生物信息学的历史
生物信息学的发展历史和最近 60 年里分子生物学、计算机科学的发展紧密关联，5060 年代，分子生物学的黄金时代，也是计算机领域重要概念和软硬件形成的阶段。
7080 年代，分子生物学、计算机、互联网的发展日趋成熟。
90 年代至今，这两个领域飞速发展。分子生物学简史11953 年，Watson 和 Crick 关于 DNA 双螺旋结构的发现，奠定了 DNA 作为遗传信息物质基础的地位；上世纪 50 年代，第一个蛋白的序列和蛋白结构被成功解析。随后 10 年，多种蛋白被依次测序。早时，以蛋白测序而不是 DNA 测序为主。
历史以来，对生物进化的研究还停留在化石阶段。此时以 Linus Pauling 为代表的人们意识到：可以从分子水平，根据同一家族不同蛋白质序列研究生物的演化（提出了分子钟的概念）。
31977 年，Sanger 的 DNA 测序提出。 由于效率远高于蛋白测序，随后的 20 年里，大量 DNA 被成功测序；
41988 年，主要由美国能源部和 NIH (National Institutes of Health) 领导，英、法、德、日、中 5 国共同参与的人类基因组计划启动；
还包括模式生物的测序、高通量测序技术的开发。人类基因组计划为生物信息学提供了大量的数据，生物信息学实现了对数据的分析。
51991 年， 诺奖得主 Walter Gilbert 在一篇短文中呼吁，人的基因组测序完成后，生命科学的研究方式应该有所转变——从基因组水平（不再是单基因水平）提出假设，再到实验验证；
61995 年，Craig Venter 用鸟枪测序法实现了第一个自由生活生物——流感嗜血杆菌的基因组测定。随后 5 年，大肠杆菌、酵母、线虫、果蝇的基因组依次被测定；
72001 年，人类基因组草图发表；
82004 年，人类基因组完成图发表；
92005 年，以 Illumina HiSeq 为代表的新一代测序技术被发明并越来越得到广泛的应用。
计算机科学简史
11945 年，第一台电子计算机 ENIAC 被发明，仅为军方和政府部门提供服务；
21955 年左右，商业计算机实现量产。同时，计算机语法理论逐渐完善、以 FORTRAN 为代表的高级语言出现；
31962 年，Shannon 的**《信息论》发表**；
41969 年，Internet 的雏形——ARPANET 建立。实现了 Stanford、UCLA、UC Santa Barbara 和 Utah 大学的连接；
520 世纪 70 年代，E-mail 被发明、TCP 协议被 Vint Cerf 等制定；
620 世纪 80 年代，以 IBM 为代表的个人计算机进入千家万户，实现了计算机的普及；
71991 年，万维网的 HTTP 协议被建立；
81991 年，生物信息学研究所需的 Linux 系统被开发。
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生物信息学简史
11951 年，用计算机的傅里叶变换解析了肌红蛋白的结构**。随后的 20 年里，大量的蛋白结构被依次解析；
21962 年，Margaret Dayhoff 开发的 COMPROTEIN 程序实现蛋白序列片段的组合（此前，蛋白质的组合需要多位生化专家的共同研讨）；
31965 年，Margaret Dayhoff 建立了第一个纸质数据库——Atlas of Protein Structures and Sequences。该库于 1983 年演变成电子数据库——PIR (Protein Information Resource)，之后又被蛋白质数据库 UniProt 取代；
41966 年，Margaret Dayhoff 意识到：可基于同一家族的蛋白构建生物的演化史。在 Science 上发表了 Ferredoxin 序列的家族演化分析文章；
51967 年，Walter Fitch 和 Emanuel Margoliash 提出了系统发育树构建的方法，并附有相应程序；
61970 年，“bioinformatics”一词出现，定义为“对生物系统的信息过程的研究”。先驱们做的都是简单而概念性的工作；
71974 年，Chou 和 Fasman 提出二级结构预测法；
81977 年， 蛋白三维结构数据库 PDD 建立。人们开始认识到，蛋白质会自然形成相对稳定的结构（无序区间/相对固定的结构）；
91970 年， Saul Needleman 和 Christian Wunsch 开发了 Needleman-Wunsch 全局比对算法，用动态规划的方法快速找到序列间的最优匹配。这对序列比对（甚至是远缘物种的比对）分析是很有意义的；
1070 年代末，为了评估参与比对的氨基酸是否在结构上合适，Margaret Dayhoff 发明了 PAM 矩阵，用来评估氨基酸替换矩阵。1992 年又提出 BLOSUM 矩阵；
同源蛋白序列中，脯氨酸的引入往往是小概率的。
111981 年，Temple Smith 和 Michael Waterman 开发了 Smith-Waterman 局部比对算法，能够找到两个序列间的最优局部片段的比对，而忽略内含子 (intron)；
当时内含子的发现，认为 Needleman-Wunsch 全局比对产生的突变率即便很高也可能是无意义的。
121982 年，核酸序列数据库 GenBank 建立，随后其中的数据量实现指数增长；
1380 年代末，随着已测序的蛋白和基因的序列越来越多，研究者想能从已知序列中找到相似序列指导研究，于是用 Smith-Waterman 局部比对算法完成；
1490 年代，以 EST 和芯片技术为代表的研究基因表达的高通量技术高速发展，产生了一系列芯片基因表达的相关研究；
1590 年代末，为了解决 Smith-Waterman 算法低效的问题，Stephen Altschul 和 David Lipman 等人发表了 BLAST 算法；
161997 年，又发表了允许有插入的 Gapped BLAST 算法和运用多序列比对的 PSI-BLAST 算法。解决了在序列数据库里找与目标序列最相似序列的方法；
171997年 Christopher Burge 和 Samuel Karlin 发表的基因预测方法 Genscan 可以实现从基因组预测基因；
182002 年，UC Santa Cruz 的 Jim Kent 发表了 Blat 算法，能够快速在基因组上定位目标序列，之后又实现了基因组相似性的比较——全基因组比对；
192005 年，新一代测序技术被发明；
202007 年，专用于存储新一代测序技术的 SRA 数据库建立。随后越来越多的研究围绕新一代测序展开。
生物信息学对生命科学的贡献显而易见，对计算机科学的贡献也很丰富（而不仅仅是利用）——神经网络、遗传编程、BLAST 与互联网路由等。