diff --git a/.Renviron b/.Renviron
new file mode 100644
index 0000000..cd360ed
--- /dev/null
+++ b/.Renviron
@@ -0,0 +1,2 @@
+RENV_CONFIG_WATCHDOG_ENABLED = FALSE
+R_BUILD_TAR=tar
diff --git a/.github/workflows/r.yml b/.github/workflows/r.yml
new file mode 100644
index 0000000..01450fe
--- /dev/null
+++ b/.github/workflows/r.yml
@@ -0,0 +1,40 @@
+# This workflow uses actions that are not certified by GitHub.
+# They are provided by a third-party and are governed by
+# separate terms of service, privacy policy, and support
+# documentation.
+#
+# See https://github.com/r-lib/actions/tree/master/examples#readme for
+# additional example workflows available for the R community.
+
+name: R
+
+on:
+  push:
+    branches: [ "master" ]
+  pull_request:
+    branches: [ "master" ]
+
+permissions:
+  contents: read
+
+jobs:
+  build:
+    runs-on: macos-latest
+    strategy:
+      matrix:
+        r-version: ['3.6.3', '4.1.1']
+
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v3
+      - name: Set up R ${{ matrix.r-version }}
+        uses: r-lib/actions/setup-r@f57f1301a053485946083d7a45022b278929a78a
+        with:
+          r-version: ${{ matrix.r-version }}
+      - name: Install dependencies
+        run: |
+          install.packages(c("remotes", "rcmdcheck"))
+          remotes::install_deps(dependencies = TRUE)
+        shell: Rscript {0}
+      - name: Check
+        run: rcmdcheck::rcmdcheck(args = "--no-manual", error_on = "error")
+        shell: Rscript {0}
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index 4937abd..e7d6a9e 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -5,3 +5,5 @@
 .Rdata
 .httr-oauth
 .DS_Store
+local_only/
+inst/doc
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
index 891b3f9..4e04831 100644
--- a/DESCRIPTION
+++ b/DESCRIPTION
@@ -16,11 +16,14 @@ Imports:
     dplyr,
     glue,
     magrittr,
-    reticulate,
-    slendr,
-    stringr,
-    testthat,
-    tictoc
+    stringr
 Depends: 
     R (>= 2.10)
 Config/testthat/edition: 3
+Suggests: 
+    knitr,
+    rmarkdown,
+    testthat (>= 3.1.9),
+    withr
+Config/testthat/edition: 3
+VignetteBuilder: knitr
diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE
index 94c74e2..f54b305 100644
--- a/NAMESPACE
+++ b/NAMESPACE
@@ -1,6 +1,7 @@
 # Generated by roxygen2: do not edit by hand
 
 export("%>%")
+export(modmod_read_vcf)
 export(ncd1)
 export(ncd2)
 export(outfile_path)
diff --git a/R/count_alleles.R b/R/count_alleles.R
index ee66be5..bd2275e 100644
--- a/R/count_alleles.R
+++ b/R/count_alleles.R
@@ -1,17 +1,18 @@
 #' Count derived or ancestral alleles for a given vcf position
-#' @param x A vector containing 0s and 1s corresponding to allele states
-#' @param der Return derived. Logical. If TRUE, returns the counts of
-#' derived (alternate)
-#' alleles. If FALSE, returns ancestral (ref) counts
+#' @param x A vector containing 0s and 1s corresponding to allele states. 0/0: homozygous reference; 0/1: heterozygous; 1/1: homozygous alternate
+
 #' @param split Pattern to look for. Inherited from stringr::str_split
-#' @param index 1 or 2 or c(1,2). Which alleles to consider.
-#' @examples data.table::data.table(col1="1|1", col2="1|0", col3="0|0") %>%
-#' dplyr::summarise(across(col1:col3, .count_alleles))
-.count_alleles<-function(x, split="|",index=c(1,2), der = F){
-        x<-.split_geno(x = x, split = split, index = index)
-        if(der == T){sum(x, na.rm=T)}else if (der == F){sum(!is.na(x))-sum(x, na.rm=T)}
+
+
+.count_alleles<-function(x, split="|"){
+        x<-.split_geno(x = x, split = split)
+        #if(der == T){sum(x, na.rm=T)}else if (der == F){sum(!is.na(x))-sum(x, na.rm=T)}
+        #sum(!is.na(x))-sum(x, na.rm=T)
+        #ref<-sum(x==0, na.rm=T) #number of ref alleles
+        sum(x==1, na.rm=T) #number of alt alleles
+
 }
-.count_nonmissing<-function(x, split="|",index=c(1,2)){
-        x<-.split_geno(x = x, split = split, index = index)
+.count_nonmissing<-function(x, split="|"){
+        x<-.split_geno(x = x, split = split)
         sum(!is.na(x))
 }
diff --git a/R/modified_read_vcf.R b/R/modified_read_vcf.R
new file mode 100644
index 0000000..eeade85
--- /dev/null
+++ b/R/modified_read_vcf.R
@@ -0,0 +1,39 @@
+#' Read vcf
+#'
+#' @param x The path and name of a vcf file
+#' @return Returns a data.table object containing only SNPs
+#' @export
+#'
+#' @examples read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf"))
+#' @import data.table
+#' @importFrom data.table ":="
+#'
+modmod_read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf", pos.range = NULL, id.range = NULL) {
+        inp <- data.table::fread(x, skip = "##", header = TRUE)
+        data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR")
+
+        inp <- inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G") & ALT %in% c("A", "C", "T", "G")]
+
+        if (!is.null(pos.range)) {
+                if (length(pos.range) == 2) {
+                        inp <- inp[POS >= pos.range[1] & POS <= pos.range[2]]
+                } else {
+                        inp <- inp[POS %in% pos.range]
+                }
+        }
+
+        col.range <- 1:9
+
+        if (!is.null(id.range)) {
+                if (length(id.range) == 2) {
+                        col.range <- c(col.range, (10 + id.range[1] - 1):(10 + id.range[2] - 1))
+                } else {
+                        col.range <- c(col.range, 9 + id.range)
+                }
+                col.range <- col.range[col.range <= ncol(inp)]
+        }
+
+        inp <- inp[, .SD, .SDcols = col.range]
+
+        return(inp)
+}
diff --git a/R/ncd1.R b/R/ncd1.R
index cc0f376..748873d 100644
--- a/R/ncd1.R
+++ b/R/ncd1.R
@@ -1,3 +1,114 @@
+#' Calculate non-central statistic (NCD1)
+#'
+#' @param x A data.table object with
+#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies),
+#' tn_1 (total number of alleles).
+#' @param tf Target frequency.
+#' @param w Window size in bp. Default is 3000.
+#' @param ncores Number of cores. Increasing this can speed things up for you.
+#' Default is 2.
+#' @param minIS Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with
+#'  less informative sites than this threshold are discarded.
+#' @param by Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site.
+#' @return A data.table object with columns:  Win.ID, S (sites), IS (informative sites), tf, ncd1
+#' @export
+#'
+#' @examples ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8)
+#' @import data.table
+#' @importFrom data.table ":="
+#'
+# to do: check that ncd1_input (internal object) is the same as the output of example command for ncd1 in the parse_vcf function.
+# something like ncd1(x=parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1"), tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8) == ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8)
+# do the equivalent thing for ncd2
+ncd1 <- function(x = x,
+                 tf = 0.5,
+                 w = 3000,
+                 ncores = 2,
+                 minIS = 2,
+                 by="POS") {
+        assertthat::assert_that(length(unique(x[, CHR])) == 1, msg = "Run one
+                          chromosome at a time\n")
+
+        x[, AF := tx_1 / tn_1] #allele relative frequency
+        x[, ID := seq_along(CHR)]
+        w1 <- w / 2
+        polpos <-
+                x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic
+        x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not.
+        x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)]
+        ####################################################################################
+        if(by=="POS"){
+        #windows (sliding)
+                #to do: add some checks here
+                vec<-data.table(start=seq(from=x$POS[1], to=x$POS[nrow(x)], by=w1))
+                vec[,end:=start+w]
+                setkey(vec, start, end)
+                x[,POS2:=POS]
+                setnames(x, c("POS","POS2"),c("start","end"))
+                res_0<-foverlaps(x, vec, type="within")[, Win.ID:=paste0(CHR,"_",start,"_",end)][, POS:=start][,.(POS,AF, ID,SNP,MAF, Win.ID)]
+                res_0<-res_0[SNP==T][, tf:=tf]
+                res_1<-unique(res_0[,.(S = sum(SNP),
+                        IS = sum(SNP),
+                        tf = tf),
+                by= Win.ID])
+                res_2<-res_0[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)), by=Win.ID]
+                res4 <- merge(res_1, res_2) %>%
+                        dplyr::filter(IS >= minIS) %>%
+                        as.data.table
+                res4<-res4[, ncd1:=sqrt((temp2)/IS)][,temp2:=NULL] %>% dplyr::arrange(Win.ID) %>% as.data.table
+
+        } else if(by=="IS"){
+                ###################################
+                #windows centered on SNPs
+                x2 <- x[SNP == T] #select only polymorphic positions
+                mylist <-
+                        parallel::mclapply(x2$POS, function(y) {
+                                x2[,start:=y-w1][,end:=y+w1][POS >= start &
+                                          POS < end][, Mid:=y][,Win.ID:=paste0(CHR,"_",start,"_",end)][, tf:=tf][, .(POS, AF, ID, SNP, MAF, Mid, Win.ID, tf)]
+                        },
+                        mc.cores =
+                                ncores) #creates list where each element is a genomic window
+
+                mylist2 <-
+                        do.call(rbind, mylist)
+
+                #remove windows where Win.ID includes negative numbers
+                mylist2<-mylist2[-grep("-",mylist2$Win.ID),]
+                #remove window where mid==last POS in dataset
+                mylist2<-mylist2[Mid!=mylist2$POS[nrow(mylist2)]]
+                #to do: check that mylist2 is a data table
+        res <-
+                unique(mylist2[, .(S = sum(SNP),
+                            IS = sum(SNP),
+                            tf = tf),
+                        by = Win.ID])
+        #to do: add some checks here
+        res1 <- unique(as.data.table(mylist2[, .(MidMaf = MAF[which(Mid == POS)],
+                               Mid = Mid), by=Win.ID]))
+                # TopMaf = which(min(abs(MAF - tf)), Win.ID = Win.ID) %>%
+
+        #to do: add some checks here
+        res2 <- merge(res, res1)
+        #to do: add some checks here
+        res3 <-
+                mylist2[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2)), by=Win.ID]
+
+
+        res4 <- merge(res2, res3) %>%
+                dplyr::mutate(ncd1:=sqrt((temp2)/IS)) %>%
+                dplyr::filter(IS >= minIS) %>%
+                dplyr::select(Win.ID, S, IS, tf, MidMaf, Mid) %>%
+                dplyr::arrange(ncd1) %>%
+                as.data.table
+
+        }
+        split_ids <- lapply(strsplit(res4$Win.ID, "_"), as.numeric)
+        sort_values <- sapply(split_ids, function(x) x[2])
+        res5 <- res4[order(sort_values), ]
+
+        return(res5)
+}
+
 #' Calculate non-central statistic (NCD1)
 #'
 #' @param x A data.table object
@@ -161,13 +272,13 @@ ncd1 <- function(x = x,
                                                            tf)]
         } else if (selectwin == "mid") {
                 res4 <- res4[which.min(res4$NCD1)][, .(Win.ID,
-                                                      SegSites,
-                                                      IS,
-                                                      CenMaf,
-                                                      Mid,
-                                                      MidMaf,
-                                                      NCD1,
-                                                      tf)]
+                                                       SegSites,
+                                                       IS,
+                                                       CenMaf,
+                                                       Mid,
+                                                       MidMaf,
+                                                       NCD1,
+                                                       tf)]
         } else{
                 res4 <- res4[, .(Win.ID,
                                  SegSites,
diff --git a/R/ncd2.R b/R/ncd2.R
index 694357f..fd74306 100644
--- a/R/ncd2.R
+++ b/R/ncd2.R
@@ -27,18 +27,18 @@
 #' @import data.table
 #' @importFrom data.table ":="
 ncd2 <- function(
-        x = x,
-        tf = 0.5,
-        fold = T,
-        w = 3000,
-        by.snp = TRUE,
-        mid = FALSE,
-        ncores = 2,
-        selectwin = "val",
-        targetpos = NULL,
-        minIS = 2,
-        label = NULL,
-        verbose = T) {
+                x = x,
+                tf = 0.5,
+                fold = T,
+                w = 3000,
+                by.snp = TRUE,
+                mid = FALSE,
+                ncores = 2,
+                selectwin = "val",
+                targetpos = NULL,
+                minIS = 2,
+                label = NULL,
+                verbose = T) {
         Win.ID <- SegSites <- POS <- V1 <- temp <- NCD2 <- CHR <- AF <- AF2 <- NULL
         tx_1 <- tn_1 <- tx_1 <- tx_2 <- tn_2 <- ID <- SNP <- FD <- MAF <- NULL
         tictoc::tic("Total runtime")
@@ -70,7 +70,7 @@ ncd2 <- function(
         mylist <-
                 parallel::mclapply(x2[polpos2, ]$POS, function(y) {
                         x2[POS >= y - w1 &
-                                  POS < y + w1][, .(POS, AF, AF2, ID, SNP, FD, tx_1, tx_2, MAF)]
+                                   POS < y + w1][, .(POS, AF, AF2, ID, SNP, FD, tx_1, tx_2, MAF)]
                 },
                 mc.cores =
                         ncores)
@@ -78,7 +78,7 @@ ncd2 <- function(
                 do.call(rbind,
                         parallel::mclapply(1:length(mylist), function(y)
                                 mylist[[y]][, Mid := x2[polpos2,]$POS[y]][, Win.ID :=
-                                                                                y],
+                                                                                  y],
                                 mc.cores = ncores))
         mylist <- data.table::setDT(mylist)
         # }
@@ -141,7 +141,7 @@ ncd2 <- function(
         res4 <- merge(res2, res3) %>% as.data.table
         res4 <- res4 %>% dplyr::ungroup() %>% as.data.table
         mini_fun<-function(x,y){
-        sum((rep(0, x)-y)^2)
+                sum((rep(0, x)-y)^2)
         }
         res4[, temp4 := mini_fun(unique(FDs),unique(tf)), by=Win.ID]
         res4[, NCD2 := sqrt(((temp2 + temp4) / IS)), by = Win.ID]
@@ -176,14 +176,14 @@ ncd2 <- function(
 
         } else if (selectwin == "mid") {
                 res4 <- res4[which.min(res4$NCD2)][, .(Win.ID,
-                                                      SegSites,
-                                                      IS,
-                                                      FDs,
-                                                      CenMaf,
-                                                      Mid,
-                                                      MidMaf,
-                                                      NCD2,
-                                                      tf)]
+                                                       SegSites,
+                                                       IS,
+                                                       FDs,
+                                                       CenMaf,
+                                                       Mid,
+                                                       MidMaf,
+                                                       NCD2,
+                                                       tf)]
 
         } else{
                 res4 <- res4[, .(Win.ID,
diff --git a/R/parse_vcf.R b/R/parse_vcf.R
index 34b4721..79701df 100644
--- a/R/parse_vcf.R
+++ b/R/parse_vcf.R
@@ -1,19 +1,10 @@
 #' Parse VCF files generated by SLiM v3
 #'
 #' @param infile The path and name of a vcf file - single chromosome
-#' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided,
-#' this will be  a timestamp + infile in the current directory.
-#' @param n0 Number of individuals in pop0
-#' @param n0 Number of individuals in pop1
+#' @param n0 Number of individuals in pop0. Must be >=2 for both ncd1 and ncd2.
+#' @param n1 Number of individuals in pop1. Must be >=1 for ncd2. Must be NULL for ncd1. NULL by default.
 #' @param type Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2.
-#' @param fold Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts.
-#' If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE.
-#' @param intern Logical. If TRUE, output is kept in R in addition to being written
-#' in output file. If FALSE, output is written to file only. Default is TRUE.
-#' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the
-#' function runs.
-#'
-#' @return Returns a data table object.
+#' @return Returns a data table object with columns CHR   POS REF ALT tx_1 tn_1 (if type is ncd1) or  CHR   POS REF ALT tx_1 tn_1 tx_2 tn_2 (if type is ncd2)
 #' @export
 #'
 #' @examples parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108,  type="ncd1")
@@ -134,70 +125,3 @@ parse_vcf <-
     } else {
       cat(glue::glue("File written to: {outfile}"), "\n")
     }
-
-    if (intern == T) {
-      return(res)
-    }
-  }
-#
-# out.ncd1.unf<-glue("{outfile}ncd1_unf.out")
-# out.ncd2<-glue("{outfile}ncd2")
-# out.ncd2.unf<-glue("{outfile}ncd2_unf.out")
-# out.betascan<-glue("{outfile}betascan.out")
-# out.betascan.unf<-glue("{outfile}betascan_unf.out")
-# out.mutebass<-glue("{outfile}mutebass.out")
-# out.balmixder<-glue("{outfile}mutebass.out")
-# out.ballet.snp<-glue("{outfile}ballet_snp.out")
-# out.ballet.rec<-glue("{outfile}ballet_rec.out")
-#
-# 	for(l in 1:nrow(inp)){
-# chr<-inp[l,1]
-# pos<-inp[l,2]
-# ref<-inp[l,4]
-# alt<-inp[l,5]
-# anc<-inp[l,get(colnames(inp)[outseq])]
-# anc<-str_split(anc,"|",simplify=F)[[1]][[2]]
-# drv=0 ; total=0; drv2=0; total2=0
-# for(i in index.col:(index.col+nind[1])){
-#    al<-str_split(inp[l,get(colnames(inp)[i])],"|",simplify=F)[[1]]
-#    if(al[1]!=anc){drv=drv+1}
-#      if(al[2]!=anc){drv=drv+1}
-# 		      total = total + 2
-# 		}
-# for(i in ((index.col+nind[1])+1):(index.col+nind[2])){
-#    al<-str_split(inp[l,get(colnames(inp)[i])],"|",simplify=F)[[1]]
-#   if(al[1]!=anc){drv2=drv2+1}
-#    if(al[2]!=anc){drv2=drv2+1}
-#     total2 = total2 + 2
-# }
-# 	sink(out.ncd1)
-#  cat("CHR\tPOS\tREF\tALT\tx_1\tn_1\tx_2\tn_2")
-#  cat(chr,pos,ref,alt,drv,total, drv2, total2)
-# 	sink()
-# 		print $1, $2, 1.2e-8*$2,drv,total, drv2, total2 > outmute # recombination rate
-#    		print $2, drv,total > betaout
-#                if(drv>0) print $2, total-drv, total > balout".snp"
-#                if(drv>0){
-#                    print $2, ($2-prevpos)*2.75e-4 > balout".rec" # pop-scaled recombination rate (2Nr = 2*11477*1.2e-8 = 2.75448e-4)
-#                    prevpos=$2
-#                }
-#    		if(drv>0) print $2, "NA", drv, total > balmixder #BalLeRMix_manual p.5: When the user does not have recombination maps for reference, the seceond column
-# can be NAs as long as the user makes sure to use --physPos.
-# }
-# }'
-
-# 	sink(out.mutebass)
-# 	cat("CHR\tPOS\tGenPOS\tx_1\tn_1\tx_2\tn_2")
-# 	sink()
-# 	sink(out.balmixder)
-# 	cat("physPos\tgenPos\tx\tn")
-# 	sync()
-# 	sync(out.ballet.snp)
-# cat("position\tx\tn")
-# sync()
-# sync(out.ballet.rec)
-# cat("position\trate")
-# sync()
-# }
-# outseq=128
-# }
diff --git a/R/read_vcf.R b/R/read_vcf.R
index 797953c..8bdbeb4 100644
--- a/R/read_vcf.R
+++ b/R/read_vcf.R
@@ -13,5 +13,4 @@ read_vcf <- function(x = "inst/example.vcf") {
         data.table::setnames(inp, "#CHROM", "CHR")
         #inp <-
         inp[REF %in% c("A", "C", "T", "G")][ALT %in% c("A", "C", "T", "G")]
-        #return(inp)
 }
diff --git a/R/split_geno.R b/R/split_geno.R
index 0f9c83f..efe4cd0 100644
--- a/R/split_geno.R
+++ b/R/split_geno.R
@@ -2,16 +2,14 @@
 #'
 #' @param x A string from a GT column.
 #' @param split Pattern to use for splitting.
-#' @param index Which elements to keep 1, 2, or 1 & 2
-#'
-#' @examples split_geno(x = c("0|0","0|1","1|1"))
-#' data.table(col1="1|1", col2="1|0", col3="0|0") %>% dplyr::summarise(across(col1:col3, .split_geno))
-.split_geno <- function(x, split="|",index=c(1,2)) {
+
+.split_geno <- function(x, split="|") {
         #assertthat::assert_that(is.numeric(which.al), err = "Parameter which.al must be numeric")
 
-        if(length(x) == 1){
-        as.vector(as.integer(stringr::str_split(string = x, pattern = split, simplify = T)[,c(2,4)][index]))
-        }else{
-        as.vector(as.integer(stringr::str_split(string = x, pattern = split, simplify = T)[,c(2,4)][,index]))
-}
+       # if(length(x) == 1){
+        #as.vector(as.integer(stringr::str_split(string = x, pattern = split, simplify = T)[,c(2,4)]))
+        as.numeric(unlist(lapply(stringr::str_split(string = x, pattern = "|"), function(x) x[c(2,4)])))
+       # }else{
+
+#}
 }
diff --git a/R/utils.R b/R/utils.R
index 1c72c10..7a2c7e8 100644
--- a/R/utils.R
+++ b/R/utils.R
@@ -9,3 +9,15 @@ outfile_path <- function(infile = "example.vcf") {
 
         sub("\\..*", paste0("_",timestamp(now),".out"), infile)
 }
+
+.get_fds<-function(x){ #x: number of FDS, y=tf
+        rep(0, x)
+}
+
+
+utils::globalVariables(c(
+        "all_of", "across", "Mid", "temp2", "CenMaf", "MidMaf", "Method",
+        "temp4", "IS", ".", "FDs", "AF", "AF2", "ALT", "CHR", "FD", "ID",
+        "MAF", "NCD1", "NCD2", "POS", "REF", "SNP", "Win.ID", "tn_1", "tn_2",
+        "tx_1", "tx_2"
+))
diff --git a/R/vcf_ncd1.R b/R/vcf_ncd1.R
index de31165..7e4d523 100644
--- a/R/vcf_ncd1.R
+++ b/R/vcf_ncd1.R
@@ -1,70 +1,53 @@
 #' Make input file for NCD1 from VCF
 #'
-#' @param x An object of class data.table containing
-#' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided,
-#' this will be  a timestamp file in the current directory.
+#' @param x An object of class data.table containing typical elements of a vcf file. Output: data.table with
+#' columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles) and (if type is ncd2) tx_2 and tn_2
 #' @param nind A vector containing the number of diploid individuals from each
 #' population to be used. For ncd1, only one population is used.
 #' @param index.col First genotype column in VCF file.
-#' @param verbose  Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the
-#' function runs.
+#' @param verbose Logical. Printed updates. Default is T.
 #'
-#'
-#' @examples inp = read_vcf("inst/example.vcf")
-#' vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108),
-#' .vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=108, index.col=10, verbose=T)
+#to do: some of the tests suggested in parse_vcf might pertain here.
 .vcf_ncd1 <- function(x,
-                     outfile = outfile,
-                     nind = nind,
-                     index.col = index.col,
-                     verbose = verbose) {
-  #
-        tictoc::tic("Total runtime")
-        infile <- CHR <- POS <- REF <- ALT <- tx_1 <- tn_1 <- NULL
-        across <- tx_2 <- tn_2 <- NULL
-
-
-  npop <- length(nind)
-  assertthat::assert_that(npop == 1, msg = "NCD1 only uses one species. nind should have length 1. \n")
+                      nind = nind,
+                      index.col = index.col,
+                      verbose = T) {
+        npop <- length(nind)
+        assertthat::assert_that(npop == 1, msg = "NCD1 only uses one species. 'nind' should have length 1. \n")
+        # to do: asssert that input file looks the way it should
+        # to do: assert that index.col is an integer>1 and that the column it corresponds to is not named anything like CHR, POS, etc (i.e, the typical vcf columns)
 
-  pop0_cols <- colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))]
+        pop0_cols <-
+                colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))]
 
-  if (verbose == T) {
-    cat(
-      glue::glue("Only {npop} population will be considered:"), "\n"
-    )
-  }
-  if (verbose == T) {
-    cat(
-      glue::glue("Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest."), "\n"
-    )
-  }
+        if (verbose == T) {
+                cat(glue::glue("Only {npop} population will be considered:"),
+                    "\n")
+        }
+        if (verbose == T) {
+                cat(
+                        glue::glue(
+                                "Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest."
+                        ),
+                        "\n"
+                )
+        }
 
-  x <- data.table::setDT(x)
-  tableout<-x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table
-  tableout<-dplyr::bind_cols(tableout,
-                             x %>% dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>%
-                                dplyr::rowwise() %>%
-                                dplyr::summarise(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>%
-                                dplyr::summarise(tx_1 = Reduce(`+`,.)),
-                             x %>% dplyr::select(all_of(pop0_cols)) %>%
-                                dplyr::rowwise() %>%
-                                dplyr::summarise(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>%
-                                dplyr::summarise(tn_1 = Reduce(`+`,.))
-                            ) %>%
+        x <- data.table::setDT(x)
+        tableout <-
+                x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table
+        tableout <- dplyr::bind_cols(
+                tableout,
+                x %>%
+                        dplyr::rowwise() %>%
+                        dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>%
+                        dplyr::reframe(tx_1 = Reduce(`+`, .)),
+                x %>%
+                        dplyr::rowwise() %>%
+                        dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>%
+                        dplyr::reframe(tn_1 = Reduce(`+`, .))
+        ) %>%
                 dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT, tx_1, tn_1) %>%
                 as.data.table
-  if (verbose == T) {
-    cat(
-      glue::glue("Printing output to {outfile}..."),
-      "\n"
-    )
-  }
-  data.table::fwrite(tableout,
-    file = outfile,
-    sep = "\t",
-    col.names = T
-  )
-if(verbose==T){tictoc::toc()}
-  return(tableout)
+        return(tableout)
 }
diff --git a/R/vcf_ncd2.r b/R/vcf_ncd2.r
index 9fc4c3e..79b40da 100644
--- a/R/vcf_ncd2.r
+++ b/R/vcf_ncd2.r
@@ -1,95 +1,90 @@
 #' Make input file for NCD2 from VCF
 #
 #' @param x A data.table object generated from reading a VCF file with read_vcf.
-#' @param outfile The path and name for the outfile. If not provided,
-#' this will be  a timestamp file in the current directory.
 #' @param nind A vector containing the number of diploid individuals from each
 #' population to be used. The length of the vector should be equal to the number
 #' of populations being sampled.
 #' @param index.col First genotype column in VCF file.
-#' @param fold Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts.
-#' If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE.
-#' @param verbose Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the
-#' function runs.
-#'
-#' @examples
-#' .vcf_ncd2(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108,10),
-#' index.col=10, fold=T, verbose=T)
-#'
-.vcf_ncd2 <-
-  function(x,
-           outfile = outfile,
-           nind = nind,
-           index.col = index.col,
-           fold = fold,
-           verbose = verbose) {
-          #
-          CHR <- POS <- REF <- ALT <- tx_1 <- tn_1 <- NULL
-          tx_2 <- tn_2 <- NULL
-          tictoc::tic("Total runtime")
-    npop <- length(nind)
-    assertthat::assert_that(npop == 2 |
-    npop == 3, msg = "If only one species is represented, you should use ncd1.\n")
-    pop0_cols <- colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))]
-    if (npop > 2) {
-      nind <- nind[c(1, 2)]
-    }
-    npop2 <- length(nind)
-    if (verbose == T) {
-      cat(
-        glue::glue(
-          "Your vcf contains {npop} populations. Only {npop2} are considered:"
-        ),
-        "\n"
-      )
-    }
-    if (verbose == T) {
-      cat(
-        glue::glue(
-          "Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest."
-        ),
-        "\n"
-      )
-    }
-    pop1_cols <-colnames(x)[(index.col + nind[1]): (index.col + (sum(nind) - 1))]
-    if (verbose == T) {
-      cat(
-        glue::glue(
-          "Pop1: {nind[2]} diploid individuals.Columns {pop1_cols[1]}:{pop1_cols[length(pop1_cols)]}. This is your outgroup."
-        ),
-        "\n"
-      )
-    }
+#' @param verbose Logical. Printed updates. Default is T.
 
-    counter <- 0
-    if(verbose==T){cat("Parsing vcf lines....\n")}
-    #for (l in 1:nrow(x)) {
-    #if(verbose==T){cat(l, "\r")}
+#to do: some of the tests suggested in parse_vcf might pertain here.
+#to do: check that parameters for the .vcf_ncd2 and .vcf_ncd1 are coded and described similarly.
+#check that for the example command in parse_vcf using ncd2, all values in column tn_2 are 2 and all values in tx_2 are between 0 and 2.Do a similar test for the ncd1 case.
 
+.vcf_ncd2 <-
+        function(x,
+                 nind = nind,
+                 index.col = index.col,
+                 verbose = T) {
+                npop <- length(nind)
+                assertthat::assert_that(npop == 2 |
+                                                npop == 3, msg = "If only one species is represented, you should use ncd1.\n")
+                pop0_cols <-
+                        colnames(x)[index.col:(index.col + (nind[1] - 1))]
+                if (npop > 2) {
+                        nind <- nind[c(1, 2)]
+                        if (verbose == T) {
+                                cat(
+                                        glue::glue(
+                                                "Only the first two elements of nind are considered:"
+                                        ),
+                                        "\n"
+                                )
+                        }
+                }
+                npop2 <- length(nind)
+                if (verbose == T) {
+                        cat(
+                                glue::glue(
+                                        "Your vcf contains {npop} populations. Only {npop2} are considered:"
+                                ),
+                                "\n"
+                        )
+                }
+                if (verbose == T) {
+                        cat(
+                                glue::glue(
+                                        "Pop0: {nind[1]} diploid individuals.Columns {pop0_cols[1]}:{pop0_cols[length(pop0_cols)]}. This is your population of interest."
+                                ),
+                                "\n"
+                        )
+                }
+                npop<-npop2
+                pop1_cols <-
+                        colnames(x)[(index.col + nind[1]):(index.col + (sum(nind) - 1))]
+                if (verbose == T) {
+                        cat(
+                                glue::glue(
+                                        "Pop1: {nind[2]} diploid individuals.Columns {pop1_cols[1]}:{pop1_cols[length(pop1_cols)]}. This is your outgroup."
+                                ),
+                                "\n"
+                        )
+                }
 
-      x <- data.table::setDT(x)
-      tableout<-x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table
-      tableout<-dplyr::bind_cols(tableout,x %>% dplyr::select(pop0_cols) %>% dplyr::rowwise() %>%
-            dplyr::summarise(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>%
-            dplyr::summarise(tx_1 = Reduce(`+`,.)),
-            x %>% dplyr::select(pop1_cols) %>% dplyr::rowwise() %>%
-                    dplyr::summarise(across(pop1_cols, .count_alleles)) %>%
-                    dplyr::summarise(tx_2 = Reduce(`+`,.)),
-                ) %>% dplyr::mutate(tn_1 = nind[1]*2, tn_2 = nind[2]*2) %>%
-              dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT, tx_1, tn_1, tx_2, tn_2) %>%
-              as.data.table
+                x <- data.table::setDT(x)
+                tableout <-
+                        x %>% dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT) %>% as.data.table
+                tableout <- dplyr::bind_cols(
+                        tableout,
+                        x %>%
+                                dplyr::rowwise() %>%
+                                dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_alleles)) %>%
+                                dplyr::reframe(tx_1 = Reduce(`+`, .)),
+                        x %>%
+                                dplyr::rowwise() %>%
+                                dplyr::reframe(across(pop0_cols, .count_nonmissing)) %>%
+                                dplyr::reframe(tn_1 = Reduce(`+`, .)),
+                        x %>%
+                                dplyr::rowwise() %>%
+                                dplyr::reframe(across(pop1_cols, .count_alleles)) %>%
+                                dplyr::reframe(tx_2 = Reduce(`+`, .)),
+                        x %>%
+                                dplyr::rowwise() %>%
+                                dplyr::reframe(across(pop1_cols, .count_nonmissing)) %>%
+                                dplyr::reframe(tn_2 = Reduce(`+`, .))
+                ) %>%
+                        dplyr::select(CHR, POS, REF, ALT, tx_1, tn_1, tx_2, tn_2) %>%
+                        as.data.table
 
-    if (verbose == T) {
-      cat(
-        glue::glue("Printing output to {outfile}..."),
-        "\n"
-      )
-    }
-    data.table::fwrite(tableout,
-      file = outfile,
-      sep = "\t",
-      col.names = T
-    )
-    if(verbose==T){tictoc::toc()}
-    return(tableout)
-  }
+                return(tableout)
+        }
diff --git a/README.Rmd b/README.Rmd
index 26967e8..20ed991 100644
--- a/README.Rmd
+++ b/README.Rmd
@@ -15,12 +15,11 @@ knitr::opts_chunk$set(
 
 # balselr
 
+
 <!-- badges: start -->
 ![](images/balselr2.png){width=40% height=40%}
 <!-- badges: end -->
 
-The goal of balselr is to calculate NCD1 and NCD2 (and more) ...[under construction. Feedback welcome!]
-
 ## Installation
 
 You can install the development version of balselr from [GitHub](https://github.com/) with:
@@ -30,28 +29,34 @@ You can install the development version of balselr from [GitHub](https://github.
 library(devtools)
 devtools::install_github("bitarellolab/balselr")
 library(balselr)
-library(load_all)
 ```
 
 
 ## Example
 
-This is a basic example which shows you how to read in a vcf file and keep all samples/individuals
+This is a basic example which shows you how to read in a vcf file:
 
-``` r
-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T)
+```{r, echo=T, eval=F}
+read_vcf(x="inst/example.vcf")
 ```
 
-This is an example which shows how to parse a vcf file and output an input file for ncd1 or ncd2:
+This is an example which shows how to parse a vcf file and output an input file for `ncd1`:
 
-``` r
-parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out")
+```{r, echo=T, eval=F}
+parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1")
 ```
-This is an example which shows how to parse a vcf file and output an input file for ncd1 or ncd1:
 
-``` r
-#upcoming
+This is an example which shows how to parse a vcf file and output an input file for `ncd2`:
+
+```{r, echo=T, eval=F}
+parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2")
+```
+
+
+Run `ncd1 (tf=0.5)` with a 3000 basepair window and a minimum of 8 informative sites per window using 2 cores:
 
+```{r, echo=T, eval=F}
+ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8)
 ```
 
 You'll still need to render `README.Rmd` regularly, to keep `README.md` up-to-date. `devtools::build_readme()` is handy for this. You could also use GitHub Actions to re-render `README.Rmd` every time you push. An example workflow can be found here: <https://github.com/r-lib/actions/tree/v1/examples>.
diff --git a/README.md b/README.md
index b12bac2..f0c0ac7 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -8,9 +8,6 @@
 <img src="images/balselr2.png" style="width:40.0%;height:40.0%" />
 <!-- badges: end -->
 
-The goal of balselr is to calculate NCD1 and NCD2 (and more) …\[under
-construction. Feedback welcome!\]
-
 ## Installation
 
 You can install the development version of balselr from
@@ -21,30 +18,35 @@ You can install the development version of balselr from
 library(devtools)
 devtools::install_github("bitarellolab/balselr")
 library(balselr)
-library(load_all)
 ```
 
 ## Example
 
-This is a basic example which shows you how to read in a vcf file and
-keep all samples/individuals
+This is a basic example which shows you how to read in a vcf file:
 
 ``` r
-read_vcf(x="inst/example.vcf", only.bi=T)
+read_vcf(x="inst/example.vcf")
 ```
 
 This is an example which shows how to parse a vcf file and output an
-input file for ncd1 or ncd2:
+input file for `ncd1`:
 
 ``` r
-parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out")
+parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1")
 ```
 
 This is an example which shows how to parse a vcf file and output an
-input file for ncd1 or ncd1:
+input file for `ncd2`:
+
+``` r
+parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=2, type="ncd2")
+```
+
+Run `ncd1 (tf=0.5)` with a 3000 basepair window and a minimum of 8
+informative sites per window using 2 cores:
 
 ``` r
-#upcoming
+ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8)
 ```
 
 You’ll still need to render `README.Rmd` regularly, to keep `README.md`
diff --git a/inst/example_parse_ncd1.out b/inst/example_parse_ncd1.out
new file mode 100644
index 0000000..c36b78d
--- /dev/null
+++ b/inst/example_parse_ncd1.out
@@ -0,0 +1,839 @@
+CHR	POS	REF	ALT	tx_1	tn_1
+1	92	A	C	0	216
+1	177	C	A	0	216
+1	283	T	C	216	216
+1	289	C	G	216	216
+1	327	G	T	216	216
+1	331	T	C	216	216
+1	332	C	A	216	216
+1	368	A	G	216	216
+1	382	A	C	216	216
+1	394	A	G	0	216
+1	398	C	T	215	216
+1	441	C	G	216	216
+1	471	C	A	216	216
+1	473	A	C	0	216
+1	522	A	G	216	216
+1	568	C	A	0	216
+1	585	T	C	216	216
+1	627	A	T	83	216
+1	669	C	T	216	216
+1	674	T	A	216	216
+1	687	C	G	216	216
+1	706	T	G	216	216
+1	719	C	T	0	216
+1	743	A	C	216	216
+1	835	G	A	216	216
+1	868	C	G	0	216
+1	904	A	T	216	216
+1	956	C	G	149	216
+1	976	C	G	216	216
+1	1053	A	G	216	216
+1	1155	A	G	211	216
+1	1216	T	A	216	216
+1	1290	G	T	0	216
+1	1321	C	G	216	216
+1	1328	C	G	216	216
+1	1336	A	G	213	216
+1	1345	G	C	216	216
+1	1363	T	G	0	216
+1	1365	T	G	212	216
+1	1441	T	A	212	216
+1	1456	G	T	0	216
+1	1483	G	C	160	216
+1	1497	T	G	216	216
+1	1525	T	G	0	216
+1	1561	T	A	216	216
+1	1621	C	A	0	216
+1	1685	A	G	216	216
+1	1714	G	A	216	216
+1	1721	G	C	216	216
+1	1763	T	A	216	216
+1	1798	A	C	216	216
+1	1830	G	A	214	216
+1	1865	C	A	0	216
+1	1866	C	T	93	216
+1	1919	G	T	216	216
+1	1972	A	C	215	216
+1	1981	A	G	214	216
+1	1992	T	A	216	216
+1	1995	A	C	216	216
+1	2031	C	A	216	216
+1	2085	G	A	0	216
+1	2201	C	A	216	216
+1	2212	T	A	216	216
+1	2219	T	A	215	216
+1	2261	A	T	216	216
+1	2296	C	T	216	216
+1	2346	A	G	216	216
+1	2373	A	C	215	216
+1	2376	G	A	216	216
+1	2450	T	C	202	216
+1	2463	C	G	216	216
+1	2496	C	T	209	216
+1	2607	T	C	216	216
+1	2666	G	T	216	216
+1	2766	T	G	216	216
+1	2778	A	C	216	216
+1	2810	T	A	202	216
+1	2819	G	A	216	216
+1	2827	A	C	216	216
+1	2838	A	G	216	216
+1	2861	C	A	216	216
+1	2880	G	T	0	216
+1	2911	A	T	216	216
+1	2953	T	A	213	216
+1	2955	C	A	0	216
+1	2960	C	A	216	216
+1	2969	C	T	216	216
+1	2973	A	T	216	216
+1	2979	T	G	216	216
+1	3030	T	G	0	216
+1	3033	T	A	190	216
+1	3039	T	C	203	216
+1	3048	G	T	216	216
+1	3110	T	A	216	216
+1	3167	C	A	0	216
+1	3196	T	A	0	216
+1	3201	A	C	216	216
+1	3276	T	C	216	216
+1	3279	G	A	206	216
+1	3310	T	G	215	216
+1	3321	G	T	216	216
+1	3339	G	T	216	216
+1	3351	T	C	216	216
+1	3470	T	A	0	216
+1	3476	C	G	216	216
+1	3486	T	A	214	216
+1	3506	C	A	216	216
+1	3536	A	G	213	216
+1	3542	G	T	216	216
+1	3569	C	A	216	216
+1	3604	G	T	216	216
+1	3605	T	G	216	216
+1	3609	C	G	0	216
+1	3627	A	G	216	216
+1	3643	T	A	216	216
+1	3720	A	G	216	216
+1	3725	G	T	214	216
+1	3782	G	A	0	216
+1	3845	G	A	115	216
+1	3880	T	C	216	216
+1	3929	A	T	216	216
+1	3971	A	C	216	216
+1	4001	A	G	216	216
+1	4022	T	G	216	216
+1	4026	G	C	216	216
+1	4034	A	T	215	216
+1	4129	T	C	0	216
+1	4138	C	A	0	216
+1	4162	T	G	101	216
+1	4200	G	C	216	216
+1	4276	T	A	216	216
+1	4341	A	T	214	216
+1	4436	C	T	216	216
+1	4579	C	T	216	216
+1	4590	T	C	216	216
+1	4663	T	G	195	216
+1	4797	A	G	216	216
+1	4841	A	G	191	216
+1	4918	C	G	216	216
+1	4940	A	G	216	216
+1	5062	C	G	101	216
+1	5087	C	A	216	216
+1	5146	G	A	216	216
+1	5176	T	C	216	216
+1	5212	T	A	216	216
+1	5309	T	C	216	216
+1	5321	A	G	216	216
+1	5481	G	T	215	216
+1	5483	C	T	216	216
+1	5507	T	A	0	216
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+1	29020	C	A	0	216
+1	29042	T	A	216	216
+1	29049	T	G	216	216
+1	29052	C	A	216	216
+1	29077	T	G	212	216
+1	29106	A	T	157	216
+1	29108	T	G	216	216
+1	29249	C	G	0	216
+1	29253	C	A	210	216
+1	29255	T	C	216	216
+1	29256	G	A	216	216
+1	29258	G	C	216	216
+1	29259	T	A	163	216
+1	29322	C	G	0	216
+1	29375	A	C	216	216
+1	29377	A	C	59	216
+1	29427	C	G	0	216
+1	29436	A	G	216	216
+1	29484	C	T	0	216
+1	29501	T	C	0	216
+1	29590	C	A	216	216
+1	29592	T	C	216	216
+1	29642	T	G	0	216
+1	29669	G	T	216	216
+1	29686	C	G	0	216
+1	29727	G	T	216	216
+1	29734	A	T	163	216
+1	29761	T	C	216	216
+1	29795	A	T	215	216
+1	29915	C	A	216	216
+1	29992	G	T	205	216
diff --git a/man/dot-count_alleles.Rd b/man/dot-count_alleles.Rd
index 24bedb6..007e34d 100644
--- a/man/dot-count_alleles.Rd
+++ b/man/dot-count_alleles.Rd
@@ -4,23 +4,13 @@
 \alias{.count_alleles}
 \title{Count derived or ancestral alleles for a given vcf position}
 \usage{
-.count_alleles(x, split = "|", index = c(1, 2), der = F)
+.count_alleles(x, split = "|")
 }
 \arguments{
-\item{x}{A vector containing 0s and 1s corresponding to allele states}
+\item{x}{A vector containing 0s and 1s corresponding to allele states. 0/0: homozygous reference; 0/1: heterozygous; 1/1: homozygous alternate}
 
 \item{split}{Pattern to look for. Inherited from stringr::str_split}
-
-\item{index}{1 or 2 or c(1,2). Which alleles to consider.}
-
-\item{der}{Return derived. Logical. If TRUE, returns the counts of
-derived (alternate)
-alleles. If FALSE, returns ancestral (ref) counts}
 }
 \description{
 Count derived or ancestral alleles for a given vcf position
 }
-\examples{
-data.table::data.table(col1="1|1", col2="1|0", col3="0|0") \%>\%
-dplyr::summarise(across(col1:col3, .count_alleles))
-}
diff --git a/man/dot-split_geno.Rd b/man/dot-split_geno.Rd
index d9d5515..7901058 100644
--- a/man/dot-split_geno.Rd
+++ b/man/dot-split_geno.Rd
@@ -4,19 +4,13 @@
 \alias{.split_geno}
 \title{Split a genotype column from a vcf file}
 \usage{
-.split_geno(x, split = "|", index = c(1, 2))
+.split_geno(x, split = "|")
 }
 \arguments{
 \item{x}{A string from a GT column.}
 
 \item{split}{Pattern to use for splitting.}
-
-\item{index}{Which elements to keep 1, 2, or 1 & 2}
 }
 \description{
 Split a genotype column from a vcf file
 }
-\examples{
-split_geno(x = c("0|0","0|1","1|1"))
-data.table(col1="1|1", col2="1|0", col3="0|0") \%>\% dplyr::summarise(across(col1:col3, .split_geno))
-}
diff --git a/man/dot-vcf_ncd1.Rd b/man/dot-vcf_ncd1.Rd
index 8d140a7..112d224 100644
--- a/man/dot-vcf_ncd1.Rd
+++ b/man/dot-vcf_ncd1.Rd
@@ -4,33 +4,19 @@
 \alias{.vcf_ncd1}
 \title{Make input file for NCD1 from VCF}
 \usage{
-.vcf_ncd1(
-  x,
-  outfile = outfile,
-  nind = nind,
-  index.col = index.col,
-  verbose = verbose
-)
+.vcf_ncd1(x, nind = nind, index.col = index.col, verbose = T)
 }
 \arguments{
-\item{x}{An object of class data.table containing}
-
-\item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided,
-this will be  a timestamp file in the current directory.}
+\item{x}{An object of class data.table containing typical elements of a vcf file. Output: data.table with
+columns: CHR, POS, REF, ALT, tx_1 (number of alternate allele copies), tn_1 (total number of alleles) and (if type is ncd2) tx_2 and tn_2}
 
 \item{nind}{A vector containing the number of diploid individuals from each
 population to be used. For ncd1, only one population is used.}
 
 \item{index.col}{First genotype column in VCF file.}
 
-\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the
-function runs.}
+\item{verbose}{Logical. Printed updates. Default is T.}
 }
 \description{
 Make input file for NCD1 from VCF
 }
-\examples{
-inp = read_vcf("inst/example.vcf")
-vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108),
-.vcf_ncd1(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=108, index.col=10, verbose=T)
-}
diff --git a/man/dot-vcf_ncd2.Rd b/man/dot-vcf_ncd2.Rd
index 48c548f..588c57a 100644
--- a/man/dot-vcf_ncd2.Rd
+++ b/man/dot-vcf_ncd2.Rd
@@ -4,38 +4,19 @@
 \alias{.vcf_ncd2}
 \title{Make input file for NCD2 from VCF}
 \usage{
-.vcf_ncd2(
-  x,
-  outfile = outfile,
-  nind = nind,
-  index.col = index.col,
-  fold = fold,
-  verbose = verbose
-)
+.vcf_ncd2(x, nind = nind, index.col = index.col, verbose = T)
 }
 \arguments{
 \item{x}{A data.table object generated from reading a VCF file with read_vcf.}
 
-\item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided,
-this will be  a timestamp file in the current directory.}
-
 \item{nind}{A vector containing the number of diploid individuals from each
 population to be used. The length of the vector should be equal to the number
 of populations being sampled.}
 
 \item{index.col}{First genotype column in VCF file.}
 
-\item{fold}{Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts.
-If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE.}
-
-\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the
-function runs.}
+\item{verbose}{Logical. Printed updates. Default is T.}
 }
 \description{
 Make input file for NCD2 from VCF
 }
-\examples{
-.vcf_ncd2(x=inp, outfile=outfile_path("inst/example.vcf"),nind=c(108,10),
-index.col=10, fold=T, verbose=T)
-
-}
diff --git a/man/modmod_read_vcf.Rd b/man/modmod_read_vcf.Rd
new file mode 100644
index 0000000..94455db
--- /dev/null
+++ b/man/modmod_read_vcf.Rd
@@ -0,0 +1,20 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/modified_read_vcf.R
+\name{modmod_read_vcf}
+\alias{modmod_read_vcf}
+\title{Read vcf}
+\usage{
+modmod_read_vcf(x = "inst/example.vcf", pos.range = NULL, id.range = NULL)
+}
+\arguments{
+\item{x}{The path and name of a vcf file}
+}
+\value{
+Returns a data.table object containing only SNPs
+}
+\description{
+Read vcf
+}
+\examples{
+read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf"))
+}
diff --git a/man/ncd1.Rd b/man/ncd1.Rd
index 4f84092..653ffc5 100644
--- a/man/ncd1.Rd
+++ b/man/ncd1.Rd
@@ -4,6 +4,21 @@
 \alias{ncd1}
 \title{Calculate non-central statistic (NCD1)}
 \usage{
+ncd1(
+  x = x,
+  tf = 0.5,
+  fold = T,
+  w = 3000,
+  by.snp = TRUE,
+  mid = FALSE,
+  ncores = 2,
+  selectwin = "val",
+  targetpos = NULL,
+  minIS = 2,
+  label = NULL,
+  verbose = T
+)
+
 ncd1(
   x = x,
   tf = 0.5,
@@ -50,13 +65,20 @@ less informative sites than this threshold are discarded.}
 
 \item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the
 function runs.}
+
+\item{by}{Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on w. "IS" defined windows around each informative site.}
 }
 \value{
+A data.table object with columns:  Win.ID, S (sites), IS (informative sites), tf, ncd1
+
 A data.table object
 }
 \description{
+Calculate non-central statistic (NCD1)
+
 Calculate non-central statistic (NCD1)
 }
 \examples{
+ncd1(x=ncd1_input, tf=0.5, w=3000, ncores=2, minIS=8)
 ncd1(x=ncd1_input, selectwin="mid", targetpos=15000, mid=TRUE)
 }
diff --git a/man/parse_vcf.Rd b/man/parse_vcf.Rd
index 0026dc9..edcf12e 100644
--- a/man/parse_vcf.Rd
+++ b/man/parse_vcf.Rd
@@ -4,43 +4,26 @@
 \alias{parse_vcf}
 \title{Parse VCF files generated by SLiM v3}
 \usage{
-parse_vcf(
-  infile = "*.vcf",
-  outfile = NULL,
-  n0 = NULL,
-  n1 = NULL,
-  type = NULL,
-  fold = T,
-  intern = T,
-  verbose = T
-)
+parse_vcf(infile = NULL, n0 = NULL, n1 = NULL, type = NULL, verbose = F)
 }
 \arguments{
 \item{infile}{The path and name of a vcf file - single chromosome}
 
-\item{outfile}{The path and name for the outfile. If not provided,
-this will be  a timestamp + infile in the current directory.}
+\item{n0}{Number of individuals in pop0. Must be >=2 for both ncd1 and ncd2.}
 
-\item{n0}{Number of individuals in pop1}
+\item{n1}{Number of individuals in pop1. Must be >=1 for ncd2. Must be NULL for ncd1. NULL by default.}
 
 \item{type}{Which input format will be generated. Options: ncd1, ncd2.}
 
-\item{fold}{Logical. If TRUE, the output will have alternate allele counts.
-If FALSE, derived allele counts will be used. Default is TRUE.}
-
-\item{intern}{Logical. If TRUE, output is kept in R in addition to being written
-in output file. If FALSE, output is written to file only. Default is TRUE.}
-
-\item{verbose}{Logical. If TRUE, progress reports will be printed as the
-function runs.}
+\item{verbose}{Logical. Printed updates. Default is T.}
 }
 \value{
-Returns a data table object.
+Returns a data table object with columns CHR   POS REF ALT tx_1 tn_1 (if type is ncd1) or  CHR   POS REF ALT tx_1 tn_1 tx_2 tn_2 (if type is ncd2)
 }
 \description{
 Parse VCF files generated by SLiM v3
 }
 \examples{
-parse_vcf(infile="inst/example.vcf", outfile="inst/example_parse_ncd1.out", n0=108,  type="ncd1")
-parse_vcf(infile="inst/example.vcf",n0=108, n1=1, type="ncd2", outfile="example_parse_ncd2.out")
+parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1")
+parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, n1=1, type="ncd2")
 }
diff --git a/renv.lock b/renv.lock
new file mode 100644
index 0000000..a939df2
--- /dev/null
+++ b/renv.lock
@@ -0,0 +1,1463 @@
+{
+  "R": {
+    "Version": "4.3.1",
+    "Repositories": [
+      {
+        "Name": "CRAN",
+        "URL": "https://cran.rstudio.com"
+      }
+    ]
+  },
+  "Packages": {
+    "R6": {
+      "Package": "R6",
+      "Version": "2.5.1",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R"
+      ],
+      "Hash": "470851b6d5d0ac559e9d01bb352b4021"
+    },
+    "Rcpp": {
+      "Package": "Rcpp",
+      "Version": "1.0.12",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "methods",
+        "utils"
+      ],
+      "Hash": "5ea2700d21e038ace58269ecdbeb9ec0"
+    },
+    "askpass": {
+      "Package": "askpass",
+      "Version": "1.2.0",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "sys"
+      ],
+      "Hash": "cad6cf7f1d5f6e906700b9d3e718c796"
+    },
+    "assertthat": {
+      "Package": "assertthat",
+      "Version": "0.2.1",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "tools"
+      ],
+      "Hash": "50c838a310445e954bc13f26f26a6ecf"
+    },
+    "base64enc": {
+      "Package": "base64enc",
+      "Version": "0.1-3",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R"
+      ],
+      "Hash": "543776ae6848fde2f48ff3816d0628bc"
+    },
+    "brew": {
+      "Package": "brew",
+      "Version": "1.0-10",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Hash": "8f4a384e19dccd8c65356dc096847b76"
+    },
+    "brio": {
+      "Package": "brio",
+      "Version": "1.1.4",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R"
+      ],
+      "Hash": "68bd2b066e1fe780bbf62fc8bcc36de3"
+    },
+    "bslib": {
+      "Package": "bslib",
+      "Version": "0.6.1",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "base64enc",
+        "cachem",
+        "grDevices",
+        "htmltools",
+        "jquerylib",
+        "jsonlite",
+        "lifecycle",
+        "memoise",
+        "mime",
+        "rlang",
+        "sass"
+      ],
+      "Hash": "c0d8599494bc7fb408cd206bbdd9cab0"
+    },
+    "cachem": {
+      "Package": "cachem",
+      "Version": "1.0.8",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "fastmap",
+        "rlang"
+      ],
+      "Hash": "c35768291560ce302c0a6589f92e837d"
+    },
+    "callr": {
+      "Package": "callr",
+      "Version": "3.7.5",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "R6",
+        "processx",
+        "utils"
+      ],
+      "Hash": "9f0e4fae4963ba775a5e5c520838c87b"
+    },
+    "cli": {
+      "Package": "cli",
+      "Version": "3.6.2",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "utils"
+      ],
+      "Hash": "1216ac65ac55ec0058a6f75d7ca0fd52"
+    },
+    "clipr": {
+      "Package": "clipr",
+      "Version": "0.8.0",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "utils"
+      ],
+      "Hash": "3f038e5ac7f41d4ac41ce658c85e3042"
+    },
+    "colorspace": {
+      "Package": "colorspace",
+      "Version": "2.1-0",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "grDevices",
+        "graphics",
+        "methods",
+        "stats"
+      ],
+      "Hash": "f20c47fd52fae58b4e377c37bb8c335b"
+    },
+    "commonmark": {
+      "Package": "commonmark",
+      "Version": "1.9.1",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Hash": "5d8225445acb167abf7797de48b2ee3c"
+    },
+    "cpp11": {
+      "Package": "cpp11",
+      "Version": "0.4.7",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R"
+      ],
+      "Hash": "5a295d7d963cc5035284dcdbaf334f4e"
+    },
+    "crayon": {
+      "Package": "crayon",
+      "Version": "1.5.2",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "grDevices",
+        "methods",
+        "utils"
+      ],
+      "Hash": "e8a1e41acf02548751f45c718d55aa6a"
+    },
+    "credentials": {
+      "Package": "credentials",
+      "Version": "2.0.1",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "askpass",
+        "curl",
+        "jsonlite",
+        "openssl",
+        "sys"
+      ],
+      "Hash": "c7844b32098dcbd1c59cbd8dddb4ecc6"
+    },
+    "curl": {
+      "Package": "curl",
+      "Version": "5.2.0",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R"
+      ],
+      "Hash": "ce88d13c0b10fe88a37d9c59dba2d7f9"
+    },
+    "data.table": {
+      "Package": "data.table",
+      "Version": "1.15.0",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "methods"
+      ],
+      "Hash": "cfbbb4aed6e78cd45f17123a9ec9981a"
+    },
+    "desc": {
+      "Package": "desc",
+      "Version": "1.4.3",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "R6",
+        "cli",
+        "utils"
+      ],
+      "Hash": "99b79fcbd6c4d1ce087f5c5c758b384f"
+    },
+    "devtools": {
+      "Package": "devtools",
+      "Version": "2.4.5",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "cli",
+        "desc",
+        "ellipsis",
+        "fs",
+        "lifecycle",
+        "memoise",
+        "miniUI",
+        "pkgbuild",
+        "pkgdown",
+        "pkgload",
+        "profvis",
+        "rcmdcheck",
+        "remotes",
+        "rlang",
+        "roxygen2",
+        "rversions",
+        "sessioninfo",
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+        "testthat",
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+        "bslib",
+        "callr",
+        "cli",
+        "desc",
+        "digest",
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+        "desc",
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+        "jsonlite",
+        "lifecycle",
+        "magrittr",
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+        "processx",
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+        "utils",
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+        "withr"
+      ],
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+      "Package": "tibble",
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+        "pkgconfig",
+        "rlang",
+        "utils",
+        "vctrs"
+      ],
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+      ],
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+        "cli",
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+        "lifecycle",
+        "rlang",
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+        "withr"
+      ],
+      "Hash": "79540e5fcd9e0435af547d885f184fd5"
+    },
+    "tinytex": {
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+      ],
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+    },
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+      "Requirements": [
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+        "curl",
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+        "xml2"
+      ],
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+    },
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+        "whisker",
+        "withr",
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+      ],
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+      ],
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+        "R",
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+        "diffobj",
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+        "tibble"
+      ],
+      "Hash": "c7d3fd6d29ab077cbac8f0e2751449e6"
+    },
+    "whisker": {
+      "Package": "whisker",
+      "Version": "0.4.1",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Hash": "c6abfa47a46d281a7d5159d0a8891e88"
+    },
+    "withr": {
+      "Package": "withr",
+      "Version": "3.0.0",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "grDevices",
+        "graphics"
+      ],
+      "Hash": "d31b6c62c10dcf11ec530ca6b0dd5d35"
+    },
+    "xaringan": {
+      "Package": "xaringan",
+      "Version": "0.29",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "htmltools",
+        "knitr",
+        "rmarkdown",
+        "servr",
+        "xfun"
+      ],
+      "Hash": "5e4eb32c197e2a72c846db3fdcce97b8"
+    },
+    "xaringanthemer": {
+      "Package": "xaringanthemer",
+      "Version": "0.4.2",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "colorspace",
+        "glue",
+        "methods",
+        "purrr",
+        "utils",
+        "whisker"
+      ],
+      "Hash": "65ea1016710fa4058b9d5d330f3f24f6"
+    },
+    "xfun": {
+      "Package": "xfun",
+      "Version": "0.42",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "grDevices",
+        "stats",
+        "tools"
+      ],
+      "Hash": "fd1349170df31f7a10bd98b0189e85af"
+    },
+    "xml2": {
+      "Package": "xml2",
+      "Version": "1.3.6",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "cli",
+        "methods",
+        "rlang"
+      ],
+      "Hash": "1d0336142f4cd25d8d23cd3ba7a8fb61"
+    },
+    "xopen": {
+      "Package": "xopen",
+      "Version": "1.0.0",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "processx"
+      ],
+      "Hash": "6c85f015dee9cc7710ddd20f86881f58"
+    },
+    "xtable": {
+      "Package": "xtable",
+      "Version": "1.8-4",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Requirements": [
+        "R",
+        "stats",
+        "utils"
+      ],
+      "Hash": "b8acdf8af494d9ec19ccb2481a9b11c2"
+    },
+    "yaml": {
+      "Package": "yaml",
+      "Version": "2.3.8",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Hash": "29240487a071f535f5e5d5a323b7afbd"
+    },
+    "zip": {
+      "Package": "zip",
+      "Version": "2.3.1",
+      "Source": "Repository",
+      "Repository": "CRAN",
+      "Hash": "fcc4bd8e6da2d2011eb64a5e5cc685ab"
+    }
+  }
+}
diff --git a/renv/activate.R b/renv/activate.R
index 72c0818..d98ed73 100644
--- a/renv/activate.R
+++ b/renv/activate.R
@@ -2,11 +2,27 @@
 local({
 
   # the requested version of renv
-  version <- "0.15.5"
+  version <- "1.0.4"
+  attr(version, "sha") <- NULL
 
   # the project directory
   project <- getwd()
 
+  # use start-up diagnostics if enabled
+  diagnostics <- Sys.getenv("RENV_STARTUP_DIAGNOSTICS", unset = "FALSE")
+  if (diagnostics) {
+    start <- Sys.time()
+    profile <- tempfile("renv-startup-", fileext = ".Rprof")
+    utils::Rprof(profile)
+    on.exit({
+      utils::Rprof(NULL)
+      elapsed <- signif(difftime(Sys.time(), start, units = "auto"), digits = 2L)
+      writeLines(sprintf("- renv took %s to run the autoloader.", format(elapsed)))
+      writeLines(sprintf("- Profile: %s", profile))
+      print(utils::summaryRprof(profile))
+    }, add = TRUE)
+  }
+
   # figure out whether the autoloader is enabled
   enabled <- local({
 
@@ -15,6 +31,14 @@ local({
     if (!is.null(override))
       return(override)
 
+    # if we're being run in a context where R_LIBS is already set,
+    # don't load -- presumably we're being run as a sub-process and
+    # the parent process has already set up library paths for us
+    rcmd <- Sys.getenv("R_CMD", unset = NA)
+    rlibs <- Sys.getenv("R_LIBS", unset = NA)
+    if (!is.na(rlibs) && !is.na(rcmd))
+      return(FALSE)
+
     # next, check environment variables
     # TODO: prefer using the configuration one in the future
     envvars <- c(
@@ -34,9 +58,22 @@ local({
 
   })
 
-  if (!enabled)
+  # bail if we're not enabled
+  if (!enabled) {
+
+    # if we're not enabled, we might still need to manually load
+    # the user profile here
+    profile <- Sys.getenv("R_PROFILE_USER", unset = "~/.Rprofile")
+    if (file.exists(profile)) {
+      cfg <- Sys.getenv("RENV_CONFIG_USER_PROFILE", unset = "TRUE")
+      if (tolower(cfg) %in% c("true", "t", "1"))
+        sys.source(profile, envir = globalenv())
+    }
+
     return(FALSE)
 
+  }
+
   # avoid recursion
   if (identical(getOption("renv.autoloader.running"), TRUE)) {
     warning("ignoring recursive attempt to run renv autoloader")
@@ -60,21 +97,75 @@ local({
 
   # load bootstrap tools   
   `%||%` <- function(x, y) {
-    if (is.environment(x) || length(x)) x else y
+    if (is.null(x)) y else x
+  }
+  
+  catf <- function(fmt, ..., appendLF = TRUE) {
+  
+    quiet <- getOption("renv.bootstrap.quiet", default = FALSE)
+    if (quiet)
+      return(invisible())
+  
+    msg <- sprintf(fmt, ...)
+    cat(msg, file = stdout(), sep = if (appendLF) "\n" else "")
+  
+    invisible(msg)
+  
+  }
+  
+  header <- function(label,
+                     ...,
+                     prefix = "#",
+                     suffix = "-",
+                     n = min(getOption("width"), 78))
+  {
+    label <- sprintf(label, ...)
+    n <- max(n - nchar(label) - nchar(prefix) - 2L, 8L)
+    if (n <= 0)
+      return(paste(prefix, label))
+  
+    tail <- paste(rep.int(suffix, n), collapse = "")
+    paste0(prefix, " ", label, " ", tail)
+  
+  }
+  
+  startswith <- function(string, prefix) {
+    substring(string, 1, nchar(prefix)) == prefix
   }
   
   bootstrap <- function(version, library) {
   
+    friendly <- renv_bootstrap_version_friendly(version)
+    section <- header(sprintf("Bootstrapping renv %s", friendly))
+    catf(section)
+  
     # attempt to download renv
-    tarball <- tryCatch(renv_bootstrap_download(version), error = identity)
-    if (inherits(tarball, "error"))
-      stop("failed to download renv ", version)
+    catf("- Downloading renv ... ", appendLF = FALSE)
+    withCallingHandlers(
+      tarball <- renv_bootstrap_download(version),
+      error = function(err) {
+        catf("FAILED")
+        stop("failed to download:\n", conditionMessage(err))
+      }
+    )
+    catf("OK")
+    on.exit(unlink(tarball), add = TRUE)
   
     # now attempt to install
-    status <- tryCatch(renv_bootstrap_install(version, tarball, library), error = identity)
-    if (inherits(status, "error"))
-      stop("failed to install renv ", version)
+    catf("- Installing renv  ... ", appendLF = FALSE)
+    withCallingHandlers(
+      status <- renv_bootstrap_install(version, tarball, library),
+      error = function(err) {
+        catf("FAILED")
+        stop("failed to install:\n", conditionMessage(err))
+      }
+    )
+    catf("OK")
+  
+    # add empty line to break up bootstrapping from normal output
+    catf("")
   
+    return(invisible())
   }
   
   renv_bootstrap_tests_running <- function() {
@@ -83,28 +174,32 @@ local({
   
   renv_bootstrap_repos <- function() {
   
+    # get CRAN repository
+    cran <- getOption("renv.repos.cran", "https://cloud.r-project.org")
+  
     # check for repos override
     repos <- Sys.getenv("RENV_CONFIG_REPOS_OVERRIDE", unset = NA)
-    if (!is.na(repos))
+    if (!is.na(repos)) {
+  
+      # check for RSPM; if set, use a fallback repository for renv
+      rspm <- Sys.getenv("RSPM", unset = NA)
+      if (identical(rspm, repos))
+        repos <- c(RSPM = rspm, CRAN = cran)
+  
       return(repos)
   
+    }
+  
     # check for lockfile repositories
     repos <- tryCatch(renv_bootstrap_repos_lockfile(), error = identity)
     if (!inherits(repos, "error") && length(repos))
       return(repos)
   
-    # if we're testing, re-use the test repositories
-    if (renv_bootstrap_tests_running())
-      return(getOption("renv.tests.repos"))
-  
     # retrieve current repos
     repos <- getOption("repos")
   
     # ensure @CRAN@ entries are resolved
-    repos[repos == "@CRAN@"] <- getOption(
-      "renv.repos.cran",
-      "https://cloud.r-project.org"
-    )
+    repos[repos == "@CRAN@"] <- cran
   
     # add in renv.bootstrap.repos if set
     default <- c(FALLBACK = "https://cloud.r-project.org")
@@ -143,33 +238,34 @@ local({
   
   renv_bootstrap_download <- function(version) {
   
-    # if the renv version number has 4 components, assume it must
-    # be retrieved via github
-    nv <- numeric_version(version)
-    components <- unclass(nv)[[1]]
-  
-    # if this appears to be a development version of 'renv', we'll
-    # try to restore from github
-    dev <- length(components) == 4L
-  
-    # begin collecting different methods for finding renv
-    methods <- c(
-      renv_bootstrap_download_tarball,
-      if (dev)
-        renv_bootstrap_download_github
-      else c(
-        renv_bootstrap_download_cran_latest,
-        renv_bootstrap_download_cran_archive
+    sha <- attr(version, "sha", exact = TRUE)
+  
+    methods <- if (!is.null(sha)) {
+  
+      # attempting to bootstrap a development version of renv
+      c(
+        function() renv_bootstrap_download_tarball(sha),
+        function() renv_bootstrap_download_github(sha)
+      )
+  
+    } else {
+  
+      # attempting to bootstrap a release version of renv
+      c(
+        function() renv_bootstrap_download_tarball(version),
+        function() renv_bootstrap_download_cran_latest(version),
+        function() renv_bootstrap_download_cran_archive(version)
       )
-    )
+  
+    }
   
     for (method in methods) {
-      path <- tryCatch(method(version), error = identity)
+      path <- tryCatch(method(), error = identity)
       if (is.character(path) && file.exists(path))
         return(path)
     }
   
-    stop("failed to download renv ", version)
+    stop("All download methods failed")
   
   }
   
@@ -185,43 +281,75 @@ local({
     if (fixup)
       mode <- "w+b"
   
-    utils::download.file(
+    args <- list(
       url      = url,
       destfile = destfile,
       mode     = mode,
       quiet    = TRUE
     )
   
+    if ("headers" %in% names(formals(utils::download.file)))
+      args$headers <- renv_bootstrap_download_custom_headers(url)
+  
+    do.call(utils::download.file, args)
+  
   }
   
-  renv_bootstrap_download_cran_latest <- function(version) {
+  renv_bootstrap_download_custom_headers <- function(url) {
   
-    spec <- renv_bootstrap_download_cran_latest_find(version)
+    headers <- getOption("renv.download.headers")
+    if (is.null(headers))
+      return(character())
+  
+    if (!is.function(headers))
+      stopf("'renv.download.headers' is not a function")
+  
+    headers <- headers(url)
+    if (length(headers) == 0L)
+      return(character())
+  
+    if (is.list(headers))
+      headers <- unlist(headers, recursive = FALSE, use.names = TRUE)
+  
+    ok <-
+      is.character(headers) &&
+      is.character(names(headers)) &&
+      all(nzchar(names(headers)))
+  
+    if (!ok)
+      stop("invocation of 'renv.download.headers' did not return a named character vector")
+  
+    headers
   
-    message("* Downloading renv ", version, " ... ", appendLF = FALSE)
+  }
+  
+  renv_bootstrap_download_cran_latest <- function(version) {
   
+    spec <- renv_bootstrap_download_cran_latest_find(version)
     type  <- spec$type
     repos <- spec$repos
   
-    info <- tryCatch(
-      utils::download.packages(
-        pkgs    = "renv",
-        destdir = tempdir(),
-        repos   = repos,
-        type    = type,
-        quiet   = TRUE
-      ),
+    baseurl <- utils::contrib.url(repos = repos, type = type)
+    ext <- if (identical(type, "source"))
+      ".tar.gz"
+    else if (Sys.info()[["sysname"]] == "Windows")
+      ".zip"
+    else
+      ".tgz"
+    name <- sprintf("renv_%s%s", version, ext)
+    url <- paste(baseurl, name, sep = "/")
+  
+    destfile <- file.path(tempdir(), name)
+    status <- tryCatch(
+      renv_bootstrap_download_impl(url, destfile),
       condition = identity
     )
   
-    if (inherits(info, "condition")) {
-      message("FAILED")
+    if (inherits(status, "condition"))
       return(FALSE)
-    }
   
     # report success and return
-    message("OK (downloaded ", type, ")")
-    info[1, 2]
+    destfile
   
   }
   
@@ -277,8 +405,6 @@ local({
     urls <- file.path(repos, "src/contrib/Archive/renv", name)
     destfile <- file.path(tempdir(), name)
   
-    message("* Downloading renv ", version, " ... ", appendLF = FALSE)
-  
     for (url in urls) {
   
       status <- tryCatch(
@@ -286,14 +412,11 @@ local({
         condition = identity
       )
   
-      if (identical(status, 0L)) {
-        message("OK")
+      if (identical(status, 0L))
         return(destfile)
-      }
   
     }
   
-    message("FAILED")
     return(FALSE)
   
   }
@@ -307,8 +430,7 @@ local({
       return()
   
     # allow directories
-    info <- file.info(tarball, extra_cols = FALSE)
-    if (identical(info$isdir, TRUE)) {
+    if (dir.exists(tarball)) {
       name <- sprintf("renv_%s.tar.gz", version)
       tarball <- file.path(tarball, name)
     }
@@ -317,7 +439,7 @@ local({
     if (!file.exists(tarball)) {
   
       # let the user know we weren't able to honour their request
-      fmt <- "* RENV_BOOTSTRAP_TARBALL is set (%s) but does not exist."
+      fmt <- "- RENV_BOOTSTRAP_TARBALL is set (%s) but does not exist."
       msg <- sprintf(fmt, tarball)
       warning(msg)
   
@@ -326,10 +448,7 @@ local({
   
     }
   
-    fmt <- "* Bootstrapping with tarball at path '%s'."
-    msg <- sprintf(fmt, tarball)
-    message(msg)
-  
+    catf("- Using local tarball '%s'.", tarball)
     tarball
   
   }
@@ -356,8 +475,6 @@ local({
       on.exit(do.call(base::options, saved), add = TRUE)
     }
   
-    message("* Downloading renv ", version, " from GitHub ... ", appendLF = FALSE)
-  
     url <- file.path("https://api.github.com/repos/rstudio/renv/tarball", version)
     name <- sprintf("renv_%s.tar.gz", version)
     destfile <- file.path(tempdir(), name)
@@ -367,26 +484,105 @@ local({
       condition = identity
     )
   
-    if (!identical(status, 0L)) {
-      message("FAILED")
+    if (!identical(status, 0L))
       return(FALSE)
-    }
   
-    message("OK")
+    renv_bootstrap_download_augment(destfile)
+  
     return(destfile)
   
   }
   
+  # Add Sha to DESCRIPTION. This is stop gap until #890, after which we
+  # can use renv::install() to fully capture metadata.
+  renv_bootstrap_download_augment <- function(destfile) {
+    sha <- renv_bootstrap_git_extract_sha1_tar(destfile)
+    if (is.null(sha)) {
+      return()
+    }
+  
+    # Untar
+    tempdir <- tempfile("renv-github-")
+    on.exit(unlink(tempdir, recursive = TRUE), add = TRUE)
+    untar(destfile, exdir = tempdir)
+    pkgdir <- dir(tempdir, full.names = TRUE)[[1]]
+  
+    # Modify description
+    desc_path <- file.path(pkgdir, "DESCRIPTION")
+    desc_lines <- readLines(desc_path)
+    remotes_fields <- c(
+      "RemoteType: github",
+      "RemoteHost: api.github.com",
+      "RemoteRepo: renv",
+      "RemoteUsername: rstudio",
+      "RemotePkgRef: rstudio/renv",
+      paste("RemoteRef: ", sha),
+      paste("RemoteSha: ", sha)
+    )
+    writeLines(c(desc_lines[desc_lines != ""], remotes_fields), con = desc_path)
+  
+    # Re-tar
+    local({
+      old <- setwd(tempdir)
+      on.exit(setwd(old), add = TRUE)
+  
+      tar(destfile, compression = "gzip")
+    })
+    invisible()
+  }
+  
+  # Extract the commit hash from a git archive. Git archives include the SHA1
+  # hash as the comment field of the tarball pax extended header
+  # (see https://www.kernel.org/pub/software/scm/git/docs/git-archive.html)
+  # For GitHub archives this should be the first header after the default one
+  # (512 byte) header.
+  renv_bootstrap_git_extract_sha1_tar <- function(bundle) {
+  
+    # open the bundle for reading
+    # We use gzcon for everything because (from ?gzcon)
+    # > Reading from a connection which does not supply a 'gzip' magic
+    # > header is equivalent to reading from the original connection
+    conn <- gzcon(file(bundle, open = "rb", raw = TRUE))
+    on.exit(close(conn))
+  
+    # The default pax header is 512 bytes long and the first pax extended header
+    # with the comment should be 51 bytes long
+    # `52 comment=` (11 chars) + 40 byte SHA1 hash
+    len <- 0x200 + 0x33
+    res <- rawToChar(readBin(conn, "raw", n = len)[0x201:len])
+  
+    if (grepl("^52 comment=", res)) {
+      sub("52 comment=", "", res)
+    } else {
+      NULL
+    }
+  }
+  
   renv_bootstrap_install <- function(version, tarball, library) {
   
     # attempt to install it into project library
-    message("* Installing renv ", version, " ... ", appendLF = FALSE)
     dir.create(library, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
+    output <- renv_bootstrap_install_impl(library, tarball)
+  
+    # check for successful install
+    status <- attr(output, "status")
+    if (is.null(status) || identical(status, 0L))
+      return(status)
+  
+    # an error occurred; report it
+    header <- "installation of renv failed"
+    lines <- paste(rep.int("=", nchar(header)), collapse = "")
+    text <- paste(c(header, lines, output), collapse = "\n")
+    stop(text)
+  
+  }
+  
+  renv_bootstrap_install_impl <- function(library, tarball) {
   
     # invoke using system2 so we can capture and report output
     bin <- R.home("bin")
     exe <- if (Sys.info()[["sysname"]] == "Windows") "R.exe" else "R"
-    r <- file.path(bin, exe)
+    R <- file.path(bin, exe)
   
     args <- c(
       "--vanilla", "CMD", "INSTALL", "--no-multiarch",
@@ -394,19 +590,7 @@ local({
       shQuote(path.expand(tarball))
     )
   
-    output <- system2(r, args, stdout = TRUE, stderr = TRUE)
-    message("Done!")
-  
-    # check for successful install
-    status <- attr(output, "status")
-    if (is.numeric(status) && !identical(status, 0L)) {
-      header <- "Error installing renv:"
-      lines <- paste(rep.int("=", nchar(header)), collapse = "")
-      text <- c(header, lines, output)
-      writeLines(text, con = stderr())
-    }
-  
-    status
+    system2(R, args, stdout = TRUE, stderr = TRUE)
   
   }
   
@@ -616,34 +800,62 @@ local({
   
   }
   
-  renv_bootstrap_validate_version <- function(version) {
+  renv_bootstrap_validate_version <- function(version, description = NULL) {
   
-    loadedversion <- utils::packageDescription("renv", fields = "Version")
-    if (version == loadedversion)
-      return(TRUE)
+    # resolve description file
+    #
+    # avoid passing lib.loc to `packageDescription()` below, since R will
+    # use the loaded version of the package by default anyhow. note that
+    # this function should only be called after 'renv' is loaded
+    # https://github.com/rstudio/renv/issues/1625
+    description <- description %||% packageDescription("renv")
   
-    # assume four-component versions are from GitHub; three-component
-    # versions are from CRAN
-    components <- strsplit(loadedversion, "[.-]")[[1]]
-    remote <- if (length(components) == 4L)
-      paste("rstudio/renv", loadedversion, sep = "@")
+    # check whether requested version 'version' matches loaded version of renv
+    sha <- attr(version, "sha", exact = TRUE)
+    valid <- if (!is.null(sha))
+      renv_bootstrap_validate_version_dev(sha, description)
     else
-      paste("renv", loadedversion, sep = "@")
+      renv_bootstrap_validate_version_release(version, description)
+  
+    if (valid)
+      return(TRUE)
+  
+    # the loaded version of renv doesn't match the requested version;
+    # give the user instructions on how to proceed
+    remote <- if (!is.null(description[["RemoteSha"]])) {
+      paste("rstudio/renv", description[["RemoteSha"]], sep = "@")
+    } else {
+      paste("renv", description[["Version"]], sep = "@")
+    }
+  
+    # display both loaded version + sha if available
+    friendly <- renv_bootstrap_version_friendly(
+      version = description[["Version"]],
+      sha     = description[["RemoteSha"]]
+    )
   
     fmt <- paste(
       "renv %1$s was loaded from project library, but this project is configured to use renv %2$s.",
-      "Use `renv::record(\"%3$s\")` to record renv %1$s in the lockfile.",
-      "Use `renv::restore(packages = \"renv\")` to install renv %2$s into the project library.",
+      "- Use `renv::record(\"%3$s\")` to record renv %1$s in the lockfile.",
+      "- Use `renv::restore(packages = \"renv\")` to install renv %2$s into the project library.",
       sep = "\n"
     )
-  
-    msg <- sprintf(fmt, loadedversion, version, remote)
-    warning(msg, call. = FALSE)
+    catf(fmt, friendly, renv_bootstrap_version_friendly(version), remote)
   
     FALSE
   
   }
   
+  renv_bootstrap_validate_version_dev <- function(version, description) {
+    expected <- description[["RemoteSha"]]
+    is.character(expected) && startswith(expected, version)
+  }
+  
+  renv_bootstrap_validate_version_release <- function(version, description) {
+    expected <- description[["Version"]]
+    is.character(expected) && identical(expected, version)
+  }
+  
   renv_bootstrap_hash_text <- function(text) {
   
     hashfile <- tempfile("renv-hash-")
@@ -663,6 +875,12 @@ local({
     # warn if the version of renv loaded does not match
     renv_bootstrap_validate_version(version)
   
+    # execute renv load hooks, if any
+    hooks <- getHook("renv::autoload")
+    for (hook in hooks)
+      if (is.function(hook))
+        tryCatch(hook(), error = warnify)
+  
     # load the project
     renv::load(project)
   
@@ -678,7 +896,7 @@ local({
       return(profile)
   
     # check for a profile file (nothing to do if it doesn't exist)
-    path <- renv_bootstrap_paths_renv("profile", profile = FALSE)
+    path <- renv_bootstrap_paths_renv("profile", profile = FALSE, project = project)
     if (!file.exists(path))
       return(NULL)
   
@@ -802,12 +1020,78 @@ local({
   
   }
   
+  renv_bootstrap_version_friendly <- function(version, shafmt = NULL, sha = NULL) {
+    sha <- sha %||% attr(version, "sha", exact = TRUE)
+    parts <- c(version, sprintf(shafmt %||% " [sha: %s]", substring(sha, 1L, 7L)))
+    paste(parts, collapse = "")
+  }
+  
+  renv_bootstrap_exec <- function(project, libpath, version) {
+    if (!renv_bootstrap_load(project, libpath, version))
+      renv_bootstrap_run(version, libpath)
+  }
+  
+  renv_bootstrap_run <- function(version, libpath) {
+  
+    # perform bootstrap
+    bootstrap(version, libpath)
+  
+    # exit early if we're just testing bootstrap
+    if (!is.na(Sys.getenv("RENV_BOOTSTRAP_INSTALL_ONLY", unset = NA)))
+      return(TRUE)
+  
+    # try again to load
+    if (requireNamespace("renv", lib.loc = libpath, quietly = TRUE)) {
+      return(renv::load(project = getwd()))
+    }
+  
+    # failed to download or load renv; warn the user
+    msg <- c(
+      "Failed to find an renv installation: the project will not be loaded.",
+      "Use `renv::activate()` to re-initialize the project."
+    )
+  
+    warning(paste(msg, collapse = "\n"), call. = FALSE)
+  
+  }
   
   renv_json_read <- function(file = NULL, text = NULL) {
   
-    text <- paste(text %||% read(file), collapse = "\n")
+    jlerr <- NULL
+  
+    # if jsonlite is loaded, use that instead
+    if ("jsonlite" %in% loadedNamespaces()) {
+  
+      json <- tryCatch(renv_json_read_jsonlite(file, text), error = identity)
+      if (!inherits(json, "error"))
+        return(json)
+  
+      jlerr <- json
+  
+    }
+  
+    # otherwise, fall back to the default JSON reader
+    json <- tryCatch(renv_json_read_default(file, text), error = identity)
+    if (!inherits(json, "error"))
+      return(json)
+  
+    # report an error
+    if (!is.null(jlerr))
+      stop(jlerr)
+    else
+      stop(json)
+  
+  }
+  
+  renv_json_read_jsonlite <- function(file = NULL, text = NULL) {
+    text <- paste(text %||% readLines(file, warn = FALSE), collapse = "\n")
+    jsonlite::fromJSON(txt = text, simplifyVector = FALSE)
+  }
+  
+  renv_json_read_default <- function(file = NULL, text = NULL) {
   
     # find strings in the JSON
+    text <- paste(text %||% readLines(file, warn = FALSE), collapse = "\n")
     pattern <- '["](?:(?:\\\\.)|(?:[^"\\\\]))*?["]'
     locs <- gregexpr(pattern, text, perl = TRUE)[[1]]
   
@@ -838,8 +1122,9 @@ local({
   
     # transform the JSON into something the R parser understands
     transformed <- replaced
-    transformed <- gsub("[[{]", "list(", transformed)
-    transformed <- gsub("[]}]", ")", transformed)
+    transformed <- gsub("{}", "`names<-`(list(), character())", transformed, fixed = TRUE)
+    transformed <- gsub("[[{]", "list(", transformed, perl = TRUE)
+    transformed <- gsub("[]}]", ")", transformed, perl = TRUE)
     transformed <- gsub(":", "=", transformed, fixed = TRUE)
     text <- paste(transformed, collapse = "\n")
   
@@ -854,14 +1139,14 @@ local({
     map <- as.list(map)
   
     # remap strings in object
-    remapped <- renv_json_remap(json, map)
+    remapped <- renv_json_read_remap(json, map)
   
     # evaluate
     eval(remapped, envir = baseenv())
   
   }
   
-  renv_json_remap <- function(json, map) {
+  renv_json_read_remap <- function(json, map) {
   
     # fix names
     if (!is.null(names(json))) {
@@ -888,7 +1173,7 @@ local({
     # recurse
     if (is.recursive(json)) {
       for (i in seq_along(json)) {
-        json[i] <- list(renv_json_remap(json[[i]], map))
+        json[i] <- list(renv_json_read_remap(json[[i]], map))
       }
     }
   
@@ -908,35 +1193,9 @@ local({
   # construct full libpath
   libpath <- file.path(root, prefix)
 
-  # attempt to load
-  if (renv_bootstrap_load(project, libpath, version))
-    return(TRUE)
-
-  # load failed; inform user we're about to bootstrap
-  prefix <- paste("# Bootstrapping renv", version)
-  postfix <- paste(rep.int("-", 77L - nchar(prefix)), collapse = "")
-  header <- paste(prefix, postfix)
-  message(header)
-
-  # perform bootstrap
-  bootstrap(version, libpath)
-
-  # exit early if we're just testing bootstrap
-  if (!is.na(Sys.getenv("RENV_BOOTSTRAP_INSTALL_ONLY", unset = NA)))
-    return(TRUE)
-
-  # try again to load
-  if (requireNamespace("renv", lib.loc = libpath, quietly = TRUE)) {
-    message("* Successfully installed and loaded renv ", version, ".")
-    return(renv::load())
-  }
-
-  # failed to download or load renv; warn the user
-  msg <- c(
-    "Failed to find an renv installation: the project will not be loaded.",
-    "Use `renv::activate()` to re-initialize the project."
-  )
+  # run bootstrap code
+  renv_bootstrap_exec(project, libpath, version)
 
-  warning(paste(msg, collapse = "\n"), call. = FALSE)
+  invisible()
 
 })
diff --git a/tests/testthat/example.vcf b/tests/testthat/example.vcf
new file mode 100644
index 0000000..bb5ef35
--- /dev/null
+++ b/tests/testthat/example.vcf
@@ -0,0 +1,866 @@
+##fileformat=VCFv4.2
+##fileDate=20220623
+##source=SLiM
+##slimGenomePedigreeIDs=153407414,153407415,153407908,153407909,153408584,153408585,153408692,153408693,153409406,153409407,153407734,153407735,153407786,153407787,153407366,153407367,153407378,153407379,153407372,153407373,153409210,153409211,153409212,153409213,153408750,153408751,153407938,153407939,153409200,153409201,153407664,153407665,153408730,153408731,153408226,153408227,153409254,153409255,153407812,153407813,153407722,153407723,153407452,153407453,153409292,153409293,153408230,153408231,153409240,153409241,153407978,153407979,153408926,153408927,153408708,153408709,153407498,153407499,153407504,153407505,153408258,153408259,153408938,153408939,153407250,153407251,153408322,153408323,153407876,153407877,153407330,153407331,153409080,153409081,153407816,153407817,153407570,153407571,153408520,153408521,153408474,153408475,153407528,153407529,153408888,153408889,153408666,153408667,153408178,153408179,153409110,153409111,153408842,153408843,153407370,153407371,153407312,153407313,153409294,153409295,153409116,153409117,153407968,153407969,153409068,153409069,153408284,153408285,153407300,153407301,153407890,153407891,153408128,153408129,153409140,153409141,153407724,153407725,153408426,153408427,153408802,153408803,153407718,153407719,153409350,153409351,153409334,153409335,153407732,153407733,153409318,153409319,153408646,153408647,153408234,153408235,153409042,153409043,153408044,153408045,153408968,153408969,153409402,153409403,153408216,153408217,153407804,153407805,153408376,153408377,153408416,153408417,153408868,153408869,153408430,153408431,153409372,153409373,153408124,153408125,153407406,153407407,153408790,153408791,153409128,153409129,153408300,153408301,153408250,153408251,153408600,153408601,153409344,153409345,153408362,153408363,153408460,153408461,153409422,153409423,153409024,153409025,153408676,153408677,153409108,153409109,153409438,153409439,153408148,153408149,153409310,153409311,153407462,153407463,153409392,153409393,153409034,153409035,153408166,153408167,153407768,153407769,153408462,153408463,153407694,153407695,153408394,153408395,153408168,153408169,153407326,153407327,153408254,153408255,153407226,153407227,153410570,153410571,153412562,153412563,153411340,153411341,153411386,153411387,153412420,153412421,153411864,153411865,153412526,153412527,153412354,153412355,153412712,153412713,153412866,153412867,153409658,153409659
+##INFO=<ID=MID,Number=.,Type=Integer,Description="Mutation ID in SLiM">
+##INFO=<ID=S,Number=.,Type=Float,Description="Selection Coefficient">
+##INFO=<ID=DOM,Number=.,Type=Float,Description="Dominance">
+##INFO=<ID=PO,Number=.,Type=Integer,Description="Population of Origin">
+##INFO=<ID=GO,Number=.,Type=Integer,Description="Generation of Origin">
+##INFO=<ID=MT,Number=.,Type=Integer,Description="Mutation Type">
+##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele Count">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
+##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele">
+##INFO=<ID=NONNUC,Number=0,Type=Flag,Description="Non-nucleotide-based">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
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+1	29669	.	G	T	1000	PASS	MID=1378633;S=0;DOM=0.5;PO=2;GO=23920;MT=1;AC=1;DP=1000;AA=G	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
+1	29686	.	C	G	1000	PASS	MID=140905;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=1978;MT=1;AC=236;DP=1000;AA=C	GT	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	1|1	0|0
+1	29727	.	G	T	1000	PASS	MID=341343;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=4778;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=G	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	1|1
+1	29734	.	A	T	1000	PASS	MID=1335051;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=23012;MT=1;AC=53;DP=1000;AA=A	GT	0|0	0|1	0|0	0|0	1|1	0|0	0|1	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	1|0	0|0	1|0	0|0	0|1	0|0	1|0	0|0	0|1	1|1	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|1	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|1	1|1	0|1	0|0	1|1	0|0	0|1	0|0	1|0	1|0	0|1	0|1	0|0	0|0	0|1	1|0	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|1	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	1|0	1|1	0|0	0|0	0|1	1|1	0|1	1|0	0|0	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	1|1	0|1	1|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
+1	29761	.	T	C	1000	PASS	MID=836084;S=0;DOM=0.5;PO=1;GO=10221;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=T	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	1|1
+1	29795	.	A	T	1000	PASS	MID=1376811;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=23886;MT=1;AC=1;DP=1000;AA=A	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
+1	29915	.	C	A	1000	PASS	MID=741044;S=0;DOM=0.5;PO=1;GO=9225;MT=1;AC=2;DP=1000;AA=C	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	1|1
+1	29992	.	G	T	1000	PASS	MID=1371340;S=0;DOM=0.5;PO=0;GO=23788;MT=1;AC=11;DP=1000;AA=G	GT	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	1|0	0|0	0|1	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
diff --git a/tests/testthat/ncd1_input.rda b/tests/testthat/ncd1_input.rda
new file mode 100644
index 0000000..2923137
Binary files /dev/null and b/tests/testthat/ncd1_input.rda differ
diff --git a/tests/testthat/test-ncd1.R b/tests/testthat/test-ncd1.R
new file mode 100644
index 0000000..a2e08cc
--- /dev/null
+++ b/tests/testthat/test-ncd1.R
@@ -0,0 +1,39 @@
+# testthat::test_that("ncd1 works with valid input", {
+#         parsed_vcf <-  parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1")
+#         expect_silent(ncd1(x = parsed_vcf, tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2))
+# })
+
+
+test_that("ncd1 fails with invalid input", {
+        expect_error(ncd1(x = "not a data.table", tf = 0.5, w = 3000, ncores = 2, minIS = 2))
+})
+
+test_that("parse_vcf correctly parses a VCF file", {
+        result <- parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1")
+        expect_is(result, "data.table")
+})
+
+
+
+testthat::test_that( "ncd correctly calculates ncd1",{
+        x = ncd1_input
+        tf = 0.5
+        w = 3000
+        x[, AF := tx_1 / tn_1] #allele relative frequency
+        x[, ID := seq_along(CHR)]
+        w1 <- w / 2
+        polpos <-
+                x[AF != 1 & AF != 0]$ID #select positions that are polymorphic
+        x[, SNP := ifelse(ID %in% polpos, T, F)] #logical: True if SNP, False if not.
+        x[, MAF := ifelse(AF > 0.5, 1 - AF, AF)]
+        res_0<-x[x$POS >= x$POS[1] & x$POS <= x$POS[1] + w][SNP==T]
+        res_1<-unique(res_0[,.(S = sum(SNP),
+                               IS = sum(SNP),
+                               tf = tf)])
+        res_2<-res_0[, .(temp2 = sum((MAF - tf) ^ 2))]
+        res_3 <- cbind(res_1, res_2)
+        expected_ncd1<-res_3[, ncd1:=sqrt((temp2)/IS)][,temp2:=NULL]
+        calc_ncd1<-ncd1(ncd1_input)
+        expect_equal(calc_ncd1$ncd1[1], expected_ncd1$ncd1)
+})
+
diff --git a/tests/testthat/test-parse_vcf.R b/tests/testthat/test-parse_vcf.R
new file mode 100644
index 0000000..7f5d1ce
--- /dev/null
+++ b/tests/testthat/test-parse_vcf.R
@@ -0,0 +1,46 @@
+test_that("Test error is thrown when file doesn't exist", {
+        expect_error(parse_vcf(infile = "filethatdoesnotexist.vcf", n0 = 108, n1 = 1, type = "ncd2"),
+                     "VCF file filethatdoesnotexist.vcf does not exist.")
+})
+
+
+testthat::test_that("parse_vcf handles invalid inputs", {
+        expect_error(parse_vcf(infile = "non-existent-file", n0 = 108, type = "ncd1"))
+        expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = 108, type = "invalid_type"))
+        expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = 108, type = "ncd2"))
+        expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = a, type = "ncd1"))
+        expect_error(parse_vcf(infile = "testvcf", n0 = a, n1 = NULL, type = "ncd2"))
+})
+
+
+
+testthat::test_that("parse_vcf returns a data table", {
+        parsed_vcf <-  parse_vcf(infile = "example.vcf", n0 = 108, type = "ncd1")
+        expect_s3_class(parsed_vcf, "data.table")
+})
+
+
+
+testthat::test_that("parse_vcf calls .vcf_ncd2 correctly for type = 'ncd2'", {
+        result <- parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, n1=2, type = "ncd2")
+        expect_s3_class(result, "data.table")
+        expected_columns <- c("CHR", "POS", "REF", "ALT", "tx_1", "tn_1", "tx_2", "tn_2")
+        expect_equal(colnames(result), expected_columns)
+
+
+})
+
+testthat::test_that("parse_vcf calls .vcf_ncd1 correctly for type = 'ncd1'", {
+        result <- parse_vcf(infile = system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0 = 108, type = "ncd1")
+        expect_s3_class(result, "data.table")
+        expected_columns <- c("CHR", "POS", "REF", "ALT", "tx_1", "tn_1")
+        expect_equal(colnames(result), expected_columns)
+
+
+})
+
+
+testthat::test_that("parse_vcf correctly produces ncd1 imput", {
+        expected_output<-parse_vcf(infile=system.file(package="balselr", "example.vcf"), n0=108, type="ncd1")
+        expect_equal(ncd1_input, expected_output)
+})
diff --git a/tests/testthat/test-read_vcf.R b/tests/testthat/test-read_vcf.R
new file mode 100644
index 0000000..2c1487a
--- /dev/null
+++ b/tests/testthat/test-read_vcf.R
@@ -0,0 +1,10 @@
+testthat::test_that("output is a data table", {
+        readinvcf <-  read_vcf(x="example.vcf")
+        expect_s3_class(readinvcf, "data.table")
+})
+
+testthat::test_that("read_vcf correctly renames column", {
+        result <- read_vcf(x="example.vcf")
+        expect_true("CHR" %in% colnames(result))
+})
+
diff --git a/tests/testthat/test-utils.R b/tests/testthat/test-utils.R
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R b/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R
new file mode 100644
index 0000000..e0cfc0a
--- /dev/null
+++ b/tests/testthat/test-vcf_ncd2.R
@@ -0,0 +1,3 @@
+# testthat::test_that("vcf_ncd2 correctly filters first two columns", {
+#         expect_that(nind, length = 2)
+# })
diff --git a/tests/testthat/test_vcf.rda b/tests/testthat/test_vcf.rda
new file mode 100644
index 0000000..c31b4f5
Binary files /dev/null and b/tests/testthat/test_vcf.rda differ
diff --git a/tutorial.Rmd b/tutorial.Rmd
new file mode 100644
index 0000000..551b60a
--- /dev/null
+++ b/tutorial.Rmd
@@ -0,0 +1,241 @@
+---
+title: "Tutorial"
+output:
+  xaringan::moon_reader:
+    seal: false
+    transition: slide
+    css: xaringan-themer.css
+    lib_dir: libs
+    nature:
+      highlightStyle: github
+      highlightLines: true
+      countIncrementalSlides: false
+      ratio: 16:9
+header-includes:
+  \usepackage{fvextra}
+  \DefineVerbatimEnvironment{Highlighting}{Verbatim}{breaklines,commandchars=\\\{\}}  
+---
+```{r setup, include=FALSE}
+library(knitr)
+options(htmltools.dir.version = FALSE)
+knitr::opts_chunk$set(
+  fig.width=9, fig.height=4, fig.retina=4,
+  out.width = "100%",
+  cache = FALSE,
+  echo = TRUE,
+  message = FALSE, 
+  warning = FALSE,
+  hiline = TRUE
+)
+```
+
+```{r xaringan-themer, include=FALSE, warning=FALSE}
+library(xaringan)
+library(xaringanthemer)
+style_duo_accent(primary_color = "#046C9A", 
+          secondary_color = "#C27D38",
+          text_bold_color = "#C27D38",
+          title_slide_text_color = "#C6CDF7",
+          title_slide_background_color = "#D8A499",
+          text_font_size=2.5,
+          header_font_google = google_font("Aboreto"),
+          text_font_google   = google_font("Roboto", "400", "400i"),
+          code_font_google   = google_font("Fira Mono"),
+          code_font_size = 0.8,
+          colors = c(
+  pink = "#E6A0C4",
+  plum = "#9986A5",
+  cornflowerblue = "#7294D4",
+  weirdbrown = "#C27D38",
+  lilac="#C6CDF7",
+  gray="#8D8680",
+  green="#78B7C5",
+  orange="#F2AD00",
+  ice="#D9D0D3"
+)
+)
+extra_css <- list(
+  ".small" = list("font-size" = "80%"),
+  ".large" = list("font-size" = "120%"),
+  ".LARGE" = list("font-size" = "150%"),
+  ".full-width" = list(
+    display = "flex",
+    width   = "100%",
+    flex    = "1 1 auto"
+  )
+)
+```
+
+<style>
+.inverse {
+  background-color: #046C9A;
+  color: #D9D0D3;
+}
+
+</style>
+<style type="text/css">
+.remark-slide-content {
+    font-size: 30px;
+    padding: 1em 3em 1em 3em;
+}
+ul {
+  list-style: none; /* Remove default bullets */
+}
+
+ul li::before {
+  content: "\2022";  /* Add content: \2022 is the CSS Code/unicode for a bullet */
+  color: #C27D38; /* Change the color */
+  font-weight: bold; /* If you want it to be bold */
+  display: inline-block; /* Needed to add space between the bullet and the text */
+  width: 1em; /* Also needed for space (tweak if needed) */
+  margin-left: -1em; /* Also needed for space (tweak if needed) */
+}
+
+.remark-code, .remark-inline-code { font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;
+                                    font-size: 85%;
+}
+</style>
+
+---
+### Install `balselr`
+
+```{r, echo=FALSE}
+library(knitr)
+library(devtools)
+devtools::install_github("bitarellolab/balselr")
+library(balselr)
+hook_output <- knit_hooks$get("output")
+knit_hooks$set(output = function(x, options) {
+  lines <- options$output.lines
+  if (is.null(lines)) {
+    return(hook_output(x, options))  # pass to default hook
+  }
+  x <- unlist(strsplit(x, "\n"))
+  more <- "..."
+  if (length(lines)==1) {        # first n lines
+    if (length(x) > lines) {
+      # truncate the output, but add ....
+      x <- c(head(x, lines), more)
+    }
+  } else {
+    x <- c(more, x[lines], more)
+  }
+  # paste these lines together
+  x <- paste(c(x, ""), collapse = "\n")
+  hook_output(x, options)
+})
+library(devtools)
+library(balselr)
+devtools::load_all()
+``` 
+
+
+```{r, echo=TRUE, eval=F}
+library(devtools)
+devtools::install_github("bitarellolab/balselr")
+library(balselr)
+```
+
+---
+
+### Walkthrough example
+
+* In this example, the VCF (Variant Call Format) file contains population-level information for 108 individuals for the ingroup (pop0) and one individual for the outgroup (pop1). 
+* `ncd1` only requires ingroup information while `ncd2` requires both.
+
+---
+
+### Install `balselr`
+```{r, echo=TRUE, eval=F}
+library(devtools)
+devtools::install_github("bitarellolab/balselr")
+library(balselr)
+```
+
+---
+
+### Read in a `vcf` file
+
+```{r, echo=T, eval=F}
+#showing first 6 columns
+read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf"))
+```
+
+```{r, echo=F, eval=T,output.lines=8}
+test<-read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf"))[,1:6]
+print(test)
+```
+
+
+---
+
+### Make an `ncd1` input file
+
+
+```{r, output.lines=8}
+parse_vcf(
+  infile = system.file(package = "balselr", "example.vcf"),
+  n0 = 108, type = "ncd1")
+```
+
+---
+
+
+### Make an `ncd2` input file
+
+
+```{r, output.lines=8}
+parse_vcf(
+  infile = system.file(package = "balselr", "example.vcf"),
+  n0 = 108, n1 =1, type = "ncd2")
+```
+
+---
+
+### Run `ncd1`
+
+```{r, output.lines=8}
+ncd1(x = ncd1_input,
+        tf = 0.5,
+        w = 3000,
+        ncores = 2,
+        minIS = 8)
+```
+
+---
+
+### Run `ncd2`
+
+```{r, output.lines=8}
+ncd2(x = ncd2_input,
+        tf = 0.5,
+        w = 3000,
+        ncores = 2,
+        minIS = 8)
+```
+
+
+---
+
+### Core Functions
+
+`read_vcf`: Read in a VCF (Variant Call Format) file. This uses `data.table` and is very fast.
+
+`parse_vcf`: Read in a VCF (Variant Call Format) file and prepare input files for `ncd1()` and `ncd2()`.
+
+`ncd1`: Calculate non-central statistic (NCD1). Returns a data.table object with columns:  Win.ID, S (SNPs), IS (informative sites), tf, ncd1. 
+
+`ncd2`: Calculate non-central statistic (NCD2).Returns a data.table object with columns:  Win.ID, S (SNPs), Subst (Fixed differences), IS (informative sites), tf, ncd1. 
+
+---
+
+Arguments for `ncd1` and `ncd2`:
+
+- `tf`: Target frequency.
+- `w`: Window size in bp. Default 3000.
+- `minIS`: Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with less informative sites than this threshold are discarded.
+- `by`: Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on `w`. "IS" defined windows around each informative site.
+
+
+
+
diff --git a/tutorial.html b/tutorial.html
new file mode 100644
index 0000000..93191c9
--- /dev/null
+++ b/tutorial.html
@@ -0,0 +1,360 @@
+<!DOCTYPE html>
+<html lang="" xml:lang="">
+  <head>
+    <title>Tutorial</title>
+    <meta charset="utf-8" />
+    <script src="libs/header-attrs/header-attrs.js"></script>
+    <link rel="stylesheet" href="xaringan-themer.css" type="text/css" />
+  </head>
+  <body>
+    <textarea id="source">
+
+
+
+
+
+&lt;style&gt;
+.inverse {
+  background-color: #046C9A;
+  color: #D9D0D3;
+}
+
+&lt;/style&gt;
+&lt;style type="text/css"&gt;
+.remark-slide-content {
+    font-size: 30px;
+    padding: 1em 3em 1em 3em;
+}
+ul {
+  list-style: none; /* Remove default bullets */
+}
+
+ul li::before {
+  content: "\2022";  /* Add content: \2022 is the CSS Code/unicode for a bullet */
+  color: #C27D38; /* Change the color */
+  font-weight: bold; /* If you want it to be bold */
+  display: inline-block; /* Needed to add space between the bullet and the text */
+  width: 1em; /* Also needed for space (tweak if needed) */
+  margin-left: -1em; /* Also needed for space (tweak if needed) */
+}
+
+.remark-code, .remark-inline-code { font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;
+                                    font-size: 85%;
+}
+&lt;/style&gt;
+
+---
+### Install `balselr`
+
+
+
+
+
+```r
+library(devtools)
+devtools::install_github("bitarellolab/balselr")
+library(balselr)
+```
+
+---
+
+### Walkthrough example
+
+* In this example, the VCF (Variant Call Format) file contains population-level information for 108 individuals for the ingroup (pop0) and one individual for the outgroup (pop1). 
+* `ncd1` only requires ingroup information while `ncd2` requires both.
+
+---
+
+### Install `balselr`
+
+```r
+library(devtools)
+devtools::install_github("bitarellolab/balselr")
+library(balselr)
+```
+
+---
+
+### Read in a `vcf` file
+
+
+```r
+#showing first 6 columns
+read_vcf(x=system.file(package="balselr", "example.vcf"))
+```
+
+
+```
+##        CHR   POS     ID    REF    ALT  QUAL
+##      &lt;int&gt; &lt;int&gt; &lt;char&gt; &lt;char&gt; &lt;char&gt; &lt;int&gt;
+##   1:     1    92      .      A      C  1000
+##   2:     1   177      .      C      A  1000
+##   3:     1   283      .      T      C  1000
+##   4:     1   289      .      C      G  1000
+##   5:     1   327      .      G      T  1000
+##  ---                                       
+...
+```
+
+
+---
+
+### Make an `ncd1` input file
+
+
+
+```r
+parse_vcf(
+  infile = system.file(package = "balselr", "example.vcf"),
+  n0 = 108, type = "ncd1")
+```
+
+```
+##        CHR   POS    REF    ALT  tx_1  tn_1
+##      &lt;int&gt; &lt;int&gt; &lt;char&gt; &lt;char&gt; &lt;int&gt; &lt;int&gt;
+##   1:     1    92      A      C   216   216
+##   2:     1   177      C      A   216   216
+##   3:     1   283      T      C     0   216
+##   4:     1   289      C      G     0   216
+##   5:     1   327      G      T     0   216
+##  ---                                      
+...
+```
+
+---
+
+
+### Make an `ncd2` input file
+
+
+
+```r
+parse_vcf(
+  infile = system.file(package = "balselr", "example.vcf"),
+  n0 = 108, n1 =1, type = "ncd2")
+```
+
+```
+##        CHR   POS    REF    ALT  tx_1  tn_1  tx_2  tn_2
+##      &lt;int&gt; &lt;int&gt; &lt;char&gt; &lt;char&gt; &lt;int&gt; &lt;int&gt; &lt;int&gt; &lt;int&gt;
+##   1:     1    92      A      C   216   216     0     2
+##   2:     1   177      C      A   216   216     0     2
+##   3:     1   283      T      C     0   216     0     2
+##   4:     1   289      C      G     0   216     2     2
+##   5:     1   327      G      T     0   216     1     2
+##  ---                                                  
+...
+```
+
+---
+
+### Run `ncd1`
+
+
+```r
+ncd1(x = ncd1_input,
+        tf = 0.5,
+        w = 3000,
+        ncores = 2,
+        minIS = 8)
+```
+
+```
+##            Win.ID     S    IS    tf      ncd1
+##            &lt;char&gt; &lt;int&gt; &lt;int&gt; &lt;num&gt;     &lt;num&gt;
+##  1:     1_92_3092    20    20   0.5 0.4286047
+##  2:   1_1592_4592    21    21   0.5 0.4392331
+##  3:   1_3092_6092    15    15   0.5 0.4046166
+##  4:   1_4592_7592    12    12   0.5 0.3897881
+##  5:   1_6092_9092    19    19   0.5 0.3793086
+##  6:  1_7592_10592    28    28   0.5 0.3641235
+...
+```
+
+---
+
+### Run `ncd2`
+
+
+```r
+ncd2(x = ncd2_input,
+        tf = 0.5,
+        w = 3000,
+        ncores = 2,
+        minIS = 8)
+```
+
+```
+## Key: &lt;Win.ID&gt;
+##            Win.ID    tf     S Subst    IS      ncd2
+##            &lt;char&gt; &lt;num&gt; &lt;int&gt; &lt;int&gt; &lt;int&gt;     &lt;num&gt;
+##  1:  1_7592_10592   0.5    28    27    55 0.4361486
+##  2:  1_9092_12092   0.5    25    28    53 0.4473241
+##  3: 1_13592_16592   0.5    30    39    69 0.4559905
+##  4: 1_15092_18092   0.5    22    26    48 0.4573078
+##  5:   1_6092_9092   0.5    19    33    52 0.4595906
+...
+```
+
+
+---
+
+### Core Functions
+
+`read_vcf`: Read in a VCF (Variant Call Format) file. This uses `data.table` and is very fast.
+
+`parse_vcf`: Read in a VCF (Variant Call Format) file and prepare input files for `ncd1()` and `ncd2()`.
+
+`ncd1`: Calculate non-central statistic (NCD1). Returns a data.table object with columns:  Win.ID, S (SNPs), IS (informative sites), tf, ncd1. 
+
+`ncd2`: Calculate non-central statistic (NCD2).Returns a data.table object with columns:  Win.ID, S (SNPs), Subst (Fixed differences), IS (informative sites), tf, ncd1. 
+
+---
+
+Arguments for `ncd1` and `ncd2`:
+
+- `tf`: Target frequency.
+- `w`: Window size in bp. Default 3000.
+- `minIS`: Minimum number of informative sites. Default is 2. Windows with less informative sites than this threshold are discarded.
+- `by`: Define how to scan the genome. "POS" (default) defined sliding windows based on `w`. "IS" defined windows around each informative site.
+
+
+
+
+    </textarea>
+<style data-target="print-only">@media screen {.remark-slide-container{display:block;}.remark-slide-scaler{box-shadow:none;}}</style>
+<script src="https://remarkjs.com/downloads/remark-latest.min.js"></script>
+<script>var slideshow = remark.create({
+"highlightStyle": "github",
+"highlightLines": true,
+"countIncrementalSlides": false,
+"ratio": "16:9"
+});
+if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
+  window.dispatchEvent(new Event('resize'));
+});
+(function(d) {
+  var s = d.createElement("style"), r = d.querySelector(".remark-slide-scaler");
+  if (!r) return;
+  s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@page {size: " + r.style.width + " " + r.style.height +"; }";
+  d.head.appendChild(s);
+})(document);
+
+(function(d) {
+  var el = d.getElementsByClassName("remark-slides-area");
+  if (!el) return;
+  var slide, slides = slideshow.getSlides(), els = el[0].children;
+  for (var i = 1; i < slides.length; i++) {
+    slide = slides[i];
+    if (slide.properties.continued === "true" || slide.properties.count === "false") {
+      els[i - 1].className += ' has-continuation';
+    }
+  }
+  var s = d.createElement("style");
+  s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@media print { .has-continuation { display: none; } }";
+  d.head.appendChild(s);
+})(document);
+// delete the temporary CSS (for displaying all slides initially) when the user
+// starts to view slides
+(function() {
+  var deleted = false;
+  slideshow.on('beforeShowSlide', function(slide) {
+    if (deleted) return;
+    var sheets = document.styleSheets, node;
+    for (var i = 0; i < sheets.length; i++) {
+      node = sheets[i].ownerNode;
+      if (node.dataset["target"] !== "print-only") continue;
+      node.parentNode.removeChild(node);
+    }
+    deleted = true;
+  });
+})();
+// add `data-at-shortcutkeys` attribute to <body> to resolve conflicts with JAWS
+// screen reader (see PR #262)
+(function(d) {
+  let res = {};
+  d.querySelectorAll('.remark-help-content table tr').forEach(tr => {
+    const t = tr.querySelector('td:nth-child(2)').innerText;
+    tr.querySelectorAll('td:first-child .key').forEach(key => {
+      const k = key.innerText;
+      if (/^[a-z]$/.test(k)) res[k] = t;  // must be a single letter (key)
+    });
+  });
+  d.body.setAttribute('data-at-shortcutkeys', JSON.stringify(res));
+})(document);
+(function() {
+  "use strict"
+  // Replace <script> tags in slides area to make them executable
+  var scripts = document.querySelectorAll(
+    '.remark-slides-area .remark-slide-container script'
+  );
+  if (!scripts.length) return;
+  for (var i = 0; i < scripts.length; i++) {
+    var s = document.createElement('script');
+    var code = document.createTextNode(scripts[i].textContent);
+    s.appendChild(code);
+    var scriptAttrs = scripts[i].attributes;
+    for (var j = 0; j < scriptAttrs.length; j++) {
+      s.setAttribute(scriptAttrs[j].name, scriptAttrs[j].value);
+    }
+    scripts[i].parentElement.replaceChild(s, scripts[i]);
+  }
+})();
+(function() {
+  var links = document.getElementsByTagName('a');
+  for (var i = 0; i < links.length; i++) {
+    if (/^(https?:)?\/\//.test(links[i].getAttribute('href'))) {
+      links[i].target = '_blank';
+    }
+  }
+})();
+// adds .remark-code-has-line-highlighted class to <pre> parent elements
+// of code chunks containing highlighted lines with class .remark-code-line-highlighted
+(function(d) {
+  const hlines = d.querySelectorAll('.remark-code-line-highlighted');
+  const preParents = [];
+  const findPreParent = function(line, p = 0) {
+    if (p > 1) return null; // traverse up no further than grandparent
+    const el = line.parentElement;
+    return el.tagName === "PRE" ? el : findPreParent(el, ++p);
+  };
+
+  for (let line of hlines) {
+    let pre = findPreParent(line);
+    if (pre && !preParents.includes(pre)) preParents.push(pre);
+  }
+  preParents.forEach(p => p.classList.add("remark-code-has-line-highlighted"));
+})(document);</script>
+
+<script>
+slideshow._releaseMath = function(el) {
+  var i, text, code, codes = el.getElementsByTagName('code');
+  for (i = 0; i < codes.length;) {
+    code = codes[i];
+    if (code.parentNode.tagName !== 'PRE' && code.childElementCount === 0) {
+      text = code.textContent;
+      if (/^\\\((.|\s)+\\\)$/.test(text) || /^\\\[(.|\s)+\\\]$/.test(text) ||
+          /^\$\$(.|\s)+\$\$$/.test(text) ||
+          /^\\begin\{([^}]+)\}(.|\s)+\\end\{[^}]+\}$/.test(text)) {
+        code.outerHTML = code.innerHTML;  // remove <code></code>
+        continue;
+      }
+    }
+    i++;
+  }
+};
+slideshow._releaseMath(document);
+</script>
+<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
+<script>
+(function () {
+  var script = document.createElement('script');
+  script.type = 'text/javascript';
+  script.src  = 'https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML';
+  if (location.protocol !== 'file:' && /^https?:/.test(script.src))
+    script.src  = script.src.replace(/^https?:/, '');
+  document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(script);
+})();
+</script>
+  </body>
+</html>
diff --git a/tutorial.png b/tutorial.png
new file mode 100644
index 0000000..b2284fa
Binary files /dev/null and b/tutorial.png differ
diff --git a/vignettes/.gitignore b/vignettes/.gitignore
new file mode 100644
index 0000000..097b241
--- /dev/null
+++ b/vignettes/.gitignore
@@ -0,0 +1,2 @@
+*.html
+*.R
diff --git a/vignettes/my-vignette.Rmd b/vignettes/my-vignette.Rmd
new file mode 100644
index 0000000..b87c592
--- /dev/null
+++ b/vignettes/my-vignette.Rmd
@@ -0,0 +1,19 @@
+---
+title: "my-vignette"
+output: rmarkdown::html_vignette
+vignette: >
+  %\VignetteIndexEntry{my-vignette}
+  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
+  %\VignetteEncoding{UTF-8}
+---
+
+```{r, include = FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(
+  collapse = TRUE,
+  comment = "#>"
+)
+```
+
+```{r setup}
+library(balselr)
+```