where c(x, y), x is first individual in the range and y is last individual in the range.(e.g. first individual column in the VCF is 1, second is 2, and so on.). If the length of the vector is >2, this will be interpreted as a vector of ID positions to keep. - #get rid of the i thing, use 9 + id.range. also add columns by id name - -## -# define VCF file - - -# make everything data table -#(daphne note: done) 2. include possibility for user to only keep certain positions with a parameter "pos.range" where c(x, y), x is beginning position and y is end position of range. -#3. instead of simply creating a data.table, creates a list with first element the data.table. Other elements: IDs: holds the ID names, Geno: holds the genotypes, var_ids: holds variant IDs. (low priority) -``` - -## parse.vcf() - -```{r, echo=T, eval=F} -# make this the parsing function -my_parsed_vcf<-parse_vcf(infile="inst/example.vcf", n0=108, type="ncd1") -#CHANGES: -#1. removed most parameters -# added: assertthat::assert_that(ncd_type %in% c("ncd1", "ncd2"), msg="ncd_type must be either ncd1 or ncd2.\n") -#2. fixed many details in count_alleles and split_geno -#To do: -# check what infile is. if object run like that, else read in object using read_vcf -#2. include possibility for "infile" to be a vcf object read in with read.vcf. Might require creating a function that assesses whether an R object has the characteristics of a vcf file. -#a copy of "my_parsed_vcf" is included as an example file in the package and is called ncd1_input - -``` - -```{r} -#NCD1 -#make it all data table - - -#NCD2 - -#add fixed differences -#add 0s to the fixed differences to make equal to the snps -``` - - - - - -## 07/19 - -* removed "outfile" param from parse_vcf and internal functions within. -* put verbose back in -* added comments regarding pending things to do and test. - -to do: -* go over the comments in the code and make tests and adjustments -* figure out how to add references to the help page of functions. -* changed SegSites to "S" in ncd1 and ncd2 functions. -* Created parameter "by" for ncd1 and ncd2 allowing user to perform scan based on sliding windows or windows around each SNP. - diff --git a/Notes_for_dev.html b/Notes_for_dev.html deleted file mode 100644 index 13556d2..0000000 --- a/Notes_for_dev.html +++ /dev/null @@ -1,443 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - -Notes - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

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read.vcf()

-
my_vcf<-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T)
-#to do:
-# 1. add option to only keep certain individuals with a parameter "id.range" where c(x, y), x is first individual in the range and y is last individual in the range.(e.g. first individual column in the VCF is 1, second is 2, and so on.). If the length of the vector is >2, this will be interpreted as a vector of ID positions to keep.
- #get rid of the i thing, use 9 + id.range. also add columns by id name 
-
-# make everything data table
-#(daphne note: done) 2. include possibility for user to only keep certain positions with a parameter "pos.range" where c(x, y), x is beginning position and y is end position of range.
-#3. instead of simply creating a data.table, creates a list with first element the data.table. Other elements: IDs: holds the ID names, Geno: holds the genotypes, var_ids: holds variant IDs. (low priority)
-
-
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parse.vcf()

-
# make this the parsing function
-my_parsed_vcf<-parse_vcf(infile="inst/example.vcf", n0=108,  type="ncd1")
-#CHANGES:
-#1. removed most parameters
-# added: assertthat::assert_that(ncd_type %in% c("ncd1", "ncd2"), msg="ncd_type must be either ncd1 or ncd2.\n")
-#2. fixed many details in count_alleles and split_geno
-#To do:
-# check what infile is. if object run like that, else read in object using read_vcf
-#2. include possibility for "infile" to be a vcf object read in with read.vcf. Might require creating a function that assesses whether an R object has the characteristics of a vcf file. 
-#a copy of "my_parsed_vcf" is included as an example file in the package and is called ncd1_input
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07/19

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  • removed “outfile” param from parse_vcf and internal functions -within.
    • -
  • put verbose back in
    • -
  • added comments regarding pending things to do and test.
    • -
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to do: * go over the comments in the code and make tests and -adjustments * figure out how to add references to the help page of -functions. * changed SegSites to “S” in ncd1 and ncd2 functions. * -Created parameter “by” for ncd1 and ncd2 allowing user to perform scan -based on sliding windows or windows around each SNP.

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- - - - - - - - - - - - - - - diff --git a/Untitled/Untitled.Rmd b/Untitled/Untitled.Rmd deleted file mode 100644 index f69971e..0000000 --- a/Untitled/Untitled.Rmd +++ /dev/null @@ -1,368 +0,0 @@ ---- -title: "Presentation Ninja" -subtitle: "⚔️ xaringan +
😎 xaringanthemer" -author: - - "Yihui Xie" - - "Garrick Aden-Buie" -date: '`r Sys.Date()`' -output: - xaringan::moon_reader: - css: xaringan-themer.css - nature: - slideNumberFormat: "%current%" - highlightStyle: github - highlightLines: true - ratio: 16:9 - countIncrementalSlides: true ---- - -```{r setup, include=FALSE} -options(htmltools.dir.version = FALSE) -knitr::opts_chunk$set( - fig.width=9, fig.height=3.5, fig.retina=3, - out.width = "100%", - cache = FALSE, - echo = TRUE, - message = FALSE, - warning = FALSE, - hiline = TRUE -) -``` - -```{r xaringan-themer, include=FALSE, warning=FALSE} -library(xaringanthemer) -style_duo_accent( - primary_color = "#1381B0", - secondary_color = "#FF961C", - inverse_header_color = "#FFFFFF" -) -``` - -## Typography - -Text can be **bold**, _italic_, ~~strikethrough~~, or `inline code`. - -[Link to another slide](#colors). - -### Lorem Ipsum - -Dolor imperdiet nostra sapien scelerisque praesent curae metus facilisis dignissim tortor. -Lacinia neque mollis nascetur neque urna velit bibendum. -Himenaeos suspendisse leo varius mus risus sagittis aliquet venenatis duis nec. - -- Dolor cubilia nostra nunc sodales - -- Consectetur aliquet mauris blandit - -- Ipsum dis nec porttitor urna sed - ---- -name: colors - -## Colors - -.left-column[ -Text color - -[Link Color](#3) - -**Bold Color** - -_Italic Color_ - -`Inline Code` -] - -.right-column[ -Lorem ipsum dolor sit amet, [consectetur adipiscing elit (link)](#3), -sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. -Erat nam at lectus urna. -Pellentesque elit ullamcorper **dignissim cras tincidunt (bold)** lobortis feugiat. -_Eros donec ac odio tempor_ orci dapibus ultrices. -Id porta nibh venenatis cras sed felis eget velit aliquet. -Aliquam id diam maecenas ultricies mi. -Enim sit amet -`code_color("inline")` -venenatis urna cursus eget nunc scelerisque viverra. -] - ---- - -# Big Topic or Inverse Slides `#` - -## Slide Headings `##` - -### Sub-slide Headings `###` - -#### Bold Call-Out `####` - -This is a normal paragraph text. Only use header levels 1-4. - -##### Possible, but not recommended `#####` - -###### Definitely don't use h6 `######` - ---- - -# Left-Column Headings - -.left-column[ -## First - -## Second - -## Third -] - -.right-column[ -Dolor quis aptent mus a dictum ultricies egestas. - -Amet egestas neque tempor fermentum proin massa! - -Dolor elementum fermentum pharetra lectus arcu pulvinar. -] - ---- -class: inverse center middle - -# Topic Changing Interstitial - --- - -``` -class: inverse center middle -``` - ---- -layout: true - -## Blocks - ---- - -### Blockquote - -> This is a blockquote following a header. -> -> When something is important enough, you do it even if the odds are not in your favor. - ---- - -### Code Blocks - -#### R Code - -```{r eval=FALSE} -ggplot(gapminder) + - aes(x = gdpPercap, y = lifeExp, size = pop, color = country) + - geom_point() + - facet_wrap(~year) -``` - -#### JavaScript - -```js -var fun = function lang(l) { - dateformat.i18n = require('./lang/' + l) - return true; -} -``` - ---- - -### More R Code - -```{r eval=FALSE} -dplyr::starwars %>% dplyr::slice_sample(n = 4) -``` - ---- - -```{r message=TRUE, eval=requireNamespace("cli", quietly = TRUE)} -cli::cli_alert_success("It worked!") -``` - --- - -```{r message=TRUE} -message("Just a friendly message") -``` - --- - -```{r warning=TRUE} -warning("This could be bad...") -``` - --- - -```{r error=TRUE} -stop("I hope you're sitting down for this") -``` - - ---- -layout: true - -## Tables - ---- -exclude: `r if (requireNamespace("tibble", quietly=TRUE)) "false" else "true"` - -```{r eval=requireNamespace("tibble", quietly=TRUE)} -tibble::as_tibble(mtcars) -``` - ---- - -```{r} -knitr::kable(head(mtcars), format = 'html') -``` - ---- -exclude: `r if (requireNamespace("DT", quietly=TRUE)) "false" else "true"` - -```{r eval=requireNamespace("DT", quietly=TRUE)} -DT::datatable(head(mtcars), fillContainer = FALSE, options = list(pageLength = 4)) -``` - ---- -layout: true - -## Lists - ---- - -.pull-left[ -#### Here is an unordered list: - -* Item foo -* Item bar -* Item baz -* Item zip -] - -.pull-right[ - -#### And an ordered list: - -1. Item one -1. Item two -1. Item three -1. Item four -] - ---- - -### And a nested list: - -- level 1 item - - level 2 item - - level 2 item - - level 3 item - - level 3 item -- level 1 item - - level 2 item - - level 2 item - - level 2 item -- level 1 item - - level 2 item - - level 2 item -- level 1 item - ---- - -### Nesting an ol in ul in an ol - -- level 1 item (ul) - 1. level 2 item (ol) - 1. level 2 item (ol) - - level 3 item (ul) - - level 3 item (ul) -- level 1 item (ul) - 1. level 2 item (ol) - 1. level 2 item (ol) - - level 3 item (ul) - - level 3 item (ul) - 1. level 4 item (ol) - 1. level 4 item (ol) - - level 3 item (ul) - - level 3 item (ul) -- level 1 item (ul) - ---- -layout: true - -## Plots - ---- - -```{r plot-example, eval=requireNamespace("ggplot2", quietly=TRUE)} -library(ggplot2) -(g <- ggplot(mpg) + aes(hwy, cty, color = class) + geom_point()) -``` - ---- - -```{r plot-example-themed, eval=requireNamespace("showtext", quietly=TRUE) && requireNamespace("ggplot2", quietly=TRUE)} -g + xaringanthemer::theme_xaringan(text_font_size = 16, title_font_size = 18) + - ggtitle("A Plot About Cars") -``` - -.footnote[Requires `{showtext}`] - ---- -layout: false - -## Square image - -
GithHub Octocat
- -.footnote[GitHub Octocat] - ---- - -### Wide image - -![A wide image with a diagram of branching in git.](https://docs.github.com/assets/images/help/repository/branching.png) - -.footnote[Wide images scale to 100% slide width] - ---- - -## Two images - -.pull-left[ -![A GitHub Octocat, style "mother hubber"](https://octodex.github.com/images/motherhubbertocat.png) -] - -.pull-right[ -![A GitHub Octocat, style "dinotcat"](https://octodex.github.com/images/dinotocat.png) -] - ---- - -### Definition lists can be used with HTML syntax. - -
-
Name
-
Godzilla
-
Born
-
1952
-
Birthplace
-
Japan
-
Color
-
Green
-
- ---- -class: center, middle - -# Thanks! - -Slides created via the R packages: - -[**xaringan**](https://github.com/yihui/xaringan)
-[gadenbuie/xaringanthemer](https://github.com/gadenbuie/xaringanthemer) - -The chakra comes from [remark.js](https://remarkjs.com), [**knitr**](http://yihui.name/knitr), and [R Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com). diff --git a/Untitled/xaringan-themer.css b/Untitled/xaringan-themer.css deleted file mode 100644 index 6517ea0..0000000 --- a/Untitled/xaringan-themer.css +++ /dev/null @@ -1,299 +0,0 @@ -/* ------------------------------------------------------- - * - * !! This file was generated by xaringanthemer !! - * - * Changes made to this file directly will be overwritten - * if you used xaringanthemer in your xaringan slides Rmd - * - * Issues or likes? - * - https://github.com/gadenbuie/xaringanthemer - * - https://www.garrickadenbuie.com - * - * Need help? Try: - * - vignette(package = "xaringanthemer") - * - ?xaringanthemer::style_xaringan - * - xaringan wiki: https://github.com/yihui/xaringan/wiki - * - remarkjs wiki: https://github.com/gnab/remark/wiki - * - * Version: 0.4.0.9000 - * - * ------------------------------------------------------- */ -@import url(https://fonts.googleapis.com/css?family=Noto+Sans:400,400i,700,700i&display=swap); -@import url(https://fonts.googleapis.com/css?family=Cabin:600,600i&display=swap); -@import url(https://fonts.googleapis.com/css?family=Source+Code+Pro:400,700&display=swap); - - -:root { - /* Fonts */ - --text-font-family: 'Noto Sans'; - --text-font-is-google: 1; - --text-font-family-fallback: -apple-system, BlinkMacSystemFont, avenir next, avenir, helvetica neue, helvetica, Ubuntu, roboto, noto, segoe ui, arial; - --text-font-base: sans-serif; - --header-font-family: Cabin; - --header-font-is-google: 1; - --header-font-family-fallback: Georgia, serif; - --code-font-family: 'Source Code Pro'; - --code-font-is-google: 1; 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-} -h1, h2, h3 { - font-family: var(--header-font-family), var(--header-font-family-fallback); - font-weight: 600; - color: var(--header-color); -} -.remark-slide-content { - background-color: var(--background-color); - font-size: 1rem; - padding: 16px 64px 16px 64px; - width: 100%; - height: 100%; -} -.remark-slide-content h1 { - font-size: var(--header-h1-font-size); -} -.remark-slide-content h2 { - font-size: var(--header-h2-font-size); -} -.remark-slide-content h3 { - font-size: var(--header-h3-font-size); -} -.remark-code, .remark-inline-code { - font-family: var(--code-font-family), Menlo, Consolas, Monaco, Liberation Mono, Lucida Console, monospace; -} -.remark-code { - font-size: var(--code-font-size); -} -.remark-inline-code { - font-size: var(--code-inline-font-size); - color: #1381B0; -} -.remark-slide-number { - color: #1381B0; - opacity: 1; - font-size: 0.9rem; -} -strong { - font-weight: bold; - color: var(--text-bold-color); -} -a, a > code { - color: var(--link-color); - text-decoration: none; -} -.footnote { - position: absolute; - bottom: 60px; - padding-right: 4em; - font-size: 0.9em; -} -.remark-code-line-highlighted { - background-color: var(--code-highlight-color); -} -.inverse { - background-color: var(--inverse-background-color); - color: var(--inverse-text-color); - -} -.inverse h1, .inverse h2, .inverse h3 { - color: var(--inverse-header-color); -} -.inverse a, .inverse a > code { - color: var(--inverse-link-color); -} -.title-slide, .title-slide h1, .title-slide h2, .title-slide h3 { - color: var(--title-slide-text-color); -} -.title-slide { - background-color: var(--title-slide-background-color); -} -.title-slide .remark-slide-number { - display: none; -} -/* Two-column layout */ -.left-column { - width: 20%; - height: 92%; - float: left; -} -.left-column h2, .left-column h3 { - color: #1381B099; -} -.left-column h2:last-of-type, .left-column h3:last-child { - color: #1381B0; -} -.right-column { - width: 75%; - float: right; - padding-top: 1em; -} -.pull-left { - float: left; - width: 47%; -} -.pull-right { - float: right; - width: 47%; -} -.pull-right + * { - clear: both; -} -img, video, iframe { - max-width: 100%; -} -blockquote { - border-left: solid 5px #FF961C80; - padding-left: 1em; -} -.remark-slide table { - margin: auto; - border-top: 1px solid #666; - border-bottom: 1px solid #666; -} -.remark-slide table thead th { - border-bottom: 1px solid #ddd; -} -th, td { - padding: 5px; -} -.remark-slide thead, .remark-slide tfoot, .remark-slide tr:nth-child(even) { - background: #FFEAD1; -} -table.dataTable tbody { - background-color: var(--background-color); - color: var(--text-color); -} -table.dataTable.display tbody tr.odd { - background-color: var(--background-color); -} -table.dataTable.display tbody tr.even { - background-color: #FFEAD1; -} -table.dataTable.hover tbody tr:hover, table.dataTable.display tbody tr:hover { - background-color: rgba(255, 255, 255, 0.5); -} -.dataTables_wrapper .dataTables_length, .dataTables_wrapper .dataTables_filter, .dataTables_wrapper .dataTables_info, .dataTables_wrapper .dataTables_processing, .dataTables_wrapper .dataTables_paginate { - color: var(--text-color); -} -.dataTables_wrapper .dataTables_paginate .paginate_button { - color: var(--text-color) !important; -} - -/* Horizontal alignment of code blocks */ -.remark-slide-content.left pre, -.remark-slide-content.center pre, -.remark-slide-content.right pre { - text-align: start; - width: max-content; - max-width: 100%; -} -.remark-slide-content.left pre, -.remark-slide-content.right pre { - min-width: 50%; - min-width: min(40ch, 100%); -} -.remark-slide-content.center pre { - min-width: 66%; - min-width: min(50ch, 100%); -} -.remark-slide-content.left pre { - margin-left: unset; - margin-right: auto; -} -.remark-slide-content.center pre { - margin-left: auto; - margin-right: auto; -} -.remark-slide-content.right pre { - margin-left: auto; - margin-right: unset; -} - -/* Slide Header Background for h1 elements */ -.remark-slide-content.header_background > h1 { - display: block; - position: absolute; - top: 0; - left: 0; - width: 100%; - background: var(--header-background-color); - color: var(--header-background-text-color); - padding: 2rem 64px 1.5rem 64px; - margin-top: 0; - box-sizing: border-box; -} -.remark-slide-content.header_background { - padding-top: 7rem; -} - -@page { margin: 0; } -@media print { - .remark-slide-scaler { - width: 100% !important; - height: 100% !important; - transform: scale(1) !important; - top: 0 !important; - left: 0 !important; - } -} - -.primary { - color: var(--primary); -} -.bg-primary { - background-color: var(--primary); -} -.secondary { - color: var(--secondary); -} -.bg-secondary { - background-color: var(--secondary); -} -.white { - color: var(--white); -} -.bg-white { - background-color: var(--white); -} -.black { - color: var(--black); -} -.bg-black { - background-color: var(--black); -} - diff --git a/balex.Rmd b/balex.Rmd deleted file mode 100644 index f722ded..0000000 --- a/balex.Rmd +++ /dev/null @@ -1,71 +0,0 @@ ---- -title: "Example" -output: - html_document: default - pdf_document: default - word_document: default -date: "2024-02-18" ---- - - - - - -```{r, echo=FALSE} -library(knitr) -library(devtools) -devtools::install_github("bitarellolab/balselr") -library(balselr) -hook_output <- knit_hooks$get("output") -knit_hooks$set(output = function(x, options) { - lines <- options$output.lines - if (is.null(lines)) { - return(hook_output(x, options)) # pass to default hook - } - x <- unlist(strsplit(x, "\n")) - more <- "..." - if (length(lines)==1) { # first n lines - if (length(x) > lines) { - # truncate the output, but add .... - x <- c(head(x, lines), more) - } - } else { - x <- c(more, x[lines], more) - } - # paste these lines together - x <- paste(c(x, ""), collapse = "\n") - hook_output(x, options) -}) -``` - -### Install `balselr` - -```{r, echo=TRUE, eval=F} -library(devtools) -devtools::install_github("bitarellolab/balselr") -library(balselr) -``` - - - - -```{r, output.lines=10} -library(balselr) -#Read In the VCF File -read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf")) -``` - -```{r, output.lines=10} - -#Parse the VCF Files -ncd1_input <-parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1") -``` - - -```{r, output.lines=10} - -#Run ncd1 Test -ncd1(ncd1_input) -``` - - diff --git a/balex.docx b/balex.docx deleted file mode 100644 index 83ad44da89bf4a73d2896c488c326cdfb039983f..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 10582 zcmZ{KWmH|+vNdkO-QnOC+}&Ld?(Xgm0YY#I9wfNCyA#~qA-Dz$9^j+<^}XrvzIVph zd;gj>)|#tMt*Tk2C<6|G4gv-P1Hw=P)X06DShoiS0U?J50YL)+0nrw*w{tPIbJ17v zbTD<+rT4J4saGAc3t~im!q~Bfl=mtsp&<*QA7BU0AUTW*mTigM#O|K)2nLnV1lGY~ zk+EE13YhiTR4c1j7U6(%_p5bO{65e_*uL|`TwZi`*x@7_Kd-8fqm(-~dlA=8jN>f%G-$P}R$eWVB{6zw6 zV6Ak@Ke-G{%l9HtJJoq^MRPy|)>zi7m#1ulNoP$+eMK|`$H~cqGr@~jqIzyz zpu-6lS#lHs-C+{JHNwm(a_*J3gq!(50a-=xx-K~TS6A`7_fBVxM_-&BnJiM+-%}w{ zXkmFF#H7vbKqW=ogWF44<-pTpsA>yOF^1-8_ZdOmsHCQF&Suh^DF8E@2SoS6y!s;= z+WUXSgNDe~H{f0_%M01+p=I_&>+ZvEh}B-?RkE#*AXabUcIi#Z-0 zFYfjJZm=W|ta#GIPqr^Can>J!q|R5$ADKyfUg!71tReeIVMd7Mr4Wg$o8c^FrcUMV^ABp=AI+PF~Af4nOASkbVxZ69KFqqgIyV|}w?O)z{s`Y5U#fki^ zURLJPl1Sej!@D$%5olToY#c#pxZS3K0H4}(jSjfn$jpG|`?0JyP17YUYPU*uGrDij z`xPgwGzLithCRVl2=x{{PY7~yQDIN0?Sy)xfOJlcUr*n*^{P)_f^|)&<`4FeGy1u)*9$o{W`NF!B&WW3*W?;!W46g z7~7t=DZk86_WpSx?%-B|I;C2=e}o%aij1JDVcH$-XslZf{w_T5u^T2b(0{23@S(qq z8FcfpU%yV=+P2$wT$54TSxfsyq_W|>zs;mIaz;{{*Eq(xP@MPWJgJUfsA3YC!FuFn zx6-voAc0<)w@z%vK5I=ZfwGh$J!>tvO@LQRi%a#4IxVb-2tkdo)Dxl|{GRR3m*mHG zC4Cc4;7}pT!G?S{(Z)lgfr~TG6RYP)@lR=$B3gUY^dQhl(T!w5&_HDAGT#M0P#T?V z;Uv{8+?_%Bh;WsnDmgfn8J10Hf6-lDr|bK^qDVN5?tDmreV+{U#FCQDmx|on8YxSm z6Ae-SpWQP~rf9}7!=n2&E4D^Il(_me9r7);9sz}p<2*MS;z-QvC-3W6BYUa^B!m(w zJfG^eO1p-S%rO8jSq;f41##_}Y{p1NUljGHZ)BFA(eh6b)TURrn9A%=0M}=DAQF@O z;M?qlAJ3*6_ynN>lHAAg=UZpJlC{o&$GTSSGUe{@D*Kwpa`Q~F-I%hL{TsrP+tPwo zw&f79J)O|iMI;m4<1aXUsiEiex-FoEI8BbAn-RZek`11}X%CLK<6-5VLG@DN@QCkJ z26mog+bFX15q)e4BZwco?W_KVwTxwotuWp zrRqlf2v-Qu4nq?%!5bX9qU%lIWMYDxRNj48Q|XXeljt@8aoF(Ty&h@rpkpc&yMm#6 zZl9$J=ldn;^w7nvI3E&WIR5uVB2T=|;V*g;17Ybs8)Etwhl6V8VXi?Mv7xdEJU!WD znS*u6+#N&!=w!~@XS)%#t-6w@Fao39=jc$x)9ptTC&{oYYX29?Oy=T|3Gx}{(W^l@ z=A$de{QA2?+5L+FjRk-3Kck9kd5;;y>n&LO8d>oF6IK2v)c!lR{2g}dXV>I=iP5_* z)B*eJ)AAV+I4ff{CXHG|AEswwG_nF%Tb#gPbtD3H}76&oitN5AL@(|HB3`-;6c;Tvg+kgo9M)G|I9Q}OdiFiGHlf~~ceF*+!&&=N5#m?Tv)cLQ_{5O4akwS=I0C=%V;THFB`behUQ9DF~pCAZo#E8L) zM!X$#y3cL5&uxBJcKoZX7>*9 zKeHUF(2NjQPBULKX?ICK%LQDRoZ_s!Kx6Cp{khK4u{&9r*Hg}h0s%q&&pPc~ZH-Kw zEbYwyT48%)cXSUi@+bXZ2mS2&`Q=bE1`0d&G`=RJ5AWwG1o5)UA8+2(&mCBb02yTO z_A`gD;&A3yA~v&3rIQoM7*h;kQbtSK5+DNvLe{jw8q-{phsE)~)X-Ex0t*QO%#DxG z0T~%zvb@yhWS3Wqfq}T*s*p!Ci3=seDf10L2XrHRQXv^wT?MaM@u^WCHZb1R8?Jy- zj308qL*; zb+p}=Ig$M~^uPCdkC4X-%Fpl#4qJ}9rP*Yk)>c6lRll#Kqa1sFNZd)IGcg90+ag>J zQA@?~?D(R<;T`Ah|NK+u7&H#q@TFwVcg0e3vaveo*R|^LvC)m$;=|Qb>%d4Xe=}oU zN&}HzTCKuo#8ZTyf_IqEljb!T6ogr2QuDTLS^zvfW1h<_g_U;s{WiI*cU0cM zCLy6kX>so|mSs{3dBG}#-q_~7<_ix(LBHcCqNH!UE>*q=>cmc#gWjS<&7@NLtBGy} zeYKa*)FltCAW0xvmD0VJI#UZjQP;Dy37SWr&V65S!LGM0M_gCImx1g^A^#- zbkD)aJq$r?$aq0%;c%EV^b+*vK1 zIOU?JR##@-4QX=#hW3tvF4(85c?S0pvFCPPFd~B%P|^9%9$Cgh?o>UkA8inO^OoqV zvc!?|kQbFCt0}3n%?v+DN}knl<uH){?bOgX}6zsQS!T#1X++h4W!fKZK3{j8a5z zD~q46b>=E$;%xYA}n3!%)yhj+NVbWV3ZmL!qa@ap5*&7nnrfLo%*#JrM_)>$|Pb9Lf$2 zjL0j`SmYP(VyIkOZbAhw^;Q9jQMFs0HA?NF-#OeJ_OOa4n-JPxFRBVSKDL zba&GA+Bs0Qv2SlT(-bcI%7o@UG1OP&@Z<{{PGb-6f`0myYIuvaY!T*Dh~m%DlpJ%) za2oW}462g00u}0IfsZ-9#^E;#=&Dp+^AO=V{XiE3*{SZZ95}JZs4R;hNl!c3;VU$1 z3?O2v;P8TM&pTsOy>!W42M>~L;hqRISR~T#gDD?#(O@x95f#W* z<3FNdt=yVHlC2u4Lk{snqIQOdt|U@@V_?)x)E{(D@%UCM#Ho(P-Qpk?pS(}kX3?Jg zP5qF9=-v!lnMm0J{cd)!%}XNM=VD4C+7IVE&Z;A}V;)s+j>=b3!%6woqXQceP%lV9l8 z^SQq=DCg3I7oPCY-#t(vx-G)7@e8qft&J~@tDDO*O}HTrUll%l{VAmlY8|F9 z?oNiMIC{ZwSFH*k2%JpuKiWf9#X5#;EFTKja@BgkH`HAnDk{eoh}5kc55>3P~-5?Gdpi(%+K!kKv4vvnesYXc= zm&Vp?-OisX+WTop&dWilfoF^&-mh^}f}kgn=NGJ6;o5gAhgm_>tJ5_Vbh?7McodYMUbAW%B z`+*?ECJ@XjF7Ouy3b-(5zIARK9U?^Sz%d+}MZ}8bC4cF&pF2-Ia~jaavwj0mNjM(; z^dnpG)BAbqb?nIL{^ZaJ4rHaaW7CDAy{Vnx5$OhL*zM_r(F4&&uHYK}$ug zK>?^QDmkYb=MJJady&0AZjVYRM3Z8x3)KnW6Kso{ieZ=(NFGC8M7Q1d)JnqCOGN>z zoR)>BJsvDtfMhmxk!STHa+|>b`|smeF;=Vo-IPB@z&7l^Cy8n;;<}KDCsS~)$8-BK zwlNA}=|@aM5P|NnWf^qSxloxdUG?yi@LTwUS77Q=a6xE?JXOoVdXd?n?Om7?)X7e& zn6O}hmxv_6riMonDN~=!D>HY>6%ZOvy>=Khf!{3(m4yhm-pxK!UA-f`fxo9QQOg7I~>)A zmW9K3eo1)BZq^#&Dy@2$ALV@A?;tC1E}o%w^g63cFBjw{@C2UQ1IW?jP+kblYtBC0 zk*n)V{q!~huoDHaZjOu_zAp*d@an-g~LR* z2H8!#AM@*Mbm!!Xuq2Y6{5x$5mwlT6Y4CB7`VprE$X_mSwT@%zJ^Xog7>pKFs!u=` z!SROUx|DIOr&vOO($npZ;q1tf3iXJS)biAXrVuvZf$XAT`%w2P=o8b_$KN2g=MA!s z%ha@`sMF0jzJ=3d2T2nccI(LFUH;_o$T= zR4VXPz@>(IDl<7wNZ#Pqu`f0>TpWYV>d#H9u6f$YKHkP6rIYHgZ2Et)NMr|&w)C3t zIlk&w|J7@Z?QQ>(YyK_@GN!u2dx?>uHq~L*m1p=8#8Pj7H?R#z#Qm(o{hx8rZZ8(5 zH4d`LcgUEp{5iKTenA_vX&Z%fU_9!Q(i|hWjc;fZ)sj)ZOP1TvYM=Zp{fC)9vxOh9h_%8MEIWVv< zo45`Gz;l$czt;^(kK15GQi)jtWe$V$sIiYw6jFmv&g3sW%9zwqXRo$+o1gemk4000 zyIs@X!7M0N*)eC|gW85suk-nmDqQ;O^BWy+E*n*a{MDOO|KZ`atWBWWzvOpJCn+jp)&0-{1{+3#%ww#eUFtVPDEWBXWQkWaOE5CT=ghm^ zlyO!@-2tFDU5l(Lp@8H(OmsWO@zkXsrvBny4zKe7Gcg4nS_Hso9wVpkjkG}qFJv7; z(D+;;+k{`?QwQdZv%m_|jA5N6r@H}sN0lHbgw(?vDeeTM;iBnPXAKgRf`g*tlub~L ze6E3+Dkwz|xeTepy#=kv*>}iumx?jixK$OvndBA7JyVEb=q<^2gAI-sY*CYn#zk<+ z>>*=BaqEEse@_quPC^Rvvl@>-MyzAy{fRe`>hO@5>+;!PAkC%DucmKYo@uKBbXa-T zM|%ZjX>oGNa=l9gnN=~pOju8y!fF2J(l5OpnD~?(K6qrV2Y{J-+RYva5k9YLHJMD&3q!}{5*R1sm@G%{fyfD0i$pY>BUc^u>OZo4jjxjP1J! ztj#7lq4~HEkRdDK;!l^WYCmDK6*;vx`PBODqguzH3Pgg-M`aW+zt8b7eFVVeIoJ&G#IfE!QIeriV{K&J3?yxZK; zdM1cd;``#smfCa=n_mjk50pF43eI-UG{WZG%qr_#cmhAMaf&s;h6KLvDx+1{FO(OM zf1U`R+h*JG>q!i~p2}a{g#Vt1v8%I-z3tzA{`nt2|8}`vzl|zM!h<2V%ofqZ@089C ze2V3RRSESUz(@#(Osh$6R^N|gHM%y7wwMP*k4vY&#};3vS%`6CxVW;Dfom)IrtF{x zjqNI0Y@gc)4Wh4vJ13MzPY<+FW^OXzmNZ^e=77(gE?179!lW`k`C399$kO++d5%?? z`d!WBZ1%q8u7>Bnuk;(oua8jR#tawUX&km`wdv<_ORMtm?Ebg>#vwkvq4MbecgZBlbP=D+2thJL}rS%T&+)!KzNt6n9Cm>RN?B)+BR8TVdLk3V;71n z1|#V*%3-ho7c9wcljiM&dl|thRPDo&O&2JPsA=#BPbfu=Qk@pnpGqKvuTA_3lE{3h$TbJ$9{fvIaVQ-&maO@rUT2-Im4z8@Qb165mVkqF7#t{{ zg4Z!!z)ElQ3~ioO(TSs`SLb*3<#!NrBGzG5>&Mrt*EHFxsLL`R<&DeR=gLr*$-8xL zvK!~lDpg_aq%^ci;2Fv*>#<Wmz4u_sH6$p7bn_uF?+z|Q$6b4AD;GQ8v{RX0X8SACk?L;-jT@*Xlj3vbGROEcaqtUwRM|B#q z+gaiQX-8drFi25HkMD{JWzjTO7OCopa>9#SMa_tysKmkY&JI9@Db{r(X)o5g33Jos zA(|qDkc^xS#69Rn%d9!$U{i5y6N)QEE%p%)l#EoWq7X|Jn`Mca;KcG!$4VV&3``nu z#YIEbKajBEwg?#Ok)P`f=0S%lGM=OCi%-92FHP~$y-7%gTLjb=!I^>)VP|s?=X1NH z5&jgxCO2z!#6Q|Zx(_JRfN?8kToEd@rXU#k*ww^;<<5v|u5;1oh@2Wh?#p6&)uDGd zi4v_pS3$Z|{$1N*p@xV5Wp9dSzNpcJF4Ee#nr{INE6pjBnWz(w&l696TQ_0;=`rb7 z2YILcP^HE$Eyq^P?easm7Hp)I!XldNU`GmyOHgUWSpM3xqI^jJ2?pf@Swf7nFNQ%^ zmKRiHcuY0Stw@R_Uo;TqT*s|TNVvI8N~6AK?i;$y?OeL{Dg`-yIKh$mRrxSmEpnbX z=z?lJ5T&%lTGvb0RsNHXQs(yjfwO-3#JmyB0@R1YTc~j@7LIuDSYm-FKYGKj8I38_ zh1rEPANiTbtogai8_|?+Bi-7vH8_%tZ5bHoQPm|ji>%9AIj^I4)d@?(H1PICmdjr#?90+LcdWki%{p;axK37OQ{5qH#PFp0O?5T8~63xT(n@ zD389XTsCAd!}wPGKD^WEE!;Qq$5{d@RRyPFp5>)lKBF*zr4Pd{Up}y%ZZFu$EC~iv-5Gpf zoqQ{%DM?-p5jo)IlPn=j0<$G{thGozU7X)bI&K7FJ!TT@5Uw6_I3GU9C({KqfQW_q z&eyLbV_)0{eLQ#KE~AyPN8?Xkun9<*rLiuwaKYYv6w@9u&i)V)Rx4+1gAe~Q5|Vnu z<(>mneWb%P(%yimYd3syE!QyBpGRl6UbSnvPMg|-N*|1Xk`yo@9T+9uMR60oHNp6B z2|_G$DNLy!{%uD?Yi;UD#`H;9B2Qj-edFK|7~xS$zg0-Z>))p<(zT|%^-8~nc58Lf z)U<-Ci;n`$Mv{6C^^lndiNsPb{fG~tvOl{&1+O)VC+nW?*FJ9xuquCEg)?EDEB(M> zIX?#FIH)Xx1~r4dk52Z~i(?pzkfwe-bc;vx=5d0oYdC-rw<(T@51;SYNE^eU_XcsS zJ$DDo7`W9_cs2#XT4V?xzk?n*bdk~Y7;vb z6+&w%_>rm6xk9V|>HY%(iG+HXNBtB$AHCsM*MfAZKBBYgpoH$v_J#3|(A%6O&sJ zARRRXzB2D9%{3+RMfp|dP)WzWQ?=HnfQ>lJjeI8`T&){9(2#?}xGun5!UIhsMOqHt}Z)RPE&fViMXii_hg->l) z&IvtSbQ*Td>8EY^%~C#dna8FOhaRVJ*()dinvM&_mr<9upA_V%+re<}x|=uW$(>Px zj}a*`o)NG6o^2FblS*7QxE5&#p(|}xkT!N5$K>4(o({;|Q(otQMz-_OcW_~%tcU$Q z{xXRkQpv_j%u=&;HrKh;AI+FN$ShFkkHqvxRxZ}*=ApWw?y=TqGQLRH`)tT-{!tDB zGqrD$*!K*=>kY37Z2N0!@ZSQ-+0@15wI%UC1(K?q@(Lqz`>nc%k6jfS@u>;SD0-^X zhos_ccTK&4)PvsIxb1?@4%(IQu}NS-Gnv=fVYypBPsP@WIApVYRAPllXhU8Pq6Ec(z;FysjLEj;h+mNi3Zjs7TG$~UcPtZ zbER}L@qm$nA&|YPB(GLyK3Hz-vqHdR!$q72Rww%4RAdy|7p2~YwOTtv!y?J{7DUvb zOoNJ_T1`;hvdT?tQC+l5V;4pRLAUu}O__sz)X z+}t;sN%TWgSGmBXm$PsswQ~ErgijwPsCML{WtY6f37vsCsT*O{6^b^L&0)2V3{(E1 zn(v@bD|V7@-L#~o7L^?mTNb)kW3;}Yo_drI+c#ff$X?z3Q6t@ekh2{ zBo}~#(}a-lXh2&T*VXb#XBZBTR#%*8n@BU^!q5j;+S^;l)}*a~9 zjzD}N&GE|ID+F<1&!+=`{US3?E8Yx@N1|*hAhs}xb)9QsFA>MBHjFU!wo+SsXF&wv zju1F7H!Pq!;CYbz%uF(;t;>>_YcS<|n?o+48{MiP46TaDx^W&ik;*G+R!eP*5$`0z z1;L$B(}ByOD39zp;lR`HUC^)IgsJ(oc6$$jw!8+5vC}YATk!SA)K4&Zh$#Aw(+kdr zfp8_c3?e)IavpX!(1Rsq%nFRAEZN$i;eiz{97*c3k*tC=m%Tf!_On5gU$ia15dMr; z!T2iU>90BO!0UtlpWN5o)JXYXey$tMgV@7}Ec%$<6LWyT;nOqfWH1k|L>`(*Dd|)_y3updTZeASkG^C)@xY* z*O1R!;M@6^-@vNZ75=Yjn78n^jqcxYsMi6ozv2H!+xxAhw@u&QmPB9seE+iahh+A5 z3;3<6w|&{)rcVB2>W?n%Tm0MR;%~e;+&@eC-D-Rbek=3+2IIa~uz&C4j~%?lzZJNC z;|*Rt{crrg<*v8zx4O`8xW#Lc_`81oMp)h$Nm@k zck%we47{mne;csE`DgQQE8Mpx-lj6YO*9bwm;ZkyHgEB7@6X@(0Kh-^f8VBW;cp|; iZ@3xRKkzqkN>K*#^{W0$aY6=xf1MX$eVs%D0r`LbVt0c8 diff --git a/balex.html b/balex.html deleted file mode 100644 index a752136..0000000 --- a/balex.html +++ /dev/null @@ -1,465 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - -Example - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - - - - - - -
## Loading required package: usethis
-
## Skipping install of 'balselr' from a github remote, the SHA1 (2d3bdc5f) has not changed since last install.
-##   Use `force = TRUE` to force installation
-
-

Install balselr

-
library(devtools)
-devtools::install_github("bitarellolab/balselr")
-library(balselr)
-
library(balselr)
-#Read In the VCF File
-read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf"))
-
##        CHR   POS     ID    REF    ALT  QUAL FILTER
-##      <int> <int> <char> <char> <char> <int> <char>
-##   1:     1    92      .      A      C  1000   PASS
-##   2:     1   177      .      C      A  1000   PASS
-##   3:     1   283      .      T      C  1000   PASS
-##   4:     1   289      .      C      G  1000   PASS
-##   5:     1   327      .      G      T  1000   PASS
-##  ---                                              
-## 834:     1 29734      .      A      T  1000   PASS
-## 835:     1 29761      .      T      C  1000   PASS
-...
-
#Parse the VCF Files
-ncd1_input <-parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1")
-
##        CHR   POS     ID    REF    ALT  QUAL FILTER
-##      <int> <int> <char> <char> <char> <int> <char>
-##   1:     1    92      .      A      C  1000   PASS
-##   2:     1   177      .      C      A  1000   PASS
-##   3:     1   283      .      T      C  1000   PASS
-##   4:     1   289      .      C      G  1000   PASS
-##   5:     1   327      .      G      T  1000   PASS
-##  ---                                              
-## 834:     1 29734      .      A      T  1000   PASS
-## 835:     1 29761      .      T      C  1000   PASS
-...
-
-
-
-

Run ncd1

-
    -
  • window size = 3000
    • -
  • \(tf=0.5\)
    • -
-
ncd1(
-        x = ncd1_input,
-        tf = 0.5,
-        w = 3000,
-        ncores = 2,
-        minIS = 8
-)
-
## Key: <Win.ID>
-##      Win.ID SegSites    IS    tf     MidMaf MidSNP      NCD1
-##       <int>    <int> <int> <num>      <num>  <int>     <num>
-##   1:      1       10    10   0.5 0.00462963    398 0.3906102
-##   2:      2       12    12   0.5 0.38425926    627 0.4094693
-##   3:      3       15    15   0.5 0.31018519    956 0.4236469
-##   4:      4       16    16   0.5 0.02314815   1155 0.4265262
-##   5:      5       17    17   0.5 0.01388889   1336 0.4270404
-...
-
- - - - -
- - - - - - - - - - - - - - - diff --git a/balex.pdf b/balex.pdf deleted file mode 100644 index 579af8f0476de016e44ecad6c215f4820e8ee951..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 135295 zcma%?Ly#~4&zRS?ZQHhO+qP}nwr!j5+O}I(RS*%QWu#+; zBAs6zU58>NU?8wJvV!8_fuff&wKI3IAYf!*W+V6?0!1%oY2#w*L_jZQW9VWkVrpz} zVhY8_2j%SIWNK&&<*|9AzGsik4&(QxPgp|FHm@vt`PRT|VwdD9(Y^fI7H&(ieVl_S z9W(6~e%g=knq;)+*=EcQ3Pt1B03!9xmsBK?Yp^EM(44l;B&sX4{v{GH#v(RjIWkLmB)kB#2` zqXIKJY+(~AV{`4i``|=>_^QdWi-fuZ@xX-fa+O5!jpAfnQ8p7zj|>_wSSj~Su?i>$ z&H|LSWM2sj&m|wrSORe-)KN7Nakm`DcY%_`V&V38{tBg_)=vL>SzhvsE3P*=rF!fv zn8Wk$>A_QKkNqq-S+AizGZe6MDA@k7M413$;Z*{NtA|YD+#LQ$Cjn77yUHTlbh$71M8gO#L z^ehOZH`QvU6W;BS?(j<02Uy;T4RNpL(A&4+C+DfYC|A0glWXnz%z{HTvfS!?tJ}in zyl;2DRJ=|_t|R)uMa|ACuUQti81Z-F1U1I~j&BBk=S+F!w~eFa0P}d2=ee$Xe`OWV zwzI*zz59WrWhofj^{4QDy8=D-^8}7hH3E6TMN*~aV6ODLTCzx*V4KSvPnNg8e~UTq zVDh{COaC}FXeeC1@{E1*3H#(D_L1MeIACd;>q)gwQGwu1>g4WQ{^E%bWr_nkrTIhI 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zQ=IEYjy2QxvKk4-uu~m<1*7{pGc1r9-(on28>K)JEw07DaW>%l@Pc09NGCIBGTn>j zSKKvYDanXgoRkWWTYb8A-Fqg{x^h(wneenz5;iEN5(MEA$UuJs zd>`ud2;v%Uc`8~2(He6vNq9A*$Ds*57~e)zn|}xW)R)!QnxMe*W>%ccHqw%)ZRo*f zx6nmUkMyIy#?>e1-5w#C4K#e-+)TKmoz2bdh|X!vmOY;rg&rUaWKLKywB!>) zJ!Rel6ODCh3{eee$tWP@bnwfUly?AJ(_CD_K8%UfHC*b*^}8&(&egzLwpf{D8Y+VY zg�Eq%>cXOzz05rzml6WX@PdWlK5^i%TK?a|#XQ&P|Y`Nx~Mz0*F()^-Dm2;8oDE zNh}ZF5kx^0*hy|hr5C|u)46`p2R78MJ$f`7=3%BLF^VrMs#DlG_k@eA0hx3NUL0C} z)-I8ad%BCu&tUlyg@QXtJ`%h<$qhM=f~ahZzz#Q=LM$yq=Y$KjS?&V>mWer3au$hJ zqPr&m2-WnvU`Hu@j5^wO4z^Xzgys_90zTQMO3!aA`Z4@;RO7_v}i^-(Xv4D3l zKwa&S(=fKEBH{)OD z8@OxNCC>ffyq%K{Pg$9>vno=S1sBm5`SCJrSyHQMzduH?)=TTjW zfgNYtp}2ll-BCKxddmC&jO8_>?%cn1OQC!i=@fnV@Vok5)XC0f)hpR1AO>@Gdg3>X zXdGKar%92Q5m>*f*m#V}hS8H_c!4AcClLKJ);pmb=%D63zBQaRcaDZyf(OA8mLp7f zze5M%F{Z$Z0^9z=)neXTA+di1CuPP{dJ+`(EjTRXnm}>@VQ=l?91?}N%jjDqfIv&; z>#B@D=N3%&D%Qf0%|GuQMUrSKiy| z`r`dM-~oeF5NkrqCazYWroIH4C+5HB#Ot{A(7u_j&TGNv9ZO8ytW@qlbfLF%u0!^v z@5x~@80wIZQ=j1`97%{{j<-`LF)Eb8?YFykzXy+?xCLT=Ezx4x81fu7X(egp*!KjO1Q&B}&H)h~%Ri1dl;NI|M41n|Ve^#>6EiV25oPkKp-{;}&8 zj6L4X-pA*7yR2;q+i~!5@U_nwk-OjQ-$7#JD&3;+=JG)IW{`OS(B|&g4G|;oh${G( z%F1szMqSoaVkiuojsACBzO~I_>VKFXX=C}Fh-`Px= zpH9R3L#*d%#4jgL8cLQgWSopdWO~ZSSR1JYt}-K%Jz=F>(#`MXlQn7aiyvNl0#qjRA!QUR zasPtdaNx7|OSUCa3lt~Q8QPA`neh&nK)32`^6yDL04O(4<{YIuC`BAWRuEq@(}Vo| z?7%9_vm``Gyc0AZhy8Y{Gu|>~>q4E`r!?2@oUY1`bKO*)3`rtWh2%REbNxK`R9%x{ zaM9|;4luaqU~T9tr2y4Po`r>%$uVadDBKXOC<(d|I`K22NH7|47Ql`JUA2-Ze>4c|C_P-v z)I2%(T-D>{&zhB{@~7dJ7++4c9Y`jn&wBFP&k9Yq3#>!2>cbP<#kV** zG(+@)fJ&+Ch=;yG(l|w$}Dpx0fNcAV~HH&NC$dpNrjkl<;qV2-xn7@OUQ4k zF%7(Y>5?)R70Yyjpi$AjqhHhY5encl1qDuXcS6#DrcMK&|I9A7v3~yH=$9|@z>f7e z^X(tn1|kV|>HUl?JU$cb3_c{P+^`ZQn9b5t$-dsF*q142R=Ee%4hLM*#4mYGUs;8j zr^LCwg_kUc|Bf9^@>m#sTnR16?+{5eq&}pBpE-1!WJw)7uzSKxYpZa*+K}ZNJjwFI z1eLpNj&Pu51z~XV*>%H*LlFWtp{)bG%TCN0g6ErBmrJynTD=g(4D#ebLxt=C82kQ@w#gpIGYUc4)wsLSGPBH>2jufj~=%6&d+Lw zdQJ#(&+Mc7G~(jtvH+iaVHDlBaMfE#>B*>N08k$^ZTm)A^uNfA{w>5bM$z!$4UpVQ zpDzBzj710RtqMT-H_&Fpcwjq{)%XcC%9*3`<4Ms*U`r{4~(UvrIn}_+&S13B}A3JKe)td%ywB4eH$I8DdC(#s= zl8sT9~f4xjCio7|@NqVagp#kU# z+Xts{Qy7ylP$(pB_s1`sKmT-Io?V$bE-ntVK#R5C6pHGn?c1A4ZW9&^`xwvJv+Hg< zHgsK}iV+)2&adBOpVV3FE65zUJH=m)tbVH}+uB>p1k)C&od?d2c&2{Ue~)Nx8C~Fc zrh~5TCh8Aboja^#p+2+6z4zuW>xBCdhSta!b1XE_XXuIOdOt<{y`v z*4x|gpGxPx@X2bjbQ0dp9mXq$u%8rS8k z>y}vO=&1vW!B&Wv70n{&HV93p8MUnZVA8p^f`83~NnlsQ1d$)iU8)F<#m=fbii-rUB zN!CR3&B4K!ksd9&n}J7+y(=L1xN%T*rkp;|kT?R#7}r5uNQD@6@+*0L*4FD)4pfkL z+yjUc)<`HK;FZXLs*lz78;I<|Hlxu!My^ViQ&q^}1>LIgmaK5XlaCkFM0)roJgEOJdf-8oVapaRI+2|L9IZKm z#;pR3)N0TYplk%lUzhGkNJvOi82$_F8vX91j_up`Wuhl+Y`}E(hH0!enm5zIl;!6^ z#n>x$xAPY;S|HwEhN6OGd+Eo}NLBTH`YZ5SqB|Lk(kZx7pudf}CQfd7NdGT!a|0?` zw`xTvCs~&+6cIyW#C8Mfap+6c5HHas6XKxk55vK)GE7v)ld?mK$Yh+)D^&D~gGuKN z;r2J1S;QGn_~)M#iK_PgwpD|1-53dIkW)${DMMnCndKS$0(ine>sWO9%)yRse~S}) zg*|IvFrM5D|9j=#qvEnMb5vm9M)sj|kV@eF23$Q2V<)C}afv`M?4vSaZ$)C)0j;L) zwOaOk>ErHwc)1!nRR8nOCF4y924LSKOediAU5NlE?3uM~-PpYP&r$I@cvJHKt)|YZ zQ|lyz`K(YvekKgIF^*hr^1llDjHsQsR4UO5m^cZc5H*qP1>F^Wv?VjzcCVoVujd^p z05*2{-~&)?WJ*)%)TQ!DQJ^B}GjGu%XwB8Q7{qBRKEXfYkd0K&Xk+^_$d~X_xm!1r)7hL} zOW45IH1h!l3F`uPn@ZE5V4Wek8U~(9Cld2CxkO{qv*xC?T~OA{-As@Wouas0;VD1{ z?O-zy!rFJcq5y(QVaOMUUQ#aNINVL|n3$M2Eqgd1rc2t1}Wc2 znQfK+!R zE>OyCn@0VK#PV<9k+gUA{^x8sGO$e4f06+1dYGQFRmcF%15|6&>-66C#S)c7INaC| zTAPg-1N~-DBt5Cg%g6r+9^y5P#-Y9DHI#fmKcNpSibbPJ;l@Bt7I4(iBoAk+1HxdZ zvMTKifY_DO0xpIj!}}5*nCgpYiBK8F5R~*+z#I?YSJ8DabUCpu2jf$WE@_^im&q_4ML=zH0PZ$|o?G z7+m1gq>rX=RJizkXbVuw**OG+8pN=pL|>mht0fm1xqL3Dqq1$>8r+$U(L>9Y2}kn- zg?sE>wV}d$veCNOT$|m<1V?atgVt(c=IHeN)cqSpbrpN+f7-K$0EpJWl(#8>1n47e zfc%N*_A?4dJ|0%=#lZN05bY2yS*ixLy%}FY9Aub50fQvy5rSt{RzzDK&J}yz$-6hb zlHjqpxJUtKBrw?R#_<6P@i6mVp);IMC82qL1&uY^l^X-+*yvQT52y}F2ww@(Ac}_W zH%^}(9yJ+cikP3BSTV_>{c?qwh08}!e2qALC3BRmMyNCL^7K7QsegJ_+WW?^-yJ|9 zgP+*e-Xy!$IAW}>7AdE#i4&bl7j56=XY1}vpm=^NuqEx1xT5H$`yrhyItdH4g*g@? z&MMOGV*T1M4yO7TBWWXsu#9J}VO@q-0}@yg^q+PdDE(;1`YnDiN%9;y9|FuaFH+rJ z@xJJJiDas;IaUA7@Zl?CkH!ztx)fTauW{<)ZSUYf1vO&v;-d==f!{VXsKI3VTwo_T z5*IhIQIv?OusP70#h3Ti9^>Vhd*Q;t5raX@InsJj=}8PG2J82M(Yafalq?D(P796w za|$MuwwUkXSgB*E8o3ByATovBN-11i?lB}!gk^n z>|h*so%oU@T6ckWqAuS-<_RQwO#jQ!38pV_P!rhy4+&}+HR`+aX3O|2-SeK=lh}3% z43QysOzXyOsMRpgH>2xUUakt2t7f*a11>+)vd{#<1K$8Fq3$?e^?gfa($Vq<$oZgQ#3cfTCBr1d z{9AA`G4m0l>qR#w3CohoCsGIALi*WD-}Fhcni_coHj&yFqiF_6G2HDhNF#{zX&6T) zdH9rK3t-!jGJB&L5JQm8J1&gpp-wXV#v-O=Qzwo zbS6Ia%7w@jK^g* z|H#@E7B`IX+P@p-8S=;@`wjpyEf-qjN_+ZmUswV&bCTa~**6wvD$BA#Ah$o8pu!A-`jo*j>Nq4-6 zYgcBi;84JSv<|k`-Dpq3E=HFCBzUWAqL|i|;XTLmgTV_v<#pD?DJfvnpz17dpKMlE zI^W_(Z2f!MN5^^=4Th9QZzRmVMb-NIz`bbyMzF8JjFC7l-%)0-K+*}>s{oa>_t;yO zz!)Sw^WB#i7Pm5XbCJ36i^lpjef25M*vFjnelbAA%XwNGc^KX=Dy9)o@9!X8NV z5Q+W_%(yaE{RFi6EaN+Plzkz`26|p=tgO9KnK4?oXZm_$La_YPTzA;oEJhJku;Q7c z7;3tkqtpei+<)>JEe9J%j{e%H$Tp&><&KMUgj!gJ!BI!E#sUVEGX65-_+7SwL0ct zjFbu2u@|tTVgjFVyREafq$3j?4=)vVZDRgKYa0`bxUy9xRh#`jd1V_Fq2Yi>+FOwg zuu)QAWZCU*_%1~{xjUW=e~Z5^-DlLZZ(-qAvkl&WqFE!~{^?%?fd3_2_9v(5fB8dj zgY4eEJrx)AcxV`fKq7)%Tz&H`)*hesG@_+NKCc-V+UcB}4*r;JB+4w z>o(((5mrS+R: Calculate non-central statistic (NCD1) - - - - - - -

- -
ncd1 {tools}R Documentation
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Calculate non-central statistic (NCD1)

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Description

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Calculate non-central statistic (NCD1) -

- - -

Usage

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ncd1(x = x, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2, by = "POS")
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- - -

Arguments

- - - - - - - - - - - - - - -
x -

A data.table object with -columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), -tn_1 (total number of alleles).

-
tf -

Target frequency.

-
w -

Window size in bp. Default is 3000.

-
ncores -

Number of cores. Increasing this can speed things up for you. -Default is 2.

-
minIS -

Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with -less informative sites than this threshold are discarded.

-
by -

Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site.

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- - -

Value

- -

A data.table object with columns: Win.ID, S (sites), IS (informative sites), tf, ncd1 -

- - -

Examples

- -
ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8)
-
- -
[Package tools version 4.3.2 ]
-
- diff --git a/ncd1_rd.png b/ncd1_rd.png deleted file mode 100644 index 2ec93c8354165fe746dc0d453f26c01ac6172e7d..0000000000000000000000000000000000000000 GIT binary patch literal 0 HcmV?d00001 literal 67770 zcmc$__g~WQ8$Zf0wcPnmEzOzQaHP3sCRPqKv)qae_s-l3nC}v^vT`M^GFLe;#XaC% znx!GRw~(f24p3B7L=W~k=llWZhwphjZXUpEUi-SQ=Y8GDH>|Jm9XoXl008irUx(ZT z0KjDSM~s`3eZ+G9`BC=Q(U9v-VE_P+@ZkptK&}+~ujr#^1Mg@M~19 z%;|~#qR66SAd#1apz|UXj)LM^%Xh(_B8ALMOoVuDn%(&4h*{BDXpE|5Qbuph^5@lQ zk`(p3s`rCSm$I9}8rE0_M1#l&4_@cqR}Z7lrz6jpzyAL=G{!|Z75IJJ?j>v{sDYhH z*DLvz)EanX4xiV596x|RqDfZ(DuOV+ja3Y=0MHa~jsJ+}=T&J`jZ+Dno#I^ zbTXNIWv=w%6Um7;M3D$(f_~wDF(L|}DQ~0=$P#F5*@L?)Ew3E^cpkVtjo&fFqf^0LYIvNIy8-(>CJIyUh4IQfwVZR zE3>u#tc7C49l3M_wq-+jL%1#;*%l7H@=rZiFP9{6)h0Uf+dS@~au`pDkgZFectOAW z&wD#hOO9lf;*tOuODZD01XvH;f7Q+42sv8q;OPck{~ZB>n`mewbd+1dwGKXRL}r)h z%dsWln{X*{0e!66pgKUH$0$3K1wq3Vh0;y2`-Ys2`g1KA+*P zt`hZr%Vr?y_}b)qd=tJLnJT14e1DFpH5T(#NSkNhvg4&_as1gJ(8H8VF!M3l7}3H< 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If you want to run NCD1 or NCD2, please use this [other repo](https://github.com/bbitarello/NCD-Statistics) for now. ![](images/balselr2.png){width=40% height=40%} diff --git a/README.md b/README.md index 9cb1f74..f0c0ac7 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -3,10 +3,6 @@ # balselr -This package is under construction. If you want to run NCD1 or NCD2, -please use this [other -repo](https://github.com/bbitarello/NCD-Statistics) for now. - diff --git a/renv.lock b/renv.lock index 66c59b8..15aaccd 100644 --- a/renv.lock +++ b/renv.lock @@ -534,13 +534,8 @@ }, "renv": { "Package": "renv", - "Version": "1.0.0", - "Source": "Repository", - "Repository": "CRAN", - "Requirements": [ - "utils" - ], - "Hash": "c321cd99d56443dbffd1c9e673c0c1a2" + "Version": "1.0.4", + "Source": "Repository" }, "rlang": { "Package": "rlang", diff --git a/renv/activate.R b/renv/activate.R index cc742fc..d98ed73 100644 --- a/renv/activate.R +++ b/renv/activate.R @@ -2,12 +2,27 @@ local({ # the requested version of renv - version <- "1.0.0" + version <- "1.0.4" attr(version, "sha") <- NULL # the project directory project <- getwd() + # use start-up diagnostics if enabled + diagnostics <- Sys.getenv("RENV_STARTUP_DIAGNOSTICS", unset = "FALSE") + if (diagnostics) { + start <- Sys.time() + profile <- tempfile("renv-startup-", fileext = ".Rprof") + utils::Rprof(profile) + on.exit({ + utils::Rprof(NULL) + elapsed <- signif(difftime(Sys.time(), start, units = "auto"), digits = 2L) + writeLines(sprintf("- renv took %s to run the autoloader.", format(elapsed))) + writeLines(sprintf("- Profile: %s", profile)) + print(utils::summaryRprof(profile)) + }, add = TRUE) + } + # figure out whether the autoloader is enabled enabled <- local({ @@ -16,6 +31,14 @@ local({ if (!is.null(override)) return(override) + # if we're being run in a context where R_LIBS is already set, + # don't load -- presumably we're being run as a sub-process and + # the parent process has already set up library paths for us + rcmd <- Sys.getenv("R_CMD", unset = NA) + rlibs <- Sys.getenv("R_LIBS", unset = NA) + if (!is.na(rlibs) && !is.na(rcmd)) + return(FALSE) + # next, check environment variables # TODO: prefer using the configuration one in the future envvars <- c( @@ -35,9 +58,22 @@ local({ }) - if (!enabled) + # bail if we're not enabled + if (!enabled) { + + # if we're not enabled, we might still need to manually load + # the user profile here + profile <- Sys.getenv("R_PROFILE_USER", unset = "~/.Rprofile") + if (file.exists(profile)) { + cfg <- Sys.getenv("RENV_CONFIG_USER_PROFILE", unset = "TRUE") + if (tolower(cfg) %in% c("true", "t", "1")) + sys.source(profile, envir = globalenv()) + } + return(FALSE) + } + # avoid recursion if (identical(getOption("renv.autoloader.running"), TRUE)) { warning("ignoring recursive attempt to run renv autoloader") @@ -504,7 +540,7 @@ local({ # open the bundle for reading # We use gzcon for everything because (from ?gzcon) - # > Reading from a connection which does not supply a ‘gzip’ magic + # > Reading from a connection which does not supply a 'gzip' magic # > header is equivalent to reading from the original connection conn <- gzcon(file(bundle, open = "rb", raw = TRUE)) on.exit(close(conn)) @@ -767,10 +803,12 @@ local({ renv_bootstrap_validate_version <- function(version, description = NULL) { # resolve description file - description <- description %||% { - path <- getNamespaceInfo("renv", "path") - packageDescription("renv", lib.loc = dirname(path)) - } + # + # avoid passing lib.loc to `packageDescription()` below, since R will + # use the loaded version of the package by default anyhow. note that + # this function should only be called after 'renv' is loaded + # https://github.com/rstudio/renv/issues/1625 + description <- description %||% packageDescription("renv") # check whether requested version 'version' matches loaded version of renv sha <- attr(version, "sha", exact = TRUE) @@ -841,7 +879,7 @@ local({ hooks <- getHook("renv::autoload") for (hook in hooks) if (is.function(hook)) - tryCatch(hook(), error = warning) + tryCatch(hook(), error = warnify) # load the project renv::load(project) @@ -982,10 +1020,15 @@ local({ } - renv_bootstrap_version_friendly <- function(version, sha = NULL) { + renv_bootstrap_version_friendly <- function(version, shafmt = NULL, sha = NULL) { sha <- sha %||% attr(version, "sha", exact = TRUE) - parts <- c(version, sprintf("[sha: %s]", substring(sha, 1L, 7L))) - paste(parts, collapse = " ") + parts <- c(version, sprintf(shafmt %||% " [sha: %s]", substring(sha, 1L, 7L))) + paste(parts, collapse = "") + } + + renv_bootstrap_exec <- function(project, libpath, version) { + if (!renv_bootstrap_load(project, libpath, version)) + renv_bootstrap_run(version, libpath) } renv_bootstrap_run <- function(version, libpath) { @@ -1012,11 +1055,6 @@ local({ } - - renv_bootstrap_in_rstudio <- function() { - commandArgs()[[1]] == "RStudio" - } - renv_json_read <- function(file = NULL, text = NULL) { jlerr <- NULL @@ -1024,7 +1062,7 @@ local({ # if jsonlite is loaded, use that instead if ("jsonlite" %in% loadedNamespaces()) { - json <- catch(renv_json_read_jsonlite(file, text)) + json <- tryCatch(renv_json_read_jsonlite(file, text), error = identity) if (!inherits(json, "error")) return(json) @@ -1033,7 +1071,7 @@ local({ } # otherwise, fall back to the default JSON reader - json <- catch(renv_json_read_default(file, text)) + json <- tryCatch(renv_json_read_default(file, text), error = identity) if (!inherits(json, "error")) return(json) @@ -1046,14 +1084,14 @@ local({ } renv_json_read_jsonlite <- function(file = NULL, text = NULL) { - text <- paste(text %||% read(file), collapse = "\n") + text <- paste(text %||% readLines(file, warn = FALSE), collapse = "\n") jsonlite::fromJSON(txt = text, simplifyVector = FALSE) } renv_json_read_default <- function(file = NULL, text = NULL) { # find strings in the JSON - text <- paste(text %||% read(file), collapse = "\n") + text <- paste(text %||% readLines(file, warn = FALSE), collapse = "\n") pattern <- '["](?:(?:\\\\.)|(?:[^"\\\\]))*?["]' locs <- gregexpr(pattern, text, perl = TRUE)[[1]] @@ -1101,14 +1139,14 @@ local({ map <- as.list(map) # remap strings in object - remapped <- renv_json_remap(json, map) + remapped <- renv_json_read_remap(json, map) # evaluate eval(remapped, envir = baseenv()) } - renv_json_remap <- function(json, map) { + renv_json_read_remap <- function(json, map) { # fix names if (!is.null(names(json))) { @@ -1135,7 +1173,7 @@ local({ # recurse if (is.recursive(json)) { for (i in seq_along(json)) { - json[i] <- list(renv_json_remap(json[[i]], map)) + json[i] <- list(renv_json_read_remap(json[[i]], map)) } } @@ -1155,26 +1193,8 @@ local({ # construct full libpath libpath <- file.path(root, prefix) - # attempt to load - if (renv_bootstrap_load(project, libpath, version)) - return(TRUE) - - if (renv_bootstrap_in_rstudio()) { - setHook("rstudio.sessionInit", function(...) { - renv_bootstrap_run(version, libpath) - - # Work around buglet in RStudio if hook uses readline - tryCatch( - { - tools <- as.environment("tools:rstudio") - tools$.rs.api.sendToConsole("", echo = FALSE, focus = FALSE) - }, - error = function(cnd) {} - ) - }) - } else { - renv_bootstrap_run(version, libpath) - } + # run bootstrap code + renv_bootstrap_exec(project, libpath, version) invisible() From addb3e1e377d4ff6255ef8a41f3a34dd4154e0e4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Mon, 4 Mar 2024 15:00:45 -0500 Subject: [PATCH 45/46] fix warning about 'user nobody' --- .Renviron | 1 + libs/header-attrs/header-attrs.js | 12 ------------ 2 files changed, 1 insertion(+), 12 deletions(-) delete mode 100644 libs/header-attrs/header-attrs.js diff --git a/.Renviron b/.Renviron index 410393a..cd360ed 100644 --- a/.Renviron +++ b/.Renviron @@ -1 +1,2 @@ RENV_CONFIG_WATCHDOG_ENABLED = FALSE +R_BUILD_TAR=tar diff --git a/libs/header-attrs/header-attrs.js b/libs/header-attrs/header-attrs.js deleted file mode 100644 index dd57d92..0000000 --- a/libs/header-attrs/header-attrs.js +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ -// Pandoc 2.9 adds attributes on both header and div. We remove the former (to -// be compatible with the behavior of Pandoc < 2.8). -document.addEventListener('DOMContentLoaded', function(e) { - var hs = document.querySelectorAll("div.section[class*='level'] > :first-child"); - var i, h, a; - for (i = 0; i < hs.length; i++) { - h = hs[i]; - if (!/^h[1-6]$/i.test(h.tagName)) continue; // it should be a header h1-h6 - a = h.attributes; - while (a.length > 0) h.removeAttribute(a[0].name); - } -}); From 7c69308053d2d509220300ea5a14895f2f4ac62a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?B=C3=A1rbara=20Bitarello?= Date: Thu, 18 Apr 2024 11:59:14 -0400 Subject: [PATCH 46/46] Update NAMESPACE --- NAMESPACE | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE index 6e9ef37..f54b305 100644 --- a/NAMESPACE +++ b/NAMESPACE @@ -3,6 +3,7 @@ export("%>%") export(modmod_read_vcf) export(ncd1) +export(ncd2) export(outfile_path) export(parse_vcf) export(read_vcf)